BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142H05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 83,373,410 - 83,503,282
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBik, Mcat, Tspo, Ttll12, Scube1
Upstream gene9030605E09Rik, BC018285, Cyp2d13, LOC380998, LOC627860, LOC676200, 1300013D18Rik, LOC271300, Cyp2d26, Tcf20, Nfam1, Serhl, 1110014J01Rik, Poldip3, Cyb5r3, A4galt, LOC100042119, Arfgap3, Pacsin2, LOC414359, Ttll1
Downstream geneMpped1, 4931407K02Rik, LOC667167, Sult4a1, Pnpla5, Pnpla3, Samm50, Parvb, Parvg, LOC382988, 1810041L15Rik, Ldoc1l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142H05.bB6Ng01-142H05.g
ACCDH940646DH940647
length8331,090
definitionDH940646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142H05, 5' end.DH940647|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,502,451 - 83,503,282)(83,373,410 - 83,374,504)
sequence
gaattcctctatgactttaagctaaaacaaacatcttggggattctgaag
ttcttacttttctcaggggtgaccgatggagctgtcataaccacggcccg
ccgttgagtacacgagtgttgtcgtgagcatcatcatcctgaccaatggg
ctatgacgctgaggtgcgcctgctttttgtgcaggaagccgtacctcaag
gctgtgcttagagcctcactagagacctgctgtgggccagccttggcagg
ggctggaggcaacacagtgtgaggaaacatcactttgtttccagacatag
gaagtaacagactcacaggggttttctcaggagccgcatgtagccaaacc
cagccccagggccaccttttttagtttgggatggctctctgctatgttct
ccaggttcacctcaaaatcacaggctccattgataggctagccttggctt
ccagattggctggcaacacagttgtaccctaggatacctggctcccttcg
gagctcttgtcctccgagcttttgacagggtgtgcagctctttgcagcga
gagagttattagggacagggacactgttcaccacaactctcagttccagg
gcaaactcgagtctttgggagggacagagcaggagggagggaagacaggt
acgaacagagctaggttgccctggcagtggtgggtggggtgggcatccat
tgttggtacatcctcaggtcattgctgtaaatatggagtcagcgctgtct
atgctgggcatgggtggacaagtagattcagagagttacacctgcagatc
ctatctagccaggggcggggggggggggggcga
gaattccatggaaattaggctgggtgtgtggtatggcctccccagcataa
ccacaccaaactgccttatgtatgccttcctgcagaaaccaggtggcctt
gaggctggcctgcatcggcgatgagatggacctgtgtctgcggagccccc
gtctggtccagctgcctgggattgctatacacaggtaaccagttacccag
ggtgaaccggacagggctgggccccaagggagccctgcaaaccttggaag
aggagtatgggagttctcaggcaagcttgaaaccccttgccttccagccc
ccacgtgggtccccccaaatcctccctctggccttagcagtagatcaagc
accactcagggcctttcttttgcttctcaagctgaagagtccggagagat
cccgactcacaaggccgtgtggatctgagcgaggctcaggggccttcaga
gaggcaggtgctccttgagggtggctctgggcagagagagaaccagaggc
gcacaggggctctctgtgggccatgctgtaaggggtcacacgcgtacact
tccagtgcctacggctatagtgaccaccttgctcatctcgtgtcttacag
actcgctgtcacctacagccggacaggtgtcagaggtattttcaggagct
tgattcgaagcctcaccaacctcagggaaaacatctggtcctggagagtc
ttgactcctggcgcctgggtaagcaccttgaagcctctagtccatgtctt
atccttcccatggggcagccagcagctccttagctacgctgtctagttag
ccacagtctccacccctctctaaagtctcttccccacctcttgccccatc
ccagcaatctgcttgatttggctggtgaactgggggagtttcaagtccac
acagtgccatctgggcccctccttgcaaggaagccttcctctaagagaga
gatgctcttagtcagtcatgtctctgggtcgcctcccctgctcaccccgc
gccccccccccactgcttgatgcccaagtcacactgtatcccagaacccc
cagtgtgtcaaagtgcttcttcgagcagccccaaagagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_83502451_83503282
seq2: B6Ng01-142H05.b_44_876 (reverse)

seq1  TCG-CCCCCCCCCCCCCGCCCCTGGCTAGATAGGATCTGCAGGTGTAACT  49
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCCCCCCCCCCCCCGCCCCTGGCTAGATAGGATCTGCAGGTGTAACT  50

