BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141M04
Chromosome15 (Build37)
Map Location 32,538,808 - 32,697,391
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5a
Upstream geneA930016P21Rik, LOC667231, Tas2r119, 0610007N19Rik
Downstream geneLOC100040962, Sdc2, Pgcp, 1700084J12Rik, Tspyl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141M04.bB6Ng01-141M04.g
ACCDH940136DH940137
length795903
definitionDH940136|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141M04, 5' end.DH940137|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,696,495 - 32,697,391)(32,538,808 - 32,539,708)
sequence
gaattctgtgatatcatcctaggtgtattgtcatgtcacagcacttacta
gagcaaatgtaattcactgagcggcaaatgtctttcttctatcttgtgtg
taatggaacttaagcacattctctgtttcatcatttgcccagttccatag
attggtacagtgtgagtcagtattttgtagtaacaacagctaacgttccc
taagagtatgtgatgtacttagacctggataaaaaagcattttgtgcagt
ctgaaagactgaatgaacagaaaggctaattcagaaagttactgttgccc
tccacagcatcatacactggtcagaggggcagcagaagaaatacagctca
gggtatagaggtgagtcctgacccaataagcaggatgtaaaggagggaag
atggagcttggttacataagctccctaatccctttttggcttcatatgaa
aaatgagtattagcattacctcatgaagtttagggcaggtttgtacatat
ataaattcttatgtgcaggctacatgtatattagtctcttaaatatttct
ggtgagataaaggaagtgctctgaactcaacaatagacagagagatcaaa
tgtcaaaactatgtgccctgcttttcttttctctctccatggtctcaata
agtagcctacgctggtctcaaattcccattgtcttgccttaccttcctgg
aagctaatattataggcctttgcctaactaatacatgccattttctacaa
tcttacatcagcgagaggggggggaaaggagagaagagaggggaa
gaattctccatccagtgtggcccacgcgagaggcctctgcattactggaa
gatgctcaaatgacttcatgggctgaagaattatggctgtgtgctctgta
cacattctgcctaactgaagacagctgtgctacctgtgtgctctattttc
ttcctgtcttgtcttcacagattatggcaccattaagaaagtacgagctc
ccctgagtcagagctcaggcagctgtttgctggaagagattgagcttttc
ccagagaggaggagtgagcccatcaggagcctgcagatcctccacagcca
gagtgtcctatttgtgggactacaggagcatgtggccaagatccccctga
agaggtgccacttccatcaaacacgcaggtaaggaatcccaagggtgagg
gcacctgtgccagcctttcaaatctctggcagtcaaaaggctgtaaaacc
atacatctgtgggcttattatattctgggacacagggtcttcattgaaat
gggtttttgtgatgccactaacctctggatatctatggaggaaccatgtg
gctaacaattgtgagcagtaataggtgtgaaaatgaattattcagtatat
gataactctcagtggtagtgctaggatctagtgccccaggataagctaat
attttatttgaatacagagaaagagagagaaagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagaatataagataaaagtaggcttatgccccta
agaagaaacatcaatgctgtcccaaaactccatcattccggaatcatcta
taggatatgtcttgttccaacacccttgcagtttatttccaaaggtccca
ttgttatattatcaattagtgaggggaaggaaatctttgaggtacagggg
aag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_32696495_32697391
seq2: B6Ng01-141M04.b_49_843 (reverse)

seq1  TTCCCCTCTCCCCCCTCTCCCCCCGACCCCTCTCTCCCCCGTCTCCCCTC  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TCTCCCCTCTCTCCCCCTCTCCCCTCTCTCCCCCTCCCCCCCCTCTCCCC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CCTCTCCCCCCTCTCTTCTCTCCTT--CCCCCCCTCTCGCTGATGTAAGA  148
             ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  -----TTCCCCTCTCTTCTCTCCTTTCCCCCCCCTCTCGCTGATGTAAGA  45

seq1  TTGTAG-AAATGGCATGTATTAGTTAGGCAAAGGCCTATAATATTAGCTT  197
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAAATGGCATGTATTAGTTAGGCAAAGGCCTATAATATTAGCTT  95

seq1  CCAGGAAGGTAAGGCAAGACAATGGGAATTTGAGACCAGCGTAGGCTACT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGGTAAGGCAAGACAATGGGAATTTGAGACCAGCGTAGGCTACT  145

seq1  TATTGAGACCATGGAGAGAGAAAAGAAAAGCAGGGCACATAGTTTTGACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGACCATGGAGAGAGAAAAGAAAAGCAGGGCACATAGTTTTGACA  195

seq1  TTTGATCTCTCTGTCTATTGTTGAGTTCAGAGCACTTCCTTTATCTCACC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCTCTCTGTCTATTGTTGAGTTCAGAGCACTTCCTTTATCTCACC  245

seq1  AGAAATATTTAAGAGACTAATATACATGTAGCCTGCACATAAGAATTTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTTAAGAGACTAATATACATGTAGCCTGCACATAAGAATTTAT  295

seq1  ATATGTACAAACCTGCCCTAAACTTCATGAGGTAATGCTAATACTCATTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACAAACCTGCCCTAAACTTCATGAGGTAATGCTAATACTCATTT  345

seq1  TTCATATGAAGCCAAAAAGGGATTAGGGAGCTTATGTAACCAAGCTCCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATGAAGCCAAAAAGGGATTAGGGAGCTTATGTAACCAAGCTCCAT  395

seq1  CTTCCCTCCTTTACATCCTGCTTATTGGGTCAGGACTCACCTCTATACCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCCTTTACATCCTGCTTATTGGGTCAGGACTCACCTCTATACCC  445

