BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-113L05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 28,604,605 - 28,747,869
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040702, LOC667153
Upstream geneBC052328, Trio, LOC667126, Dnahc5, EG382974, LOC100040675, LOC100040689
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-113L05.bB6Ng01-113L05.g
ACCDH919426DH919427
length977987
definitionDH919426|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113L05, 5' end.DH919427|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-113L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,604,605 - 28,605,583)(28,746,878 - 28,747,869)
sequence
gaattccttctctattgcaatggcctttctttccttaggcaatcagttac
ttaaattatagagttagcagtgacttttcaattttcagaagctaattgaa
tgtagtttcacgagaggtagaacctggatgctctaggggaatctctaatt
ctgctgatgcttttcgatcaacaccaggtacagtcttagaccattttcca
cagaggcaacaaagcaaagggaatttggtgaaagattacacattccctta
aaatgtatgcttttggtcagtgctaaagcatgtctggatgttcaccatgt
gtgtcgaggtggattcaaggagttaagaatgatttcaaggtctttaggta
agggagttctttgtagctgagagaaagatcttctgttgactaggtgccaa
gtctctcaggaaagggaatgtatctgttaatatgtttcagaacaaactgt
accctggattatgttagaacagtggctttcaagccctgtattatcctaga
tgactccattttcaaagcatttggctgtatttagggtaagtaaatcctga
ggcagcatggctattttgttcgtgcaaagactaccattactggttcagta
caatccctgatgctgactgatgagtaacttcctcatgtaaatacatatat
aactatatataactatatatataactatatatataaataaaactatatat
atataactatatataaataaaactatatgtatatatataactatatataa
ctatatatatatatatatatatatatatcttatgaactgatcaagtaggt
cagttacaaatgaacactttaattgtaacaaactaatcagaaaaactatt
cctgtgaacttgcaaatcttggctgaattcaagaacagacacctaacttt
agtgtataattggcatctaccaacctttcacttaccaccattttctctct
ctctctctctctctctctctctctctc
gaattcaatggtatgcttgctagcttattgtcaaactgacacaagtcaaa
gttgtctaaaaagaggcaagagcaactgagaatgtccctccataagactg
actattagaaagtctgttagagcattttcttaattagtgactggtgaatg
agggtcccatgcattgtggttagtactatgttggatagatgggtgttttg
ggtgcataaggaagcagggagagcaagccactaggagaaatcaaacaagc
atcactcccccatggcttctggttaagttcctgccttctttctgtcttta
gttccaggcatgtactccttcacctttggactgtgatgtgaaagtataag
taagtgaagttgctctttgtcatgctggttgatcacagcaatagaaaccc
taagataagtgatctctctggcacccatgttccatggaaatgcagaatgt
aattaaagtacaagctataatttctgccattctcttttctttggaagctt
tttattttttctcatttaacttttatctcaactttaccctaaatcattta
acattttgttttacctgcattaatatcttaaaacatgaatattataccag
ggtccgttcattcttgtaggacttaaagaaaagcctatggatgtctcacc
aacatgactgctaagcatgagctcaacaagaatagttgcatgggcaggag
aaaatctgagatgcctcaagcctacagaaactacaggcaactaaggaatt
ctgggagcaggaatgataatcatctacaactagactagacttctacaagt
aacaagtagactggactgtatgtatttatttatgaataaacacacacaca
cacacacacacacacactcacactcacacacacatgtatatacattaatg
aaaaagccatggttctgaaagagatcaggtttattattgtaagggattgg
atagaggaagggaagaggtaagtaatgtgatttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_28604605_28605583
seq2: B6Ng01-113L05.b_47_1023

seq1  GAATTCCTTCTCTATTGCAATGGCCTTTCTTTCCTTAGGCAATCAGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTCTATTGCAATGGCCTTTCTTTCCTTAGGCAATCAGTTAC  50

seq1  TTAAATTATAGAGTTAGCAGTGACTTTTCAATTTTCAGAAGCTAATTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATAGAGTTAGCAGTGACTTTTCAATTTTCAGAAGCTAATTGAA  100

