BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094A11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 78,926,204 - 79,131,990
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700088E04Rik, Polr2f, Sox10, LOC100041655, Pick1, Slc16a8, Baiap2l2, Pla2g6
Upstream geneCacng2, Rabl4, Pvalb, Ncf4, Csf2rb2, Csf2rb1, 1700061J05Rik, Tst, Mpst, Kctd17, Tmprss6, Il2rb, C1qtnf6, Sstr3, EG626952, Rac2, Pscd4, Lrrc62, Mfng, Card10, LOC641104, LOC100041601, Cdc42ep1, Lgals2, Gga1, Sh3bp1, Pdxp, Lgals1, Nol12, Triobp, H1f0, Gcat, Galr3, LOC100042603, Ankrd54, Eif3s6ip
Downstream geneMaff, 4732495E13Rik, Csnk1e, LOC675798, LOC100041676, Kcnj4, Kdelr3, Ddx17, Dmc1, 4933432B09Rik, Pgea1, Tomm22, Josd1, Gtpbp1, Unc84b, Dnalc4, Npcd, Nptxr, Cbx6, LOC100042748, Apobec3, Cbx7, Pdgfb, Rpl3, Syngr1, Map3k7ip1, Mgat3, EG666948, Smcr7l, Atf4, Rps19bp1, Cacna1i
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094A11.bB6Ng01-094A11.g
ACCDH905356DH905357
length1,0831,057
definitionDH905356|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094A11, 5' end.DH905357|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,130,905 - 79,131,990)(78,926,204 - 78,927,266)
sequence
gaattctcttctgctgctaagggctggacccccccccccccgccacaatg
gtcttaatattcctgtcaggatcctaattcctaggccccggaacctttga
acagttccaaggcttgctcttgaggtgcaggcccctgtggccaggactag
ggctggccatctccacagcctccctttgttgtcatgtactgttgtccatt
ttggttcccctcttgttggaggccttcctgggaggaacagtcttctcact
tagcagattcccagtctgaggccccaaaaggtgaggtggcaaaggctgag
ttagagtgaaggctccccccaggcctctcaggggcgcacactcactgcag
gcccaaagagaagtcactcccatcaccagccacagctgctgctcctgtgg
ctcagaagcccagcttggaggtgtcagccactggggccacagcccccata
tttccatggtcactgctcacctatgccttggagacacacctaccccttta
gcatcctggctcttgcttccacggtgcctcctgcagccatacaccatttc
atgtgtttgtacatgtgcacgcacctccacagaggccaaggcagagcaac
tgtaccccagaggagaggactagcccctggccagaggaggacgaggaggt
ggactctccagtaggtagggtgtgcgcgctggaccagcgtctgaggagtt
aggagatccttgaaggacccacaggggagtgtgagcctcggcctctggcc
gaccttgctcttgccaggcccatcactgagtcttgcttatttcttcagcc
cttctggccagggttgcccagactccgatcatctgtgccactgcccctgc
tgcactctgagttcactgagtagccatgtgcctagttcagaagactcctt
cattggccctccctctcatacctgttggaagcagtgccgtgcagagccga
gctgccctgtcatggagctttgtccagaggtggagcatgagcaagatgct
tgcctcggaggccagcaggcagggagcttagcgaaaaagagcttgtttca
tctgtataatctaaggtacagtccatcactatg
gaattcataagcacctctctctctcccaccaatttgcctaattcctgcaa
gctattaatgtagccttatgtggaaggaggtctatgtggacaggtgttag
aatcttggttatccagatgggctctgatccagtgacggggatcttgcaag
acgcacagacattggagttccccagctgagagctacagaggctttctctc
ctggagagctgacctccatcttgatttcagggttttggctttctgaataa
tgtgacttctgctctacaagggaactgactaggcaccgctaggcaaggag
gaggtccatgtatggagaaaccagatcctacctgtggagcttaaactttg
acagggtgataaattatgcttgccaggacgatgataaaatctatggggaa
ttacaatgccacaaggatagttttgacccaggtatgcctgtaatccacac
tctagggaggctcaaagtggcaggtcagtgacagttcgagactaccttgc
atttgtgacaagatgaggggacacagtaataggggtcactttgagcagac
tactgaaggcagatattacagataacctggggaagtgttgacctgcagag
gaaacaggcactgaggccagagcacataattctaagggatcacagaagac
agcaagttggtgtggggatatgtggggagccagagactgtggggtctgtc
ggtggtggtaagggggtgaagccttagtgaggctggacggataccatacc
agagaggtaacagctctttgctaattccagagctaaagggtggaatttca
aagatgaacccaggtcagcccagtcttaaagacttgtcctgggactcagc
ccacttcccgaaggaaaaaggccaagggcattctctgccttaacagggaa
agtatccaagcgcttgtaaaacccttgggaattctccagctcttcatctg
tgacttgtagtagtgtcagctggtatgagatctgcaggctctggactccc
atcttcctgtccatgctatttctgagatggggggaggggagtgccttgac
tccttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_79130905_79131990
seq2: B6Ng01-094A11.b_46_1128 (reverse)

