BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103K02
Chromosome15 (Build37)
Map Location 6,949,338 - 7,113,497
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLifr
Upstream geneLOC666323, Dab2, C9, LOC100039396, LOC100039412, Fyb, LOC100039453, EG665511, 4921505C17Rik, Osmr
Downstream geneEgflam, Gdnf, Wdr70, LOC665556, LOC621001, Nup155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103K02.bB6Ng01-103K02.g
ACCDH912159DH912160
length1,2051,133
definitionDH912159|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K02, 5' end.DH912160|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103K02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,112,284 - 7,113,497)(6,949,338 - 6,950,495)
sequence
gaattcaggcatgcgtggagggaaaagctgtaacctgaggtagcaggaca
ggagatgctcaagtttgctcgtctccctgcccacagcacacgatcaaagc
ctcatgggaaagaaggcgcttgtgtgaccttgtcaatgccagtggcacaa
acagacatagacgttcctgccagattcttcctccaatgataggcgtgaga
aggtaagttagagaaaatgcaaaggtgtgccttttcttttctttcttcta
gtcacttcttatgacgttccgggaccactaagtaaagtcatggtaagtga
gaaactgcaagaagaaataaatgtccaggggtaggtcagctgcctgtcaa
acacaggcagaataagccatcaccacctgacagtcctgggacctaaaaat
aaacttgtaaatcatttgctgaacacggcgttttatactagatttaatag
ttattgctgcacatgacctggaatgtgtggatttaaagtgtgagctacag
aaccaagtcagttacatgtcactgagcatgcgtgcttcgcagagagcgac
tgctgacgtggaagctgcatgtgaaagcactgataatcgagaagcacaaa
gtggacctggtgccaggagagagctggtccaggcgccagcacaaccagga
cagagctagcagcatccaaggctgtgattcatgacatcaaagcacagtga
cttacacatgatgccacaggcatcctgcagcaatgctaacctgttaggga
tgcttcccttataccactatcactgggggaccttttgataagccatatag
agacctacttctataggagctctcaaaatgcatacacatatgaatggaat
ttaaatgaatggagtcaccatatatgggtgagacaatgtcccaacaggac
atagtgtgccaagaagtaacacccccaaatgccaggaaatgggttatatc
ttatttgagtcattggccaaagaagtgccacaccaccacaccacctgcaa
atatcacagatgattgccaattctactggttatcctccaaacttaatggt
aaagccctatttgctgaagaacaaactttctatgcattgaacatggagaa
attgagctgtactcactaggacctccgccttgccccccccccagcacata
cggtacttgtccacttactgagagggagaaggaatctagatccaatacaa
gccca
gaattcctactccagaagccagtggcagccctctaggttcctcttgctct
gtggccttcaatggccatggccctcctcggccactacaagagagggttct
ccaatcttgtccctatactctgtgatactccagtccacctgacatctgag
acaggccgtacctggctccctgttcgcccatgcagtccagctaagttttc
agctagacgatcagtgcttgaacccactgtggggtgtcctgaggcagtgg
gggaggtgtcctcttcctagacagtgttctttcttaactatgggtacagg
gagatcaaatgattccaacatcttgctttgatgagcattagaagtgtcta
tcctgggtgttgcaataacttccttcttctgaggaagaaagatctaagtc
tgtcctttagtgaccttttcttacctaggctcttgtgagtaccactagca
ttcttatggttcatagattctaactgtatcaactctctgtgcttgtggga
ggcaggcaatgaggagggtgggagctggacggcagagatttatcaccaaa
cccttctactttatgaacagccaggatttacttgctatgcagactaactg
agcatgctctcgattgcacatttgattcatgtatctttctgaagcagctc
caaggcttggcttgttttacccctgtgctattgaagcccagtctgggaca
tgtttgaggtgacatccaaacgaggccaatctcttaagaaaagctatact
caccaggatgccatgcctactaagtcacactaactcggagtctaatttcc
cagccacacacattcatctgttttcttgtggtgcgagtccccacgctatc
ttgaaatggcactgaggatgtggcatggacccatcccgatcctctgctcc
ccagactgtaatgcgagcccttggggcattttgaggtgtccgatggtata
gagacttagtccacgtgggcacctgtctttccagctctctcatgagcaga
tgtgaactttcccaccttcacacccagtcagtttctcatctggagtcaca
gttatgacatttgttaacagactcttataaggcttgatagctcggagagt
taatgggaagcagcagagccctaggtgcctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_7112284_7113497
seq2: B6Ng01-103K02.b_43_1247 (reverse)

