BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089L22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 95,323,113 - 95,510,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNell2, Dbx2
Upstream genePus7l, Irak4, Twf1, Tmem117, LOC100043315
Downstream geneLOC100042684, LOC667849, EG629300, LOC667864, Tmem16f, LOC100043329, D030018L15Rik, LOC100043335, EG667869, LOC667874, LOC667894, Arid2, Sfrs2ip, Slc38a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089L22.bB6Ng01-089L22.g
ACCDH902242DH902243
length966773
definitionDH902242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089L22, 5' end.DH902243|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089L22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,509,980 - 95,510,948)(95,323,113 - 95,323,883)
sequence
gaattctacactctctccgcaaaccgcaggaagcacatttattttatcat
gtccaacgtgtactgggctgtgtcctgggctgtaaggaagatgtcaaaag
caaggggaaagtcatgattatttcattagatgaaggaacgttgagcctct
atataatttaaactccttttggtaaaatggcaatgagttaggaataagta
actattgataaaaaaaaaaaaaaaaaagcacagcgatggcaatatactcc
atatagagttgatgcttaccttcagaattttctacttaatattctacaac
tatgtttggccctgggtaagtggaaccacagacatcaaatccgcaggaaa
gggacctggctgtgtgctcccttgcagtactgaccccagagtctttggca
cactcttgacaagattcacagcaattcccgacaaaaatcgagaagtcact
gaataagctaaaaccattggcttactcttataaaagaattatttataata
ttgaaggattaaaaaaaaaaactagtctcaccatgcctttgaaagaattc
aagagctgctcatcagcttcgaggacccgggatatgcgtacaaaccacga
aaggtttataataggaagaataaatgccagtaagcagaaaagggggcaca
aaacacaaagacacgtttaaaaataaaacagccacgtcttaaaataaaag
tcagcagcaaagctgaaaccataaaatacgcccattcagggaaaaagatc
ttaaacagtgaaatcaactcatttcacctcattaaggacttacactcatg
tatgtgcatactgttcaagtaatcatagcaaagtaattgtctggcagttg
tttggatacaagccgaaatgtttaactaagtcaaatctcctgaaatattt
taagatcgtttaaccaccatccccctttctatgtgtgtgtgtatatgtgt
gtatatgtatggtgtg
gaattcttttacaaaggtgctgttctaaattaattgtccatttgacagaa
tctagattctgggtgtctgggcacaattgtgatggctcatgtagactgtg
ttaaatgaggtggtaagactcgtctgaattgtgatgggactatttcctgt
gcatggcatcctggatggtaagacggaggaagcaaggtgagcacaggtgg
gcactcactgctctctgcttgttcctggtgatgtgacataacgtgacatg
atgtgatgtgatgtggcatggtgtgattggaagtagtgcactatgacatg
acatgacttggcgtgatgtgacgtgaccagctgccttcagctcctgcaac
cttggtttccctgtcattagattgaacctagaaccgtgtgccagaataac
ccctttctctctcaggctgcttttgttagcgtagtttatcacagacaact
agattgcccccaaggctgtaagaggttttcataatgaaactattgaaaaa
gaaattaagacttcttgtcatgctgtcctggatggttttaggtcaagttt
cacataaactagagtcatcagagaggagggaacctcaattgaaaaaaaat
gtctccatgggaccaggctgtagctaagcctgtaggaaattttcctaatt
agtgactgatgggggaaggtgaagcccaatgtgggcagagccatccctag
gctggtggttctagattctgcaagagagcagatgagcaggccatggggag
caagcccagtaagcagcacccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_95509980_95510948
seq2: B6Ng01-089L22.b_47_1012 (reverse)

seq1  CACACACATACATATACACACATATACACACACACATAGAAAGGGGGATG  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAC-CATACATATACACACATATACACACACACATAGAAAGGGGGATG  49

seq1  GTGGTTAAACGAATCTTAAAATATTTCAGGAGATTTGACTTAGTTAAACA  100
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTAAACG-ATCTTAAAATATTTCAGGAGATTTGACTTAGTTAAACA  98

seq1  TTTCGGCTTGTATCCCAACAACTGCCAGACAATTACTTTGCTATGATTTA  150
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCGGCTTGTATCCAAACAACTGCCAGACAATTACTTTGCTATGA-TTA  147

seq1  CTTGAACAGTATGCACATACATGAGTGTAAGTCCTTAATGAGGTGAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACAGTATGCACATACATGAGTGTAAGTCCTTAATGAGGTGAAATG  197

seq1  AGTTGATTTCACTGTTTAAGATCTTTTTCCCTGAATGGGCGTATTTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATTTCACTGTTTAAGATCTTTTTCCCTGAATGGGCGTATTTTATG  247

seq1  GTTTCAGCTTTGCTGCTGACTTTTATTTTAAGACGTGGCTGTTTTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGCTTTGCTGCTGACTTTTATTTTAAGACGTGGCTGTTTTATTTT  297

seq1  TAAACGTGTCTTTGTGTTTTGTGCCCCCTTTTCTGCTTACTGGCATTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGTGTCTTTGTGTTTTGTGCCCCCTTTTCTGCTTACTGGCATTTAT  347

seq1  TCTTCCTATTATAAACCTTTCGTGGTTTGTACGCATATCCCGGGTCCTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTATTATAAACCTTTCGTGGTTTGTACGCATATCCCGGGTCCTCG  397

seq1  AAGCTGATGAGCAGCTCTTGAATTCTTTCAAAGGCATGGTGAGACTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATGAGCAGCTCTTGAATTCTTTCAAAGGCATGGTGAGACTAGTT  447

seq1  TTTTTTTTTAATCCTTCAATATTATAAATAATTCTTTTATAAGAGTAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAATCCTTCAATATTATAAATAATTCTTTTATAAGAGTAAGC  497

