BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079C19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 51,247,356 - 51,362,732
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrps1, LOC100039644
Downstream geneLOC100039662, Eif3s3, LOC100039679, D530033C11Rik, Rad21, Aard, LOC100039720, LOC665219, Slc30a8, LOC100039748
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079C19.bB6Ng01-079C19.g
ACCDH894663DH894664
length1,1531,093
definitionDH894663|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079C19, 5' end.DH894664|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079C19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,247,356 - 51,248,259)(51,361,628 - 51,362,732)
sequence
agtagtattctggaagcttcatccctaccagattcaaccagaggagaaaa
gtaatcttcaatgattcccagctgtgaaccctgtgagctacaagatatat
ccagacatatatatgcttgtgagctactgatatatcaaaatatgtgtacc
ggtataatgatggtacaaacttcatgagagtaaacaaatacattctgatc
agatttacatcctattccagaagctaacttatagcattattaaacaagaa
cctaggagtaaacaggtcaagtcaagtaagtctaagagaaaatgtcttcc
tattattctactcagtcgacaaagaatttaactaactcaaaatgacttat
tgttatgcccacagatcaatgtatcacttaagcctcatttgtgaagcttc
tttttctagtagatggtaatggacacagaggtccagaattggccatgttg
taaaaaataacagactaaagaatgtttacatctgtatgaaacataaatgc
ttcaccctcttcccaaggcacagggaccattgctgaagaggacagagaaa
ggatgtaagggatgactacaaggaaacagtatcttctggacagggcaggg
aagctacataaacttgtaccatgcacatcatttgtgcatgctcaagtccc
agcatagagattggagttatacaaacaaacaaagaaaccactggctatgg
agctattgtcaagtgttagctgctgggaaatcaagaacgagttttctcta
aaaatgtatcccctgggaggttggtcacaatttattagaaacgatattgc
tccctttatagataatgacaaagtccctttttattaattgtaacacctct
tatgttatagcatgagttctataagttattgacaatgggagacaaggctg
aagttcagagatgaaacaatgatctgtcatacatggatctaacctactgt
atctgcctgatcctgacatgtataatttgaatgttctggcatatgataga
tctcagtgattctttagtctttgatggttttgttagataaaagattatga
agacttcagatggttttcaagctccaggttgaacattacaatttcgagat
agcttgttccacctgaatgtagaagcatgaaattctgtatcataggtctt
gtg
gaattcaggaggtggaggcagaaggatcaggaaattcatagtgccttaaa
aataaaaccaagaccaaaaaccaaaacaaagaaaaacaactgtttatgaa
cagaatttttatatgccattcaattttcttgactttgttttgtttaataa
gtgtaaaaaaaaattactagcttctgggctatccccaaactgagtgcaag
ttagattgctctgtctttagtgtctaggccattgttttttttccatccca
tgctttagatctgtgacctcaaaatattgcatcaaagtcaactgaaaaag
agttcttaggtgtgacttccaaggcctcccatttcgaaagtctagagtga
ggtgtagaatctgcatccttcagtagcaccatggatgcctctttacttat
gccagttagagttccaagtggagataaagcacacaccaaaattaagaagt
ctcacagagttgacaattcattagaatgtgggttagggacaagccagccg
taagatcatatcagaaatctagtgacatcagctgaaggtctgtatctgct
acacagaaggaatctgagaggaagattcattcgattttgggagagaggga
attgttgggaaggtcactggaagatcctgtgtctgtgatgttgaaggacc
ttccatcctaagacatttgcaagtatgggttggagagaggctgacgggca
agataagataattagaagagaagtgtagataggcaaaattatggataaaa
taacgcgtgttcatcttcttatccatggaatagtacttacacccccagtt
tctgctattaccatgactccaagcagtaatttcagacattaactacctcc
atggcaggagtgagctggctgtgaacattttgatatttgaggtgcaatgt
tatcagatgttctgacgaatacatggggctccagaggccatagggaattt
tatgtttgtatttgtttggtgtactagaaagaaagacataagctagttac
tctcatagcaatttcttcttattcttttatggtcctatcatgcccatatt
acagggccttaaatgcattagcccagaagaaggggatgcctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_51247356_51248259
seq2: B6Ng01-079C19.b_340_1214

seq1  AGTCTAAGAGAAAATGTCTTCCTATTATTCTACTCAGTCGACAAAGAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGAGAAAATGTCTTCCTATTATTCTACTCAGTCGACAAAGAATT  50

seq1  TAACTAACTCAAAATGACTTATTGTTATGCCCACAGATCAATGTATCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAACTCAAAATGACTTATTGTTATGCCCACAGATCAATGTATCACT  100

