BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073B04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 19,384,384 - 19,514,526
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666875, LOC621884
Upstream geneLOC666839, Cdh10, EG666857
Downstream geneLOC100040265
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073B04.bB6Ng01-073B04.g
ACCDH890309DH890310
length1,1651,089
definitionDH890309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073B04, 5' end.DH890310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,513,378 - 19,514,526)(19,384,384 - 19,385,471)
sequence
gaattctcatcattaagacttaagaagtcatctatttttctatatagaat
cactacaagacagtacatctttgtagatttccagacttggacttaaaagg
gtgggctagtacctagtgattgtaatatatgtttaataataaatgaaaag
catattaatatcaagaatctttcctaaaatatattctcttaggtccttgt
ctataagagcaaatctgttatggattaatctgaagtcgaccatctcagga
agatcacctgctggctatttggttgtcctattatggtgcctgacatattt
cttaagagatttattgatttccaatgtaaaagttttttaccatatttata
tgattagatttaaggtcatcttcttatacttcaccagtattaggatatcc
agagcctactgtagcaagatagctgagctatggatgtgccactaactcca
ctgctcttgttgattgtgttttcattctgatctttagccatccagatgtc
tatctagtgttggctgaatgatcctggtgccatcaagactcataaagaag
gcagggagatccatttaatagacaatggaggacatggttcagggctcagc
tcatctactctgtctatatctcaggtggacctgactgacaagggattggt
aggagaggattctaagctgtaactgactttcaatgggaagtggacactct
tggtgtcccaaacagatccttagaagttcagggcaagctcaaagtcagag
aatttggatcaggagatcttataaagctcacttattctggctacctatat
atttatatttttaaatatgtggaaggtaaaagataaaagaatgtacaaaa
ataagcaaaatagtgttgcccataaacacccagctacatggattattttg
ttttatgttgagttcagtttgatgtttctttttccatttgtaaaattaca
gcattgggtattatccaactcccacatatgttaagcaacaataaatacta
agccaaataaccaggttctaaaatgtattcctcccacttagtggttgata
attgacaataaaaacttatagtaatatgttctgtttttccttgaagacac
ctgtcctgttaattatacttaatatccagcttccctgatgtcgatgatta
tctatctaaatgaaa
gaattctttacaaggtattagtttacgcagatgccctggttctgcgattc
cctctccctataggtcacagtgagcgggtttcttcagaagagcctgttgg
gctgagagtgctgagccccagggtcagaagcagaactggaaagtctccaa
tacatgctgcttccatgtttccaggctgggcagcagggaggacaggccca
ttacgtgccagggctctccgtcagacaccatggaggtttggtaggacagc
agctgtacacccgcctctgccagaaggccgatcatagtgggcagcatcac
agggttggagggctgatcccggaatatgagcaggggttggcccctgtgta
gtggcacctctggtctgaagacagctccgttgagcatctgcagcattggt
gtggtgccctggatcaagcccacagcttggtagggggcacctgccagggc
catagtcaggaggcattccccgctgccctgctcccctggaacactagggt
tgtgggaggtggtgactttgaggccagcctctttcaccagtagcttagcg
ttcaccaagttcacgtctgcctaattagatgcttctctcggaaggccgaa
aatgactgcagggctcaggcaggtcccagcattcttcagagatgttcctt
gtgtaaccacctggatggtccctttaggggagccagcccaggcgtgcatc
agcgtgcccaatgcttctgccagaccaattcaaggcttggtgtgtagaga
gaaggcaatggtgagggcctgggcgttcacaacacctgttagagatttcc
ccttcaccatgtccacaaactggactgcgatttcctccccacagcggctc
tgggcttccttggtgctggcacccaggtggggacagctgatgacattctc
gtggtccactaaggcccggtcctgtggtggcgcttctgtaaacacatcca
gtgcagccccagcacactgaccagactgcagggcacgcagcagggcactt
tatcacaattgctctctcagagacaggtctacccaccgcatgccttttct
tacttgagacaaaggggcggtcattccacaagcctgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_19513378_19514526
seq2: B6Ng01-073B04.b_75_1207 (reverse)

seq1  TTTCATTTTAGATTAGATAATCCATCTGACCATCAGTGAAAGCTGGATAT  50
      ||||| |||||| |||||||| |||| || |||||| | |||||||||||
seq2  TTTCA-TTTAGA-TAGATAAT-CATC-GA-CATCAG-GGAAGCTGGATAT  44

seq1  TAAAATGATTAATTTAACAGGACAGTGTGCTTTCAA-GAAAAACATGAAC  99
      |||   |  ||| |||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||
seq2  TAA---GTATAA-TTAACAGGACAG-GTGTCTTCAAGGAAAAACA-GAAC  88

seq1  ATATTACTATAAGTTATTATTGTCAATTATCAACCACTAAGTGGGAGGAA  149
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTATAAGTTTTTATTGTCAATTATCAACCACTAAGTGGGAGGAA  138