seq1  CTCTGAATCTACTTGTCCACCCATGCCCAGCATAGACAGCGCTGACTCCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAATCTACTTGTCCACCCATGCCCAGCATAGACAGCGCTGACTCCA  100

seq1  TATTTACAGCAATGACCTGAGGATGTACCAACAATGGATGCCCACCCCAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACAGCAATGACCTGAGGATGTACCAACAATGGATGCCCACCCCAC  150

seq1  CCACCACTGCCAGGGCAACCTAGCTCTGTTCGTACCTGTCTTCCCTCCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTGCCAGGGCAACCTAGCTCTGTTCGTACCTGTCTTCCCTCCCT  200

seq1  CCTGCTCTGTCCCTCCCAAAGACTCGAGTTTGCCCTGGAACTGAGAGTTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTGTCCCTCCCAAAGACTCGAGTTTGCCCTGGAACTGAGAGTTG  250

seq1  TGGTGAACAGTGTCCCTGTCCCTAATAACTCTCTCGCTGCAAAGAGCTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAACAGTGTCCCTGTCCCTAATAACTCTCTCGCTGCAAAGAGCTGC  300

seq1  ACACCCTGTCAAAAGCTCGGAGGACAAGAGCTCCGAAGGGAGCCAGGTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGTCAAAAGCTCGGAGGACAAGAGCTCCGAAGGGAGCCAGGTAT  350

seq1  CCTAGGGTACAACTGTGTTGCCAGCCAATCTGGAAGCCAAGGCTAGCCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGTACAACTGTGTTGCCAGCCAATCTGGAAGCCAAGGCTAGCCTA  400

seq1  TCAATGGAGCCTGTGATTTTGAGGTGAACCTGGAGAACATAGCAGAGAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGAGCCTGTGATTTTGAGGTGAACCTGGAGAACATAGCAGAGAGC  450

seq1  CATCCCAAACTAAAAAAGGTGGCCCTGGGGCTGGGTTTGGCTACATGCGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAAACTAAAAAAGGTGGCCCTGGGGCTGGGTTTGGCTACATGCGG  500

seq1  CTCCTGAGAAAACCCCTGTGAGTCTGTTACTTCCTATGTCTGGAAACAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGAAAACCCCTGTGAGTCTGTTACTTCCTATGTCTGGAAACAAA  550

seq1  GTGATGTTTCCTCACACTGTGTTGCCTCCAGCCCCTGCCAAGGCTGGCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTTTCCTCACACTGTGTTGCCTCCAGCCCCTGCCAAGGCTGGCCC  600

seq1  ACAGCAGGTCTCTAGTGAGGCTCTAAGCACAGCCTTGAGGTACGGCTTCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGTCTCTAGTGAGGCTCTAAGCACAGCCTTGAGGTACGGCTTCC  650

seq1  TGCACAAAAAGCAGGCGCACCTCAGCGTCATAGCCCATTGGTCAGGATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAAAAGCAGGCGCACCTCAGCGTCATAGCCCATTGGTCAGGATGA  700

seq1  TGATGCTCACGACAACACTCGTGTACTCAACGGCGGGCCGTGGTTATGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCACGACAACACTCGTGTACTCAACGGCGGGCCGTGGTTATGAC  750

seq1  AGCTCCATCGGTCACCCCTGAGAAAAGTAAGAACTTCAGAATCCCCAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCATCGGTCACCCCTGAGAAAAGTAAGAACTTCAGAATCCCCAAGA  800

seq1  TGTTTGTTTTAGCTTAAAGTCATAGAGGAATTC  832
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTAGCTTAAAGTCATAGAGGAATTC  833

seq1: chr15_83373410_83374504
seq2: B6Ng01-142H05.g_67_1156

seq1  GAATTCCATGGAAATTAGGCTGGGTGTGTGGTATGGCCTCCCCAGCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGAAATTAGGCTGGGTGTGTGGTATGGCCTCCCCAGCATAA  50

seq1  CCACACCAAACTGCCTTATGTATGCCTTCCTGCAGAAACCAGGTGGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCAAACTGCCTTATGTATGCCTTCCTGCAGAAACCAGGTGGCCTT  100

seq1  GAGGCTGGCCTGCATCGGCGATGAGATGGACCTGTGTCTGCGGAGCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGCCTGCATCGGCGATGAGATGGACCTGTGTCTGCGGAGCCCCC  150

seq1  GTCTGGTCCAGCTGCCTGGGATTGCTATACACAGGTAACCAGTTACCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCCAGCTGCCTGGGATTGCTATACACAGGTAACCAGTTACCCAG  200

