BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-098B04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 12,209,110 - 12,360,597
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039846, Golph3, Pdzd2
Upstream geneAdamts12, Tars, LOC100039772, Npr3, LOC381002, Sub1, LOC100040027, Zfr, LOC100040052, LOC100040066, Mtmr12
Downstream geneLOC100040109, 6030458C11Rik, Rnasen, Cdh6, LOC100039907, LOC666686
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-098B04.bB6Ng01-098B04.g
ACCDH908265DH908266
length1,1501,189
definitionDH908265|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098B04, 5' end.DH908266|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-098B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,209,110 - 12,210,285)(12,359,415 - 12,360,597)
sequence
gaattccacttggacccttgcctgtgtgatggcactaattttaagatttt
ctctccttggtaaatcatgtctggaaacagcccttagacacaaagtagaa
gtgtgtctgactcacagacacttctcagtctagtcaggctgacgatcaag
gttaaccattgccctaacttaggtcagtttgtgacatgctataaaatata
caaggagtgcatgtatgattacagttactagacattctgtcatagttatg
gctgcagggctcctttcatctcagagagtctgtcctggctagttttatgt
caacttgacacaaagtagttatctaacaggagggagcttctgtaagatca
ggctagaagcaagcctgccgggcattttcttaattggtgattgatgaggc
gagcccagcccattgtgggtgattccatccctgggatggtggtcctgggt
tctataagaaagtagactgaacaagccatgaggagcaagccagtaagcag
catccctccatggtctccaggtccagtcctgtttgagttcctgtcctgac
ttcctttcagtgatcaacagtgctgtggaagtgtaagccaaacaaaccct
ttcctccccagtttgcttttggtcatggtgtgtcatcacagcaatagtaa
ctgtaactaagacagagttgcatcagagtcctactctgtggccttctggc
tgctgtggctgttgcctagcagattgtttaagatctgtatgtcttagttt
ggtcctatccgaagctgactctgatacaggaatatgggtacaagtaatgt
ctttatgtagcagtcctgaggaacactgaaagaacagagagccaagagag
caaaaagaaagcagacaataaaaagtacacaaatgggcctggagagatgg
ctcagaggttgagagcactgactgctcttccagagtcctgagttcaaatc
ccagcaccacacggtggctcacaaccatctataatgaaatctggtgcctc
ttctgacatgcagcagaacactatgtgtaaataagtaggtgttttaaaat
accaattgagcgactgggaagacgttcagcagcagagcgcgcttgctttg
catgggagcttgatttggatcgacgtggctcaacgaatctgtagttcagg

gaattcccacagagtcctctgcctcctgagaaactccaggcccggaagct
acctctccttcctttgtccccaagccattttctttgctttcatcaccact
gaggccagcgtaagggaccaaggacagaccctttccattccttccaggca
gcatgcttgttggtaaagtggccagaccggtaaactttgatgttgccgga
aaagacccataatgcatagcaagcatccctttttaagatgcacagactcg
gctgtttctcgcggagctctcattggtgttgttttaaaatggaactttaa
aataaaagcaggccatgtaggtgaacctatggcttcccagctatctctac
acatcggttcctgcctctacttgctgagacacgcttgggcagatgctcaa
gtttctttacaacttcaggtgaagagatgggggaggagagcagagtgtga
ctaggccttgagatgaagggtcagcaactatgaaggccaggtggctgccg
cttctggctttgatgaccagtctctgttcctcgctcagctctgctcttgt
agtgtgaaagcagcacaggcaataattaaaccagaggacttgccagtgca
ccaagaaaccaaccatcatcagcattttacaacgttcagcctccagcaga
agtttgttgaggccctctgtgggtgagaattggtggccccagtgccagcc
tctcctgctgtttcctgtaggctctgcctacacgtctacagtttcttgtt
ggattcttaaaggcatgcccttaggactacgggtctgaagtcaaaccaag
taaactcagaactcccagaaactcccagaattcagagtaaagctcatggt
ggtcagtgaagggcagcagatgaccctgagggcactgtatgtggaactta
acagtgatgcagagccgacacaatgacagatgctcttatctttacctaag
ctttcatggatcatggccagtcagaacagctttgtctatatacaatccac
aggagaactgaggtttttttacaggagcaagttcagtggaaccagtgtgc
tgctagctagagacttcacagctcaatctgcatctttactggcttggctc
tgcttgtcctccatgcctcgtgctatgccctcccaaccacgtgctgctcc
tccttgtgctctggttgcctccaacactgtttgcccctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_12209110_12210285
seq2: B6Ng01-098B04.b_48_1197