seq1  TACATTTTAGAACCTGGTTATTTGGCTTAGTATTTATTGTTGCTTAACAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTAGAACCTGGTTATTTGGCTTAGTATTTATTGTTGCTTAACAT  188

seq1  ATGTGGGAGTTGGATAATACCCAATGCTGTAATTTTTACAAATGGAAAAA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGAGTTGGATAATACCCAATGCTGTAA-TTTTACAAATGGAAAAA  237

seq1  GAAACATTCAAACTGAACTCAACATAAAAACAAAATAATCCATGTAGCTG  299
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACA-TCAAACTGAACTCAACAT-AAAACAAAATAATCCATGTAGCTG  285

seq1  GGTGTTTATGGGCAACACTATTTTGCCTTATTTTTTGTACATTCTTTTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTATGGGCAACACTATTTTG-CTTA-TTTTTGTACATTCTTTTAT  333

seq1  CTTTTACCTTCCACATATTTAAAAATATAAATATATAGGTAGCCAGAATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACCTTCCACATATTTAAAAATATAAATATATAGGTAGCCAGAATA  383

seq1  AGTGAGCTTTATAAGATCTCCTGATCCAAATTCTCTGACTTTGAGCTTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTTTATAAGATCTCCTGATCCAAATTCTCTGACTTTGAGCTTGC  433

seq1  CCTGAACTTCTAAGGATCTGTTTGGGACACCAAGAGTGTCCACTTCCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTTCTAAGGATCTGTTTGGGACACCAAGAGTGTCCACTTCCCAT  483

seq1  TGAAAGTCAGTTACAGCTTAGAATCCTCTCCTACCAATCCCTTGTCAGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCAGTTACAGCTTAGAATCCTCTCCTACCAATCCCTTGTCAGTC  533

seq1  AGGTCCACCTGAGATATAGACAGAGTAGATGAGCTGAGCCCTGAACCATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCACCTGAGATATAGACAGAGTAGATGAGCTGAGCCCTGAACCATG  583

seq1  TCCTCCATTGTCTATTAAATGGATCTCCCTGCCTTCTTTATGAGTCTTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCATTGTCTATTAAATGGATCTCCCTGCCTTCTTTATGAGTCTTGA  633

seq1  TGGCACCAGGATCATTCAGCCAACACTAGATAGACATCTGGATGGCTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCAGGATCATTCAGCCAACACTAGATAGACATCTGGATGGCTAAA  683

seq1  GATCAGAATGAAAACACAATCAACAAGAGCAGTGGAGTTAGTGGCACATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAATGAAAACACAATCAACAAGAGCAGTGGAGTTAGTGGCACATC  733

seq1  CATAGCTCAGCTATCTTGCTACAGTAGGCTCTGGATATCCTAATACTGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTCAGCTATCTTGCTACAGTAGGCTCTGGATATCCTAATACTGGT  783

seq1  GAAGTATAAGAAGATGACCTTAAATCTAATCATATAAATATGGTAAAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATAAGAAGATGACCTTAAATCTAATCATATAAATATGGTAAAAAA  833

seq1  CTTTTACATTGGAAATCAATAAATCTCTTAAGAAATATGTCAGGCACCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACATTGGAAATCAATAAATCTCTTAAGAAATATGTCAGGCACCAT  883

seq1  AATAGGACAACCAAATAGCCAGCAGGTGATCTTCCTGAGATGGTCGACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGACAACCAAATAGCCAGCAGGTGATCTTCCTGAGATGGTCGACTT  933

seq1  CAGATTAATCCATAACAGATTTGCTCTTATAGACAAGGACCTAAGAGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAATCCATAACAGATTTGCTCTTATAGACAAGGACCTAAGAGAAT  983

seq1  ATATTTTAGGAAAGATTCTTGATATTAATATGCTTTTCATTTATTATTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAGGAAAGATTCTTGATATTAATATGCTTTTCATTTATTATTAA  1033

seq1  ACATATATTACAATCACTAGGTACTAGCCCACCCTTTTAAGTCCAAGTCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATTACAATCACTAGGTACTAGCCCACCCTTTTAAGTCCAAGTCT  1083

seq1  GGAAATCTACAAAGATGTACTGTCTTGTAGTGATTCTATATAGAAAAATA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCTACAAAGATGTACTGTCTTGTAGTGATTCTATATAGAAAAATA  1133

seq1: chr15_19384384_19385471
seq2: B6Ng01-073B04.g_69_1157

seq1  GAATTCTTTACAAGGTATTAGTTTACGCAGATGCCCTGGTTCTGCGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACAAGGTATTAGTTTACGCAGATGCCCTGGTTCTGCGATTC  50

seq1  CCTCTCCCTATAGGTCACAGTGAGCGGGTTTCTTCAGAAGAGCCTGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTATAGGTCACAGTGAGCGGGTTTCTTCAGAAGAGCCTGTTGG  100

seq1  GCTGAGAGTGCTGAGCCCCAGGGTCAGAAGCAGAACTGGAAAGTCTCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGTGCTGAGCCCCAGGGTCAGAAGCAGAACTGGAAAGTCTCCAA  150

seq1  TACATGCTGCTTCCATGTTTCCAGGCTGGGCAGCAGGGAGGACAGGCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTGCTTCCATGTTTCCAGGCTGGGCAGCAGGGAGGACAGGCCCA  200

seq1  TTACGTGCCAGGGCTCTCCGTCAGACACCATGGAGGTTTGGTAGGACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTGCCAGGGCTCTCCGTCAGACACCATGGAGGTTTGGTAGGACAGC  250

seq1  AGCTGTACACCCGCCTCTGCCAGAAGGCCGATCATAGTGGGCAGCATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACACCCGCCTCTGCCAGAAGGCCGATCATAGTGGGCAGCATCAC  300

seq1  AGGGTTGGAGGGCTGATCCCGGAATATGAGCAGGGGTTGGCCCCTGTGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGGAGGGCTGATCCCGGAATATGAGCAGGGGTTGGCCCCTGTGTA  350

seq1  GTGGCACCTCTGGTCTGAAGACAGCTCCGTTGAGCATCTGCAGCATTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACCTCTGGTCTGAAGACAGCTCCGTTGAGCATCTGCAGCATTGGT  400

seq1  GTGGTGCCCTGGATCAAGCCCACAGCTTGGTAGGGGGCACCTGCCAGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCCTGGATCAAGCCCACAGCTTGGTAGGGGGCACCTGCCAGGGC  450

seq1  CATAGTCAGGAGGCATTCCCCGCTGCCCTGCTCCCCTGGAACACTAGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCAGGAGGCATTCCCCGCTGCCCTGCTCCCCTGGAACACTAGGGT  500

seq1  TGTGGGAGGTGGTGACTTTGAGGCCAGCCTCTTTCACCAGTAGCTTAGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGGTGGTGACTTTGAGGCCAGCCTCTTTCACCAGTAGCTTAGCG  550

seq1  TTCACCAAGTTCACGTCTGCCTAATTAGATGCTTCTCTCGGAAGGCCGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAAGTTCACGTCTGCCTAATTAGATGCTTCTCTCGGAAGGCCGAA  600

seq1  AATGACTGCAGGGCTCAGGCAGGTCCCAGCATTCTTCAGAGATGTTCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGCAGGGCTCAGGCAGGTCCCAGCATTCTTCAGAGATGTTCCTT  650

seq1  GTGTAACCACCTGGATGGTCCCTTTAGGGGAGCCAGCCCAGGCGTGCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACCACCTGGATGGTCCCTTTAGGGGAGCCAGCCCAGGCGTGCATC  700

seq1  AGCGTGCCCAATGCTTCTGCCAGACCAATTCAAGGCTTGGTGTGTAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTGCCCAATGCTTCTGCCAGACCAATTCAAGGCTTGGTGTGTAGAGA  750

seq1  GAAGGCAATGGTGAGGGCCTGGGCGTTCACAACACCTGTTAGAGATTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAATGGTGAGGGCCTGGGCGTTCACAACACCTGTTAGAGATTTCC  800

seq1  CCTTCACCATGTCCACAAACTGGACTGCGATTTCCTCCCCACAGCGGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACCATGTCCACAAACTGGACTGCGATTTCCTCCCCACAGCGGCTC  850

seq1  TGGGCTTCCTTGGTGCTGGCACCCAGGTGGGGACAGCTGATGACATTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCCTTGGTGCTGGCACCCAGGTGGGGACAGCTGATGACATTCTC  900

seq1  GTGGTCCACTAAGGCCCGGTCCTGTGGTGGCGCTTCTGTAAACACATCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCACTAAGGCCCGGTCCTGTGGTGGCGCTTCTGTAAACACATCCA  950

seq1  GTGCAGCCCCAGCACACTGACCAGACTGCAGGGCACGCAGCAGGGCACCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGCAGCCCCAGCACACTGACCAGACTGCAGGGCACGCAGCAGGGCA-CT  999

seq1  TTATCCACAATGCCTC-CTC-GAGCACAGTTC-ACCACACGCATGCC-TT  1046
      |||| ||||||  ||| ||| ||| |||| || |||   |||||||| ||
seq2  TTAT-CACAATTGCTCTCTCAGAG-ACAGGTCTACCCACCGCATGCCTTT  1047

seq1  TCTTGCACTGAG-CAAAGGTGCTGTCATTCAGCAAGCCTGTGG  1088
      |||| |  |||| |||||| || |||||||  |||||||||||
seq2  TCTTAC-TTGAGACAAAGGGGCGGTCATTCCACAAGCCTGTGG  1089