seq1  TGGGCTTGTATTTGGAAATCTATGATTACTTTCTCCCTCT-AGT-AGTGT  48
      |||||||||||| |   ||||| |||| | |||||||||| ||| |||| 
seq2  TGGGCTTGTATTGG---ATCTA-GATT-CCTTCTCCCTCTCAGTAAGTGG  45

seq1  GCAAGTACCGTATGTGCTGGGGGGGGGGGCAGGGCGGAGGTTCTAGTTGA  98
       ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||
seq2  ACAAGTACCGTATGTGCT-GGGGGGGGGGCAAGGCGGAGGTCCTAG-TGA  93

seq1  GTACAGCTCAATTTCTCCATGTTCAATTGCATTAGGAAGTTGTGTCTTCA  148
      |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||   ||||||
seq2  GTACAGCTCAATTTCTCCATGTTCAA-TGCA-TAGAAAGTTTGTTCTTCA  141

seq1  GCAAATAGGGCTTTACCATTAAGTTATGGAGGATAACCAGTAGAATTGGC  198
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGGGCTTTACCATTAAGTT-TGGAGGATAACCAGTAGAATTGGC  190

seq1  AATCATCTGTGATATTTGCAGGTGGTGGTGGTGGTGTGGCACTTCTTTGG  248
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCTGTGATATTTGCAGGTGGT-GTGGTGGTGTGGCACTTCTTTGG  239

seq1  CCAATGACTCAAATAAGATATAACCCATTTCCTGGCATTTGGGGGTGTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGACTCAAATAAGATATAACCCATTTCCTGGCATTTGGGGGTGTTA  289

seq1  CTTCTTGGCACACTATGTCCTGTTGGGACATTGTCTCACCCATTATATGG  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTCTTGGCACACTATGTCCTGTTGGGACATTGTCTCACCCA-TATATGG  338

seq1  TGACTCCATTCATTTAAATTCCATTCATATGTGTATGCATTTTGAGAGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCATTCATTTAAATTCCATTCATATGTGTATGCATTTTGAGAGCT  388

seq1  CCTATAGAAGTAGGTCTCTATATGGCTTATCAAAAGGT-CCCCAGTGATA  447
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTATAGAAGTAGGTCTCTATATGGCTTATCAAAAGGTCCCCCAGTGATA  438

seq1  GTGGTATAAGGGAAGCATCCCTAACAGGTTAGCATTGCTGCAGGATGCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATAAGGGAAGCATCCCTAACAGGTTAGCATTGCTGCAGGATGCCT  488

seq1  GTGGCATCATGTGTAAGTCACTGTGCTTTGATGTCATGAATCACAGCCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATCATGTGTAAGTCACTGTGCTTTGATGTCATGAATCACAGCCTT  538

seq1  GGATGCTGCTAGCTCTGTCCTGGTTGTGCTGGCGCCTGGACCAGCTCTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGCTAGCTCTGTCCTGGTTGTGCTGGCGCCTGGACCAGCTCTCT  588

seq1  CCTGGCACCAGGTCCACTTTGTGCTTCTCGATTATCAGTGCTTTCACATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCACCAGGTCCACTTTGTGCTTCTCGATTATCAGTGCTTTCACATG  638

seq1  CAGCTTCCACGTCAGCAGTCGCTCTCTGCGAAGCACGCATGCTCAGTGAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCACGTCAGCAGTCGCTCTCTGCGAAGCACGCATGCTCAGTGAC  688