seq1  CAATGGTTTTAGCTTATTCAGTGACTTCTCGATTTTTGTCGGGAATTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTTTTAGCTTATTCAGTGACTTCTCGATTTTTGTCGGGAATTGCT  547

seq1  GTGAATCTTGTCAAGAGTGTGCCAAAGACTCTGGGGTCAGTACTGCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATCTTGTCAAGAGTGTGCCAAAGACTCTGGGGTCAGTACTGCAAGG  597

seq1  GAGCACACAGCCAGGTCCCTTTCCTGCGGATTTGATGTCTGTGGTTCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACACAGCCAGGTCCCTTTCCTGCGGATTTGATGTCTGTGGTTCCAC  647

seq1  TTACCCAGGGCCAAACATAGTTGTAGAATATTAAGTAGAAAATTCTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAGGGCCAAACATAGTTGTAGAATATTAAGTAGAAAATTCTGAAG  697

seq1  GTAAGCATCAACTCTATATGGAGTATATTGCCATCGCTGTGCTTTTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCATCAACTCTATATGGAGTATATTGCCATCGCTGTGCTTTTTTTT  747

seq1  TTTTTTTTTTATCAATAGTTACTTATTCCTAACTCATTGCCATTTTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTATCAATAGTTACTTATTCCTAACTCATTGCCATTTTACCA  797

seq1  AAAGGAGTTTAAATTATATAGAGGCTCAACGTTCCTTCATCTAATGAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTTTAAATTATATAGAGGCTCAACGTTCCTTCATCTAATGAAAT  847

seq1  AATCATGACTTTCCCCTTGCTTTTGACATCTTCCTTACAGCCCAGGACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGACTTTCCCCTTGCTTTTGACATCTTCCTTACAGCCCAGGACAC  897

seq1  AGCCCAGTACACGTTGGACATGATAAAATAAATGTGCTTCCTGCGGTTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGTACACGTTGGACATGATAAAATAAATGTGCTTCCTGCGGTTTG  947

seq1  CGGAGAGAGTGTAGAATTC  969
      |||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAGAGTGTAGAATTC  966

seq1: chr15_95323113_95323883
seq2: B6Ng01-089L22.g_71_843

seq1  GAATTCTTTTACAAAGGTGCTGTTCTAAATTAATTGTCCATTTGACAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACAAAGGTGCTGTTCTAAATTAATTGTCCATTTGACAGAA  50

seq1  TCTAGATTCTGGGTGTCTGGGCACAATTGTGATGGCTCATGTAGACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATTCTGGGTGTCTGGGCACAATTGTGATGGCTCATGTAGACTGTG  100

seq1  TTAAATGAGGTGGTAAGACTCGTCTGAATTGTGATGGGACTATTTCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGAGGTGGTAAGACTCGTCTGAATTGTGATGGGACTATTTCCTGT  150

seq1  GCATGGCATCCTGGATGGTAAGACGGAGGAAGCAAGGTGAGCACAGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCATCCTGGATGGTAAGACGGAGGAAGCAAGGTGAGCACAGGTGG  200

seq1  GCACTCACTGCTCTCTGCTTGTTCCTGGTGATGTGACATAACGTGACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCACTGCTCTCTGCTTGTTCCTGGTGATGTGACATAACGTGACATG  250

seq1  ATGTGATGTGATGTGGCATGGTGTGATTGGAAGTAGTGCACTATGACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGTGATGTGGCATGGTGTGATTGGAAGTAGTGCACTATGACATG  300

seq1  ACATGACTTGGCGTGATGTGACGTGACCAGCTGCCTTCAGCTCCTGCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACTTGGCGTGATGTGACGTGACCAGCTGCCTTCAGCTCCTGCAAC  350

seq1  CTTGGTTTCCCTGTCATTAGATTGAACCTAGAACCGTGTGCCAGAATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTCCCTGTCATTAGATTGAACCTAGAACCGTGTGCCAGAATAAC  400

seq1  CCCTTTCTCTCTCAGGCTGCTTTTGTTAGCGTAGTTTATCACAGACAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTCTCTCAGGCTGCTTTTGTTAGCGTAGTTTATCACAGACAACT  450

seq1  AGATTGCCCCCAAGGCTGTAAGAGGTTTTCATAATGAAACTATTGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCCCCCAAGGCTGTAAGAGGTTTTCATAATGAAACTATTGAAAAA  500

seq1  GAAATTAAGACTTCTTGTCATGCTGTCCTGGATGGTTTTAGGTCAAG-TT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GAAATTAAGACTTCTTGTCATGCTGTCCTGGATGGTTTTAGGTCAAGTTT  550

seq1  CACATAAACTAGAGTCATCAGAGAGGAGGGAACCTCAATTG-AAAAAAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACATAAACTAGAGTCATCAGAGAGGAGGGAACCTCAATTGAAAAAAAAT  600

seq1  GTCTCCATGGGACCAGGCTGTAGCTAAGCCTGTAGGAAATTTTCCTAATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATGGGACCAGGCTGTAGCTAAGCCTGTAGGAAATTTTCCTAATT  650

seq1  AGTGACTGATGGGGGAAGGTGAAGCCCAATGTGGGCAGAGCCATCCCTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGATGGGGGAAGGTGAAGCCCAATGTGGGCAGAGCCATCCCTAG  700

seq1  GCTGGTGGTTCTAGATTCTGCAAGAGAGCAGGATGAGCAGGCCATGGGGA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGTTCTAGATTCTGCAAGAGAGCA-GATGAGCAGGCCATGGGGA  749

seq1  GCAAG-CCAGTAAGCAGCACCCCT  771
      ||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCCAGTAAGCAGCACCCCT  773