BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126P01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 18,343,868 - 18,506,200
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666839
Upstream geneLOC100040162, LOC666835
Downstream geneCdh10, EG666857, EG666875, LOC621884
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126P01.bB6Ng01-126P01.g
ACCDH929184DH929185
length1,1581,085
definitionDH929184|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126P01, 5' end.DH929185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,343,868 - 18,345,050)(18,505,100 - 18,506,200)
sequence
gaattcattttgaatcaggagatgattgtaatcctgtgaattttgtaggt
gccatgcagaatttacaagactgaaagaactgtctcctgtaagctcatta
atttaactgttggcccccagttataattactgtttagagagattagtgaa
cttttatgtgctccagccctgataaacaaattgtatcactagtgttgaac
ctcaaggtcttgatgtctcacctctcatagtgagagatttagattcttta
aaaacacaaaattgccataggaacatgtttttgttttaattccaggtatg
gaatatcagattgcttcagattatccacagcagctgacttgtgctctaac
aggggtgtgattttcccagctgctgctaatctctgcaaatgtaagatgtt
tagaattcagggaatgattgaaaaggtataaatactagaatcattactgc
tgttgcttctcctccttctcctgttctgcttattgctgctgttgctattt
cgttatgtggtcttgtgcaaagggaggagaaaaaaagttgggcatccaaa
caggaagatcaaacttgcctcaaggaactcactactcctagtcagcagga
agtactctaatgatataaaagcctaatgaaatcacggtctaatgataccc
ctttagccttctttgtctgtgtttttggaaaggcagaatagggctggaca
agtgtggtagaaaaagaaacccataaagtagccaaaagtccagctacaac
ctcattccctgtttgatctatgcattgtatgtggataaagatgtggttat
ccagctgtctgctcttaccaccctaccttatcacacctgtcatgccagtc
tcttttcccctcctggaatcataaggtaaggcaaactctttcatctttaa
gttacttttgatcctgctattttatcatagcaaaaataaaaataaaaagg
atttatcacattttttgcattaactgatacatgatggattcaaagatgac
acatttagtattgtttccaatttactgaatgttttaaaatgataaacaaa
ttgatattatatagactttctgttgtgatctctgggttacttgataagtt
agcaaaccgctgttttatatatggtgttcagactcgttctatgtgtaagg
aaatcaaa
gaattcctatatatttatgtataaacatcatggaaggaaactagcaaaac
gttttagttctgcagcacaaagttccaaagacctacagtacagtccaggg
cccttaatgaatgttttggttttgaacctctgattttcagagaatatgtt
ttaaattgtgttcttactatgcacaagcgtgcacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacaagaaggaagcctccaaacaagtata
ttacatacaaccatgacacagctcacagaacatttagagagtatcatagt
tgcattacttttttgtgtgatgacactttgttattgaaacatgtttgcat
gcagtagcttaagcacttcagacatgcatcactctttgtttatcagaaaa
tacacatcaaaatatgacagactacatgtaaaactgagagctttatcact
actacccagctaataacaattatcttgcatgtccctaatcagggtctgtg
ttacagtcatggataaatcatctatcttacatcccttcttctgttcctca
cctcaggtataatttctcactttataccactcatcaacagtgactcaatt
ttatcacccaacccacagaaaacctgactaacaggaacacagttgaatgg
tttattcttcccatgtgaagtatcatttaaatatagtcaagagaggcact
cagcattatagaatgccaggcttttttgtaattaggcacagtcaccttta
atgttaggctgtgttctccaagttgaaatttgactcacggaaatatgttg
cttttaggaaaatagaaagaactgtagattatcattttagaggaaatgag
gatcactaagacagatatcagatgttttttttcacatgtgtggagataga
agaaagatcatgaaattaaagttgaatatatgaaatgttcatggttgatg
tgcagaaaagatgagacatagacaattagttaagccaaagtaacctcaca
ctgagaaggaaatggtataaatataccctcattgaagagttaatcaattg
ctagttgtagggggagaaataaattagtttcatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_18343868_18345050
seq2: B6Ng01-126P01.b_48_1205

seq1  GAATTCATTTTGAATCAGGAGATGATTGTAATCCTGTGAATTTTGTAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGAATCAGGAGATGATTGTAATCCTGTGAATTTTGTAGGT  50

seq1  GCCATGCAGAATTTACAAGACTGAAAGAACTGTCTCCTGTAAGCTCATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCAGAATTTACAAGACTGAAAGAACTGTCTCCTGTAAGCTCATTA  100

seq1  ATTTAACTGTTGGCCCCCAGTTATAATTACTGTTTAGAGAGATTAGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACTGTTGGCCCCCAGTTATAATTACTGTTTAGAGAGATTAGTGAA  150

seq1  CTTTTATGTGCTCCAGCCCTGATAAACAAATTGTATCACTAGTGTTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGTGCTCCAGCCCTGATAAACAAATTGTATCACTAGTGTTGAAC  200