seq1  TGTAGTTTCACGAGAGGTAGAACCTGGATGCTCTAGGGGAATCTCTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTTCACGAGAGGTAGAACCTGGATGCTCTAGGGGAATCTCTAATT  150

seq1  CTGCTGATGCTTTTCGATCAACACCAGGTACAGTCTTAGACCATTTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATGCTTTTCGATCAACACCAGGTACAGTCTTAGACCATTTTCCA  200

seq1  CAGAGGCAACAAAGCAAAGGGAATTTGGTGAAAGATTACACATTCCCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAACAAAGCAAAGGGAATTTGGTGAAAGATTACACATTCCCTTA  250

seq1  AAATGTATGCTTTTGGTCAGTGCTAAAGCATGTCTGGATGTTCACCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATGCTTTTGGTCAGTGCTAAAGCATGTCTGGATGTTCACCATGT  300

seq1  GTGTCGAGGTGGATTCAAGGAGTTAAGAATGATTTCAAGGTCTTTAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGAGGTGGATTCAAGGAGTTAAGAATGATTTCAAGGTCTTTAGGTA  350

seq1  AGGGAGTTCTTTGTAGCTGAGAGAAAGATCTTCTGTTGACTAGGTGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTTCTTTGTAGCTGAGAGAAAGATCTTCTGTTGACTAGGTGCCAA  400

seq1  GTCTCTCAGGAAAGGGAATGTATCTGTTAATATGTTTCAGAACAAACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCAGGAAAGGGAATGTATCTGTTAATATGTTTCAGAACAAACTGT  450

seq1  ACCCTGGATTATGTTAGAACAGTGGCTTTCAAGCCCTGTATTATCCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGATTATGTTAGAACAGTGGCTTTCAAGCCCTGTATTATCCTAGA  500

seq1  TGACTCCATTTTCAAAGCATTTGGCTGTATTTAGGGTAAGTAAATCCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCATTTTCAAAGCATTTGGCTGTATTTAGGGTAAGTAAATCCTGA  550

seq1  GGCAGCATGGCTATTTTGTTCGTGCAAAGACTACCATTACTGGTTCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCATGGCTATTTTGTTCGTGCAAAGACTACCATTACTGGTTCAGTA  600

seq1  CAATCCCTGATGCTGACTGATGAGTAACTTCCTCATGTAAATACATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCTGATGCTGACTGATGAGTAACTTCCTCATGTAAATACATATAT  650

seq1  AACTATATATAACTATATATATAACTATATATATAAATAAAACTATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATATAACTATATATATAACTATATATATAAATAAAACTATATAT  700

seq1  ATATAACTATATATAAATAAAACTATATGTATATATATAACTATATATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTATATATAAATAAAACTATATGTATATATATAACTATATATAA  750

seq1  CTATATATATATATATATATATATATATCTTATGAACTGATTCAAGTAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTATATATATATATATATATATATATATCTTATGAACTGA-TCAAGTAGG  799

seq1  TCAGTTACAAATGAACAC-TTAATTGTAACAAACTAAATCAGAAAAACTA  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCAGTTACAAATGAACACTTTAATTGTAACAAACT-AATCAGAAAAACTA  848

seq1  TTCCTGTGAACTTGCAAATCTTGGCTGAATTCAAGAACAGACACCTAACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGAACTTGCAAATCTTGGCTGAATTCAAGAACAGACACCTAACT  898

seq1  TTAGTGTATAA-TGGCATCTACCAACCTTTCACTTAACCACCTATTTTCT  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TTAGTGTATAATTGGCATCTACCAACCTTTCACTT-ACCACC-ATTTTCT  946

