BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068A11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 22,557,771 - 22,691,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG545091
Upstream geneLOC100040351
Downstream geneCdh18, LOC624863
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068A11.bB6Ng01-068A11.g
ACCDH886740DH886741
length1,037985
definitionDH886740|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068A11, 5' end.DH886741|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,690,087 - 22,691,126)(22,557,771 - 22,558,738)
sequence
gaattcttctgacaaaaggagattccccacagatactttaaagaatagcc
acattacactcatgcaagaatttatcaaggcctaggaaatagggggtttg
tggtactgcattattcatgagaaggtctgcaagagcagaaccccctggtg
ctagctttcacaaggctcaaaggagtagcacaaattgtgactagggtgtg
aaatccttacctgtcattacctgcccctgttttatctttactgtaaatat
tacctggttcctgtaagtccttttgaagtcattcctttgttttgtgtcag
gtaacttcagtgtactttgcctgccatcacatactaccccctttgttttc
tgtattatataagactggtgttcactttgtaaaaatacactcagattcta
cacactctctcgtgtcccttctctatgcccatctgtctgggactctgatt
cgcatggattgaggagggccctctgaacccagtccatggcaatctaccca
ttgtgatttttttttcacttgaaccaaattaaaaacaaaacaaaacagaa
aagcaaaaacccgagaagaaaggagagaaggaacctttcttttaagatta
gaatgttgtgttctatcactgaataaattgtctatctttcttcacttgtg
ttcctatgaatattaaatataatcatttatgatttcttgctaccaaaaac
caattttgttcatttctgtttttcactctctttctttctcactctctttt
atttccttaaccagctgtctcatgaagaagcactttacagaaagtacact
gatggtctaacaacaaagcatgaagatacagtcaaaccctgtggcatagg
tcatgcacagtgatacatattgacacacaatctctatccctctttccatg
gtcactccctagctgactacacaacagcctctttcaagcaatttgaagtc
tatgacactcatctctgagactgactttattaaattccatttgtttcccc
agaatgaggttttgactatggaagatcattattgatt
gaattcatacatatgtgccccctccaagccacccctgaccccgggcagtg
attagatggcttcgttttcttagcatccttcatcttctccggctcgtaat
gtctcctcttatgaagggttgcatgagccctatggtggcagtggaacaag
atgggatccttgatgaagacatttagggttaagtgttgcaaggtctgtca
cttcttcccaatgactggctatgggtctctgtatttgttcccatctcttt
caagaggaagcttgtctgctgaaggctaaactaggccctgatctatggat
aaggcaaaatgtctctaagagtcatttacactttttagcaaaacagtatt
tgacgtttccctaagtgtctggtatgtctggtgtcatgttctaacccgcc
tgaacagtgttatgaatgggttctatctcaccagtggcccttatatctgg
tcccgtaaactctgtgccactaatgctttagcttgtctttcagagctatc
attactgtagattatgtatttgtaactgtgctctttattgtcagcctatt
atggattacaatacaaggttgtttacttactaaacaggtcgttatcccta
acttaaatgttaaaagtgaggatcataaagtctgcaaagatggctcagca
attagcataatgtgcacagatccatcaggagacttgggttctgtgctatg
caggttggggtccagttgggatcccacaacctctgttttcctctctcagg
gattccagagaccattgcatgccaggatgaaaggatgaagcagagtttgg
aatgggtggggtctacaggatcctctaggagtgagtaggcgggtggggga
catgacagcctcctctgaggtttgagtctcacgccctcctacagatctta
gaaactgacttttgctctatatttatttgagggactacggactgtactaa
ctttggggagaacaagagcttccggtgagtgtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_22690087_22691126
seq2: B6Ng01-068A11.b_45_1073 (reverse)

seq1  ATGATTTTTCCATAAGTCAAAAACCTCTATTCTTGTGGGAAAACAAATGG  50
      |||| | |||||| |||| |||||||| ||||   |||| ||||||||||
seq2  ATGA-TCTTCCAT-AGTC-AAAACCTC-ATTC---TGGGGAAACAAATGG  43

seq1  AATTTAAATAAAGTAAGTCTTCAAAGATGAGTTGTCATAGACTTCAAATT  100
      ||||| |||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATTT-AATAAAGTCAGTC-TCAGAGATGAG-TGTCATAGACTTCAAATT  90