seq1  GAATTCCACTTGGACCCTTGCCTGTGTGATGGCACTAATTTTAAGATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTGGACCCTTGCCTGTGTGATGGCACTAATTTTAAGATTTT  50

seq1  CTCTCCTTGGTAAATCATGTCTGGAAACAGCCCTTAGACACAAAGTAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTTGGTAAATCATGTCTGGAAACAGCCCTTAGACACAAAGTAGAA  100

seq1  GTGTGTCTGACTCACAGACACTTCTCAGTCTAGTCAGGCTGACGATCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTGACTCACAGACACTTCTCAGTCTAGTCAGGCTGACGATCAAG  150

seq1  GTTAACCATTGCCCTAACTTAGGTCAGTTTGTGACATGCTATAAAATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCATTGCCCTAACTTAGGTCAGTTTGTGACATGCTATAAAATATA  200

seq1  CAAGGAGTGCATGTATGATTACAGTTACTAGACATTCTGTCATAGTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGTGCATGTATGATTACAGTTACTAGACATTCTGTCATAGTTATG  250

seq1  GCTGCAGGGCTCCTTTCATCTCAGAGAGTCTGTCCTGGCTAGTTTTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGGGCTCCTTTCATCTCAGAGAGTCTGTCCTGGCTAGTTTTATGT  300

seq1  CAACTTGACACAAAGTAGTTATCTAACAGGAGGGAGCTTCTGTAAGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGACACAAAGTAGTTATCTAACAGGAGGGAGCTTCTGTAAGATCA  350

seq1  GGCTAGAAGCAAGCCTGCCGGGCATTTTCTTAATTGGTGATTGATGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGAAGCAAGCCTGCCGGGCATTTTCTTAATTGGTGATTGATGAGGC  400

seq1  GAGCCCAGCCCATTGTGGGTGATTCCATCCCTGGGATGGTGGTCCTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGCCCATTGTGGGTGATTCCATCCCTGGGATGGTGGTCCTGGGT  450

seq1  TCTATAAGAAAGTAGACTGAACAAGCCATGAGGAGCAAGCCAGTAAGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGAAAGTAGACTGAACAAGCCATGAGGAGCAAGCCAGTAAGCAG  500

seq1  CATCCCTCCATGGTCTCCAGGTCCAGTCCTGTTTGAGTTCCTGTCCTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTCCATGGTCTCCAGGTCCAGTCCTGTTTGAGTTCCTGTCCTGAC  550

seq1  TTCCTTTCAGTGATCAACAGTGCTGTGGAAGTGTAAGCCAAACAAACCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCAGTGATCAACAGTGCTGTGGAAGTGTAAGCCAAACAAACCCT  600

seq1  TTCCTCCCCAGTTTGCTTTTGGTCATGGTGTGTCATCACAGCAATAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCAGTTTGCTTTTGGTCATGGTGTGTCATCACAGCAATAGTAA  650

seq1  CTGTAACTAAGACAGAGTTGCATCAGAGTCCTACTCTGTGGCCTTCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTAAGACAGAGTTGCATCAGAGTCCTACTCTGTGGCCTTCTGGC  700

seq1  TGCTGTGGCTGTTGCCTAGCAGATTGTTTAAGATCTGTATGTCTTAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGCTGTTGCCTAGCAGATTGTTTAAGATCTGTATGTCTTAGTTT  750

seq1  GGTCCTATCCGAAGCTGACTCTGATACAGGAATATGGGTACAAGTAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATCCGAAGCTGACTCTGATACAGGAATATGGGTACAAGTAATGT  800