seq1  ATGTAACTGACTTGGTTCTGTAGCTCACACTTTAAATCCACACATTCCAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTGACTTGGTTCTGTAGCTCACACTTTAAATCCACACATTCCAG  738

seq1  GTCATGTGCAGCAATAACTATTAAATCTAGTATAAAACGCCGTGTTCAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTGCAGCAATAACTATTAAATCTAGTATAAAACGCCGTGTTCAGC  788

seq1  AAATGATTTACAAGTTTATTTTTAGGTCCCAGGACTGTCAGGTGGTGATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTTACAAGTTTATTTTTAGGTCCCAGGACTGTCAGGTGGTGATG  838

seq1  GCTTATTCTGCCTGTGTTTGACAGGCAGCTGACCTACCCCTGGACATTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTCTGCCTGTGTTTGACAGGCAGCTGACCTACCCCTGGACATTTA  888

seq1  TTTCTTCTTGCAGTTTCTCACTTACCATGACTTTACTTAGTGGTCCCGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTTGCAGTTTCTCACTTACCATGACTTTACTTAGTGGTCCCGGA  938

seq1  ACGTCATAAGAAGTGACTAGAAGAAAGAAAAGAAAAGGCACACCTTTGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCATAAGAAGTGACTAGAAGAAAGAAAAGAAAAGGCACACCTTTGCA  988

seq1  TTTTCTCTAACTTACCTTCTCACGCCTATCATTGGAGGAAGAATCTGGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTAACTTACCTTCTCACGCCTATCATTGGAGGAAGAATCTGGCA  1038

seq1  GGAACGTCTATGTCTGTTTGTGCCACTGGCATTGACAAGGTCACACAAGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGTCTATGTCTGTTTGTGCCACTGGCATTGACAAGGTCACACAAGC  1088

seq1  GCCTTCTTTCCCATGAGGCTTTGATCGTGTGCTGTGGGCAGGGAGACGAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTTCCCATGAGGCTTTGATCGTGTGCTGTGGGCAGGGAGACGAG  1138

seq1  CAAACTTGAGCATCTCCTGTCCTGCTACCTCAGGTTACAGCTTTTCCCTC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTGAGCATCTCCTGTCCTGCTACCTCAGGTTACAGCTTTTCCCTC  1188

seq1  CACGCATGCCTGAATTC  1214
      |||||||||||||||||
seq2  CACGCATGCCTGAATTC  1205

seq1: chr15_6949338_6950495
seq2: B6Ng01-103K02.g_67_1199

seq1  GAATTCCTACTCCAGAAGCCAGTGGCAGCCCTCTAGGTTCCTCTTGCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTCCAGAAGCCAGTGGCAGCCCTCTAGGTTCCTCTTGCTCT  50

seq1  GTGGCCTTCAATGGCCATGGCCCTCCTCGGCCACTACAAGAGAGGGTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTCAATGGCCATGGCCCTCCTCGGCCACTACAAGAGAGGGTTCT  100

seq1  CCAATCTTGTCCCTATACTCTGTGATACTCCAGTCCACCTGACATCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCTTGTCCCTATACTCTGTGATACTCCAGTCCACCTGACATCTGAG  150

seq1  ACAGGCCGTACCTGGCTCCCTGTTCGCCCATGCAGTCCAGCTAAGTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCGTACCTGGCTCCCTGTTCGCCCATGCAGTCCAGCTAAGTTTTC  200

seq1  AGCTAGACGATCAGTGCTTGAACCCACTGTGGGGTGTCCTGAGGCAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGACGATCAGTGCTTGAACCCACTGTGGGGTGTCCTGAGGCAGTGG  250

seq1  GGGAGGTGTCCTCTTCCTAGACAGTGTTCTTTCTTAACTATGGGTACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGTCCTCTTCCTAGACAGTGTTCTTTCTTAACTATGGGTACAGG  300

seq1  GAGATCAAATGATTCCAACATCTTGCTTTGATGAGCATTAGAAGTGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAAATGATTCCAACATCTTGCTTTGATGAGCATTAGAAGTGTCTA  350