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  979
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  977

seq1: chr15_28746878_28747869
seq2: B6Ng01-113L05.g_68_1053 (reverse)

seq1  AATATAATCACATTACTTACCTCTTCCCTTTCCTCTATCCAATCCCTTAC  50
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATA-AATCACATTACTTACCTCTTCCC-TTCCTCTATCCAATCCCTTAC  48

seq1  ATATAATAAACCTTGATCTCTTTCAGAACCATGGCTTTTTTCATTAATTG  100
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  A-ATAATAAACC-TGATCTCTTTCAGAACCATGGC-TTTTTCATTAA-TG  94

seq1  TATATACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  150
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACATGTGTGTGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  144

seq1  TGTTTATTCATAAATAAATACATACAGTCCAGTCTACTTGTTACTTGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTCATAAATAAATACATACAGTCCAGTCTACTTGTTACTTGTAG  194

seq1  AAGTCTAGTCTAGTTGTAGATGATTATCATTCCTGCTCCCAGAATTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTAGTCTAGTTGTAGATGATTATCATTCCTGCTCCCAGAATTCCTT  244

seq1  AGTTGCCTGTAGTTTCTGTAGGCTTGAGGCATCTCAGATTTTCTCCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTGTAGTTTCTGTAGGCTTGAGGCATCTCAGATTTTCTCCTGCC  294

seq1  CATGCAACTATTCTTGTTGAGCTCATGCTTAGCAGTCATGTTGGTGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAACTATTCTTGTTGAGCTCATGCTTAGCAGTCATGTTGGTGAGAC  344

seq1  ATCCATAGGCTTTTCTTTAAGTCCTACAAGAATGAACGGACCCTGGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAGGCTTTTCTTTAAGTCCTACAAGAATGAACGGACCCTGGTATA  394

seq1  ATATTCATGTTTTAAGATATTAATGCAGGTAAAACAAAATGTTAAATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCATGTTTTAAGATATTAATGCAGGTAAAACAAAATGTTAAATGAT  444

seq1  TTAGGGTAAAGTTGAGATAAAAGTTAAATGAGAAAAAATAAAAAGCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTAAAGTTGAGATAAAAGTTAAATGAGAAAAAATAAAAAGCTTCC  494

seq1  AAAGAAAAGAGAATGGCAGAAATTATAGCTTGTACTTTAATTACATTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGAGAATGGCAGAAATTATAGCTTGTACTTTAATTACATTCTG  544

seq1  CATTTCCATGGAACATGGGTGCCAGAGAGATCACTTATCTTAGGGTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCATGGAACATGGGTGCCAGAGAGATCACTTATCTTAGGGTTTCT  594

seq1  ATTGCTGTGATCAACCAGCATGACAAAGAGCAACTTCACTTACTTATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTGATCAACCAGCATGACAAAGAGCAACTTCACTTACTTATACT  644

seq1  TTCACATCACAGTCCAAAGGTGAAGGAGTACATGCCTGGAACTAAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATCACAGTCCAAAGGTGAAGGAGTACATGCCTGGAACTAAAGACA  694

seq1  GAAAGAAGGCAGGAACTTAACCAGAAGCCATGGGGGAGTGATGCTTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGGCAGGAACTTAACCAGAAGCCATGGGGGAGTGATGCTTGTTT  744

seq1  GATTTCTCCTAGTGGCTTGCTCTCCCTGCTTCCTTATGCACCCAAAACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCCTAGTGGCTTGCTCTCCCTGCTTCCTTATGCACCCAAAACAC  794

seq1  CCATCTATCCAACATAGTACTAACCACAATGCATGGGACCCTCATTCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTATCCAACATAGTACTAACCACAATGCATGGGACCCTCATTCACC  844

seq1  AGTCACTAATTAAGAAAATGCTCTAACAGACTTTCTAATAGTCAGTCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTAATTAAGAAAATGCTCTAACAGACTTTCTAATAGTCAGTCTTA  894

seq1  TGGAGGGACATTCTCAGTTGCTCTTGCCTCTTTTTAGACAACTTTGACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGACATTCTCAGTTGCTCTTGCCTCTTTTTAGACAACTTTGACTT  944

seq1  GTGTCAGTTTGACAATAAGCTAGCAAGCATACCATTGAATTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTTTGACAATAAGCTAGCAAGCATACCATTGAATTC  986