BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-068M21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 28,141,662 - 28,259,448
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnahc5
Upstream geneAnk, BC087945, LOC100040622, BC052328, Trio, LOC667126
Downstream geneEG382974, LOC100040675, LOC100040689, LOC100040702, LOC667153
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-068M21.bB6Ng01-068M21.g
ACCDH887287DH887288
length1,1801,052
definitionDH887287|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068M21, 5' end.DH887288|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-068M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,258,253 - 28,259,448)(28,141,662 - 28,142,726)
sequence
gaattcaatctctaaggaagaacaaagaagggatgaagagatggcttagc
agttaagagcattgactgctcttccagaggttgtgagttcaattcccagc
aaccacatggtggctcacaaccatcagtaaagtgatccaatgccctcttc
tggtatgtctgaagacagctacagtgtactctttaataaataaaattaaa
gtagaagaacaacaacaaagaaataaaagtctaagtaaatgtgcccaaaa
gtaacagtgacttcaaagtgttagtggatcaagttaacaagggaaaactt
cctttgaaaaatagaattgtgttaaatctatgagcctgaagtggtatctg
caagaggatgaccactctgtgtgcactgatcctgtcatttcatgggggct
ttgtggatgtgaccataggagtggaatactgaagcagtgaagacaagggc
aggagtcaggggcagggaacgttctctacatccaaagaacagaagttaga
gagaagataactccttaaactgatgcccaatgatgcctaatcaagagtga
gatggaatcaaagctctggccagcaccttcactgcagccttctgacatat
atcagacccactgaagctgtcttcagctcctcagacatggaaacgctgtc
cagtctttcaagccactgagcttgtgactaaaattgttagttggtgatag
ataattaatacagatgtaatatgtgattaactcatgtctcctagccatta
actcttggtagggttttatctgctgtcccaaacatataggaaactgtcaa
gaatttacaaaagaaaaagcaattagtcaataagcttagttaaatacatg
ggcaagcttaggggtcaataggaagagttcctgaaaactatgacattgcc
tcatataccaggatgcacacgcaggttatatacattgccaacagcaatat
cattcatattatagcttgtaagtcagtttgcagagtaccacgtcacttct
gtgctaaaaatagctctttcttgaatgtacttcttaacagaagtctagag
aaatcaattttgtgggtctgggagatagctctgtaagtcagtgcttgctg
taaccatgaagatcagacttcagtttgaaacagtgggagggagtttgggc
aggaaccaattggtgcacccataaattcat
gaattcaggtctcagaatttttagggaccgagggtgggatgggggagttt
gtagttcctgggagactcaggagtagaatgatagagctgaacgaatggca
ggtaagctgggagacaacaccaaggtggcagtcaacaacctagaatataa
gtactagtctctgcctacagctccctacaacctgtacacagaccctggta
tccttctagaacatcctagaataacccttagctgctaatttaaagaaaac
atctatagaatggattcatcagtcatcgtctccctcagaactctactatt
caacttgtccataggttgtgccacaggactcccagcctgccactcacatg
tgaggaaagctgtagatggtccatcgtctcaagtttcttgtgtgcagaga
gcagtgttgtgtttggtttcaccatagcaaatgatgtaaagcagaagtct
agtcaagtgtgcatgttcagtcacaaaggggctctcagctttgtagttcc
ttccttcccccacttcttcagggaatcatcgaggtcactgtggtgtgcct
gggtcagaggcaaacctgccaaaaggtaatgccagtggggagagggcttc
gacattcatgtaactgaaaaattatcagtgagagtgctgttttacttaca
ttttgatatatggaccaaatgccatggttatcccattttaatccatgtgc
tgggtgacttggtggttccctattctgtaaggacttttgttagctcacta
taatgactcggtgtcagagtcaaaatagaagacgaagcatgtgcagttca
cccccagtttgcatgggcaaatgcagacaccgactatgttgtggagttca
ggcgaaataatcagaattaaaacaaccaaatgggcagatcggctggtgaa
aagccaccgagctctgtgaagtgcacagcactagaaagtgctgggatctg
gatttacatcttagagtacagtttatattatgctttactgagaaagaatt
atcattaaaggagatgggatttcccagctacatcgtatatcccttgggct
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_28258253_28259448
seq2: B6Ng01-068M21.b_47_1226 (reverse)

seq1  ATGAATTTATGTGTGTGCCACCATGTCTGGTTTCCTGCCCAACTCCCCTC  50
      ||||||||||| |||   |||||    | | |||||||||||   |||||
seq2  ATGAATTTATGGGTG---CACCA---ATTGGTTCCTGCCCAAACTCCCTC  44

seq1  CCACTGGTTTTCAAACTGATGTCTGATCTTCATGGTTACACAGCAAGCAC  100
      ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CCACTG--TTTCAAACTGAAGTCTGATCTTCATGGTT--ACAGCAAGCAC  90

