BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126A03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 92,395,871 - 92,502,016
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdzrn4
Upstream geneSlc2a13, Lrrk2, Muc19, Smgc, LOC100042529, Cntn1
Downstream geneLOC100042552, LOC100043283, Glt8d3, Yaf2, Zcrb1, Pphln1, LOC627623, Prickle1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126A03.bB6Ng01-126A03.g
ACCDH928488DH928489
length1,141291
definitionDH928488|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126A03, 5' end.DH928489|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,500,866 - 92,502,016)(92,395,871 - 92,396,161)
sequence
gaattcacttttcggcagtcagtgcaaacgatgtgtgaattcgtttgttg
tggcagatgggctaattaatctataacaacctgtgaatttaagtaaagaa
ggaagcttttcatatgtaaaccacattaggataatgtttgacaaagctgt
tgtttaatgagatcagctacccttagggatacactgcagaaattggtcat
tcaggacacttctcagatctagttacctccacttggatacaagctgcccc
tttctgattgttcctctacatccaactatatacacaattctcccgaagat
caggaaaacaggcccctactttggagtacagggacgttactctggtgagg
ggacagttctagaattgctatctagagttgataagagtttcaactcctcc
atgcctcttaagaacaataaaggtgtctaagcatctacctcttccaagat
agaacacatataagaatgcttaataagctggacatggtagtacagtattt
gacgccagcacttggaaggcagagacaggtggatctttgtaaatttgatg
ccgccctggtctacataacaagttccaggacagccaaggcaacatagaga
agctctgtatcaaaaagaaaacgaacaaacaaaaacccaaacaaacaaac
aaaacaacaacaaaacccagaatacagtaaaattcccaaagattatgaac
agctatgacccaatttcacttgaaaatatgaaaggccagagtgttattat
tttgtttggtcatgatagttaacctatgggactttttacagtcactcata
ggtggagttcattatttttttccctaaagctacaaagtgaaagtacttac
ttttattgatattaaattctcttcttgctaactaaacagaagaatacagg
tcacaggacatgccacagacataggaagtgatacttaaattcctattaaa
tggttggcacgaaataactcaaataactctaaatctgtatccattaaaag
acctgtgacatcattttcaaattgatttgaagaatttcagcatctgtttt
tccccctacgttaggtatgttgattccactagacatctatagaatatagt
tatacttatatgatataagtgagacggcattgttcaaaagc
atgtgctgagaaggaatctaaaaataagtaagacaaggtggggggggggt
gtggacagtcaggatgccatgtggctattatatcttgaaggcaacagaga
agctttgaaggtagtgcctcagacaggcaatctgaccagatttatgtcca
gcaaacattaatttagctgagttatggatcctggataggacaacaagatt
gaatggaagtaggctgcctctttgctgttatttaagaaagataattgtgg
ccttgtagcaaggcagaaaagcagaaatggatatatttggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_92500866_92502016
seq2: B6Ng01-126A03.b_48_1188 (reverse)

seq1  GCTTTTGAACACATGCTGTACTCAACTTATATCATATAAGTTATAACTTA  50
      ||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||| |||||| ||
seq2  GCTTTTGAACA-ATGCCGT-CTC-ACTTATATCATATAAG-TATAAC-TA  45

seq1  TATCTTATAGATGTCCTAGTGGAATCAACATACCTAACCTTAGGGGGAAA  100
      |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||
seq2  TATTCTATAGATGT-CTAGTGGAATCAACATACCTAA-CGTAGGGGGAAA  93

seq1  AACAGATGCTGAAATTCTTTCAAATCAATTTGAAAATGATGTCACAGGTC  150
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATGCTGAAATTC-TTCAAATCAATTTGAAAATGATGTCACAGGTC  142

seq1  TTTTAATGGATACAGATTTAGAGTTATTTTGAGTTATTTCGTGCCAACCA  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGGATACAGATTTAGAGTTA-TTTGAGTTATTTCGTGCCAACCA  191

seq1  TTTTAATAGGAATTTAAGTATCACTTCCTATGTCTGTGGCATGTCCTGTG  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTAATAGGAATTTAAGTATCACTTCCTATGTCTGTGGCATGTCCTGTG  240

seq1  ACCTGTATTCTTCTGTTTAGTTAGCAAGAAGAGAATTTAATATCAATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTATTCTTCTGTTTAGTTAGCAAGAAGAGAATTTAATATCAATAAA  290

seq1  AGTAAGTACTTTCACTTTGTAGCCTTAGGGAAAAAAATAATGAACTCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTACTTTCACTTTGTAGCTTTAGGGAAAAAAATAATGAACTCCAC  340

seq1  CTATGAGTGACTGTAAAAAGTCCCATAGGTTAACTATCATGACCAAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGTGACTGTAAAAAGTCCCATAGGTTAACTATCATGACCAAACAA  390

