BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128C04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 86,558,481 - 86,722,242
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePpara, 2210021J22Rik, Pkdrej, AW124722, Gtse1, Trmu, Celsr1, BC021523, Cerk, LOC100042300, Tbc1d22a
Downstream geneLOC100042309, AW049604
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128C04.bB6Ng01-128C04.g
ACCDH930069DH930070
length1,078615
definitionDH930069|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128C04, 5' end.DH930070|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128C04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,721,158 - 86,722,242)(86,558,481 - 86,559,095)
sequence
gaattcactgacttgatcccaaggccctggggagaaaaatcaaatctcct
cttcaatttttctcatggctttagaaatagcaaggtcaccttaggttgaa
gtatgaccggtgattaggggcagcttctgtaaaagggacataggaaagca
gcctcctcatgtcacatgaccattagagagacacaatggaggggactgaa
agaggacaagtcctttataatcactgtagtgttgaaaatgttaggagtgt
gttgggggctggagagatggatcagtggttaggaacactggccactcctg
caggggactcaggtttgagttccagcttccatgtagatgctcacagccat
ccgtggttccagatctagggaatccaacaccctctttacacaatgctcat
atgtggaacacatacatgcatacatacatacatacatacatacatacata
catatacacacacacataaaataaaaataaataaatctttaaagaaaata
ctgtgactttggctgggattaggtgaggcccctggtggaggattggctgt
agtactaaggggaaacttaaaatctaagttgataaaactatacgcttgct
atgaataaatgatacccgagactatccacagattttatctttcctcaaag
ccttgggatataatatccatgtgataaaggtgaacagccatggtactgag
aaagtagctgaaatctcatatcccatctccaaattacagatagacagtga
atgagactgagcctgtcttgggctcttgaactctcaaaacacacccccag
tgatacatctttcaataaagctgctcccattccagctggaccacacctaa
ctaatccttcccaacagttccactaactgccaaccaagcattcaaaccta
tgaacctatggggcccattctcattcaaactggcacaggggatattttat
caggtcaatctgctttctgtaattaatgatatgttaactccttccttggt
ccaactaccatgaatctttttcatgtggtagccacgtgacaaatggttca
tggtctcaggaacacccccattatgcaa
gaattccatggaagagtgcttgcctggcctgcatgagaacccggctctag
tctccatcacttcaaaatcaaaaactgaaggaaggcataggaaggaggaa
gtgtgtgagacagagacagagcggtaggctggaagagaattaggtgactg
cagatttctcatgggaaatcagagagccaggagaatggatgtaacatttt
ttaaaactctgaaggaaaaaggatggatgacccaaaaaccatgttcaaca
aaaagtctcttctaggagaaaaagtggaaagagacagaccagaggaagcc
gggagccctagctgcaggcagctctccaacaactgaatggagttttttga
gaagggaagctacactagagggagcctgaggctcctgggtgagggaggtg
cctgtgggaagagatggcggccagttcagcattctttaaactttagagtc
taaagtgagtatggccctgggaggtaagattacaacatggatgggttgta
atgtaaacggggtggtgggagtggtagggtccaggtttctgccctctact
ggaattggtaaatattattaattcagtctcaaaatattattaattcagtc
tcaagcgtgctaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_86721158_86722242
seq2: B6Ng01-128C04.b_46_1123 (reverse)

seq1  TTGCATTATGGGGGTTGTTCCTTGAGACCCTGGACCCATTTGTCACAGTG  50
      |||||| ||||||| |||||| ||||||| | || ||||||||||| |||
seq2  TTGCATAATGGGGG-TGTTCC-TGAGACCAT-GAACCATTTGTCAC-GTG  46

seq1  GCTACCACATGGAAAAAGATTCATGGTAGATTAGAACAAGGAAAGGAGTA  100
      |||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| ||||||| 
seq2  GCTACCACAT-GAAAAAGATTCATGGTAG-TTGGACCAAGG-AAGGAGTT  93

seq1  AACATATCATTAATTACAGAAACGCAGATTTGACCTGATAAAATATCCCC  150
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACATATCATTAATTACAGAAA-GCAGA-TTGACCTGATAAAATATCCCC  141

seq1  TGTGGCAGTTTGAATGAGAATGGGCCCCATAGGTTCATAGGTTTGAATGC  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCAGTTTGAATGAGAATGGGCCCCATAGGTTCATAGGTTTGAATGC  191

seq1  TTGGTTGGCAGTTAGTGGAACTGTTTGGGAAGGATTAG-TAGGTGTGGTC  249
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGGTTGGCAGTTAGTGGAACTG-TTGGGAAGGATTAGTTAGGTGTGGTC  240

seq1  CAGCTGGAATGGGAGCAGCTTTATTG-AAGATGTATCACTGGGGGTGTGT  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGAATGGGAGCAGCTTTATTGAAAGATGTATCACTGGGGGTGTGT  290

seq1  TTTGAGAGTTCAAGAGCCCAAGACAGGCTCAGTCTCATTCACTGTCTATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAGTTCAAGAGCCCAAGACAGGCTCAGTCTCATTCACTGTCTATC  340

seq1  TGTAATTTGGAGATGGGATATGAGATTTCAGCTACTTTCTCAGTACCATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTTGGAGATGGGATATGAGATTTCAGCTACTTTCTCAGTACCATG  390

seq1  GCTGTTCACCTTTATCACATGGATATTATATCCCAAGGCTTTGAGG-AAG  447
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTGTTCACCTTTATCACATGGATATTATATCCCAAGGCTTTGAGGAAAG  440

