BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100A19
Chromosome15 (Build37)
Map Location 71,740,189 - 71,873,446
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol22a1
Upstream geneLOC383051, 1700010C24Rik, LOC100040847
Downstream geneKcnk9, 1810044A24Rik, LOC665621, Peg13, LOC100041120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100A19.bB6Ng01-100A19.g
ACCDH909665DH909666
length1,1521,228
definitionDH909665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100A19, 5' end.DH909666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100A19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,740,189 - 71,741,347)(71,872,222 - 71,873,446)
sequence
gaattctctagacatcctaaagttcccatcaatagccccaggtttacagc
acatctcataagaacatccctaaacagagctgtgcaagttgttcaccact
gaagttttcccttgaagtccctagatgctgaggatgaataagcaactgag
tgtggctggaaactctgaaagctattgaagagtatactgagctggatcaa
tagccgtccgatgaggtaaggaggtgataagccttccactgcctcagtcc
ctgttaataccagctaatgtgtgcagttcagtctatcctatactctaatt
ggactgacttattaaattcctccatgacacaagtccttatgtaggaccca
cactgttccctgactgtggacaggaacaggcactatagagctgagagaga
gccaggcactattcttagacaacccacacatggtggcacaggaacaaagc
agatagcaagtggagaggcaattctcctgacacagtcagtctggctacga
agtccctcagaactaaaagttggcattatttgtaaatgtacaccagggtc
tagtgctcttctgtgttgactatactgagccctggctatactgggatctt
gaattgatggcttggggaagcaggatcctttagttcactgtccccatcag
gaaagtccacagtgaggaactcatgagcatgcagggagagccactgacac
aaggcactagactgtatacattcatggtagtgtcctgtcaatcacaggat
gagtagcctgcttctcctcccacatttcatgctgttctattggctggaaa
cctagtaggtgataaatttacagaccattccagcaggatttctctgacac
tgtatttaagaagggaccagattccagaagtcatgggaagaaaagttaag
ggcagaaagactaaaatactgggagagagtaagaggaagaaatgagaaat
atctctatctccttgcttactccctggcaggacagactagacagtggatg
tggtatagctcaagtcttcagctttccttgggatgtcacctatgcagtag
gttccctagcaggaccacttcatccctagacattccttaggaggtgaatc
ttggctggattgatcgactcagggttcatgatggagcccaatgattctgc
ca
gaattcccataccgagaggcctgtggtctacagaaaactgctcattgtgg
tctacacaatgcaggaatatcccacccagcttggaattccagccatattc
actgtattgtacccagagaaagaagggttcttttaaggagagaagaggag
gggcatgtcatgttggagcctgggggaccatgcccaccccgtggttgctg
gtgcctcagctttcccacgacttcaccgcactggtggctttgattctgaa
ggtcattttcaaggttaacttattcagtgcatatgggataggtaagagag
gatgctgggctgtgagtgttagatctagctggggcctgaggtcacccaaa
cttacagacacccactccagtttattttcaccctgtaggtatattttgga
agctttttctttctcccagtacaaggtgagtgagcgtgacttcaggcagg
gcatgcgagcacaagcagtttgtcaaaataattgatactgctaagccaga
gggcaagcacaatagatgcttgtggagcagatggggaagaggtgtaatcc
ctataatacagacagaggcatgcaatttagaaaggaagctttatttgttt
ggaacaacaggaatggataacgccactctgtgcagccagagctggctttg
gaacatttagaaatcattcctttgggccacttttccaactctttctctag
acttgttcgccatcagctggtaaccctgcaaatcctgagtttcctgctct
gatctccccaccctttaagatgctgcttatggaaactgcttgtttaacag
agctaggcagtgaggcttcaagcagttctttaatagctcttgtcttctgt
ctcatcacctacacaatgtgcgtggtactgtagcccttggtgtgggtgtg
gcctagtctggcccatttcccgcacattcaggggatacccacacatcgtc
caagcagatcagttagtgtgtgggttgtttaacacaactgataaatatga
ttgtgtgcctttcccagtcctcagtttattgattagcattgcagctcaag
actctcttgcagcatttgtgctgctcaaagacgtgtcagccctttctttt
gtgggatgtctatatattcaaggggtgatccagaaaaaaaatgtgcgtgc
atcgtctagattttgtgtacctgacacagcctgtggagtttaccgagaag
gagcttcatttgtgggtggtgcctccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_71740189_71741347
seq2: B6Ng01-100A19.b_41_1192

