BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121L03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 10,011,106 - 10,177,637
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrlr
Upstream gene1110020G09Rik, Skp2, Lmbrd2, LOC666503, Ugt3a1, LOC100039661, Ugt3a2, LOC383094, Capsl, Il7r, C230086A09Rik
Downstream geneAgxt2, 4930461P20Rik, Bxdc2, Rad1, 4930401A09Rik, EG666579, Rai14, C1qtnf3, Amacr, Slc45a2, Rxfp3, Adamts12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121L03.bB6Ng01-121L03.g
ACCDH925316DH925317
length1,0341,144
definitionDH925316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121L03, 5' end.DH925317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,011,106 - 10,012,145)(10,176,481 - 10,177,637)
sequence
gaattctctatgtagaccagtctggcctcaagtttatgatgctcctatcc
caaaattttaaatactgaaattagtgccatgacacctgacctccaaaaat
ggcatttgagcatctgaaataagattaatggcttctgaataattaaaatc
catcttgttttaattataattaatgtgtcatttaacagtgaacataacag
atgactcctgcaaaaaatgcatcgtcaggcaattttgttgtaaaactaca
aatatatacttaaaattagatgatgtaccctactgtgtacatcctttggc
tatatagtaatgacaccatgttacatgtaattttcgtgtagtcttttcta
ttgatatgataagatatcatgaccaagacaatgtataaaagaaagagttt
aattgggtttattccttaaagaataaagacatggtggtaggcagttggag
caactgctgagagctcacatcacagaagtagaaggcaaagagcacatgag
aaagtacatgggtcctttgacaccagtgacacacgtctttcaacaaggcc
acacctcctaatccttccccaacatttctactaattagagactaaaaatt
cacacatgagcatctggggaccattctttaaacacaacccatcatcaact
gaaacactatggaacatatgaccataatttgaaccaggctaccttgtagg
gctatataaattgaatctcatgaaccactgcatttgatcttttgacctag
aggagatttaaagctacaaaagctgccccaagagagctaagtggtacaag
attaaaacttgaaatattttatttgagctcacaagctatgttggtgtctc
aatatccacataaactttgaaactggttcaagtagttgtcagtataattc
cttttcatggcttctaaagatgttctatgtgtgacctggaacatctttca
ggatctacagagagtttgagagttaaaagatctgaccagtgtgaccaggg
acatgcacactgtggacactgctaaagtggctct
gaattctttacagctcctcatgttacatgccttcttaacttgttatattt
taagttttattaatttggaggagaagtccatttgtctatatacgcactaa
ttgaatatttatggattgcttactagtagaagaattggcaccaaattttg
gggtgatcttccttttgcaagggaaacagtaaggaaacaattgaaatgtc
ctctccatggtacaggtgaggagaaggtttttattgtgaatcagagagag
tagagagaatcaaagcagactggacatggccagtgcatctatgagagaat
gtagaatagcccatagagtgagagagtaaagaggagagcaggagatagag
ggaaagtatagggaaaatagccagggtaaggggaaaatcattcatgttga
aaagagaacaaataggtataaggaggatggatgtctggggaggttggcat
agcctttgaaatgtgtaacaagtatatttcagtaggggctgaaggagcct
ggaggatggcatgggctttgaaatgcaaccacaggcacatgtcggtggag
ctctatgtccgttgtgccagggacaagagaagtgaatccttttggtaaat
aggaactggctttacaaatttctaaggaattctggtttctatctaacttc
tggaaatcatcctatagtccactttggtctcatttctggatatttgaact
gcctgtaagatctaacagttctccattcaaaaaggtattaggattagagg
cagtaagactggtgaaaatggagcccaaaagccataaagttttctaatgg
aatggatgtaaagagcggaaaaaatatagtgattatcaatgacatacata
tctggtttaacgctcttatgtagagagtaatttactaggcaaaggaaata
agagttctctgtgtacaattttctgaaacgttagttatgacagtcttaca
taactttttaaaacttttcagaaattagctctaataatttctacattagg
aaacaatgtaaacttagcctgttgagaagacttatcttgtgtactgatgg
gggcatcactgtcaattaagcttatggccttgggcctagcagaaattggg
aggtggacatctgcagagaaagaattctggaataggccagacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_10011106_10012145
seq2: B6Ng01-121L03.b_48_1081

seq1  GAATTCTCTATGTAGACCAGTCTGGCCTCAAGTTTATGATGCTCCTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTAGACCAGTCTGGCCTCAAGTTTATGATGCTCCTATCC  50

seq1  CAAAATTTTAAATACTGAAATTAGTGCCATGACACCTGACCTCCAAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTTAAATACTGAAATTAGTGCCATGACACCTGACCTCCAAAAAT  100

