BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072D10
Chromosome15 (Build37)
Map Location 49,118,976 - 49,257,570
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCsmd3, EG665146, LOC100039600
Downstream geneLOC100039539, LOC665160
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072D10.bB6Ng01-072D10.g
ACCDH889691DH889692
length1,2641,108
definitionDH889691|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D10, 5' end.DH889692|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072D10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,256,294 - 49,257,570)(49,118,976 - 49,119,915)
sequence
gaattcattgccactatgcctcaagatctccatgccaagatccaggtcag
aaatctgtatctcccaaccttcagattaggattactggtgagccttctaa
ttctggattgtagttcattccagatatagtcaagttgacaactagtaata
gtcactacattctctgaaagcccatgttatcatgaaaagagaatggcaga
caggctgaaaatctttgtagtacaacaatccaataggaactcatgtttag
agtatattttaaatctttaaaattcaatagcaaactgaaacaagcaaaga
ccataaccagaatttgaaccaaatagatgaaacctcatttcccataaaga
ccttaatcacagtacagtcctgtaatctttgtgcttaggcagctgaagga
gaaaaatcacatgtttaagtctcaaactacatagtaagacactagattga
aaagtacattttaaaatattacacagatgtcacatatgtatgtgaaaata
aaatctactaatgaagctattgaagttatcacaatcaaaatattataaat
cttattatgtacctagctagaacatccctatgttcctgaagctattctta
gtagaaggttaaataaaaatccttgaaagcagttagctttaaacatgatt
aaaatattgtaatcaattaaaattatattttggacatacatttaaaatca
tagaaaatgttcatataaggtcctggacatgagtttttgtatataatgaa
taggtcactgctgtaacgagcacagccatcatttgataagacaataataa
aatggttaaatggcaaaatggcatattatggaacagtacaaagggaacaa
agaaagcatagtaaatagttttgataaatatccattaatcacattgcact
gtaatcattataatgtgacatcactggagaaagacccttatatcaatgga
ttttagtagacatcacagagaatatgtgcaaaagtggtttgactgtttta
aatcttctaaaatgcacactgtccaattcagaacttttaaaataaattaa
ttgattttttaaaaagtattacaatattaccatttgtacaccttgttcat
taacaacttatactaaggaagatctattcatgctgtgactaccagatggt
gagcatattagttaagaatcgggaaataaatgtcatagaattcgtaatac
agtcagtgatgatgaagtggttgtactgctgactctgtaattgtcacatg
aatccacctcaaaa
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaatcacttgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgtggatgtggagaaaaaggaacactcctccattgttggtg
ggagtgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaactggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagatgccccaacaggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacctagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatctacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaagttcctagccaa
atggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacacattcacaaa
gaaactcacacaatatgtattcactgataagtggatattagccccaaacc
taggatacccaagatataagatataatttgttaaacacatgaaactcaag
aagaatgaagactgaagttttaaatttcatgaaggagaacataataggat
ttaacaggtcatgaggctacctacaaagagagtcatatatttccaatgga
tgaaaaaaaaatttacaaaataaaatgctcacgtgaacaggaggctttaa
accgaagtgacagaatttagttggcattcctctttctcctcaagataaag
gtgaaagcttttgctactacatcaagggaaggctgtaggatgtgttaaac
tactccaaatgatggagaatttcgggcttctccagagttatcatgcttaa
atgacagaaagatgtacaccacatgtgaaaggctgaggttgaacactcct
ccattgttgatgtagttgcagctgtacaacccctctggaattagtcttgg
cggttcctcagaaaactggacatagtactaacgaagatccagcaatacct
cctcctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_49256294_49257570
seq2: B6Ng01-072D10.b_45_1308 (reverse)

seq1  TTTTGATGTGGATTCATGTTACAAT--CAGAGTCAGCATGTACAACCATT  48
      |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||| |
seq2  TTTTGAGGTGGATTCATGTGACAATTACAGAGTCAGCA-GTACAACCACT  49

seq1  TCATCATCACTGGACTGTATTTTACCCTATTCTATGACATTTATTTCCCT  98
      ||||||||||| |||||||||    |  ||||||||||||||||||||| 
seq2  TCATCATCACT-GACTGTATT---ACGAATTCTATGACATTTATTTCCCG  95

