BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127G05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 72,331,512 - 72,417,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk9
Upstream geneLOC100040847, Col22a1
Downstream gene1810044A24Rik, LOC665621, Peg13, LOC100041120, Chrac1, Eif2c2, Ptk2, LOC666053, LOC100040929, Dennd3, Slc45a4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127G05.bB6Ng01-127G05.g
ACCDH929518DH929519
length1,078920
definitionDH929518|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G05, 5' end.DH929519|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,416,182 - 72,417,262)(72,331,512 - 72,332,466)
sequence
gaattctaggagcagggctggggggatgactcagaggttattcagtggtt
aaaatccttgccacagaagcagcaagcttgaggaccagaacccgtgtaag
tgccagggggatgtagggacccatttgtaattctagcacagaaggcagag
gtaggggaccccagtatttgtgaggacaaaatctagaaaggtaagctgtg
tcctgccagatgctggttttttcctctggggaacaaaactggaggaggag
acaaatccagggttagctcatggggagctgatagaaagctcctttcacta
actggggagcccgatgatggtaagaatggtcctttttcatccctcaacag
tagaaagaaacctggcccttcctcgacttcaactcaaactatctcctaca
aatacaagccctgagccatgttccctaagtgccttccttaagccctaagt
tatgtactcatttcagaataccctgagacagctagcatctgtcactcaca
tgtaccagatatcttaaagacaaacacatctttcctggggtccggagagg
ctccatttctgttttaaagattcaaggtcactatgagtaaaaaggataat
tccgtttttttaaagccattaaatacactgggaaacaattcattatgggt
gaaatccatggaaaacagaatcagaagatacaaatcaagaaataatcaaa
cagtggaatatactggacagagactgtgaaagggacgtggttggtttgag
aagtgaaaaagaatatcaatataggaaaagtatagctcataaaagaatcc
aatagagcccccataactggaaataagagctgagttgaactgcagattaa
gctcagctcaagaatgaactagagcattggagttggaactgaagatgtta
tttaacaaatgcatcccatgacgagcagagaacattaaggacatgggaag
tcacttgtctacatgtgtctaggagttctcaaatggaaggggtcagagaa
ttggagggaaagctgtgaggagcagcctcagaaattccaagtggaagagt
agccacctggctgccatgccattgtcga
gaattcccattggtacagagggagaacaggagctaggatgtcaagtgact
ttcattcagtggcatgctactatggatcccagagctacctcatcacctta
gtcccttatatccctcagtatagaaaactgctctcccctcttcagaacca
ctcccctgctatgtgagtggtggatatatctgggaatatcatcggctgca
tgtgcttctctggcttacctcagaccatcacaaccctggtgaaaatataa
accttaatagccttgagaagatgcattgcctgctatgctagaaagaatgt
ggtagaggatagggtgcaaggatttctgttgcttctgtcaccatgggagg
ggtcagcttgggaatgggagaggtaagctaagagtccttaagtccatcca
caggagcctctggaaagggagtggcctttgatgagtggggatgagggaag
aattcacttgtgtgaagggctaaacatgacaacagcagttgacggtgtcg
agtggagtccttaggaaggtttgggtgaaaggaatgaagacaggggtgag
ctgcctgggttcacaggccccacagctctggtacacatacaaggcccaag
aatctgggtgcttgggccactcacgtggctgccatttgtgtgaaggaaga
gaagactgctttggtcttcaaaatatgaacacggggatctttacaagctc
tgtgcaacaggataaatgaaagcatccatgccttgccaccacgtgcccag
ccttgttcagctgctaaggaatgaaagcccgaacacagtgggacatgcat
aagactttaataaaaaaaaaaaattgaaagtgcgatattacaatcctgat
agcagggatttctctaagccggaaatataaccgcttgttctgattgtaca
aaagaaataaaaaaaaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_72416182_72417262
seq2: B6Ng01-127G05.b_50_1127 (reverse)

seq1  TCGACAATGGCATGGCAGCCAGTGTGCTACTCTTCCACTTGGAATTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCGACAATGGCATGGCAGCCAGGTGGCTACTCTTCCACTTGGAATTT-CT  49

seq1  GA-GCTGCTTCTTCACAGCTTTCCCTCC-ATTCTCTTGACCCTCCTTCCA  98
      || ||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||
seq2  GAGGCTGC-TCCTCACAGCTTTCCCTCCAATTCTC-TGACC--CCTTCCA  95