seq1  AATAATAACACTCTGGCCTTTCATATTTTCAAGTGAAATTGGGTCATAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAACACTCTGGCCTTTCATATTTTCAAGTGAAATTGGGTCATAGC  440

seq1  TGTTCATAATCTTTGGGAATTTTACTGTATTCTGGGTTTTGTTGTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAATCTTTGGGAATTTTACTGTATTCTGGGTTTTGTTGTTGTTT  490

seq1  TGTTTGTTTGTTTGGGTTTTTGTTTGTTCGTTTTCTTTTTGATACAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTGGGTTTTTGTTTGTTCGTTTTCTTTTTGATACAGAGC  540

seq1  TTCTCTATGTTGCCTTGGCTGTCCTGGAACTTGTTATGTAGACCAGGGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTATGTTGCCTTGGCTGTCCTGGAACTTGTTATGTAGACCAGGGCG  590

seq1  GCATCAAATTTACAAAGATCCACCTGTCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAAATTTACAAAGATCCACCTGTCTCTGCCTTCCAAGTGCTGGCGT  640

seq1  CAAATACTGTACTACCATGTCCAGCTTATTAAGCATTCTTATATGTGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACTGTACTACCATGTCCAGCTTATTAAGCATTCTTATATGTGTTC  690

seq1  TATCTTGGAAGAGGTAGATGCTTAGACACCTTTATTGTTCTTAAGAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGGAAGAGGTAGATGCTTAGACACCTTTATTGTTCTTAAGAGGCA  740

seq1  TGGAGGAGTTGAAACTCTTATCAACTCTAGATAGCAATTCTAGAACTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGTTGAAACTCTTATCAACTCTAGATAGCAATTCTAGAACTGTC  790

seq1  CCCTCACCAGAGTAACGTCCCTGTACTCCAAAGTAGGGGCCTGTTTTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACCAGAGTAACGTCCCTGTACTCCAAAGTAGGGGCCTGTTTTCCT  840

seq1  GATCTTCGGGAGAATTGTGTATATAGTTGGATGTAGAGGAACAATCAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCGGGAGAATTGTGTATATAGTTGGATGTAGAGGAACAATCAGAA  890

seq1  AGGGGCAGCTTGTATCCAAGTGGAGGTAACTAGATCTGAGAAGTGTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCAGCTTGTATCCAAGTGGAGGTAACTAGATCTGAGAAGTGTCCTG  940

seq1  AATGACCAATTTCTGCAGTGTATCCCTAAGGGTAGCTGATCTCATTAAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCAATTTCTGCAGTGTATCCCTAAGGGTAGCTGATCTCATTAAAC  990

seq1  AACAGCTTTGTCAAACATTATCCTAATGTGGTTTACATATGAAAAGCTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTTGTCAAACATTATCCTAATGTGGTTTACATATGAAAAGCTTC  1040

seq1  CTTCTTTACTTAAATTCACAGGTTGTTATAGATTAATTAGCCCATCTGCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTACTTAAATTCACAGGTTGTTATAGATTAATTAGCCCATCTGCC  1090

seq1  ACAACAAACGAATTCACACATCGTTTGCACTGACTGCCGAAAAGTGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAACGAATTCACACATCGTTTGCACTGACTGCCGAAAAGTGAATT  1140

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1141

seq1: chr15_92395871_92396161
seq2: B6Ng01-126A03.g_73_363

seq1  ATGTGCTGAGAAGGAATCTAAAAATAAGTAAGACAAGGTGGGGGGGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGAGAAGGAATCTAAAAATAAGTAAGACAAGGTGGGGGGGGGGT  50

seq1  GTGGACAGTCAGGATGCCATGTGGCTATTATATCTTGAAGGCAACAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAGTCAGGATGCCATGTGGCTATTATATCTTGAAGGCAACAGAGA  100

seq1  AGCTTTGAAGGTAGTGCCTCAGACAGGCAATCTGACCAGATTTATGTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGAAGGTAGTGCCTCAGACAGGCAATCTGACCAGATTTATGTCCA  150

seq1  GCAAACATTAATTTAGCTGAGTTATGGATCCTGGATAGGACAACAAGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACATTAATTTAGCTGAGTTATGGATCCTGGATAGGACAACAAGATT  200

seq1  GAATGGAAGTAGGCTGCCTCTTTGCTGTTATTTAAGAAAGATAATTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAGTAGGCTGCCTCTTTGCTGTTATTTAAGAAAGATAATTGTGG  250

seq1  CCTTGTAGCAAGGCAGAAAAGCAGAAATGGAGAGATTTGGG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  CCTTGTAGCAAGGCAGAAAAGCAGAAATGGATATATTTGGG  291