seq1  GAATTCTCTAGACATCCTAAAGTTCCCATCAATAGCCCCAGGTTTACAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGACATCCTAAAGTTCCCATCAATAGCCCCAGGTTTACAGC  50

seq1  ACATCTCATAAGAACATCCCTAAACAGAGCTGTGCAAGTTGTTCACCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCATAAGAACATCCCTAAACAGAGCTGTGCAAGTTGTTCACCACT  100

seq1  GAAGTTTTCCCTTGAAGTCCCTAGATGCTGAGGATGAATAAGCAACTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTTCCCTTGAAGTCCCTAGATGCTGAGGATGAATAAGCAACTGAG  150

seq1  TGTGGCTGGAAACTCTGAAAGCTATTGAAGAGTATACTGAGCTGGATCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGGAAACTCTGAAAGCTATTGAAGAGTATACTGAGCTGGATCAA  200

seq1  TAGCCGTCCGATGAGGTAAGGAGGTGATAAGCCTTCCACTGCCTCAGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCGTCCGATGAGGTAAGGAGGTGATAAGCCTTCCACTGCCTCAGTCC  250

seq1  CTGTTAATACCAGCTAATGTGTGCAGTTCAGTCTATCCTATACTCTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAATACCAGCTAATGTGTGCAGTTCAGTCTATCCTATACTCTAATT  300

seq1  GGACTGACTTATTAAATTCCTCCATGACACAAGTCCTTATGTAGGACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGACTTATTAAATTCCTCCATGACACAAGTCCTTATGTAGGACCCA  350

seq1  CACTGTTCCCTGACTGTGGACAGGAACAGGCACTATAGAGCTGAGAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTCCCTGACTGTGGACAGGAACAGGCACTATAGAGCTGAGAGAGA  400

seq1  GCCAGGCACTATTCTTAGACAACCCACACATGGTGGCACAGGAACAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCACTATTCTTAGACAACCCACACATGGTGGCACAGGAACAAAGC  450

seq1  AGATAGCAAGTGGAGAGGCAATTCTCCTGACACAGTCAGTCTGGCTACGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCAAGTGGAGAGGCAATTCTCCTGACACAGTCAGTCTGGCTACGA  500

seq1  AGTCCCTCAGAACTAAAAGTTGGCATTATTTGTAAATGTACACCAGGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTCAGAACTAAAAGTTGGCATTATTTGTAAATGTACACCAGGGTC  550

seq1  TAGTGCTCTTCTGTGTTGACTATACTGAGCCCTGGCTATACTGGGATCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTCTTCTGTGTTGACTATACTGAGCCCTGGCTATACTGGGATCTT  600

seq1  GAATTGATGGCTTGGGGAAGCAGGATCCTTTAGTTCACTGTCCCCATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATGGCTTGGGGAAGCAGGATCCTTTAGTTCACTGTCCCCATCAG  650

seq1  GAAAGTCCACAGTGAGGAACTCATGAGCATGCAGGGAGAGCCACTGACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCCACAGTGAGGAACTCATGAGCATGCAGGGAGAGCCACTGACAC  700

seq1  AAGGCACTAGACTGTATACATTCATGGTAGTGTCCTGTCAATCACAGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTAGACTGTATACATTCATGGTAGTGTCCTGTCAATCACAGGAT  750

seq1  GAGTAGCCTGCTTCTCCTCCCACATTTCATGCTGTTCTATTGGCTGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGCCTGCTTCTCCTCCCACATTTCATGCTGTTCTATTGGCTGGAAA  800