seq1  CTCAAGGTCTTGATGTCTCACCTCTCATAGTGAGAGATTTAGATTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTCTTGATGTCTCACCTCTCATAGTGAGAGATTTAGATTCTTTA  250

seq1  AAAACACAAAATTGCCATAGGAACATGTTTTTGTTTTAATTCCAGGTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAAAATTGCCATAGGAACATGTTTTTGTTTTAATTCCAGGTATG  300

seq1  GAATATCAGATTGCTTCAGATTATCCACAGCAGCTGACTTGTGCTCTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCAGATTGCTTCAGATTATCCACAGCAGCTGACTTGTGCTCTAAC  350

seq1  AGGGGTGTGATTTTCCCAGCTGCTGCTAATCTCTGCAAATGTAAGATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGTGATTTTCCCAGCTGCTGCTAATCTCTGCAAATGTAAGATGTT  400

seq1  TAGAATTCAGGGAATGATTGAAAAGGTATAAATACTAGAATCATTACTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCAGGGAATGATTGAAAAGGTATAAATACTAGAATCATTACTGC  450

seq1  TGTTGCTTCTCCTCCTTCTCCTGTTCTGCTTATTGCTGCTGTTGCTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTCTCCTCCTTCTCCTGTTCTGCTTATTGCTGCTGTTGCTATTT  500

seq1  CGTTATGTGGTCTTGTGCAAAGGGAGGAGAAAAAAAGTTGGGCATCCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTATGTGGTCTTGTGCAAAGGGAGGAGAAAAAAAGTTGGGCATCCAAA  550

seq1  CAGGAAGATCAAACTTGCCTCAAGGAACTCACTACTCCTAGTCAGCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGATCAAACTTGCCTCAAGGAACTCACTACTCCTAGTCAGCAGGA  600

seq1  AGTACTCTAATGATATAAAAGCCTAATGAAATCACGGTCTAATGATACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCTAATGATATAAAAGCCTAATGAAATCACGGTCTAATGATACCC  650

seq1  CTTTAGCCTTCTTTGTCTGTGTTTTTGGAAAGGCAGAATAGGGCTGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCCTTCTTTGTCTGTGTTTTTGGAAAGGCAGAATAGGGCTGGACA  700

seq1  AGTGTGGTAGAAAAAGAAACCCATAAAGTAGCCAAAAGTCCAGCTACAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTAGAAAAAGAAACCCATAAAGTAGCCAAAAGTCCAGCTACAAC  750

seq1  CTCATTCCCTGTTTGATCTATGCATTGTATGTGGATAAAGATGTGGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCCCTGTTTGATCTATGCATTGTATGTGGATAAAGATGTGGTTAT  800

seq1  CCAGCTGTCTGCTCTTACCACCCTACCTTATCACACCTGTCATGCCAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTCTGCTCTTACCACCCTACCTTATCACACCTGTCATGCCAGTC  850

seq1  TCTTTTCCCCTCCTGGAATCATAAGGTAAGGCAAACTCTTTCATCTTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCCCCTCCTGGAATCATAAGGTAAGGCAAACTCTTTCATCTTTAA  900

seq1  GTTACTTTTGATCCTGCTATTTTATCATAGCAAAAAATAAAAAATAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  GTTACTTTTGATCCTGCTATTTTATCATAGC-AAAAATAAAAA--TAAAA  947

seq1  AGGATTTAATCCACATTTTTTGCATTTAACTGATACATGATGGATTCAAA  1000
      ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGATTTA--TCACATTTTTTGCA-TTAACTGATACATGATGGATTC-AA  993

seq1  AGATGAACACAATTTAGTAATTGTTTCCAATTTACTGAATGTTTTTAAAA  1050
      ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AGATG-ACAC-ATTTAGT-ATTGTTTCCAATTTACTGAATGTTTT--AAA  1038

seq1  ATGATTAAAACAAATTGATATTATAATAAGACTTTCTGTTTGTGATCTCT  1100
      |||||  ||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||
seq2  ATGAT--AAACAAATTGATATTATA--TAGACTTTCTG-TTGTGATCTCT  1083

seq1  GAGTGTACTTGATACAGTCTAGCAAACTGCTGTTTATAATTATGGCTGTT  1150
      | || ||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||  ||||| ||||
seq2  GGGT-TACTTGATA-AGT-TAGCAAACCGCTGTTT-TATATATGG-TGTT  1128

seq1  CTAGACTCGTTCATTGTGTAAGGTAAATTCAAA  1183
      | ||||||||||  |||||||||  || |||||
seq2  C-AGACTCGTTCTATGTGTAAGG--AAATCAAA  1158

seq1: chr15_18505100_18506200
seq2: B6Ng01-126P01.g_68_1152 (reverse)

