BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133P22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 12,695,032 - 12,860,186
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6030458C11Rik, Rnasen
Upstream geneNpr3, LOC381002, Sub1, LOC100040027, Zfr, LOC100040052, LOC100040066, Mtmr12, LOC100039846, Golph3, Pdzd2, LOC100040109
Downstream geneCdh6, LOC100039907, LOC666686, LOC239338, LOC666708
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133P22.bB6Ng01-133P22.g
ACCDH934403DH934404
length1,0961,131
definitionDH934403|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133P22, 5' end.DH934404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133P22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,695,032 - 12,696,132)(12,859,038 - 12,860,186)
sequence
gaattcttttctgtcgggtttggtgcatcttttaaccagctgaactgagt
cctttacaaactgccgacttggctctacaaactgcattacctgatccatg
tttgtgggatggcggtttgagagcggagaggcacgtagcttgcctctgtt
tctttaattccgtatgtgtggactccagtggatctcattgcatttgctgc
tgccccacaacacagctcctcgacattagccaaatagtttcctacttgct
gtcatgacagtcagacagacagacagacacgtgtacgagacagttccaga
cattggcctaaggttctttgcttttccaagttgcccaatatcactgacct
tctcctcaaccaaaataacagactcacttatagagtgtttatatagagtt
tcccacacgataggttatgagaagctattctttttttttatttttatttt
tagagctttatttactttttatttatatgagtacaccgcagctgtcttca
gacacaccagaagagggcatcagattccattacagatggctgtgagccac
catgtggttgctgggaattgaactcaggacctctggaagagcagtcagtg
ctcttaaccactgagccatctctccagccacaagaatctattcttttatt
aactttggtgctggctagtcttatgtcaactcaatacaagctagagttat
ctgaaaggagggaaactctactgagaaaatgtctccagaaggtccagctg
taaggcattgtcttaattatgattgatggggggaggacccagccctttgt
gggtggtgccatccctgggctggtggtcctgagttctattaagaaagcat
gctgagcaagctatggagagcatgccagtaagcagcatccctctacaacc
tctgggacagctcctgcctccttggactcctgctgatcctggactcctga
gccttctaccttgcctgtgcagtgtcagattgtaagtgtgcactatggtg
ctcagctgacgctcattgctcattgtctctgttatgaaaggaggagaact
ttctacagtctcacctgtcttgatccatgttagttcctcgcttcta
gaattcacacatgcaaagtaaccacaataataaagacagaatggaagcca
ctctctatgctctatatatgtatgcagaagtatgcagttgctatccaact
taaataagacaatggttaaaaactaaacagagaaacaaacgagcaataaa
gcttcccatgtatatgtttatgcctatatagatttttttccccagatagg
atttctctgtagaccaggctggccttgaactcaaagatctgctgcctctg
cctcctgaggcttaaagttggattaaagttgtgtggcaccacacccagct
ttcatatttttaatttttattttgttttgttttgaggtgagctctcacgt
ggcccaggctcaccttgacctcacagtgtggctacaggtgaccttgaccc
cctgataccctgaatctacctcccaagtgctggcactacacaggcatgtg
tcaccaagcctggcttatgtgactataggaggatggggaaataccgtgag
aaacagaaggctgctcccagagggaaatgtaaaccaccccaggactgcct
tcggaaactacaatctgctctatccatagcacacattctactgtgctcgg
tacggaggaaaattattaacaatgatcgatcacattttatcaaaacttaa
gcacgcctctacttcatttccttctatgaaggaaatggagctgtaatcgc
agaaaaggagacaggcttacatttctccagtgcatccattgctgctccca
tctccgcctgctgaatgctgttgaagaaaatacaggtgaggtagactttc
aaggctttcttcttccaaaacacaaattattcatgctgatctacatatct
tgtgcataaaatttcatgtgattacttccatcacacaccaaattgcacgg
ctaggaacacacacaggagcatgcagaaatgcctttcatttacacaaagc
ctctttaaagtctcggttccacactaatactgcagcggaatcccttccct
tagattagggctgaagtagtttagtctgaaaatcctccatgaaaaggttt
ccacaaagtaaaatacagagagacaccggcagacagagatatactatcta
ctgaatatggtcgcatgccacaaagccacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_12695032_12696132
seq2: B6Ng01-133P22.b_47_1142

seq1  GAATTCTTTTCTGTCGGGTTTGGTGCATCTTTTAACCAGCTGAACTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTGTCGGGTTTGGTGCATCTTTTAACCAGCTGAACTGAGT  50

seq1  CCTTTACAAACTGCCGACTTGGCTCTACAAACTGCATTACCTGATCCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACAAACTGCCGACTTGGCTCTACAAACTGCATTACCTGATCCATG  100

