BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131K21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 85,558,492 - 85,687,130
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpara, 2210021J22Rik, Pkdrej, AW124722
Upstream gene3110043J09Rik, Phf21b, LOC100043084, 4930513L16Rik, Nup50, 5031439G07Rik, LOC628135, Upk3a, 3110048E14Rik, Smc1b, Ribc2, Fbln1, Atxn10, EG223745, Wnt7b, LOC100042240
Downstream geneGtse1, Trmu, Celsr1, BC021523, Cerk, LOC100042300, Tbc1d22a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131K21.bB6Ng01-131K21.g
ACCDH932676DH932677
length9471,011
definitionDH932676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131K21, 5' end.DH932677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131K21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,686,185 - 85,687,130)(85,558,492 - 85,559,509)
sequence
gaattctgctcaggactgaactttaacctctgataaacaaacccagctgt
ttcctaaccgtaccctaacccaaccaggcagtcaacctcacgccaggagg
tcagtgttgagctgtaggctaaggacctggcggtttctactgcataagat
ggacagcggccgcccttcggatcagccgctccgtcaggggtgagttgggt
ttcaaggcgtcacgctccatcagaaggctcctgtggaaacacacagagtt
tttgttatagaaccttctagaaggacgtgcgaatatgactggccggggca
agatgggtccagccatctgggcagtactctgattttccatgagagataaa
cactagagctgaggactccagtgtaggtctatcacggtggcgttgtctgt
cttagggaaagccatggctcaagacctcatagctcatgcttctgtcacca
tctaaggctaattatgagagggaccaggaagccacatgtgagactggtcc
aggaaaagcaaatgaaagagttggggtggggagccttaactaaagcaaga
ccaggacccatcaggaggtaaagcccctactgtggctggatgctggggcc
tccttgattagcccatatgagtcttgtgtctgaaccacatgtcacctgtg
tttgctttgttttggtcacacaccaaggagattaagagagacacagatgg
tggctctgagggcagtaagtgttgttaaggggctggggcttaggactcgg
gggaccacaccccagccaatatagactgtatcagttcactttctgctgct
aaaacaatttgtgcgaggctgggcactttgcaaaattgaaggttttattt
agctaggttccagagactggaagtccaagatggaggccttacctggcttc
atattaggctgcctggctgtgtgaacaatcggaggtgggggggggga
gaattcaaacccccaaaggtcatttaagtcacttctgtaggcagcagcac
actcgtggatgaattttagcacttggacctgcctgccttctgttaatttc
aacccctgccccgcccccccagcaacccttgacaagatagctgcttttct
gtgtcagttaggagaaccttctgtaactgctcacacctctgtcttggggt
tgagaccacgctcagctctgtccagctcagtagcatagttccaatattcc
ttgagtgtgccttctctgcgtactgacctctgctccttctcctgggcctg
ggacaggttaggacaagcagataggtaagtcctggtgtttgagtctgtgg
ttgcctggcatctctcttggctccccattgcttgtaagattaagccccag
cccctttgcctacattccaagactctctgtgtcctagcaggatgatttct
gtagccatacctctggtctgtgaggctacagagctgggtcttgcttccag
gtatgagagcatgtggccggcaccctccatcagcaagaaaaaccgaaagt
cggtcttctgtgggagcctcctgggtgccaaggccacacagctagtgaag
gcaagctcttccctatctgatgagagaaggagccaggaaatgacccagga
atgaataggctgagttttccccaaggtatcaggggtctatggtggcaagt
gccagggacagtaattaggctagacagtgcatggccagcctagaacagca
tagcccaagataatgagggagtatcacatgtggttcagcaactgggtaga
acccagagcccagcttgctgcctgtcagcactgtggttgctgggcaggaa
gatggaaatcactctctgaaagcagcagctcagccttggtggtcttctta
gcaccgccacttagtttagagtagttttagaggtaaaactagccgctata
cttgacagagacgccagttcatctggcacttcctccagggaatgtggaga
tggggctccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_85686185_85687130
seq2: B6Ng01-131K21.b_46_992 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCACCTCCG-TTGTTCACACAGCCAGGCAGCCTAATATGAA  49
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCACCTCCGATTGTTCACACAGCCAGGCAGCCTAATATGAA  50

seq1  GCCAGGTAAGGCCTCCATCTTGGACTTCCAGTCTCTGGAACCTAGCTAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTAAGGCCTCCATCTTGGACTTCCAGTCTCTGGAACCTAGCTAAA  100