seq1  GGCATTTGAGCATCTGAAATAAGATTAATGGCTTCTGAATAATTAAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTGAGCATCTGAAATAAGATTAATGGCTTCTGAATAATTAAAATC  150

seq1  CATCTTGTTTTAATTATAATTAATGTGTCATTTAACAGTGAACATAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTTTTAATTATAATTAATGTGTCATTTAACAGTGAACATAACAG  200

seq1  ATGACTCCTGCAAAAAATGCATCGTCAGGCAATTTTGTTGTAAAACTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCCTGCAAAAAATGCATCGTCAGGCAATTTTGTTGTAAAACTACA  250

seq1  AATATATACTTAAAATTAGATGATGTACCCTACTGTGTACATCCTTTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATACTTAAAATTAGATGATGTACCCTACTGTGTACATCCTTTGGC  300

seq1  TATATAGTAATGACACCATGTTACATGTAATTTTCGTGTAGTCTTTTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTAATGACACCATGTTACATGTAATTTTCGTGTAGTCTTTTCTA  350

seq1  TTGATATGATAAGATATCATGACCAAGACAATGTATAAAAGAAAGAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATGATAAGATATCATGACCAAGACAATGTATAAAAGAAAGAGTTT  400

seq1  AATTGGGTTTATTCCTTAAAGAATAAAGACATGGTGGTAGGCAGTTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGTTTATTCCTTAAAGAATAAAGACATGGTGGTAGGCAGTTGGAG  450

seq1  CAACTGCTGAGAGCTCACATCACAGAAGTAGAAGGCAAAGAGCACATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTGAGAGCTCACATCACAGAAGTAGAAGGCAAAGAGCACATGAG  500

seq1  AAAGTACATGGGTCCTTTGACACCAGTGACACACGTCTTTCAACAAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACATGGGTCCTTTGACACCAGTGACACACGTCTTTCAACAAGGCC  550

seq1  ACACCTCCTAATCCTTCCCCAACATTTCTACTAATTAGAGACTAAAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCCTAATCCTTCCCCAACATTTCTACTAATTAGAGACTAAAAATT  600

seq1  CACACATGAGCATCTGGGGACCATTCTTTAAACACAACCCATCATCAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAGCATCTGGGGACCATTCTTTAAACACAACCCATCATCAACT  650

seq1  GAAACACTATGGAACATATGACCATAATTTGAACCAGGCTACCTTGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTATGGAACATATGACCATAATTTGAACCAGGCTACCTTGTAGG  700

seq1  GCTATATAAATTGAATCTCATGAACCACTGCATTTGATCTTTTGACCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATAAATTGAATCTCATGAACCACTGCATTTGATCTTTTGACCTAG  750

seq1  AGGAGATTTAAAGCTACAAAAGCTGCCCCAAGAGAGCTAAGTGGTACAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATTTAAAGCTACAAAAGCTGCCCCAAGAGAGCTAAGTGGTACAAG  800

seq1  ATTAAAACTTGAAATATTTTATTTGAGCTCACAAGCTATGTTGGTGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACTTGAAATATTTTATTTGAGCTCACAAGCTATGTTGGTGTCTC  850

seq1  AATATCCACATAAACTTTGAAACTGGTTCAAGTAGTTGTCAGTATAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCACATAAACTTTGAAACTGGTTCAAGTAGTTGTCAGTATAATTC  900

seq1  CTTTTCCATGGCTTCTAAAGATGTTTCTATGTGTGACCTGGAACATCTTT  950
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTT-CATGGCTTCTAAAGATG-TTCTATGTGTGACCTGGAACATCTTT  948

seq1  CAGGATCTACAGAGAGTTTGAGAGTTAAAAAGATCTGACCAGTGTTGAAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||
seq2  CAGGATCTACAGAGAGTTTGAGAGTT-AAAAGATCTGACCAGTGT--GAC  995

seq1  CAGGGACATGCACACTGTGGACACTGCTAAAGGTGGCTCT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGGGACATGCACACTGTGGACACTGCTAAA-GTGGCTCT  1034

seq1: chr15_10176481_10177637
seq2: B6Ng01-121L03.g_66_1209 (reverse)

seq1  TTGTCTGGCTCTATCCCAGAATTCTTTCTCCTCCCAGATGTCCCACCTCC  50
      ||||||||| |||| |||||||||||||||    ||||||| ||||||||
seq2  TTGTCTGGC-CTATTCCAGAATTCTTTCTC--TGCAGATGT-CCACCTCC  46

seq1  CATTTCCTGCCTAAGCCATAGGCCATAAGCCTTTTAATTGACAGGTGATG  100
      || || ||| ||| |||  |||||||||||   |||||||||| ||||||
seq2  CAATTTCTG-CTAGGCCCAAGGCCATAAGC---TTAATTGACA-GTGATG  91