seq1  TTTGTGGGATGGCGGTTTGAGAGCGGAGAGGCACGTAGCTTGCCTCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGGATGGCGGTTTGAGAGCGGAGAGGCACGTAGCTTGCCTCTGTT  150

seq1  TCTTTAATTCCGTATGTGTGGACTCCAGTGGATCTCATTGCATTTGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAATTCCGTATGTGTGGACTCCAGTGGATCTCATTGCATTTGCTGC  200

seq1  TGCCCCACAACACAGCTCCTCGACATTAGCCAAATAGTTTCCTACTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCACAACACAGCTCCTCGACATTAGCCAAATAGTTTCCTACTTGCT  250

seq1  GTCATGACAGTCAGACAGACAGACAGACACGTGTACGAGACAGTTCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGACAGTCAGACAGACAGACAGACACGTGTACGAGACAGTTCCAGA  300

seq1  CATTGGCCTAAGGTTCTTTGCTTTTCCAAGTTGCCCAATATCACTGACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCCTAAGGTTCTTTGCTTTTCCAAGTTGCCCAATATCACTGACCT  350

seq1  TCTCCTCAACCAAAATAACAGACTCACTTATAGAGTGTTTATATAGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCAACCAAAATAACAGACTCACTTATAGAGTGTTTATATAGAGTT  400

seq1  TCCCACACGATAGGTTATGAGAAGCTATTCTTTTTTTTTATTTTTATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACGATAGGTTATGAGAAGCTATTCTTTTTTTTTATTTTTATTTT  450

seq1  TAGAGCTTTATTTACTTTTTATTTATATGAGTACACCGCAGCTGTCTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTTTATTTACTTTTTATTTATATGAGTACACCGCAGCTGTCTTCA  500

seq1  GACACACCAGAAGAGGGCATCAGATTCCATTACAGATGGCTGTGAGCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACCAGAAGAGGGCATCAGATTCCATTACAGATGGCTGTGAGCCAC  550

seq1  CATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTG  600

seq1  CTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCACAAGAATCTATTCTTTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCACAAGAATCTATTCTTTTATT  650

seq1  AACTTTGGTGCTGGCTAGTCTTATGTCAACTCAATACAAGCTAGAGTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGGTGCTGGCTAGTCTTATGTCAACTCAATACAAGCTAGAGTTAT  700

seq1  CTGAAAGGAGGGAAACTCTACTGAGAAAATGTCTCCAGAAGGTCCAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGAGGGAAACTCTACTGAGAAAATGTCTCCAGAAGGTCCAGCTG  750

seq1  TAAGGCATTGTCTTAATTATGATTGAT-GGGGGAGGACCCAGCCCTTTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATTGTCTTAATTATGATTGATGGGGGGAGGACCCAGCCCTTTGT  800

seq1  GGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGAGTTCTATTAAGAAAGCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGAGTTCTATTAAGAAAGCAT  850

seq1  GCTGAGCAAGCTATGGAGAGCATGCCAGTAAGCAGCATCCCTCTACAACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCAAGCTATGGAGAGCATGCCAGTAAGCAGCATCCCTCTACAACC  900

seq1  TCTGGGACAGCTCCTGCCTCCTTGGACTCCTGCTGATCCTGGACTCCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACAGCTCCTGCCTCCTTGGACTCCTGCTGATCCTGGACTCCTGA  950

seq1  GCCTTCTACCTTGCCTGTGCAGTGTCAGGATTGTAAGTGTGCACTATGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTACCTTGCCTGTGCAGTGTCA-GATTGTAAGTGTGCACTATGGT  999

seq1  GCTCAGCTGGACGCTCATTGCTCATTGTCTCTGTTGTAATGAAAGGGAGG  1049
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||
seq2  GCTCAGCT-GACGCTCATTGCTCATTGTCTCTGTT---ATGAAA-GGAGG  1044

seq1  AG-ACTTTCTACAGTCTCAACCTGTCTGTATCCATGTTAGTCCCTCGCTT  1098
      || ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||
seq2  AGAACTTTCTACAGTCTC-ACCTGTCTTGATCCATGTTAGTTCCTCGCTT  1093

seq1  CTA  1101
      |||
seq2  CTA  1096

seq1: chr15_12859038_12860186
seq2: B6Ng01-133P22.g_66_1196 (reverse)

seq1  TTGTGGGCTTTGTGGGCATGCGAACCATATTTCAGGATAAAGAATTAAGT  50
      |||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| | | || ||     
seq2  TTGT-GGCTTTGT-GGCATGCG-ACCATA-TTCAGTAGATAGTAT-----  41