seq1  TAAAACCTTCAATTTTGCAAAGTGCCCAGCCTCGCACAAATTGTTTTAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTTCAATTTTGCAAAGTGCCCAGCCTCGCACAAATTGTTTTAGC  150

seq1  AGCAGAAAGTGAACTGATACAGTCTATATTGGCTGGGGTGTGGTCCCCCG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAGTGAACTGATACAGTCTATATTGGCTGGGGTGTGGTCCCCCG  200

seq1  AGTCCTAAGCCCCAGCCCCTTAACAACACTTACTGCCCTCAGAGCCACCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAAGCCCCAGCCCCTTAACAACACTTACTGCCCTCAGAGCCACCA  250

seq1  TCTGTGTCTCTCTTAATCTCCTTGGTGTGTGACCAAAACAAAGCAAACAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTCTCTTAATCTCCTTGGTGTGTGACCAAAACAAAGCAAACAC  300

seq1  AGGTGACATGTGGTTCAGACACAAGACTCATATGGGCTAATCAAGGAGGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACATGTGGTTCAGACACAAGACTCATATGGGCTAATCAAGGAGGC  350

seq1  CCCAGCATCCAGCCACAGTAGGGGCTTTACCTCCTGATGGGTCCTGGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATCCAGCCACAGTAGGGGCTTTACCTCCTGATGGGTCCTGGTCT  400

seq1  TGCTTTAGTTAAGGCTCCCCACCCCAACTCTTTCATTTGCTTTTCCTGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGTTAAGGCTCCCCACCCCAACTCTTTCATTTGCTTTTCCTGGA  450

seq1  CCAGTCTCACATGTGGCTTCCTGGTCCCTCTCATAATTAGCCTTAGATGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTCACATGTGGCTTCCTGGTCCCTCTCATAATTAGCCTTAGATGG  500

seq1  TGACAGAAGCATGAGCTATGAGGTCTTGAGCCATGGCTTTCCCTAAGACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAAGCATGAGCTATGAGGTCTTGAGCCATGGCTTTCCCTAAGACA  550

seq1  GACAACGCCACCGTGATAGACCTACACTGGAGTCCTCAGCTCTAGTGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACGCCACCGTGATAGACCTACACTGGAGTCCTCAGCTCTAGTGTTT  600

seq1  ATCTCTCATGGAAAATCAGAGTACTGCCCAGATGGCTGGACCCATCTTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCATGGAAAATCAGAGTACTGCCCAGATGGCTGGACCCATCTTGC  650

seq1  CCCGGCCAGTCATATTCGCACGTCCTTCTAGAAGGTTCTATAACAAAAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCCAGTCATATTCGCACGTCCTTCTAGAAGGTTCTATAACAAAAAC  700

seq1  TCTGTGTGTTTCCACAGGAGCCTTCTGATGGAGCGTGACGCCTTGAAACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTTTCCACAGGAGCCTTCTGATGGAGCGTGACGCCTTGAAACC  750

seq1  CAACTCACCCCTGACGGAGCGGCTGATCCGAAGGGCGGCCGCTGTCCATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCACCCCTGACGGAGCGGCTGATCCGAAGGGCGGCCGCTGTCCATC  800

seq1  TTATGCAGTAGAAACCGCCAGGTCCTTAGCCTACAGCTCAACACTGACCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCAGTAGAAACCGCCAGGTCCTTAGCCTACAGCTCAACACTGACCT  850

seq1  CCTGGCGTGAGGTTGACTGCCTGGTTGGGTTAGGGTACGGTTAGGAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCGTGAGGTTGACTGCCTGGTTGGGTTAGGGTACGGTTAGGAAACA  900

seq1  GCTGGGTTTGTTTATCAGAGGTTAAAGTTCAGTCCTGAGCAGAATTC  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTTGTTTATCAGAGGTTAAAGTTCAGTCCTGAGCAGAATTC  947

seq1: chr15_85558492_85559509
seq2: B6Ng01-131K21.g_69_1079

seq1  GAATTCAAACCCCCAAAGGTCATTTAAGTCACTTCTGTAGGCAGCAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCCCCAAAGGTCATTTAAGTCACTTCTGTAGGCAGCAGCAC  50

seq1  ACTCGTGGATGAATTTTAGCACTTGGACCTGCCTGCCTTCTGTTAATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGTGGATGAATTTTAGCACTTGGACCTGCCTGCCTTCTGTTAATTTC  100