seq1  CACCCATACAGTACACAAGAT-AGTC-TCTCTACA-GCTAAGTTTTGACA  147
      | ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||  |||
seq2  CCCCCAT-CAGTACACAAGATAAGTCTTCTCAACAGGCTAAGTTT--ACA  138

seq1  TTGTTTCCTAATGTAGAAATTATTAGGAGCTAATTTCTGAAAAGTTTTAA  197
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCCTAATGTAGAAATTATTA-GAGCTAATTTCTGAAAAGTTTTAA  187

seq1  AAAGTTATGT-AGACTGTCCATTAACTAACGTTTCAGAAAATTGTACACA  246
      |||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATGTAAGACTGTC--ATAACTAACGTTTCAGAAAATTGTACACA  235

seq1  GAGAACTCTTATTTCCTTTTGCCTAGTAAATTACCTCTCTACATAAGAGC  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGAACTCTTATTTCC-TTTGCCTAGTAAATTA-CTCTCTACATAAGAGC  283

seq1  GTTAAACCAGATATGTATGTCATTGATAATCACTATATTTTTTCCGCTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACCAGATATGTATGTCATTGATAATCACTATATTTTTTCCGCTCT  333

seq1  TTACATCCATTCCATTAGAAAACTTTATGGCTTTTTGGCTCCATTTTCAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACATCCATTCCATTAGAAAACTTTATGGCTTTTGGGCTCCATTTTCAC  383

seq1  CAGTCTTACTGCCTCTAATCCTAATACCTTTTTGAATGGAGAACTGTTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTACTGCCTCTAATCCTAATACCTTTTTGAATGGAGAACTGTTAG  433

seq1  ATCTTACAGGCAGTTCAAATATCCAGAAATGAGACCAAAGTGGACTATAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACAGGCAGTTCAAATATCCAGAAATGAGACCAAAGTGGACTATAG  483

seq1  GATGATTTCCAGAAGTTAGATAGAAACCAGAATTCCTTAGAAATTTGTAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTTCCAGAAGTTAGATAGAAACCAGAATTCCTTAGAAATTTGTAA  533

seq1  AGCCAGTTCCTATTTACCAAAAGGATTCACTTCTCTTGTCCCTGGCACAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTTCCTATTTACCAAAAGGATTCACTTCTCTTGTCCCTGGCACAA  583

seq1  CGGACATAGAGCTCCACCGACATGTGCCTGTGGTTGCATTTCAAAGCCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACATAGAGCTCCACCGACATGTGCCTGTGGTTGCATTTCAAAGCCCA  633

seq1  TGCCATCCTCCAGGCTCCTTCAGCCCCTACTGAAATATACTTGTTACACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCCTCCAGGCTCCTTCAGCCCCTACTGAAATATACTTGTTACACA  683

seq1  TTTCAAAGGCTATGCCAACCTCCCCAGACATCCATCCTCCTTATACCTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAGGCTATGCCAACCTCCCCAGACATCCATCCTCCTTATACCTAT  733

seq1  TTGTTCTCTTTTCAACATGAATGATTTTCCCCTTACCCTGGCTATTTTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTTTTCAACATGAATGATTTTCCCCTTACCCTGGCTATTTTCC  783

seq1  CTATACTTTCCCTCTATCTCCTGCTCTCCTCTTTACTCTCTCACTCTATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTTCCCTCTATCTCCTGCTCTCCTCTTTACTCTCTCACTCTATG  833

seq1  GGCTATTCTACATTCTCTCATAGATGCACTGGCCATGTCCAGTCTGCTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTCTACATTCTCTCATAGATGCACTGGCCATGTCCAGTCTGCTTT  883

seq1  GATTCTCTCTACTCTCTCTGATTCACAATAAAAACCTTCTCCTCACCTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCTCTACTCTCTCTGATTCACAATAAAAACCTTCTCCTCACCTGT  933

seq1  ACCATGGAGAGGACATTTCAATTGTTTCCTTACTGTTTCCCTTGCAAAAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGAGAGGACATTTCAATTGTTTCCTTACTGTTTCCCTTGCAAAAG  983

seq1  GAAGATCACCCCAAAATTTGGTGCCAATTCTTCTACTAGTAAGCAATCCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCACCCCAAAATTTGGTGCCAATTCTTCTACTAGTAAGCAATCCA  1033

seq1  TAAATATTCAATTAGTGCGTATATAGACAAATGGACTTCTCCTCCAAATT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTCAATTAGTGCGTATATAGACAAATGGACTTCTCCTCCAAATT  1083

seq1  AATAAAACTTAAAATATAACAAGTTAAGAAGGCATGTAACATGAGGAGCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACTTAAAATATAACAAGTTAAGAAGGCATGTAACATGAGGAGCT  1133

seq1  GTAAAGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  GTAAAGAATTC  1144