seq1  TTTGAGAACTCCTAGACACATGTAGACAAGTGACTTCCCATGTCCTTAAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAACTCCTAGACACATGTAGACAAGTGACTTCCCATGTCCTTAAT  145

seq1  GTTCTCTGCTCGTCATGGGATGCATTTGTTAAATAACATCTTCAGTTCCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGCTCGTCATGGGATGCATTTGTTAAATAACATCTTCAGTTCCA  195

seq1  ACTCCAATGCTCTAGTTCATTCTTGAGCTGAGCTTAATCTGCAGTTCAAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAATGCTCTAGTTCATTCTTGAGCTGAGCTTAATCTGCAGTTCAAC  245

seq1  TCAGCTCTTATTTCCAGTTATGGGGGCTCTATTGGATTCTTTTATGAGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCTTATTTCCAGTTATGGGGGCTCTATTGGATTCTTTTATGAGCT  295

seq1  ATACTTTTCCTATATTGATATTCTTTTTCACTTCTCAAACCAACCACGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCCTATATTGATATTCTTTTTCACTTCTCAAACCAACCACGTC  345

seq1  CCTTTCACAGTCTCTGTCCAGTATATTCCACTGTTTGATTATTTCTTGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCACAGTCTCTGTCCAGTATATTCCACTGTTTGATTATTTCTTGAT  395

seq1  TTGTATCTTCTGATTCTGTTTTCCATGGATTTCACCCATAATGAATTGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCTTCTGATTCTGTTTTCCATGGATTTCACCCATAATGAATTGTT  445

seq1  TCCCAGTGTATTTAATGGCTTTAAAAAAACGGAATTATCCTTTTTACTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGTATTTAATGGCTTTAAAAAAACGGAATTATCCTTTTTACTCA  495

seq1  TAGTGACCTTGAATCTTTAAAACAGAAATGGAGCCTCTCCGGACCCCAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGACCTTGAATCTTTAAAACAGAAATGGAGCCTCTCCGGACCCCAGG  545

seq1  AAAGATGTGTTTGTCTTTAAGATATCTGGTACATGTGAGTGACAGATGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTGTTTGTCTTTAAGATATCTGGTACATGTGAGTGACAGATGCT  595

seq1  AGCTGTCTCAGGGTATTCTGAAATGAGTACATAACTTAGGGCTTAAGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTCAGGGTATTCTGAAATGAGTACATAACTTAGGGCTTAAGGAA  645

seq1  GGCACTTAGGGAACATGGCTCAGGGCTTGTATTTGTAGGAGATAGTTTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTAGGGAACATGGCTCAGGGCTTGTATTTGTAGGAGATAGTTTGA  695

seq1  GTTGAAGTCGAGGAAGGGCCAGGTTTCTTTCTACTGTTGAGGGATGAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGTCGAGGAAGGGCCAGGTTTCTTTCTACTGTTGAGGGATGAAAA  745

seq1  AGGACCATTCTTACCATCATCGGGCTCCCCAGTTAGTGAAAGGAGCTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATTCTTACCATCATCGGGCTCCCCAGTTAGTGAAAGGAGCTTTC  795

seq1  TATCAGCTCCCCATGAGCTAACCCTGGATTTGTCTCCTCCTCCAGTTTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCTCCCCATGAGCTAACCCTGGATTTGTCTCCTCCTCCAGTTTTG  845

seq1  TTCCCCAGAGGAAAAAACCAGCATCTGGCAGGACACAGCTTACCTTTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGAGGAAAAAACCAGCATCTGGCAGGACACAGCTTACCTTTCTA  895

seq1  GATTTTGTCCTCACAAATACTGGGGTCCCCTACCTCTGCCTTCTGTGCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTCCTCACAAATACTGGGGTCCCCTACCTCTGCCTTCTGTGCTA  945

seq1  GAATTACAAATGGGTCCCTACATCCCCCTGGCACTTACACGGGTTCTGGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACAAATGGGTCCCTACATCCCCCTGGCACTTACACGGGTTCTGGT  995

seq1  CCTCAAGCTTGCTGCTTCTGTGGCAAGGATTTTAACCACTGAATAACCTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGCTTGCTGCTTCTGTGGCAAGGATTTTAACCACTGAATAACCTC  1045