seq1  TGAGCTGTATTTCTTCTGCTGCCCCTCTGACCAGTGTATGATGCTGTGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGTATTTCTTCTGCTGCCCCTCTGACCAGTGTATGATGCTGTGGA  495

seq1  GGGCAACAGTAACTTTCTGAATTAGCCTTTCTGTTCATTCAGTCTTTCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACAGTAACTTTCTGAATTAGCCTTTCTGTTCATTCAGTCTTTCAG  545

seq1  ACTGCACAAAATGCTTTTTTATCCAGGTCTAAGTACATCACATACTCTTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACAAAATGCTTTTTTATCCAGGTCTAAGTACATCACATACTCTTA  595

seq1  GGGAACGTTAGCTGTTGTTACTACAAAATACTGACTCACACTGTACCAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACGTTAGCTGTTGTTACTACAAAATACTGACTCACACTGTACCAAT  645

seq1  CTATGGAACTGGGCAAATGATGAAACAGAGAATGTGCTTAAGTTCCATTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAACTGGGCAAATGATGAAACAGAGAATGTGCTTAAGTTCCATTA  695

seq1  CACACAAGATAGAAGAAAGACATTTGCCGCTCAGTGAATTACATTTGCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGATAGAAGAAAGACATTTGCCGCTCAGTGAATTACATTTGCTC  745

seq1  TAGTAAGTGCTGTGACATGACAATACACCTAGGATGATATCACAGAATTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGTGCTGTGACATGACAATACACCTAGGATGATATCACAGAATTC  795

seq1: chr15_32538808_32539708
seq2: B6Ng01-141M04.g_70_972

seq1  GAATTCTCCATCCAGTGTGGCCCACGCGAGAGGCCTCTGCATTACTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATCCAGTGTGGCCCACGCGAGAGGCCTCTGCATTACTGGAA  50

seq1  GATGCTCAAATGACTTCATGGGCTGAAGAATTATGGCTGTGTGCTCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCAAATGACTTCATGGGCTGAAGAATTATGGCTGTGTGCTCTGTA  100

seq1  CACATTCTGCCTAACTGAAGACAGCTGTGCTACCTGTGTGCTCTATTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTGCCTAACTGAAGACAGCTGTGCTACCTGTGTGCTCTATTTTC  150

seq1  TTCCTGTCTTGTCTTCACAGATTATGGCACCATTAAGAAAGTACGAGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCTTGTCTTCACAGATTATGGCACCATTAAGAAAGTACGAGCTC  200

seq1  CCCTGAGTCAGAGCTCAGGCAGCTGTTTGCTGGAAGAGATTGAGCTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTCAGAGCTCAGGCAGCTGTTTGCTGGAAGAGATTGAGCTTTTC  250

seq1  CCAGAGAGGAGGAGTGAGCCCATCAGGAGCCTGCAGATCCTCCACAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGGAGGAGTGAGCCCATCAGGAGCCTGCAGATCCTCCACAGCCA  300

seq1  GAGTGTCCTATTTGTGGGACTACAGGAGCATGTGGCCAAGATCCCCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCCTATTTGTGGGACTACAGGAGCATGTGGCCAAGATCCCCCTGA  350

seq1  AGAGGTGCCACTTCCATCAAACACGCAGGTAAGGAATCCCAAGGGTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGCCACTTCCATCAAACACGCAGGTAAGGAATCCCAAGGGTGAGG  400

seq1  GCACCTGTGCCAGCCTTTCAAATCTCTGGCAGTCAAAAGGCTGTAAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGTGCCAGCCTTTCAAATCTCTGGCAGTCAAAAGGCTGTAAAACC  450

seq1  ATACATCTGTGGGCTTATTATATTCTGGGACACAGGGTCTTCATTGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTGTGGGCTTATTATATTCTGGGACACAGGGTCTTCATTGAAAT  500

seq1  GGGTTTTTGTGATGCCACTAACCTCTGGATATCTATGGAGGAACCATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTGTGATGCCACTAACCTCTGGATATCTATGGAGGAACCATGTG  550

seq1  GCTAACAATTGTGAGCAGTAATAGGTGTGAAAATGAATTATTCAGTATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAATTGTGAGCAGTAATAGGTGTGAAAATGAATTATTCAGTATAT  600

seq1  GATAACTCTCAGTGGTAGTGCTAGGATCTAGTGCCCCAGGATAAGCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTCTCAGTGGTAGTGCTAGGATCTAGTGCCCCAGGATAAGCTAAT  650

seq1  ATTTTATTTGAATACAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTGAATACAGAGAAAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  700

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATAAGAT-AAAGTAGGCTCATGCCCCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATAAGATAAAAGTAGGCTTATGCCCCTA  750

seq1  AGAAGAAACATCAATGCTGTCCCAAAACTCCATCATTCCGG-ATCATCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAGAAACATCAATGCTGTCCCAAAACTCCATCATTCCGGAATCATCTA  800

seq1  TAGGATATGTCTTGTTCCTAACACCCTTGCAGTTTA-TTCCAAAGGTCCC  847
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGGATATGTCTTGTTCC-AACACCCTTGCAGTTTATTTCCAAAGGTCCC  849

seq1  ATTGTTATATAATCAATTAGTGAGGGGAAGGAAATCTTGGAGGTACAGGG  897
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTGTTATATTATCAATTAGTGAGGGGAAGGAAATCTTTGAGGTACAGGG  899

seq1  AAAG  901
       |||
seq2  GAAG  903