seq1  ATTCTATACTAATTATTGCTTTCACATTCTTGGTAGTCACAAGCCATGAA  148
      |||||  ||||||   |||  ||||  || |||||||||||   ||||||
seq2  ATTCTTAACTAAT--ATGC--TCACCATC-TGGTAGTCACA--GCATGAA  138

seq1  TAGATTCTTCCTTAGTATAAGTTTGTTAATGAACAA-GTGTACAAAT-GT  196
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TAGA-TCTTCCTTAGTATAAG-TTGTTAATGAACAAGGTGTACAAATGGT  186

seq1  AATATTGTAATACCTTTTTTAAAAAATCAA-TAATTTATCTTAAAAGTTC  245
      |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AATATTGTAATAC--TTTTTAAAAAATCAATTAATTTATTTTAAAAGTTC  234

seq1  TGAATTGGACAGTGTTGCATTTTTAGAGATTTAAAACAGTCAAACCTACT  295
      |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAATTGGACAGTG-TGCATTTTAGAAGATTTAAAACAGTCAAACC-ACT  282

seq1  TTTGCACATATTCTCTGTGATGTCTACTAAAATCCATTGATATAAGGGTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACATATTCTCTGTGATGTCTACTAAAATCCATTGATATAAGGGTC  332

seq1  TTTCTCCAGTGATGTCACATTATAATGATTACAGTGCAATGTGATTAATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAGTGATGTCACATTATAATGATTACAGTGCAATGTGATTAATG  382

seq1  GATATTTATCAAAACTATTTACTATGCTTTCTTTGTTCCCTTTGTACTGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTATCAAAACTATTTACTATGCTTTCTTTGTTCCCTTTGTACTGT  432

seq1  TCCATAATATGCCATTTTGCCATTTAACCATTTTATTATTGTCTTATCAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAATATGCCATTTTGCCATTTAACCATTTTATTATTGTCTTATCAA  482

seq1  ATGATGGCTGTGCTCGTTACAGCAGTGACCTATTCATTATATACAAAAAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCTGTGCTCGTTACAGCAGTGACCTATTCATTATATACAAAAAC  532

seq1  TCATGTCCAGGACCTTATATGAACATTTTCTATGATTTTAAATGTATGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCAGGACCTTATATGAACATTTTCTATGATTTTAAATGTATGTC  582

seq1  CAAAATATAATTTTAATTGATTACAATATTTTAATCATGTTTAAAGCTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAATTTTAATTGATTACAATATTTTAATCATGTTTAAAGCTAA  632

seq1  CTGCTTTCAAGGATTTTTATTTAACCTTCTACTAAGAATAGCTTCAGGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCAAGGATTTTTATTTAACCTTCTACTAAGAATAGCTTCAGGAA  682

seq1  CATAGGGATGTTCTAGCTAGGTACATAATAAGATTTATAATATTTTGATT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGATGTTCTAGCTAGGTACATAATAAGATTTATAATATTTTGATT  732

seq1  GTGATAACTTCAATAGCTTCATTAGTAGATTTTATTTTCACATACATATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAACTTCAATAGCTTCATTAGTAGATTTTATTTTCACATACATATG  782

seq1  TGACATCTGTGTAATATTTTAAAATGTACTTTTCAATCTAGTGTCTTACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTGTGTAATATTTTAAAATGTACTTTTCAATCTAGTGTCTTACT  832

seq1  ATGTAGTTTGAGACTTAAACATGTGATTTTTCTCCTTCAGCTGCCTAAGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTTTGAGACTTAAACATGTGATTTTTCTCCTTCAGCTGCCTAAGC  882

seq1  ACAAAGATTACAGGACTGTACTGTGATTAAGGTCTTTATGGGAAATGAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATTACAGGACTGTACTGTGATTAAGGTCTTTATGGGAAATGAGG  932

seq1  TTTCATCTATTTGGTTCAAATTCTGGTTATGGTCTTTGCTTGTTTCAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTATTTGGTTCAAATTCTGGTTATGGTCTTTGCTTGTTTCAGTT  982