seq1  TAATGAAAACTAA-TTATTTCTCCCCCTACAACTGGCAATTGGAATTAAC  49
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||
seq2  TAATG-AAACTAATTTATTTCTCCCCCTACAACTAGCAATTG--ATTAAC  47

seq1  TCTTTCATTGAGGGTAATAATTTATACCCATTTCCCTTCTCAGTGTGAGG  99
      || |||| ||||||||   ||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TC-TTCAATGAGGGTA--TATTTATA-CCATTT-CCTTCTCAGTGTGAGG  92

seq1  TTACTTTGGGCTTAAACTATTTGTCTATGTTCTCATCCTTTTCTGCCACA  149
      ||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||
seq2  TTACTTT-GGCTT-AACTAATTGTCTATG-TCTCAT-CTTTTCTG-CACA  137

seq1  TCAACCATGAACATTTCATATAATTCAACCTTAATTTCATGATCTTTTCT  199
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TCAACCATGAACATTTCATAT-ATTCAACTTTAATTTCATGATC-TTTCT  185

seq1  TCTATCTTCCACACATGTGAAAAAAAAACATCTGATATCTGTCTTAGTGA  249
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATC-TCCACACATGTG-AAAAAAAACATCTGATATCTGTCTTAGTGA  233

seq1  TCCTCATTTCCTCTAAAATGATAATCTACAGTTCTTTCTATTTTCCTAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATTTCCTCTAAAATGATAATCTACAGTTCTTTCTATTTTCCTAAA  283

seq1  AGCAACATATTTCCGTGAGTCAAATTTCAACTTGGAGAACACAGCCTAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATATTTCCGTGAGTCAAATTTCAACTTGGAGAACACAGCCTAAC  333

seq1  ATTAAAGGTGACTGTGCCTAATTACAAAAAAGCCTGGCATTCTATAATGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGTGACTGTGCCTAATTACAAAAAAGCCTGGCATTCTATAATGC  383

seq1  TGAGTGCCTCTCTTGACTATATTTAAATGATACTTCACATGGGAAGAATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCCTCTCTTGACTATATTTAAATGATACTTCACATGGGAAGAATA  433

seq1  AACCATTCAACTGTGTTCCTGTTAGTCAGGTTTTCTGTGGGTTGGGTGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCAACTGTGTTCCTGTTAGTCAGGTTTTCTGTGGGTTGGGTGAT  483

seq1  AAAATTGAGTCACTGTTGATGAGTGGTATAAAGTGAGAAATTATACCTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAGTCACTGTTGATGAGTGGTATAAAGTGAGAAATTATACCTGA  533

seq1  GGTGAGGAACAGAAGAAGGGATGTAAGATAGATGATTTATCCATGACTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGAACAGAAGAAGGGATGTAAGATAGATGATTTATCCATGACTGT  583

seq1  AACACAGACCCTGATTAGGGACATGCAAGATAATTGTTATTAGCTGGGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGACCCTGATTAGGGACATGCAAGATAATTGTTATTAGCTGGGTA  633

seq1  GTAGTGATAAAGCTCTCAGTTTTACATGTAGTCTGTCATATTTTGATGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATAAAGCTCTCAGTTTTACATGTAGTCTGTCATATTTTGATGTG  683

seq1  TATTTTCTGATAAACAAAGAGTGATGCATGTCTGAAGTGCTTAAGCTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTGATAAACAAAGAGTGATGCATGTCTGAAGTGCTTAAGCTACT  733

seq1  GCATGCAAACATGTTTCAATAACAAAGTGTCATCACACAAAAAAGTAATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAAACATGTTTCAATAACAAAGTGTCATCACACAAAAAAGTAATG  783

seq1  CAACTATGATACTCTCTAAATGTTCTGTGAGCTGTGTCATGGTTGTATGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTATGATACTCTCTAAATGTTCTGTGAGCTGTGTCATGGTTGTATGT  833

seq1  AATATACTTGTTTGGAGGCTTCCTTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACTTGTTTGGAGGCTTCCTTCTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  883

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGCTTGTGCATAGTAAGAACACAATTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGCTTGTGCATAGTAAGAACACAATTT  933

seq1  AAAACATATTCTCTGAAAATCAGAGGTTCAAAACCAAAACATTCATTAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATATTCTCTGAAAATCAGAGGTTCAAAACCAAAACATTCATTAAG  983

seq1  GGCCCTGGACTGTACTGTAGGTCTTTGGAACTTTGTGCTGCAGAACTAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGGACTGTACTGTAGGTCTTTGGAACTTTGTGCTGCAGAACTAAA  1033

seq1  ACGTTTTGCTAGTTTCCTTCCATGATGTTTATACATAAATATATAGGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTGCTAGTTTCCTTCCATGATGTTTATACATAAATATATAGGAAT  1083

seq1  TC  1101
      ||
seq2  TC  1085