seq1  CATAGTGATGGACTGTAACCTAGAATTAT-CAGATGAAACAAGCTCCTTT  49
      ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CATAGTGATGGACTGTACCTTAG-ATTATACAGATGAAACAAGCT-CTTT  48

seq1  TTCGCTAAGCTCCCTTGCCTGCTGCCCTCCGAGGCAAGCATC-TGCTCAT  98
      |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCGCTAAGCTCCC-TGCCTGCTGGCCTCCGAGGCAAGCATCTTGCTCAT  97

seq1  GCTCCACCTCTGGACAAAGCTCCATGACAGGGCAGCTCGGCTCTGCACGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACCTCTGGACAAAGCTCCATGACAGGGCAGCTCGGCTCTGCACGG  147

seq1  CACTGGCTTCCAACAGGTATGAGAGGGAGGGCCAATGAAGGAGTCTTCTG  198
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACT-GCTTCCAACAGGTATGAGAGGGAGGGCCAATGAAGGAGTCTTCTG  196

seq1  AACTAGGCACATGGCTACTCAGTGAACTCAGAGTGCAGCAGGGGCAGTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGGCACATGGCTACTCAGTGAACTCAGAGTGCAGCAGGGGCAGTGG  246

seq1  CACAGATGATCGGAGTCTGGGCAACCCTGGCCAGAAGGGCTGAAGAAATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGATCGGAGTCTGGGCAACCCTGGCCAGAAGGGCTGAAGAAATA  296

seq1  AGCAAGACTCAGTGATGGGCCTGGCAAGAGCAAGGTCGGCCAGAGGCCGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGACTCAGTGATGGGCCTGGCAAGAGCAAGGTCGGCCAGAGGCCGA  346

seq1  GGCTCACACTCCCCTGTGGGTCCTTCAAGGATCTCCTAACTCCTCAGACG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACACTCCCCTGTGGGTCCTTCAAGGATCTCCTAACTCCTCAGACG  396

seq1  CTGGTCCAGCGCGCACACCCTACCTACTGGAGAGTCCACCTCCTCGTCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCAGCGCGCACACCCTACCTACTGGAGAGTCCACCTCCTCGTCCT  446

seq1  CCTCTGGCCAGGGGCTAGTCCTCTCCTCTGGGGTACAGTTGCTCTGCCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCCAGGGGCTAGTCCTCTCCTCTGGGGTACAGTTGCTCTGCCTT  496

seq1  GGCCTCTGTGGAGGTGCGTGCACATGTACAAACACATGAAATGGTGTATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGTGGAGGTGCGTGCACATGTACAAACACATGAAATGGTGTATG  546