seq1  ATATAATCTCTGTCTTGCCCGTGTCTCTCTGTATTTTACCTTTTGTGGTT  100
           ||||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||  
seq2  -----ATCTCTGTC-TGCCGGTGTCTCTCTGTATTTTAC--TTTGTGG-A  82

seq1  AACCTTTTCATGGAGTATTTTCAGACTTAACTACTTCAGCCCTAATCTAA  150
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTTCATGGAGGATTTTCAGACTAAACTACTTCAGCCCTAATCTAA  132

seq1  GGGAAGGGATTCCGCTGCAGTATTAGTGTGGAACCGAGACTTTAAAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGATTCCGCTGCAGTATTAGTGTGGAACCGAGACTTTAAAGAGG  182

seq1  CTTTGTGTAAATGAAAGGCATTTCTGCATGCTCCTGTGTGTGTTCCTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTAAATGAAAGGCATTTCTGCATGCTCCTGTGTGTGTTCCTAGC  232

seq1  CGTGCAATTTGGTGTGTGATGGAAGTAATCACATGAAATTTTATGCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAATTTGGTGTGTGATGGAAGTAATCACATGAAATTTTATGCACAA  282

seq1  GATATGTAGATCAGCATGAATAATTTGTGTTTTGGAAGAAGAAAGCCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTAGATCAGCATGAATAATTTGTGTTTTGGAAGAAGAAAGCCTTG  332

seq1  AAAGTCTACCTCACCTGTATTTTCTTCAACAGCATTCAGCAGGCGGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTACCTCACCTGTATTTTCTTCAACAGCATTCAGCAGGCGGAGAT  382

seq1  GGGAGCAGCAATGGATGCACTGGAGAAATGTAAGCCTGTCTCCTTTTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCAGCAATGGATGCACTGGAGAAATGTAAGCCTGTCTCCTTTTCTG  432

seq1  CGATTACAGCTCCATTTCCTTCATAGAAGGAAATGAAGTAGAGGCGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTACAGCTCCATTTCCTTCATAGAAGGAAATGAAGTAGAGGCGTGCT  482

seq1  TAAGTTTTGATAAAATGTGATCGATCATTGTTAATAATTTTCCTCCGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTTGATAAAATGTGATCGATCATTGTTAATAATTTTCCTCCGTAC  532

seq1  CGAGCACAGTAGAATGTGTGCTATGGATAGAGCAGATTGTAGTTTCCGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCACAGTAGAATGTGTGCTATGGATAGAGCAGATTGTAGTTTCCGAA  582

seq1  GGCAGTCCTGGGGTGGTTTACATTTCCCTCTGGGAGCAGCCTTCTGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCCTGGGGTGGTTTACATTTCCCTCTGGGAGCAGCCTTCTGTTTC  632

seq1  TCACGGTATTTCCCCATCCTCCTATAGTCACATAAGCCAGGCTTGGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGTATTTCCCCATCCTCCTATAGTCACATAAGCCAGGCTTGGTGAC  682

seq1  ACATGCCTGTGTAGTGCCAGCACTTGGGAGGTAGATTCAGGGTATCAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCTGTGTAGTGCCAGCACTTGGGAGGTAGATTCAGGGTATCAGGG  732

seq1  GGTCAAGGTCACCTGTAGCCACACTGTGAGGTCAAGGTGAGCCTGGGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGGTCACCTGTAGCCACACTGTGAGGTCAAGGTGAGCCTGGGCCA  782

seq1  CGTGAGAGCTCACCTCAAAACAAAACAAAATAAAAATTAAAAATATGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGAGCTCACCTCAAAACAAAACAAAATAAAAATTAAAAATATGAAA  832

seq1  GCTGGGTGTGGTGCCACACAACTTTAATCCAACTTTAAGCCTCAGGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGTGGTGCCACACAACTTTAATCCAACTTTAAGCCTCAGGAGGC  882

seq1  AGAGGCAGCAGATCTTTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGCAGATCTTTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAAATC  932

seq1  CTATCTGGGGAAAAAAATCTATATAGGCATAAACATATACATGGGAAGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGGGGAAAAAAATCTATATAGGCATAAACATATACATGGGAAGCT  982

seq1  TTATTGCTCGTTTGTTTCTCTGTTTAGTTTTTAACCATTGTCTTATTTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTCGTTTGTTTCTCTGTTTAGTTTTTAACCATTGTCTTATTTAA  1032

seq1  GTTGGATAGCAACTGCATACTTCTGCATACATATATAGAGCATAGAGAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATAGCAACTGCATACTTCTGCATACATATATAGAGCATAGAGAGT  1082

seq1  GGCTTCCATTCTGTCTTTATTATTGTGGTTACTTTGCATGTGTGAATTC  1149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCATTCTGTCTTTATTATTGTGGTTACTTTGCATGTGTGAATTC  1131