seq1  GCTTGAAAGAGGCTGTTGTGTAGCCAGGTTAGGGAGTGACCATGGAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAAGAGGCTGTTGTGTAGTCA-GCTAGGGAGTGACCATGGAAAGA  139

seq1  GGGATAGAGATTGTGTGTCAATATGTATCACTGTGCATGACCTATGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGAGATTGTGTGTCAATATGTATCACTGTGCATGACCTATGCCAC  189

seq1  AGGGTTTGACTGTATCTTCCTGCTTTGTTGTTAGACCATCAGTGTACTTT  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTGACTGTATCTTCATGCTTTGTTGTTAGACCATCAGTGTACTTT  239

seq1  CTGTAAAGTGCTTCTTCATGAGACAGCTGGTTAAGGAAATAAAAGAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGTGCTTCTTCATGAGACAGCTGGTTAAGGAAATAAAAGAGAGT  289

seq1  GAGAAAGAAAGAGAGTGAAAAACAGAAATGAACAAAATTGGTTTTTGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAAAGAGAGTGAAAAACAGAAATGAACAAAATTGGTTTTTGGTA  339

seq1  GCAAGAAATCATAAATGATTATATTTAATATTCATAGGAACACAAGTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAATCATAAATGATTATATTTAATATTCATAGGAACACAAGTGAA  389

seq1  GAAAGATAGACAATTTATTCAGTGATAGAACACAACATTCTAATCTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATAGACAATTTATTCAGTGATAGAACACAACATTCTAATCTTAAA  439

seq1  AGAAAGGTTCCTTCTCTCCTTTCTTCTTGGGTTTTTGCTTTTCTGTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTTCCTTCTCTCCTTTCTTCTCGGGTTTTTGCTTTTCTGTTTTG  489

seq1  TTTTGTTTTTAATTTGGTTCAAGTGAAAAAAAAATCACAATGGGTAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTAATTTGGTTCAAGTGAAAAAAAAATCACAATGGGTAGATT  539

seq1  GCCATGGACTGGGTTCAGAGGGCCCTCCTCAATCCATGCGAATCAGAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGACTGGGTTCAGAGGGCCCTCCTCAATCCATGCGAATCAGAGTC  589

seq1  CCAGACAGATGGGCATAGAGAAGGGACACGAGAGAGTGTGTAGAATCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAGATGGGCATAGAGAAGGGACACGAGAGAGTGTGTAGAATCTGA  639

seq1  GTGTATTTTTACAAAGTGAACACCAGTCTTATATAATACAGAAAACAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTTTTACAAAGTGAACACCAGTCTTATATAATACAGAAAACAAAG  689

seq1  GGGGTAGTATGTGATGGCAGGCAAAGTACACTGAAGTTACCTGACACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGTATGTGATGGCAGGCAAAGTACACTGAAGTTACCTGACACAAA  739

seq1  ACAAAGGAATGACTTCAAAAGGACTTACAGGAACCAGGTAATATTTACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGAATGACTTCAAAAGGACTTACAGGAACCAGGTAATATTTACAG  789

seq1  TAAAGATAAAACAGGGGCAGGTAATGACAGGTAAGGATTTCACACCCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAAAACAGGGGCAGGTAATGACAGGTAAGGATTTCACACCCTAG  839

seq1  TCACAATTTGTGCTACTCCTTTGAGCCTTGTGAAAGCTAGCACCAGGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTTGTGCTACTCCTTTGAGCCTTGTGAAAGCTAGCACCAGGGGG  889

seq1  TTCTGCTCTTGCAGACCTTCTCATGAATAATGCAGTACCACAAACCCCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTTGCAGACCTTCTCATGAATAATGCAGTACCACAAACCCCCT  939

seq1  ATTTCCTAGGCCTTGATAAATTCTTGCATGAGTGTAATGTGGCTATTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTAGGCCTTGATAAATTCTTGCATGAGTGTAATGTGGCTATTCTT  989

seq1  TAAAGTATCTGTGGGGAATCTCCTTTTGTCAGAAGAATTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATCTGTGGGGAATCTCCTTTTGTCAGAAGAATTC  1029

seq1: chr15_22557771_22558738
seq2: B6Ng01-068A11.g_102_1054

seq1  CCCTGACCCCGGGCAGTGATTAGATGGCTTCGTTTTCTTAGCATCCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACCCCGGGCAGTGATTAGATGGCTTCGTTTTCTTAGCATCCTTCA  50

