BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-069N18
Chromosome15 (Build37)
Map Location 71,471,905 - 71,587,723
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040847
Upstream geneLOC383051, 1700010C24Rik
Downstream geneCol22a1, Kcnk9, 1810044A24Rik, LOC665621
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-069N18.bB6Ng01-069N18.g
ACCDH888033DH888034
length1,0521,094
definitionDH888033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069N18, 5' end.DH888034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-069N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,471,905 - 71,472,957)(71,586,614 - 71,587,723)
sequence
gaattcaacattaaatccttcaaataaacagaacatagtaatgcgaggaa
aacacctagcacgttgaaagtcacacattttaataaggcttggaatctat
ccatctcgtttgaatactgattgcctttactgtgtatcaatctcctggcc
cctggcccaggagcccctcccaggaagttaagagttctctccctgcttgc
ttttctaggcctgtgtgaaggaactctgcaggccataagcttaagaggca
ctttgctacctgtgaagatattagctaattagagtaattcacactaaagt
gagaatgaagacagtaattgaacaggaagaaggaaggcggcaatgccatg
cagttgctgagtaaattgcttgtacccaatatcactggagttctttttga
accacgaggtgatcactgccagtcagaatgcctacttcactcacataccc
caaagttctcttgtataccacaaaggctagctactcctgtaggttacttc
tgaatccacgggaattaaataatattttagaaaagagcccacccctctcc
actttcagctctgtgacatcagacaagtaagcaatagttcatgagcatct
gagtcctcatctgtgaaccatctgactggagagaataaaggtcaggagat
acaggctcaggctagccatgatgtccttgaactcactgctactgaccaca
gtagataaacttcatcttatatctgtctaggcaagttagcagtgccggaa
gccaggactcccacattatacataccaggaagcagtcacctcacgatata
taccttgaaacattaaaaggaaaggaggtagagagcacatagccaatcaa
agccaattattttacagatacaattaggctgcttgcttcctgcctcttga
cctccgcttctacccctttccacactgctctttttaatctgacccctgac
tggccctgtgccatgttgctagtacactgagtaatggttcaccttgcttc
ttgtagctttagcctatatggaaaaaaaaaaaaagatatttcctgaccct
ag
gaattctctctttggcttatctctgcccattcttggtggatagtgtttct
ttattatctcccttggaagatcatgcagcagctggtaaacaatgtggtca
agatttgactggtgcccatttagggagtagaccttaaagtggcctcacag
caaaatctctggacatagaatctatgaactaagacaaagtaaagatgtgt
ttgatggacaataatgtcccatttgcacagtatctgctgaaacatcaatt
atatcccatttgattattgttttccttttatccccaaatttctggataat
tgtgtcaattttccaattttctcattgtgtttaaacattgttatggcttt
ctctttttctcaaaggaaaattggacaacaaacagtgaagcagacattgg
accagccattatttaaagaaatagagggactgctggtaatttgtgtcatt
taagctgaacctgagacctcaattcccactctccgagtgaagcagcttaa
ttgaggagcattctttgcaaatagacaaagagggagtaataggtaggagt
ctgatcagaaataatgacagggagttgagttctttaaccgcgtgttctaa
atgggctttctttggagaaaattaagataacaaatggcataataatttac
ctttagtgctagcagttagaagcttgtgcatggatttcaaaagcagcctt
cacataataaaatcatcatttcaagctcatcccatcaggcaaatgcttag
gaaacaacctcctggtacttaaaagtaagccaagagggtctgtgtatcct
ctcattgtcctaactgagacacccatagaatgtatcatggtcaggtgctt
tctttgttttggggttcacttttgaatgggcccggaatctgaagacatat
actcctttgtagtctcctaatgctcagaatataagtgattcctttatgat
gcagagatgacataaaggtaaaggtctgagcactgtagtagtcatgttgt
gttacttaacactttttttttctgcagctcttctatgtttgcttttatat
cacatgtagatacttcccatcaaactttgtcctctttgagaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_71471905_71472957
seq2: B6Ng01-069N18.b_47_1098

seq1  GAATTCAACATTAAATCCTTCAAATAAACAGAACATAGTAATGCGAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATTAAATCCTTCAAATAAACAGAACATAGTAATGCGAGGAA  50

seq1  AACACCTAGCACGTTGAAAGTCACACATTTTAATAAGGCTTGGAATCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTAGCACGTTGAAAGTCACACATTTTAATAAGGCTTGGAATCTAT  100

seq1  CCATCTCGTTTGAATACTGATTGCCTTTACTGTGTATCAATCTCCTGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCGTTTGAATACTGATTGCCTTTACTGTGTATCAATCTCCTGGCC  150