seq1  TAAGCCTCATTTGTGAAGCTTCTTTTTCTAGTAGATGGTAATGGACACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTCATTTGTGAAGCTTCTTTTTCTAGTAGATGGTAATGGACACAG  150

seq1  AGGTCCAGAATTGGCCATGTTGTAAAAAATAACAGACTAAAGAATGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAGAATTGGCCATGTTGTAAAAAATAACAGACTAAAGAATGTTTA  200

seq1  CATCTGTATGAAACATAAATGCTTCACCCTCTTCCCAAGGCACAGGGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTATGAAACATAAATGCTTCACCCTCTTCCCAAGGCACAGGGACC  250

seq1  ATTGCTGAAGAGGACAGAGAAAGGATGTAAGGGATGACTACAAGGAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGAAGAGGACAGAGAAAGGATGTAAGGGATGACTACAAGGAAACA  300

seq1  GTATCTTCTGGACAGGGCAGGGAAGCTACATAAACTTGTACCATGCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTCTGGACAGGGCAGGGAAGCTACATAAACTTGTACCATGCACAT  350

seq1  CATTTGTGCATGCTCAAGTCCCAGCATAGAGATTGGAGTTATACAAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGCATGCTCAAGTCCCAGCATAGAGATTGGAGTTATACAAACAA  400

seq1  ACAAAGAAACCACTGGCTATGGAGCTATTGTCAAGTGTTAGCTGCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAACCACTGGCTATGGAGCTATTGTCAAGTGTTAGCTGCTGGGA  450

seq1  AATCAAGAACGAGTTTTCTCTAAAAATGTATCCCCTGGGAGGTTGGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGAACGAGTTTTCTCTAAAAATGTATCCCCTGGGAGGTTGGTCAC  500

seq1  AATTTATTAGAAACGATATTGCTCCCTTTATAGATAATGACAAAGTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTAGAAACGATATTGCTCCCTTTATAGATAATGACAAAGTCCCT  550

seq1  TTTTATTAATTGTAACACCTCTTATGTTATAGCATGAGTTCTATAAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAATTGTAACACCTCTTATGTTATAGCATGAGTTCTATAAGTTA  600

seq1  TTGACAATGGGAGACAAGGCTGAAGTTCAAGAGATGAAACAATGATCTGT  650
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAATGGGAGACAAGGCTGAAGTTC-AGAGATGAAACAATGATCTGT  649

seq1  CATACATGGATCTAACCTAACTGTATCTGCCTGATCCTGACATGTATAAT  700
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGGATCTAACCT-ACTGTATCTGCCTGATCCTGACATGTATAAT  698

seq1  TTGAATGTTCTTGGCATATGATAGAATCTCAGGGTGATTCTTTAGTCTTT  750
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||
seq2  TTGAATGTTC-TGGCATATGATAG-ATCTCA--GTGATTCTTTAGTC-TT  743

seq1  TGATTGGGTTTTGTTAGATAAAAAGGAATAATGAAAGACTTTCAGATGGT  800
      ||||  |||||||||||||||||    || ||| ||||| ||||||||||
seq2  TGAT--GGTTTTGTTAGATAAAA---GATTATG-AAGAC-TTCAGATGGT  786

seq1  TTTCAAAGCTCCCAGGGTTGAACATTAACCAAATTATCGAGATAGCTTGT  850
      |||| |||||||   ||||||||||||  |||  | ||||||||||||||
seq2  TTTC-AAGCTCC--AGGTTGAACATTA--CAA--TTTCGAGATAGCTTGT  829

seq1  TCCATCACTGAAAATGTTAGAAGCATGAAATTCGTGGTATCATAGGTACT  900
      ||||   |||  |||| ||||||||||||||||   ||||||||||| ||
seq2  TCCA--CCTG--AATG-TAGAAGCATGAAATTC--TGTATCATAGGT-CT  871

seq1  TGTG  904
      ||||
seq2  TGTG  875

seq1: chr15_51361628_51362732
seq2: B6Ng01-079C19.g_67_1159 (reverse)

seq1  TCAGGCATCCCCTTCTTCTTGGGCTAAATTGCATTATATGGCCCTGT-AT  49
      |||||||||||||||||| ||||||||  |||||| || |||||||| ||
seq2  TCAGGCATCCCCTTCTTC-TGGGCTAA--TGCATT-TAAGGCCCTGTAAT  46

seq1  ATGGGCATTGATAGGACCATAAAAGAATTAAAGAAGAAAATTGCTATGAG  99
      ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||
seq2  ATGGGCA-TGATAGGACCATAAAAGAAT--AAGAAG-AAATTGCTATGAG  92