seq1  ATAAAATCTGTGGATAGTCTCGGGTATCATTTATTCATAGCAAGCGTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATCTGTGGATAGTCTCGGGTATCATTTATTCATAGCAAGCGTATA  490

seq1  GTTTTATCAACTTAGATTTTAAGTTTCCCCTTAGTACTACAGCCAATCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATCAACTTAGATTTTAAGTTTCCCCTTAGTACTACAGCCAATCCT  540

seq1  CCACCAGGGGCCTCACCTAATCCCAGCCAAAGTCACAGTATTTTCTTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGGGCCTCACCTAATCCCAGCCAAAGTCACAGTATTTTCTTTAA  590

seq1  AGATTTATTTATTTTTATTTTATGTGTGTGTGTATATGTATGTATGTATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTATTTATTTTTATTTTATGTGTGTGTGTATATGTATGTATGTATG  640

seq1  TATGTATGTATGTATGTATGCATGTATGTGTTCCACATATGAGCATTGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTATGTATGCATGTATGTGTTCCACATATGAGCATTGTG  690

seq1  TAAAGAGGGTGTTGGATTCCCTAGATCTGGAACCACGGATGGCTGTGAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGGGTGTTGGATTCCCTAGATCTGGAACCACGGATGGCTGTGAGC  740

seq1  ATCTACATGGAAGCTGGAACTCAAACCTGAGTCCCCTGCAGGAGTGGCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACATGGAAGCTGGAACTCAAACCTGAGTCCCCTGCAGGAGTGGCCA  790

seq1  GTGTTCCTAACCACTGATCCATCTCTCCAGCCCCCAACACACTCCTAACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCTAACCACTGATCCATCTCTCCAGCCCCCAACACACTCCTAACA  840

seq1  TTTTCAACACTACAGTGATTATAAAGGACTTGTCCTCTTTCAGTCCCCTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAACACTACAGTGATTATAAAGGACTTGTCCTCTTTCAGTCCCCTC  890

seq1  CATTGTGTCTCTCTAATGGTCATGTGACATGAGGAGGCTGCTTTCCTATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTCTCTCTAATGGTCATGTGACATGAGGAGGCTGCTTTCCTATG  940

seq1  TCCCTTTTACAGAAGCTGCCCCTAATCACCGGTCATACTTCAACCTAAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTTACAGAAGCTGCCCCTAATCACCGGTCATACTTCAACCTAAGG  990

seq1  TGACCTTGCTATTTCTAAAGCCATGAGAAAAATTGAAGAGGAGATTTGAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGCTATTTCTAAAGCCATGAGAAAAATTGAAGAGGAGATTTGAT  1040

seq1  TTTTCTCCCCAGGGCCTTGGGATCAAGTCAGTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCCAGGGCCTTGGGATCAAGTCAGTGAATTC  1078

seq1: chr15_86558481_86559095
seq2: B6Ng01-128C04.g_67_681

seq1  GAATTCCATGGAAGAGTGCTTGCCTGGCCTGCATGAGAACCCGGCTCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGAAGAGTGCTTGCCTGGCCTGCATGAGAACCCGGCTCTAG  50

seq1  TCTCCATCACTTCAAAATCAAAAACTGAAGGAAGGCATAGGAAGGAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCACTTCAAAATCAAAAACTGAAGGAAGGCATAGGAAGGAGGAA  100

seq1  GTGTGTGAGACAGAGACAGAGCGGTAGGCTGGAAGAGAATTAGGTGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGAGACAGAGACAGAGCGGTAGGCTGGAAGAGAATTAGGTGACTG  150

seq1  CAGATTTCTCATGGGAAATCAGAGAGCCAGGAGAATGGATGTAACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTCTCATGGGAAATCAGAGAGCCAGGAGAATGGATGTAACATTTT  200

seq1  TTAAAACTCTGAAGGAAAAAGGATGGATGACCCAAAAACCATGTTCAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTCTGAAGGAAAAAGGATGGATGACCCAAAAACCATGTTCAACA  250

seq1  AAAAGTCTCTTCTAGGAGAAAAAGTGGAAAGAGACAGACCAGAGGAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTCTTCTAGGAGAAAAAGTGGAAAGAGACAGACCAGAGGAAGCC  300

seq1  GGGAGCCCTAGCTGCAGGCAGCTCTCCAACAACTGAATGGAGTTTTTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCCTAGCTGCAGGCAGCTCTCCAACAACTGAATGGAGTTTTTTGA  350

seq1  GAAGGGAAGCTACACTAGAGGGAGCCTGAGGCTCCTGGGTGAGGGAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAGCTACACTAGAGGGAGCCTGAGGCTCCTGGGTGAGGGAGGTG  400

seq1  CCTGTGGGAAGAGATGGCGGCCAGTTCAGCATTCTTTAAACTTTAGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGAAGAGATGGCGGCCAGTTCAGCATTCTTTAAACTTTAGAGTC  450

seq1  TAAAGTGAGTATGGCCCTGGGAGGTAAGATTACAACATGGATGGGTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGAGTATGGCCCTGGGAGGTAAGATTACAACATGGATGGGTTGTA  500

seq1  ATGTAAACGGGGTGGTGGGAGTGGTAGGGTCCAGGTTTCTGCCCTCTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAACGGGGTGGTGGGAGTGGTAGGGTCCAGGTTTCTGCCCTCTACT  550

seq1  GGAAGTGGTAAATATTATTAATTCAGTCTCAAAATATTATTAATTCAGTC  600
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGGTAAATATTATTAATTCAGTCTCAAAATATTATTAATTCAGTC  600

seq1  ACAAGCGTGCTAAGA  615
       ||||||||||||||
seq2  TCAAGCGTGCTAAGA  615