seq1  CCTGGCCCAGGAGCCCCTCCCAGGAAGTTAAGAGTTCTCTCCCTGCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCAGGAGCCCCTCCCAGGAAGTTAAGAGTTCTCTCCCTGCTTGC  200

seq1  TTTTCTAGGCCTGTGTGAAGGAACTCTGCAGGCCATAAGCTTAAGAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGGCCTGTGTGAAGGAACTCTGCAGGCCATAAGCTTAAGAGGCA  250

seq1  CTTTGCTACCTGTGAAGATATTAGCTAATTAGAGTAATTCACACTAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTACCTGTGAAGATATTAGCTAATTAGAGTAATTCACACTAAAGT  300

seq1  GAGAATGAAGACAGTAATTGAACAGGAAGAAGGAAGGCGGCAATGCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGAAGACAGTAATTGAACAGGAAGAAGGAAGGCGGCAATGCCATG  350

seq1  CAGTTGCTGAGTAAATTGCTTGTACCCAATATCACTGGAGTTCTTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCTGAGTAAATTGCTTGTACCCAATATCACTGGAGTTCTTTTTGA  400

seq1  ACCACGAGGTGATCACTGCCAGTCAGAATGCCTACTTCACTCACATACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGAGGTGATCACTGCCAGTCAGAATGCCTACTTCACTCACATACCC  450

seq1  CAAAGTTCTCTTGTATACCACAAAGGCTAGCTACTCCTGTAGGTTACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTCTCTTGTATACCACAAAGGCTAGCTACTCCTGTAGGTTACTTC  500

seq1  TGAATCCACGGGAATTAAATAATATTTTAGAAAAGAGCCCACCCCTCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCACGGGAATTAAATAATATTTTAGAAAAGAGCCCACCCCTCTCC  550

seq1  ACTTTCAGCTCTGTGACATCAGACAAGTAAGCAATAGTTCATGAGCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGCTCTGTGACATCAGACAAGTAAGCAATAGTTCATGAGCATCT  600

seq1  GAGTCCTCATCTGTGAACCATCTGACTGGAGAGAATAAAGGTCAGGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTCATCTGTGAACCATCTGACTGGAGAGAATAAAGGTCAGGAGAT  650

seq1  ACAGGCTCAGGCTAGCCATGATGTCCTTGAACTCACTGCTACTGACCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCAGGCTAGCCATGATGTCCTTGAACTCACTGCTACTGACCACA  700

seq1  GTAGATAAACTTCATCTTATATCTGTCTAGGCAAGTTAGCAGTGCCGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATAAACTTCATCTTATATCTGTCTAGGCAAGTTAGCAGTGCCGGAA  750

seq1  GCCAGGACTCCCACATTATACATACCAGGAAGCAGTCACCTCACGATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGACTCCCACATTATACATACCAGGAAGCAGTCACCTCACGATATA  800

seq1  TACCTTGAAACATTAAAAGGAAAGGAGGTAGAGAGCACATAGCCAATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAAACATTAAAAGGAAAGGAGGTAGAGAGCACATAGCCAATCAA  850

seq1  AGCCAATTATTTTACAGATACAATTAGGCTGCTTGCTTCCTGCCTCTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATTATTTTACAGATACAATTAGGCTGCTTGCTTCCTGCCTCTTGA  900

seq1  CCTCCGCTTCTACCCCTTTCCACACTGCTCTTTTTAATCTGACCCCTGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGCTTCTACCCCTTTCCACACTGCTCTTTTTAATCTGACCCCTGAC  950

seq1  TGGCCCTGTGGCATGTTGCTAGTACACTGAGTTAATGGTTCACCTTGCTC  1000
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TGGCCCTGTGCCATGTTGCTAGTACACTGAG-TAATGGTTCACCTTGCTT  999

seq1  CTTGTAGCTTTAGCCTATAT-GAAAAAAAAAAAAAGATATGTCCTGAACC  1049
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  CTTGTAGCTTTAGCCTATATGGAAAAAAAAAAAAAGATATTTCCTG-ACC  1048

seq1  CTAG  1053
      ||||
seq2  CTAG  1052

seq1: chr15_71586614_71587723
seq2: B6Ng01-069N18.g_67_1160 (reverse)

seq1  ATTTCTTCAAAGAGGGACAAAGTTTTGATGGGAAGGTATTCTACATGTGA  50
      ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  ATTTC-TCAAAGA-GGACAAAG-TTTGATGGGAA-GTA-TCTACATGTGA  45

seq1  TATAAAAGCAAAACATAGGAGGAGCCTGGCAG-AAAAAAGAGTGTTAAGT  99
      ||||||||| ||||||| || ||||   |||| |||||| ||||||||||
seq2  TATAAAAGC-AAACATA-GAAGAGC--TGCAGAAAAAAAAAGTGTTAAGT  91