seq1  GCTGCAGGAGGCACCGTGGAAGCAAGAGCCAGGATGCTAAAGGGGTAGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGAGGCACCGTGGAAGCAAGAGCCAGGATGCTAAAGGGGTAGGT  596

seq1  GTGTCTCCAAGGCATAGGTGAGCAGTGACCATGGAAATATGGGGGCTGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCCAAGGCATAGGTGAGCAGTGACCATGGAAATATGGGGGCTGTG  646

seq1  GCCCCAGTGGCTGACACCTCCAAGCTGGGCTTCTGAGCCACAGGAGCAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGTGGCTGACACCTCCAAGCTGGGCTTCTGAGCCACAGGAGCAGC  696

seq1  AGCTGTGGCTGGTGATGGGAGTGACTTCTCTTTGGGCCTGCAGTGAGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGCTGGTGATGGGAGTGACTTCTCTTTGGGCCTGCAGTGAGTGT  746

seq1  GCGCCCCTGAGAGGCCTGGGGGGAGCCTTCACTCTAACTCAGCCTTTGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCCCTGAGAGGCCTGGGGGGAGCCTTCACTCTAACTCAGCCTTTGCC  796

seq1  ACCTCACCTTTTGGGGCCTCAGACTGGGAATCTGCTAAGTGAGAAGACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACCTTTTGGGGCCTCAGACTGGGAATCTGCTAAGTGAGAAGACTG  846

seq1  TTCCTCCCAGGAAGGCCTCCAACAAGAGGGGAACCAAAATGGACAACAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCAGGAAGGCCTCCAACAAGAGGGGAACCAAAATGGACAACAGT  896

seq1  ACATGACAACAAAGGGAGGCTGTGGAGATGGCCAGCCCTAGTCCTGGCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACAACAAAGGGAGGCTGTGGAGATGGCCAGCCCTAGTCCTGGCCA  946

seq1  CAGGGGCCTGCACCTCAAGAGCAAGCCTTGGAACTGTTCAAAGGTTCCGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCTGCACCTCAAGAGCAAGCCTTGGAACTGTTCAAAGGTTCCGG  996

seq1  GGCCTAGGAATTAGGATCCTGACAGGAATATTAAGACCATTGTGGCGGGG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGCCTAGGAATTAGGATCCTGACAGGAATATTAAGACCATTGTGGC-GGG  1045

seq1  GGGGGGGGGGTCCAGCCCTTAGCAGCAGAAGAGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGTCCAGCCCTTAGCAGCAGAAGAGAATTC  1083

seq1: chr15_78926204_78927266
seq2: B6Ng01-094A11.g_68_1123

seq1  GAATTCATAAGCACCTCTCTCTCTCCCACCAATTTGCCTAATTCCTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGCACCTCTCTCTCTCCCACCAATTTGCCTAATTCCTGCAA  50

seq1  GCTATTAATGTAGCCTTATGTGGAAGGAGGTCTATGTGGACAGGTGTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAATGTAGCCTTATGTGGAAGGAGGTCTATGTGGACAGGTGTTAG  100

seq1  AATCTTGGTTATCCAGATGGGCTCTGATCCAGTGACGGGGATCTTGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGGTTATCCAGATGGGCTCTGATCCAGTGACGGGGATCTTGCAAG  150

seq1  ACGCACAGACATTGGAGTTCCCCAGCTGAGAGCTACAGAGGCTTTCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCACAGACATTGGAGTTCCCCAGCTGAGAGCTACAGAGGCTTTCTCTC  200

seq1  CTGGAGAGCTGACCTCCATCTTGATTTCAGGGTTTTGGCTTTCTGAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAGCTGACCTCCATCTTGATTTCAGGGTTTTGGCTTTCTGAATAA  250