seq1  TGCTATTGAATTTTAAAGATTTAAAATATACTCTAAACATGAGTTCCTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTGAATTTTAAAGATTTAAAATATACTCTAAACATGAGTTCCTAT  1032

seq1  TGGATTGTTGTACTACAAAGATTTTCAGCCTGTCTGCCATTCTCTTTTCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTTGTACTACAAAGATTTTCAGCCTGTCTGCCATTCTCTTTTCA  1082

seq1  TGATAACATGGGCTTTCAGAGAATGTAGTGACTATTACTAGTTGTCAACT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACATGGGCTTTCAGAGAATGTAGTGACTATTACTAGTTGTCAACT  1132

seq1  TGACTATATCTGGAATGAACTACAATCCAGAATTAGAAGGCTCACCAGTA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATATCTGGAATGAACTACAATCCAGAATTAGAAGGCTCACCAGTA  1182

seq1  ATCCTAATCTGAAGGTTGGGAGATACAGATTTCTGACCTGGATCTTGGCA  1245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAATCTGAAGGTTGGGAGATACAGATTTCTGACCTGGATCTTGGCA  1232

seq1  TGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCAATGAATTC  1277
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCAATGAATTC  1264

seq1: chr15_49118976_49119915
seq2: B6Ng01-072D10.g_237_1173

seq1  GAAAAAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGAGTGCAGGCTTGTACAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGAGTGCAGGCTTGTACAACC  50

seq1  ACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAACTGGACATAGTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAACTGGACATAGTACTAC  100

seq1  CGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGCCCCA  150

seq1  ACAGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTAT  200

seq1  AATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCTAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCTAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGGA  250

seq1  TACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAA  300

seq1  AAGAATGAATTTATGAAGTTCCTAGCCAAATGGATGGACCTGGAGGGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGAATTTATGAAGTTCCTAGCCAAATGGATGGACCTGGAGGGCAT  350

seq1  CATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGAAACTCACACAATATGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAAAGAAACTCACACAATATGTATT  400

seq1  CACTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAACCTAGGATACCCAAGATATAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAACCTAGGATACCCAAGATATAAGA  450

seq1  TATAATTTGTTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGACTGAAGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTGTTAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGACTGAAGTTTT  500

seq1  AAATTTCATGAAGGAGAACATAATAGGATTTAACAGGTCATGAGGCTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCATGAAGGAGAACATAATAGGATTTAACAGGTCATGAGGCTACC  550

seq1  TACAAAGAGAGTCATATATTTCCAATGGATGAAAAAAAAATTTACAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGAGAGTCATATATTTCCAATGGATGAAAAAAAAATTTACAAAAT  600

seq1  AAAATGCTCACGTGAACAGGAGGCTTTAAACCGAAGTGACAGAATTTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTCACGTGAACAGGAGGCTTTAAACCGAAGTGACAGAATTTAGT  650

seq1  TGGCATTCCTCTTTCTCCTCAAGATAAAGGTGAAAGCTTTTGCTACTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTCCTCTTTCTCCTCAAGATAAAGGTGAAAGCTTTTGCTACTACA  700

seq1  TCAAGGGAAGGCTGTAGGATGTGTTAAAACTACTCCAAATGATGGAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGAAGGCTGTAGGATGTGTT-AAACTACTCCAAATGATGGAGAAT  749

seq1  TTCAGGGCTTCTCCAGAGTTATCATGCTTAAATGACAGAAAGATGTACA-  799
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTC-GGGCTTCTCCAGAGTTATCATGCTTAAATGACAGAAAGATGTACAC  798

seq1  CACATGTGAAAGGCTGAGGTTGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGTAG-TG  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
seq2  CACATGTGAAAGGCTGAGGTTGAACACTCCTCCATTGTTGAT-GTAGTTG  847

seq1  CAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTC-TGGCGGTTCCTCAGAAAA  897
      |||   ||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  CAG--CTGTACAACCCCTCTGG-AATTAGTCTTGGCGGTTCCTCAGAAAA  894

seq1  CTGGACATAGTACTAACGGAGGATCCAGCAATACCT-CTCCTGG  940
      ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGGACATAGTACTAAC-GAAGATCCAGCAATACCTCCTCCTGG  937