seq1  TAAACACAACATTGACTACTACAGGTTGCTCAGACCTTTACCTTTAATGT  149
        ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||
seq2  --AACACAACA-TGACTACTACAG--TGCTCAGACCTTTACCTTT-ATGT  135

seq1  CATCTTCTGCATCATAAAGGAATCACTTATATTCTGAGCATTAGGAGACT  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATC-TCTGCATCATAAAGGAATCACTTATATTCTGAGCATTAGGAGACT  184

seq1  ACAAAGGAGTATATGTCCTCAGATTCCGGGGCCCATTCAAAAGTGAACCC  249
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGAGTATATGTCTTCAGATTCC-GGGCCCATTCAAAAGTGAACCC  233

seq1  CAAAACAAAGAAAGCACCTGACCATGATACATTCTATGGGTGTCTCAGTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAGAAAGCACCTGACCATGATACATTCTATGGGTGTCTCAGTT  283

seq1  AGGACAATGAGAGGATACACAGACCCTCTTGGCTTACTTTTAAGTACCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAATGAGAGGATACACAGACCCTCTTGGCTTACTTTTAAGTACCAG  333

seq1  GAGGTTGTTTCCTAAGCATTTGCCTGATGGGATGAGCTTGAAATGATGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGTTTCCTAAGCATTTGCCTGATGGGATGAGCTTGAAATGATGAT  383

seq1  TTTATTATGTGAAGGCTGCTTTTGAAATCCATGCACAAGCTTCTAACTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATGTGAAGGCTGCTTTTGAAATCCATGCACAAGCTTCTAACTGC  433

seq1  TAGCACTAAAGGTAAATTATTATGCCATTTGTTATCTTAATTTTCTCCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTAAAGGTAAATTATTATGCCATTTGTTATCTTAATTTTCTCCAA  483

seq1  AGAAAGCCCATTTAGAACACGCGGTTAAAGAACTCAACTCCCTGTCATTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCCATTTAGAACACGCGGTTAAAGAACTCAACTCCCTGTCATTA  533

seq1  TTTCTGATCAGACTCCTACCTATTACTCCCTCTTTGTCTATTTGCAAAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATCAGACTCCTACCTATTACTCCCTCTTTGTCTATTTGCAAAGA  583

seq1  ATGCTCCTCAATTAAGCTGCTTCACTCGGAGAGTGGGAATTGAGGTCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTCAATTAAGCTGCTTCACTCGGAGAGTGGGAATTGAGGTCTCA  633

seq1  GGTTCAGCTTAAATGACACAAATTACCAGCAGTCCCTCTATTTCTTTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGCTTAAATGACACAAATTACCAGCAGTCCCTCTATTTCTTTAAA  683

seq1  TAATGGCTGGTCCAATGTCTGCTTCACTGTTTGTTGTCCAATTTTCCTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCTGGTCCAATGTCTGCTTCACTGTTTGTTGTCCAATTTTCCTTT  733

seq1  GAGAAAAAGAGAAAGCCATAACAATGTTTAAACACAATGAGAAAATTGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGAGAAAGCCATAACAATGTTTAAACACAATGAGAAAATTGGA  783

seq1  AAATTGACACAATTATCCAGAAATTTGGGGATAAAAGGAAAACAATAATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGACACAATTATCCAGAAATTTGGGGATAAAAGGAAAACAATAATC  833

seq1  AAATGGGATATAATTGATGTTTCAGCAGATACTGTGCAAATGGGACATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGATATAATTGATGTTTCAGCAGATACTGTGCAAATGGGACATTA  883

seq1  TTGTCCATCAAACACATCTTTACTTTGTCTTAGTTCATAGATTCTATGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCATCAAACACATCTTTACTTTGTCTTAGTTCATAGATTCTATGTC  933

seq1  CAGAGATTTTGCTGTGAGGCCACTTTAAGGTCTACTCCCTAAATGGGCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTTGCTGTGAGGCCACTTTAAGGTCTACTCCCTAAATGGGCAC  983

seq1  CAGTCAAATCTTGACCACATTGTTTACCAGCTGCTGCATGATCTTCCAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAATCTTGACCACATTGTTTACCAGCTGCTGCATGATCTTCCAAG  1033

seq1  GGAGATAATAAAGAAACACTATCCACCAAGAATGGGCAGAGATAAGCCAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAATAAAGAAACACTATCCACCAAGAATGGGCAGAGATAAGCCAA  1083

seq1  AGAGAGAATTC  1110
      |||||||||||
seq2  AGAGAGAATTC  1094