seq1  AACCCCTGCCCCGCCCCCCCAGCAACCCTTGACAAGATAGCTGCTTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTGCCCCGCCCCCCCAGCAACCCTTGACAAGATAGCTGCTTTTCT  150

seq1  GTGTCAGTTAGGAGAACCTTCTGTAACTGCTCACACCTCTGTCTTGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTTAGGAGAACCTTCTGTAACTGCTCACACCTCTGTCTTGGGGT  200

seq1  TGAGACCACGCTCAGCTCTGTCCAGCTCAGTAGCATAGTTCCAATATTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCACGCTCAGCTCTGTCCAGCTCAGTAGCATAGTTCCAATATTCC  250

seq1  TTGAGTGTGCCTTCTCTGCGTACTGACCTCTGCTCCTTCTCCTGGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGTGCCTTCTCTGCGTACTGACCTCTGCTCCTTCTCCTGGGCCTG  300

seq1  GGACAGGTTAGGACAAGCAGATAGGTAAGTCCTGGTGTTTGAGTCTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGTTAGGACAAGCAGATAGGTAAGTCCTGGTGTTTGAGTCTGTGG  350

seq1  TTGCCTGGCATCTCTCTTGGCTCCCCATTGCTTGTAAGATTAAGCCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGCATCTCTCTTGGCTCCCCATTGCTTGTAAGATTAAGCCCCAG  400

seq1  CCCCTTTGCCTACATTCCAAGACTCTCTGTGTCCTAGCAGGATGATTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGCCTACATTCCAAGACTCTCTGTGTCCTAGCAGGATGATTTCT  450

seq1  GTAGCCATACCTCTGGTCTGTGAGGCTACAGAGCTGGGTCTTGCTTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCATACCTCTGGTCTGTGAGGCTACAGAGCTGGGTCTTGCTTCCAG  500

seq1  GTATGAGAGCATGTGGCCGGCACCCTCCATCAGCAAGAAAAACCGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGAGCATGTGGCCGGCACCCTCCATCAGCAAGAAAAACCGAAAGT  550

seq1  CGGTCTTCTGTGGGAGCCTCCTGGGTGCCAAGGCCACACAGCTAGTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTTCTGTGGGAGCCTCCTGGGTGCCAAGGCCACACAGCTAGTGAAG  600

seq1  GCAAGCTCTTCCCTATCTGATGAGAGAAGGAGCCAGGAAATGACCCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCTTCCCTATCTGATGAGAGAAGGAGCCAGGAAATGACCCAGGA  650

seq1  ATGAATAGGCTGAGTTTTCCCCAAGGTATCAGGGGTCTATGGTGGCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGGCTGAGTTTTCCCCAAGGTATCAGGGGTCTATGGTGGCAAGT  700

seq1  GCCAGGGACAGTAATTAGGCTAGACAGTGCATGGCCAGCCTAGAACAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGACAGTAATTAGGCTAGACAGTGCATGGCCAGCCTAGAACAGCA  750

seq1  TAGCCCAAGATAATGAGGGAGTATCAACATGTGGTTCAGCAACTGGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAAGATAATGAGGGAGTATC-ACATGTGGTTCAGCAACTGGGTAG  799

seq1  AACCCAGAGCCCAGCTTGCTGCCTGTCAGCACTGTGGTTGCTGGGCAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGAGCCCAGCTTGCTGCCTGTCAGCACTGTGGTTGCTGGGCAGGA  849

seq1  AGATGGAAATCACTCTCTGAAAGCAGCAGCTCAGCCCTTGGTGGTCTTCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGATGGAAATCACTCTCTGAAAGCAGCAGCTCAG-CCTTGGTGGTCTTCT  898

seq1  TAGCACCGCCACGTAGGTTTAGAGTAGTTTTAGAAGTAAAACTTAGCGCT  950
      |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||   ||||
seq2  TAGCACCGCCACTTA-GTTTAGAGTAGTTTTAGAGGTAAAACTAGCCGCT  947

seq1  AATACTTGACAGAGACGCCAGTTCATTCTGGCACTTCCTCCCAGGGAATG  1000
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  -ATACTTGACAGAGACGCCAGTTCA-TCTGGCACTTCCT-CCAGGGAATG  994

seq1  TGGAGATGGGGGCTCCAG  1018
      ||||||| ||||||||||
seq2  TGGAGAT-GGGGCTCCAG  1011