seq1  CTTTATGTAGCAGTCCTGAGGAACACTGAAAGAACAGAGAGCCAAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTAGCAGTCCTGAGGAACACTGAAAGAACAGAGAGCCAAGAGAG  850

seq1  CAAAAAGAAAGCAGACAATAAAAAGTACACAAATGGGCCTGGAGAGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGAAAGCAGACAATAAAAAGTACACAAATGGGCCTGGAGAGATGG  900

seq1  CTCAGAGGTTGAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGTTGAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGA-GTCCTGAGTTCAAAT  949

seq1  CCCAGCAACCACACGGTGGCTCACAACCATCTATAATGAAATCTGGTGCC  1000
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCAGC-ACCACACGGTGGCTCACAACCATCTATAATGAAATCTGGTG-C  997

seq1  CTCTTCTGACATGCAGGCAGAACACTATGTGTAAAATAAGTAAGTGTTTT  1050
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  CTCTTCTGACATGCA-GCAGAACACTATGTGT-AAATAAGTAGGTGTTTT  1045

seq1  TAAAAATACACAATTGAGCGACTGGGAAGACGGTTCAGCAAGCCAGAGCG  1100
        ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||
seq2  --AAAATAC-CAATTGAGCGACTGGGAAGAC-GTTCAGCA--GCAGAGCG  1089

seq1  CGCCCTGCTTTTGCAGGGGAGCTGGATTTAGATCCCGGCACGGTGGCTCA  1150
      || | ||| |||||| ||||||| ||||| ||||     || ||||||  
seq2  CG-CTTGC-TTTGCATGGGAGCTTGATTTGGATC----GAC-GTGGCT--  1130

seq1  CAACG-ATCTGTAGCTCCAGTTTCAGG  1176
      ||||| ||||||||       ||||||
seq2  CAACGAATCTGTAG-------TTCAGG  1150

seq1: chr15_12359415_12360597
seq2: B6Ng01-098B04.g_67_1255 (reverse)

seq1  GAGGGGCAAGCA-----GGAGGCA----------TGGGAGGAGCAAGCAG  35
      ||||||||| ||     |||||||            |||||||| |||| 
seq2  GAGGGGCAAACAGTGTTGGAGGCAACCAGAGCACAAGGAGGAGC-AGCAC  49

seq1  GTGGTGTGGGAGGAGCA-AGCAGGAGGCATGGGAGAGACAAGCAGGAGGC  84
      ||||| ||||||| ||| |||| ||||||| |||| |||||||| ||| |
seq2  GTGGT-TGGGAGG-GCATAGCACGAGGCAT-GGAG-GACAAGCA-GAGCC  94

seq1  AAAGCAGTAAAGATGCAGA-TGAGCTGTGAAAGTTCTCTAAGCTAGCAG-  132
      ||  ||||||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||| 
seq2  AAGCCAGTAAAGATGCAGATTGAGCTGTGAA--GTCTCT-AGCTAGCAGC  141

seq1  -CACTGGTTCACGTGAACTTGCTCCTGTAAAAAAAACCTCAG-TCTCCTG  180
       |||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ACACTGGTTCCACTGAACTTGCTCCTGT-AAAAAAACCTCAGTTCTCCTG  190

seq1  TGGATTGTGATACTAGACAAAGCTTGTTCTGACTGGCCATGATCCATGAA  230
      |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGT-ATA-TAGACAAAGC-TGTTCTGACTGGCCATGATCCATGAA  237

seq1  GGCTTAGGTAAAGATAAGAGCATCTGTCATTGTGGTCGGCTCTGCATCAC  280
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGGTAAAGATAAGAGCATCTGTCATTGT-GTCGGCTCTGCATCAC  286

seq1  TGTTAAGTTCCACATACAGTGCCCTCAGGGTCATCTGCTGCCCTTCACTG  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGTTCCACATACAGTGCCCTCAGGGTCATCTGCTGCCCTTCACTG  336