seq1  TTGACCTACAGAGCTATCTCCCAAGACCCAACAAAATTGATTTTCTCTAG  150
       |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||
seq2  -TGACTTACAGAGCTATCTCCC-AGACCC-ACAAAATTGA-TTTCTCTAG  136

seq1  ACTTCTGTTAAGAAGTACATTTAAAGAAAGAGCTATTTTTAGCACAGAAG  200
      ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGTTAAGAAGTACA-TTCAAGAAAGAGCTATTTTTAGCACAGAAG  185

seq1  TGACGTGGTAACTCTGCAAACTGACTTACAAGCTATAATATGAATGATAT  250
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTGGT-ACTCTGCAAACTGACTTACAAGCTATAATATGAATGATAT  234

seq1  TGCTGTTGGCAATGTATATAACCTGCGTGTGCATCCTGGTATATGAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGGCAATGTATATAACCTGCGTGTGCATCCTGGTATATGAGGCA  284

seq1  ATGTCATAGTTTTCAGGAACTCTTCCTATTGACCCCTAAGCTTGCCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATAGTTTTCAGGAACTCTTCCTATTGACCCCTAAGCTTGCCCATG  334

seq1  TATTTAACTAAGCTTATTGACTAATTGCTTTTTCTTTTGTAAATTCTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAACTAAGCTTATTGACTAATTGCTTTTTCTTTTGTAAATTCTTGA  384

seq1  CAGTTTCCTATATGTTTGGGACAGCAGATAAAACCCTACCAAGAGTTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCCTATATGTTTGGGACAGCAGATAAAACCCTACCAAGAGTTAAT  434

seq1  GGCTAGGAGACATGAGTTAATCACATATTACATCTGTATTAATTATCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGAGACATGAGTTAATCACATATTACATCTGTATTAATTATCTAT  484

seq1  CACCAACTAACAATTTTAGTCACAAGCTCAGTGGCTTGAAAGACTGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACTAACAATTTTAGTCACAAGCTCAGTGGCTTGAAAGACTGGACA  534

seq1  GCGTTTCCATGTCTGAGGAGCTGAAGACAGCTTCAGTGGGTCTGATATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTCCATGTCTGAGGAGCTGAAGACAGCTTCAGTGGGTCTGATATAT  584

seq1  GTCAGAAGGCTGCAGTGAAGGTGCTGGCCAGAGCTTTGATTCCATCTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAGGCTGCAGTGAAGGTGCTGGCCAGAGCTTTGATTCCATCTCAC  634

seq1  TCTTGATTAGGCATCATTGGGCATCAGTTTAAGGAGTTATCTTCTCTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTAGGCATCATTGGGCATCAGTTTAAGGAGTTATCTTCTCTCTA  684

seq1  ACTTCTGTTCTTTGGATGTAGAGAACGTTCCCTGCCCCTGACTCCTGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGTTCTTTGGATGTAGAGAACGTTCCCTGCCCCTGACTCCTGCCC  734

seq1  TTGTCTTCACTGCTTCAGTATTCCACTCCTATGGTCACATCCACAAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCACTGCTTCAGTATTCCACTCCTATGGTCACATCCACAAAGCC  784

seq1  CCCATGAAATGACAGGATCAGTGCACACAGAGTGGTCATCCTCTTGCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAAATGACAGGATCAGTGCACACAGAGTGGTCATCCTCTTGCAGA  834

seq1  TACCACTTCAGGCTCATAGATTTAACACAATTCTATTTTTCAAAGGAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTTCAGGCTCATAGATTTAACACAATTCTATTTTTCAAAGGAAGT  884

seq1  TTTCCCTTGTTAACTTGATCCACTAACACTTTGAAGTCACTGTTACTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTGTTAACTTGATCCACTAACACTTTGAAGTCACTGTTACTTTT  934

seq1  GGGCACATTTACTTAGACTTTTATTTCTTTGTTGTTGTTCTTCTACTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATTTACTTAGACTTTTATTTCTTTGTTGTTGTTCTTCTACTTTA  984

seq1  ATTTTATTTATTAAAGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACATACCAGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTATTAAAGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACATACCAGAAG  1034

seq1  AGGGCATTGGATCACTTTACTGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATTGGATCACTTTACTGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTG  1084

seq1  GGAATTGAACTCACAACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTAACTGCTA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGAACTCACAACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTAACTGCTA  1134

seq1  AGCCATCTCTTCATCCCTTCTTTGTTCTTCCTTAGAGATTGAATTC  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTCTTCATCCCTTCTTTGTTCTTCCTTAGAGATTGAATTC  1180

seq1: chr15_28141662_28142726
seq2: B6Ng01-068M21.g_69_1120

seq1  GAATTCAGGTCTCAGAATTTTTAGGGACCGAGGGTGGGATGGGGGAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCTCAGAATTTTTAGGGACCGAGGGTGGGATGGGGGAGTTT  50