seq1  TCCTGGGTGTTGCAATAACTTCCTTCTTCTGAGGAAGAAAGATCTAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTGTTGCAATAACTTCCTTCTTCTGAGGAAGAAAGATCTAAGTC  400

seq1  TGTCCTTTAGTGACCTTTTCTTACCTAGGCTCTTGTGAGTACCACTAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTAGTGACCTTTTCTTACCTAGGCTCTTGTGAGTACCACTAGCA  450

seq1  TTCTTATGGTTCATAGATTCTAACTGTATCAACTCTCTGTGCTTGTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGGTTCATAGATTCTAACTGTATCAACTCTCTGTGCTTGTGGGA  500

seq1  GGCAGGCAATGAGGAGGGTGGGAGCTGGACGGCAGAGATTTATCACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCAATGAGGAGGGTGGGAGCTGGACGGCAGAGATTTATCACCAAA  550

seq1  CCCTTCTACTTTATGAACAGCCAGGATTTACTTGCTATGCAGACTAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTACTTTATGAACAGCCAGGATTTACTTGCTATGCAGACTAACTG  600

seq1  AGCATGCTCTCGATTGCACATTTGATTCATGTATCTTTCTGAAGCAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCTCTCGATTGCACATTTGATTCATGTATCTTTCTGAAGCAGCTC  650

seq1  CAAGGCTTGGCTTGTTTTACCCCTGTGCTATTGAAGCCCAGTCTGGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTGGCTTGTTTTACCCCTGTGCTATTGAAGCCCAGTCTGGGACA  700

seq1  TGTTTGAGGTGACATCCAAACGAGGCCAATCTCTTAAGAAAAGCTATACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAGGTGACATCCAAACGAGGCCAATCTCTTAAGAAAAGCTATACT  750

seq1  CACCAGGATGCCATGCCTACTAAGTCACACTAACTCGGAGTCTAATTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGATGCCATGCCTACTAAGTCACACTAACTCGGAGTCTAATTTCC  800

seq1  CAGCCACACACATTCATCTGTTTTCTTGTGGTGCGAGTCCCCACGCTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACACACATTCATCTGTTTTCTTGTGGTGCGAGTCCCCACGCTATC  850

seq1  TTGAAAATGGCACTGAGGAATGTGGCATGGACCCATCCCGATCCTCTGCT  900
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTG-AAATGGCACTGAGG-ATGTGGCATGGACCCATCCCGATCCTCTGCT  898

seq1  CCCCAGACTGTAATGCGAGCCCTTGGGGCATTTTGAGGTGTCCGATGGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACTGTAATGCGAGCCCTTGGGGCATTTTGAGGTGTCCGATGGTA  948

seq1  TAGAGACTTAGTCCACGTGGGCACCTGTCTTTTCCAGCTCTCTCATGGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TAGAGACTTAGTCCACGTGGGCACCTGTC-TTTCCAGCTCTCTCAT-GAG  996

seq1  CAGATGTGAACTTTTCACACCTTTCAACACCCCAAGGTTCAGTTTCTCCA  1050
      ||||||||||| |||| ||||||    ||| || ||  ||||||||| ||
seq2  CAGATGTGAAC-TTTCCCACCTT----CACACCCAG--TCAGTTTCT-CA  1038

seq1  TCT-GAGTCACAGTTTAATGACAATTTTGTTTAACAGGAACTCTTAT-AG  1098
      ||| |||||||||||  ||||||  |||| |||||||  |||||||| ||
seq2  TCTGGAGTCACAGTT--ATGACA--TTTG-TTAACAG--ACTCTTATAAG  1081

seq1  GCTTAGATAAGCTCGTGAGATGTAAAATGGGAAGCAGCAAGATGCACTAG  1148
      |||| ||| |||||| ||||  |  ||||||||||||| ||| || ||||
seq2  GCTT-GAT-AGCTCG-GAGAGTT--AATGGGAAGCAGC-AGA-GCCCTAG  1124

seq1  GTGGCCTTTC  1158
      || |||||||
seq2  GT-GCCTTTC  1133