seq1  TGTGACTTCTGCTCTACAAGGGAACTGACTAGGCACCGCTAGGCAAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTCTGCTCTACAAGGGAACTGACTAGGCACCGCTAGGCAAGGAG  300

seq1  GAGGTCCATGTATGGAGAAACCAGATCCTACCTGTGGAGCTTAAACTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCATGTATGGAGAAACCAGATCCTACCTGTGGAGCTTAAACTTTG  350

seq1  ACAGGGTGATAAATTATGCTTGCCAGGACGATGATAAAATCTATGGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTGATAAATTATGCTTGCCAGGACGATGATAAAATCTATGGGGAA  400

seq1  TTACAATGCCACAAGGATAGTTTTGACCCAGGTATGCCTGTAATCCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATGCCACAAGGATAGTTTTGACCCAGGTATGCCTGTAATCCACAC  450

seq1  TCTAGGGAGGCTCAAAGTGGCAGGTCAGTGACAGTTCGAGACTACCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGAGGCTCAAAGTGGCAGGTCAGTGACAGTTCGAGACTACCTTGC  500

seq1  ATTTGTGACAAGATGAGGGGACACAGTAATAGGGGTCACTTTGAGCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGACAAGATGAGGGGACACAGTAATAGGGGTCACTTTGAGCAGAC  550

seq1  TACTGAAGGCAGATATTACAGATAACCTGGGGAAGTGTTGACCTGCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGGCAGATATTACAGATAACCTGGGGAAGTGTTGACCTGCAGAG  600

seq1  GAAACAGGCACTGAGGCCAGAGCACATAATTCTAAGGGATCACAGAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGGCACTGAGGCCAGAGCACATAATTCTAAGGGATCACAGAAGAC  650

seq1  AGCAAGTTGGTGTGGGGATATGTGGGGAGCCAGAGACTGTGGGGTCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTGGTGTGGGGATATGTGGGGAGCCAGAGACTGTGGGGTCTGTC  700

seq1  GGTGGTGGTAAGGGGGTGAAGCCTTAGTGAGGCTGGACGGATACCATACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGTAAGGGGGTGAAGCCTTAGTGAGGCTGGACGGATACCATACC  750

seq1  AGAGAGGTAACAGCTCTTTGCTAATTCCAGAGCTAAAGGGTGGAA-TTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAGAGGTAACAGCTCTTTGCTAATTCCAGAGCTAAAGGGTGGAATTTCA  800

seq1  AAGATGAACCCAGGTCAGCCCAGTCTTAAAGACTTGTCCTGGGACTCAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGATGAACCCAGGTCAGCCCAGTCTTAAAGACTTGTCCTGGGACTCAG-  849

seq1  CCCACTTCCCGAAGGAAAAAGGCCAAGGGCATTCTCTGCCTTAACAGGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTCCCGAAGGAAAAAGGCCAAGGGCATTCTCTGCCTTAACAGGGA  899

seq1  AAGTATCCAAGCGCTTGTAAAACCCTTGGGAATTCTCCAGCCTCTTCATC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGTATCCAAGCGCTTGTAAAACCCTTGGGAATTCTCCAG-CTCTTCATC  948

seq1  TGTGACCTTGTAGTAGTGTCAGGCTGGAGTGAGGATCTGCCAGGCTCTGG  999
      ||||| ||||||||||||||| |||||  ||| |||||| ||||||||||
seq2  TGTGA-CTTGTAGTAGTGTCA-GCTGGTATGA-GATCTG-CAGGCTCTGG  994

seq1  ACTCCCCATCTTCCTGTCCAGTGCTAGTTTCTGA-CTGGGGGAGGGGCTG  1048
      ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||  |||  |
seq2  ACT-CCCATCTTCCTGTCCA-TGCTA-TTTCTGAGATGGGGGGAGGGGAG  1041

seq1  TGCTCTGACTCCTTA  1063
      |||  ||||||||||
seq2  TGCCTTGACTCCTTA  1056