seq1  GGTGAACCGGACAGGGCTGGGCCCCAAGGGAGCCCTGCAAACCTTGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACCGGACAGGGCTGGGCCCCAAGGGAGCCCTGCAAACCTTGGAAG  250

seq1  AGGAGTATGGGAGTTCTCAGGCAAGCTTGAAACCCCTTGCCTTCCAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATGGGAGTTCTCAGGCAAGCTTGAAACCCCTTGCCTTCCAGCCC  300

seq1  CCACGTGGGTCCCCCCAAATCCTCCCTCTGGCCTTAGCAGTAGATCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTGGGTCCCCCCAAATCCTCCCTCTGGCCTTAGCAGTAGATCAAGC  350

seq1  ACCACTCAGGGCCTTTCTTTTGCTTCTCAAGCTGAAGAGTCCGGAGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCAGGGCCTTTCTTTTGCTTCTCAAGCTGAAGAGTCCGGAGAGAT  400

seq1  CCCGACTCACAAGGCCGTGTGGATCTGAGCGAGGCTCAGGGGCCTTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACTCACAAGGCCGTGTGGATCTGAGCGAGGCTCAGGGGCCTTCAGA  450

seq1  GAGGCAGGTGCTCCTTGAGGGTGGCTCTGGGCAGAGAGAGAACCAGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGTGCTCCTTGAGGGTGGCTCTGGGCAGAGAGAGAACCAGAGGC  500

seq1  GCACAGGGGCTCTCTGTGGGCCATGCTGTAAGGGGTCACACGCGTACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGGCTCTCTGTGGGCCATGCTGTAAGGGGTCACACGCGTACACT  550

seq1  TCCAGTGCCTACGGCTATAGTGACCACCTTGCTCATCTCGTGTCTTACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGCCTACGGCTATAGTGACCACCTTGCTCATCTCGTGTCTTACAG  600

seq1  ACTCGCTGTCACCTACAGCCGGACAGGTGTCAGAGGTATTTTCAGGAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGCTGTCACCTACAGCCGGACAGGTGTCAGAGGTATTTTCAGGAGCT  650

seq1  TGATTCGAAGCCTCACCAACCTCAGGGAAAACATCTGGTCCTGGAGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCGAAGCCTCACCAACCTCAGGGAAAACATCTGGTCCTGGAGAGTC  700

seq1  TTGACTCCTGGCGCCTGGGTAAGCACCTTGAAGCCTCTAGTCCATGTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCCTGGCGCCTGGGTAAGCACCTTGAAGCCTCTAGTCCATGTCTT  750

seq1  ATCCTTCCCATGGGGCAGCCAGCAGCTCCTTAGCTACGCTGTCTAGTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCCATGGGGCAGCCAGCAGCTCCTTAGCTACGCTGTCTAGTTAG  800

seq1  CCACAGTCTCCACCCCTCTCTAAAGTCTCTTCCCCACCTCTTGCCCCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTCTCCACCCCTCTCTAAAGTCTCTTCCCCACCTCTTGCCCCATC  850

seq1  CCAGCAATCTGCTTGA-TTGGCTGGTGAACTGAGGGAGGTTCAAGTCCAC  899
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CCAGCAATCTGCTTGATTTGGCTGGTGAACTGGGGGAGTTTCAAGTCCAC  900

seq1  ACAGTGCCATCT-GGCCCCTCC-TGC-AGGGAGCCTTCCTCTAAGAGAGA  946
      |||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCATCTGGGCCCCTCCTTGCAAGGAAGCCTTCCTCTAAGAGAGA  950

seq1  GGATGCTCTT-GTCAGTCATGGTCTCTGGGTCGCCTCCCCTGCTCACCCC  995
       ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  -GATGCTCTTAGTCAGTCAT-GTCTCTGGGTCGCCTCCCCTGCTCA-CCC  997

seq1  CGCGCCCCCCCCCCCACTGGCTTGAATGCCCAAGTTCACACTGTATCCCA  1045
      |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGCG-CCCCCCCCCCACT-GCTTG-ATGCCCAAG-TCACACTGTATCCCA  1043

seq1  GAACCCCCCAGTTGTGCATAGGTGCTTCTTCTGAGCCAGCCCC-AAGAGC  1094
      ||| ||||||| ||||   | |||||||||| ||| ||||||| ||||||
seq2  GAA-CCCCCAG-TGTGTCAAAGTGCTTCTTC-GAG-CAGCCCCAAAGAGC  1089

seq1  T  1095
      |
seq2  T  1090