seq1  CCTAGTAGGTGATAAATTTACAGACCATTCCAGCAGGATTTCTCTGACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAGGTGATAAATTTACAGACCATTCCAGCAGGATTTCTCTGACAC  850

seq1  TGTATTTAAGAAGGGACCAGATTCCAGAAGTCATGGGAAGAAAAGTTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAAGAAGGGACCAGATTCCAGAAGTCATGGGAAGAAAAGTTAAG  900

seq1  GGCAGAAAGACAAAAATACTGGGAGAGAGTAAGAGGAAGAAATGAGAAAT  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAGACTAAAATACTGGGAGAGAGTAAGAGGAAGAAATGAGAAAT  950

seq1  ATCTCTATCCCCTTGCTTACTCCCTGGCA-GACAGACTAGACAGTGGATG  999
      ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTATCTCCTTGCTTACTCCCTGGCAGGACAGACTAGACAGTGGATG  1000

seq1  TGGTATAAGCTCAGGTCTTCAGCTTTCCTTGGGATGTCACCTATGCAGTA  1049
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAT-AGCTCAAGTCTTCAGCTTTCCTTGGGATGTCACCTATGCAGTA  1049

seq1  GGTTTCCCTAGCAGGACCACTTCATCCCCTAGAACCATTCCCTAGGAGGT  1099
      || |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||
seq2  GG-TTCCCTAGCAGGACCACTTCAT-CCCTAGA--CATTCCTTAGGAGGT  1095

seq1  G-ATCTTGGCTGTGATCTGATCAGACTCAGGGTATCATGATGGAGCCCCA  1148
      | |||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |
seq2  GAATCTTGGCTG-GAT-TGATC-GACTCAGGGT-TCATGATGGAGCCCAA  1141

seq1  TGGATCTGCCA  1159
      ||  |||||||
seq2  TGATTCTGCCA  1152

seq1: chr15_71872222_71873446
seq2: B6Ng01-100A19.g_67_1294 (reverse)

seq1  GTGGAGGCACTTCCC-CAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTC--CA  47
      ||||||||||  ||| ||| ||||||||| ||||| ||   |||||  ||
seq2  GTGGAGGCACCACCCACAAATGAAGCTCC-TTCTCGGT--AAACTCCACA  47

seq1  GCCTGTGTCAAGTTGACACAAAA-CTAGCCAGTACA-GCACATTTCTTTT  95
      | |||||||| ||  |||||||| |||| |  | || ||||||   ||||
seq2  GGCTGTGTCAGGT--ACACAAAATCTAGACGATGCACGCACAT---TTTT  92

seq1  TTTCTGGATCA--CCTTGAATAT-TAGAC-TCCAACAAA--GAAGGGCTG  139
      |||||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||   ||||||||
seq2  TTTCTGGATCACCCCTTGAATATATAGACATCCCACAAAAGAAAGGGCTG  142

seq1  -CACGTC-TTGAGCAGCAC-AATGCTGC-AGAGAGTCTTTGGAGCTGCAA  185
       |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||
seq2  ACACGTCTTTGAGCAGCACAAATGCTGCAAGAGAGTCTT--GAGCTGCAA  190

seq1  TGCTAATCAATAAACTGGAGGACTGGGGAAAGGCACACATTCATATTTAT  235
      |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCTAATCAATAAACT-GAGGACT-GGGAAAGGCACACAATCATATTTAT  238

seq1  CAGTTGTGTTAAACAACCCACACACTAACTGATCTTGCTTGGACGATGTG  285
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGTTGTGTTAAACAACCCACACACTAACTGATC-TGCTTGGACGATGTG  287

seq1  TGGGTATCCCCTGAATGTGCGGGAAATGGGCCAGACTAGGCCACACCCAC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATCCCCTGAATGTGCGGGAAATGGGCCAGACTAGGCCACACCCAC  337

seq1  ACCAA-GGCTACAGTACCACGCACATTGTGTAGGTGATGAGACAGAAGAC  384
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGGCTACAGTACCACGCACATTGTGTAGGTGATGAGACAGAAGAC  387