seq1  TGAGTCATCCCCCCAGCCCTGCTCCTAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCATCCCCCCAGCCCTGCTCCTAGAATTC  1078

seq1: chr15_72331512_72332466
seq2: B6Ng01-127G05.g_66_985

seq1  GAATTCCCATTGGTACAGAGGGAGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATTGGTACAGAGGGAGAACAGGAGCTAGGATGTCAAGTGACT  50

seq1  TTCATTCAGTGGCATGCTACTATGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCAGTGGCATGCTACTATGGATCCCAGAGCTACCTCATCACCTTA  100

seq1  GTCCCTTATATCCCTCAGTATAGAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTATATCCCTCAGTATAGAAAACTGCTCTCCCCTCTTCAGAACCA  150

seq1  CTCCCCTGCTATGTGAGTGGTGGATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTGCTATGTGAGTGGTGGATATATCTGGGAATATCATCGGCTGCA  200

seq1  TGTGCTTCTCTGGCTTACCTCAGACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCTCTGGCTTACCTCAGACCATCACAACCCTGGTGAAAATATAA  250

seq1  ACCTTAATAGCCTTGAGAAGATGCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAATAGCCTTGAGAAGATGCATTGCCTGCTATGCTAGAAAGAATGT  300

seq1  GGTAGAGGATAGGGTGCAAGGATTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGATAGGGTGCAAGGATTTCTGTTGCTTCTGTCACCATGGGAGG  350

seq1  GGTCAGCTTGGGAATGGGAGAGGTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCTTGGGAATGGGAGAGGTAAGCTAAGAGTCCTTAAGTCCATCCA  400

seq1  CAGGAGCCTCTGGAAAGGGAGTGGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCTCTGGAAAGGGAGTGGCCTTTGATGAGTGGGGATGAGGGAAG  450

seq1  AATTCACTTGTGTGAAGGGCTAAACATGACAACAGCAGTTGACGGTGTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACTTGTGTGAAGGGCTAAACATGACAACAGCAGTTGACGGTGTCG  500

seq1  AGTGGAGTCCTTAGGAAGGTTTGGGTGAAAGGAATGAAGACAGGGGTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGTCCTTAGGAAGGTTTGGGTGAAAGGAATGAAGACAGGGGTGAG  550

seq1  CTGCCTGGGTTCACAGGCCCCACAGCTCTGGTACACATACAAGGCCCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGGGTTCACAGGCCCCACAGCTCTGGTACACATACAAGGCCCAAG  600

seq1  AATCTGGGTGCTT-GGCCACTCAGGTGGCTGCCA-TTGTGTGAAGGAAGA  648
      ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATCTGGGTGCTTGGGCCACTCACGTGGCTGCCATTTGTGTGAAGGAAGA  650

seq1  GAAGACTGCTTTGGTCTCCAAAATATGAACACGGGAATCTTTACAAGCTC  698
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAGACTGCTTTGGTCTTCAAAATATGAACACGGGGATCTTTACAAGCTC  700

seq1  TGTGCAACAGGATAAATGAAAGCATCCATGCCTTGCCACCAACGTGCCCA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGCAACAGGATAAATGAAAGCATCCATGCCTTGCCACC-ACGTGCCCA  749

seq1  GCCCTGGTCAGCTGCTTAAGGAAAGAAAGCCAGAACACAGTGGGAACATG  798
      ||| || |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||
seq2  GCCTTGTTCAGCTGC-TAAGGAATGAAAGCCCGAACACAGTGGG-ACATG  797

seq1  CCAGAGACTTTAATTAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAAGTGCGATAGTTT  848
      |   ||||||||||     ||||||||||||| | |||||||||||  ||
seq2  CATAAGACTTTAAT-----AAAAAAAAAAAATTG-AAAGTGCGATA--TT  839

seq1  ACAATGCTATGATAGCAGGTGATTTTCCTCTAAAGACATGTAAAATATAT  898
      ||||| |  |||||||||| |||||  |||| ||| |     ||||||| 
seq2  ACAATCC--TGATAGCAGG-GATTT--CTCT-AAGCC---GGAAATATA-  879

seq1  ACAGCTTGTTTACTGAATTTGTTACAAAAAGAAAATTAAAAAAAAAAAAA  948
      || |||||||  ||||  ||| ||| ||||||||  ||||||||||| | 
seq2  ACCGCTTGTT--CTGA--TTG-TAC-AAAAGAAA--TAAAAAAAAAAGA-  920

seq1  AAAAAGA  955
             
seq2  -------  920