seq1  ACCACCATGAGCTTTACTCTGAATTCTGGGAGTTTCTGGGAGTTCTGAGT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCATGAGCTTTACTCTGAATTCTGGGAGTTTCTGGGAGTTCTGAGT  386

seq1  TTACTTGGTTTGACTTCAGACCCGTAGTCCTAAGGGCATGCCTTTAAGAA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGGTTTGACTTCAGACCCGTAGTCCTAAGGGCATGCCTTTAAGAA  436

seq1  TCCAACAAGAAACTGTAGACGTGTAGGCAGAGCCTACAGGAAACAGCAGG  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACAAGAAACTGTAGACGTGTAGGCAGAGCCTACAGGAAACAGCAGG  486

seq1  AGAGGCTGGCACTGGGGCCACCAATTCTCACCCACAGAGGGCCTCAACAA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGGCACTGGGGCCACCAATTCTCACCCACAGAGGGCCTCAACAA  536

seq1  ACTTCTGCTGGAGGCTGAACGTTGTAAAATGCTGATGATGGTTGGTTTCT  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGCTGGAGGCTGAACGTTGTAAAATGCTGATGATGGTTGGTTTCT  586

seq1  TGGTGCACTGGCAAGTCCTCTGGTTTAATTATTGCCTGTGCTGCTTTCAC  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCACTGGCAAGTCCTCTGGTTTAATTATTGCCTGTGCTGCTTTCAC  636

seq1  ACTACAAGAGCAGAGCTGAGCGAGGAACAGAGACTGGTCATCAAAGCCAG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAGAGCAGAGCTGAGCGAGGAACAGAGACTGGTCATCAAAGCCAG  686

seq1  AAGCGGCAGCCACCTGGCCTTCATAGTTGCTGACCCTTCATCTCAAGGCC  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGGCAGCCACCTGGCCTTCATAGTTGCTGACCCTTCATCTCAAGGCC  736

seq1  TAGTCACACTCTGCTCTCCTCCCCCATCTCTTCACCTGAAGTTGTAAAGA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACACTCTGCTCTCCTCCCCCATCTCTTCACCTGAAGTTGTAAAGA  786

seq1  AACTTGAGCATCTGCCCAAGCGTGTCTCAGCAAGTAGAGGCAGGAACCGA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAGCATCTGCCCAAGCGTGTCTCAGCAAGTAGAGGCAGGAACCGA  836

seq1  TGTGTAGAGATAGCTGGGAAGCCATAGGTTCACCTACATGGCCTGCTTTT  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGAGATAGCTGGGAAGCCATAGGTTCACCTACATGGCCTGCTTTT  886

seq1  ATTTTAAAGTTCCATTTTAAAACAACACCAATGAGAGCTCCGCGAGAAAC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAGTTCCATTTTAAAACAACACCAATGAGAGCTCCGCGAGAAAC  936

seq1  AGCCGAGTCTGTGCATCTTAAAAAGGGATGCTTGCTATGCATTATGGGTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGAGTCTGTGCATCTTAAAAAGGGATGCTTGCTATGCATTATGGGTC  986

seq1  TTTTCCGGCAACATCAAAGTTTACCGGTCTGGCCACTTTACCAACAAGCA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCGGCAACATCAAAGTTTACCGGTCTGGCCACTTTACCAACAAGCA  1036

seq1  TGCTGCCTGGAAGGAATGGAAAGGGTCTGTCCTTGGTCCCTTACGCTGGC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTGGAAGGAATGGAAAGGGTCTGTCCTTGGTCCCTTACGCTGGC  1086

seq1  CTCAGTGGTGATGAAAGCAAAGAAAATGGCTTGGGGACAAAGGAAGGAGA  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGTGATGAAAGCAAAGAAAATGGCTTGGGGACAAAGGAAGGAGA  1136

seq1  GGTAGCTTCCGGGCCTGGAGTTTCTCAGGAGGCAGAGGACTCTGTGGGAA  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCTTCCGGGCCTGGAGTTTCTCAGGAGGCAGAGGACTCTGTGGGAA  1186

seq1  TTC  1183
      |||
seq2  TTC  1189