seq1  AAGAGCTATTAAAGAACTGCTTGAAGCCTCACTGCCTAGCTCTGTTAAAC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTATTAAAGAACTGCTTGAAGCCTCACTGCCTAGCTCTGTTAAAC  437

seq1  AAGCAGTTTCCATAAGCAGCATCTTAAAGGGTGGGGAGATCAGAGCAGGA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTTCCATAAGCAGCATCTTAAAGGGTGGGGAGATCAGAGCAGGA  487

seq1  AACTCAGGATTTGCAGGGTTACCAGCTGATGGCGAACAAGTCTAGAGAAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGATTTGCAGGGTTACCAGCTGATGGCGAACAAGTCTAGAGAAA  537

seq1  GAGTTGGAAAAGTGGCCCAAAGGAATGATTTCTAAATGTTCCAAAGCCAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGAAAAGTGGCCCAAAGGAATGATTTCTAAATGTTCCAAAGCCAG  587

seq1  CTCTGGCTGCACAGAGTGGCGTTATCCATTCCTGTTGTTCCAAACAAATA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTGCACAGAGTGGCGTTATCCATTCCTGTTGTTCCAAACAAATA  637

seq1  AAGCTTCCTTTCTAAATTGCATGCCTCTGTCTGTATTATAGGGATTACAC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCCTTTCTAAATTGCATGCCTCTGTCTGTATTATAGGGATTACAC  687

seq1  CTCTTCCCCATCTGCTCCACAAGCATCTATTGTGCTTGCCCTCTGGCTTA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCCATCTGCTCCACAAGCATCTATTGTGCTTGCCCTCTGGCTTA  737

seq1  GCAGTATCAATTATTTTGACAAACTGCTTGTGCTCGCATGCCCTGCCTGA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATCAATTATTTTGACAAACTGCTTGTGCTCGCATGCCCTGCCTGA  787

seq1  AGTCACGCTCACTCACCTTGTACTGGGAGAAAGAAAAAGCTTCCAAAATA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACGCTCACTCACCTTGTACTGGGAGAAAGAAAAAGCTTCCAAAATA  837

seq1  TACCTACAGGGTGAAAATAAACTGGAGTGGGTGTCTGTAAGTTTGGGTGA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACAGGGTGAAAATAAACTGGAGTGGGTGTCTGTAAGTTTGGGTGA  887

seq1  CCTCAGGCCCCAGCTAGATCTAACACTCACAGCCCAGCATCCTCTCTTAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGCCCCAGCTAGATCTAACACTCACAGCCCAGCATCCTCTCTTAC  937

seq1  CTATCCCATATGCACTGAATAAGTTAACCTTGAAAATGACCTTCAGAATC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCATATGCACTGAATAAGTTAACCTTGAAAATGACCTTCAGAATC  987

seq1  AAAGCCACCAGTGCGGTGAAGTCGTGGGAAAGCTGAGGCACCAGCAACCA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACCAGTGCGGTGAAGTCGTGGGAAAGCTGAGGCACCAGCAACCA  1037

seq1  CGGGGTGGGCATGGTCCCCCAGGCTCCAACATGACATGCCCCTCCTCTTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTGGGCATGGTCCCCCAGGCTCCAACATGACATGCCCCTCCTCTTC  1087

seq1  TCTCCTTAAAAGAACCCTTCTTTCTCTGGGTACAATACAGTGAATATGGC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTAAAAGAACCCTTCTTTCTCTGGGTACAATACAGTGAATATGGC  1137

seq1  TGGAATTCCAAGCTGGGTGGGATATTCCTGCATTGTGTAGACCACAATGA  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTCCAAGCTGGGTGGGATATTCCTGCATTGTGTAGACCACAATGA  1187

seq1  GCAGTTTTCTGTAGACCACAGGCCTCTCGGTATGGGAATTC  1225
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTTCTGTAGACCACAGGCCTCTCGGTATGGGAATTC  1228