seq1  AGTAAACTAAGCTTATGTCTTTCTTTCTAGTACACCAAACAAATACAAAC  149
      ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-AACT-AGCTTATGTCTTTCTTTCTAGTACACCAAACAAATACAAAC  140

seq1  ATTAAAAATTCCCTATGGCCTCTGGAGCCCCATGTATTCGTCAGAACATC  199
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT--AAAATTCCCTATGGCCTCTGGAGCCCCATGTATTCGTCAGAACATC  188

seq1  TGATAACATTGCACCTCAAAATATCAAAATGTTCACAGCCAGCTCACTCC  249
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACATTGCACCTC-AAATATCAAAATGTTCACAGCCAGCTCACTCC  237

seq1  TGCCATGGAGGTAGTTAATGTCTGAAATTACTGCTTGGAGTCATGGTAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGAGGTAGTTAATGTCTGAAATTACTGCTTGGAGTCATGGTAAT  287

seq1  AGCAGAAACTGGGGGTGTAAGTACTATTCCATGGATAAGAAGATGAACAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAACTGGGGGTGTAAGTACTATTCCATGGATAAGAAGATGAACAC  337

seq1  GCGTTATTTTATCCATAATTTTGCCTATCTACACTTCTCTTCTAATTATC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTATTTTATCCATAATTTTGCCTATCTACACTTCTCTTCTAATTATC  387

seq1  TTATCTTGCCCGTCAGCCTCTCTCCAACCCATACTTGCAAATGTCTTAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGCCCGTCAGCCTCTCTCCAACCCATACTTGCAAATGTCTTAGG  437

seq1  ATGGAAGGTCCTTCAACATCACAGACACAGGATCTTCCAGTGACCTTCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGTCCTTCAACATCACAGACACAGGATCTTCCAGTGACCTTCCC  487

seq1  AACAATTCCCTCTCTCCCAAAATCGAATGAATCTTCCTCTCAGATTCCTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTCCCTCTCTCCCAAAATCGAATGAATCTTCCTCTCAGATTCCTT  537

seq1  CTGTGTAGCAGATACAGACCTTCAGCTGATGTCACTAGATTTCTGATATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCAGATACAGACCTTCAGCTGATGTCACTAGATTTCTGATATG  587

seq1  ATCTTACGGCTGGCTTGTCCCTAACCCACATTCTAATGAATTGTCAACTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACGGCTGGCTTGTCCCTAACCCACATTCTAATGAATTGTCAACTC  637

seq1  TGTGAGACTTCTTAATTTTGGTGTGTGCTTTATCTCCACTTGGAACTCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGACTTCTTAATTTTGGTGTGTGCTTTATCTCCACTTGGAACTCTA  687

seq1  ACTGGCATAAGTAAAGAGGCATCCATGGTGCTACTGAAGGATGCAGATTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCATAAGTAAAGAGGCATCCATGGTGCTACTGAAGGATGCAGATTC  737

seq1  TACACCTCACTCTAGACTTTCGAAATGGGAGGCCTTGGAAGTCACACCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTCACTCTAGACTTTCGAAATGGGAGGCCTTGGAAGTCACACCTA  787

seq1  AGAACTCTTTTTCAGTTGACTTTGATGCAATATTTTGAGGTCACAGATCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTTTTTCAGTTGACTTTGATGCAATATTTTGAGGTCACAGATCT  837

seq1  AAAGCATGGGATGGAAAAAAAACAATGGCCTAGACACTAAAGACAGAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGGGATGGAAAAAAAACAATGGCCTAGACACTAAAGACAGAGCA  887

seq1  ATCTAACTTGCACTCAGTTTGGGGATAGCCCAGAAGCTAGTAATTTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACTTGCACTCAGTTTGGGGATAGCCCAGAAGCTAGTAATTTTTTT  937

seq1  TTACACTTATTAAACAAAACAAAGTCAAGAAAATTGAATGGCATATAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTTATTAAACAAAACAAAGTCAAGAAAATTGAATGGCATATAAAA  987

seq1  ATTCTGTTCATAAACAGTTGTTTTTCTTTGTTTTGGTTTTTGGTCTTGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTCATAAACAGTTGTTTTTCTTTGTTTTGGTTTTTGGTCTTGGT  1037

seq1  TTTATTTTTAAGGCACTATGAATTTCCTGATCCTTCTGCCTCCACCTCCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTAAGGCACTATGAATTTCCTGATCCTTCTGCCTCCACCTCCT  1087

seq1  GAATTC  1105
      ||||||
seq2  GAATTC  1093