seq1  TCTTCTCCGGCTCGTAATGTCTCCTCTTATGAAGGGTTGCATGAGCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCGGCTCGTAATGTCTCCTCTTATGAAGGGTTGCATGAGCCCTA  100

seq1  TGGTGGCAGTGGAACAAGATGGGATCCTTGATGAAGACATTTAGGGTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCAGTGGAACAAGATGGGATCCTTGATGAAGACATTTAGGGTTAA  150

seq1  GTGTTGCAAGGTCTGTCACTTCTTCCCAATGACTGGCTATGGGTCTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCAAGGTCTGTCACTTCTTCCCAATGACTGGCTATGGGTCTCTGT  200

seq1  ATTTGTTCCCATCTCTTTCAAGAGGAAGCTTGTCTGCTGAAGGCTAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCCCATCTCTTTCAAGAGGAAGCTTGTCTGCTGAAGGCTAAACT  250

seq1  AGGCCCTGATCTATGGATAAGGCAAAATGTCTCTAAGAGTCATTTACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTGATCTATGGATAAGGCAAAATGTCTCTAAGAGTCATTTACACT  300

seq1  TTTTAGCAAAACAGTATTTGACGTTTCCCTAAGTGTCTGGTATGTCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCAAAACAGTATTTGACGTTTCCCTAAGTGTCTGGTATGTCTGGT  350

seq1  GTCATGTTCTAACCCGCCTGAACAGTGTTATGAATGGGTTCTATCTCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTCTAACCCGCCTGAACAGTGTTATGAATGGGTTCTATCTCACC  400

seq1  AGTGGCCCTTATATCTGGTCCCGTAAACTCTGTGCCACTAATGCTTTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCCTTATATCTGGTCCCGTAAACTCTGTGCCACTAATGCTTTAGC  450

seq1  TTGTCTTTCAGAGCTATCATTACTGTAGATTATGTATTTGTAACTGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTCAGAGCTATCATTACTGTAGATTATGTATTTGTAACTGTGCT  500

seq1  CTTTATTGTCAGCCTATTATGGATTACAATACAAGGTTGTTTACTTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTGTCAGCCTATTATGGATTACAATACAAGGTTGTTTACTTACTA  550

seq1  AACAGGTCGTTATCCCTAACTTAAATGTTAAAAGTGAGGATCATAAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCGTTATCCCTAACTTAAATGTTAAAAGTGAGGATCATAAAGTC  600

seq1  TGCAAAGATGGCTCAGCAATTAGCAGAATGTGCACAGATCCATCAGGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGATGGCTCAGCAATTAGCATAATGTGCACAGATCCATCAGGAGA  650

seq1  CTTGGGTTCTGTGCTATGCAGGTTGGGGTCCAGTTGGGATCCCACAACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTCTGTGCTATGCAGGTTGGGGTCCAGTTGGGATCCCACAACCT  700

seq1  CTG-TTTCCTCTCTCAGGGATTCCAGAGACCATTGCATGCCAGGATGAAA  749
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCCTCTCTCAGGGATTCCAGAGACCATTGCATGCCAGGATGAAA  750

seq1  GGATGAAGCAGAGTTTGGAATGGGTGGGGTCTACAGGATCCAGCTAGGAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GGATGAAGCAGAGTTTGGAATGGGTGGGGTCTACAGGATCC-TCTAGGAG  799

seq1  TGAGTAAGGCGGGTGGGGGACAAGGAGAGGCCTCCTCTGAGGGTTTGAGT  849
      ||||| ||||||||||||||| | || | ||||||||||| |||||||||
seq2  TGAGT-AGGCGGGTGGGGGAC-ATGACA-GCCTCCTCTGA-GGTTTGAGT  845

seq1  CACACAGCCCTCCTACAAGATCTTAGAAACTGACTTTTGCTCATATATTT  899
      | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  CTCAC-GCCCTCCTAC-AGATCTTAGAAACTGACTTTTGCTC-TATA-TT  891

seq1  TATTTGAGGTGACTAAGGACTGTATATAAACTTTGGGGAGTAACAAAGAG  949
      ||||||||| ||||| ||||||  ||  |||||||||||| ||| |||||
seq2  TATTTGAGG-GACTACGGACTG--TACTAACTTTGGGGAG-AAC-AAGAG  936

seq1  TCTTCAGGGTGAGTGTAAA  968
       ||||  ||||||||||||
seq2  -CTTC-CGGTGAGTGTAAA  953