seq1  GTAGTTCCTGGGAGACTCAGGAGTAGAATGATAGAGCTGAACGAATGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCCTGGGAGACTCAGGAGTAGAATGATAGAGCTGAACGAATGGCA  100

seq1  GGTAAGCTGGGAGACAACACCAAGGTGGCAGTCAACAACCTAGAATATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCTGGGAGACAACACCAAGGTGGCAGTCAACAACCTAGAATATAA  150

seq1  GTACTAGTCTCTGCCTACAGCTCCCTACAACCTGTACACAGACCCTGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAGTCTCTGCCTACAGCTCCCTACAACCTGTACACAGACCCTGGTA  200

seq1  TCCTTCTAGAACATCCTAGAATAACCCTTAGCTGCTAATTTAAAGAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTAGAACATCCTAGAATAACCCTTAGCTGCTAATTTAAAGAAAAC  250

seq1  ATCTATAGAATGGATTCATCAGTCATCGTCTCCCTCAGAACTCTACTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAGAATGGATTCATCAGTCATCGTCTCCCTCAGAACTCTACTATT  300

seq1  CAACTTGTCCATAGGTTGTGCCACAGGACTCCCAGCCTGCCACTCACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGTCCATAGGTTGTGCCACAGGACTCCCAGCCTGCCACTCACATG  350

seq1  TGAGGAAAGCTGTAGATGGTCCATCGTCTCAAGTTTCTTGTGTGCAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAAGCTGTAGATGGTCCATCGTCTCAAGTTTCTTGTGTGCAGAGA  400

seq1  GCAGTGTTGTGTTTGGTTTCACCATAGCAAATGATGTAAAGCAGAAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTTGTGTTTGGTTTCACCATAGCAAATGATGTAAAGCAGAAGTCT  450

seq1  AGTCAAGTGTGCATGTTCAGTCACAAAGGGGCTCTCAGCTTTGTAGTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGTGTGCATGTTCAGTCACAAAGGGGCTCTCAGCTTTGTAGTTCC  500

seq1  TTCCTTCCCCCACTTCTTCAGGGAATCATCGAGGTCACTGTGGTGTGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCCCCACTTCTTCAGGGAATCATCGAGGTCACTGTGGTGTGCCT  550

seq1  GGGTCAGAGGCAAACCTGCCAAAAGGTAATGCCAGTGGGGAGAGGGCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGAGGCAAACCTGCCAAAAGGTAATGCCAGTGGGGAGAGGGCTTC  600

seq1  GACATTCATGTAACTGAAAAATTATCAGTGAGAGTGCTGTTTTACTTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTCATGTAACTGAAAAATTATCAGTGAGAGTGCTGTTTTACTTACA  650

seq1  TTTTGATATATGGACCAAATGCCATGGTTATCCCATTTTAATCCATGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATATATGGACCAAATGCCATGGTTATCCCATTTTAATCCATGTGC  700

seq1  TGGGTGACTTGGTGGTTCCCCATTCTGTAAGGACTTTTGTTAGCTCACTA  750
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGACTTGGTGGTTCCCTATTCTGTAAGGACTTTTGTTAGCTCACTA  750

seq1  TAATGACTCGGTGTCAGAGTCAAAATAGAAGACGAAGCATGTGCAGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTCGGTGTCAGAGTCAAAATAGAAGACGAAGCATGTGCAGTTCA  800

seq1  CCCCCAGTTTGCATGGGCAAATGCAGACACCGACTATGTTGTGGAGTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGTTTGCATGGGCAAATGCAGACACCGACTATGTTGTGGAGTTCA  850

seq1  GGGCGAAATAATCAGAAATTAAAACAACCAAATGGGCAGATCGGCTTGGT  900
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -GGCGAAATAATCAG-AATTAAAACAACCAAATGGGCAGATCGGC-TGGT  897

seq1  GAAAAAGCCACCGAGCTCTGTGAAGGTGCACAGCACTAGAAAGTTGCCTG  950
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||
seq2  G-AAAAGCCACCGAGCTCTGTGAA-GTGCACAGCACTAGAAAGT--GCTG  943

seq1  GAATCTGGATTTTAACATCTTAGGAGTACAGTTTATATTATGCTTTACTG  1000
      | ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGATTT--ACATCTTA-GAGTACAGTTTATATTATGCTTTACTG  990

seq1  AGAAAGAATACACATTAAAGGAGGAATGGAATTTCACAGCTACATCGTAT  1050
      |||||||||   |||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||
seq2  AGAAAGAATTATCATTAAAGGAG--ATGGGATTTCCCAGCTACATCGTAT  1038

seq1  AATCCTTGGGTCTTG  1065
      |  ||||||| ||||
seq2  ATCCCTTGGG-CTTG  1052