BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-143N03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 46,548,936 - 46,681,434
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039389, EG432951
Downstream geneLOC100039438, LOC665130, LOC100039485, LOC100039493, Csmd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143N03.bB6Ng01-143N03.g
ACCDH941657DH941658
length1,1461,155
definitionDH941657|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143N03, 5' end.DH941658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143N03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,680,285 - 46,681,434)(46,548,936 - 46,550,120)
sequence
gaattcataagaccatattaagttgcttatagtcacaaaaattataaaaa
cataattagtattcttgacagcgcataagtatgtaaagtacatttcctcg
tggttgtttaaatagatgttaaatctggatgttgaaatcctcaccatctg
ggagaacccagatggaaaagatggttccctgtgcagatagcttctggctt
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agaaggctcgtccttggagaaacattgattctccatatcttggcagttat
tgactatgccttatgactgtgaatatactatggggccatgaaagacagcc
attttgtttgatgaggcttgctcagcaacccaacagaaaagtctctaagg
acagaacagtaagtcatgttccagagacaggtcccaacaccacagatccc
caacttcataatttctgactttagttcagcaacatgtcccagcttctgca
tttctggcttgactcactcccactggtactaactatagcagaaggcctga
caagttaacttgacaacacaaggagcgagccataaatggggcgcttggcc
cctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_46680285_46681434
seq2: B6Ng01-143N03.b_45_1190 (reverse)

seq1  AAAATGGTTGATAGCCTGTAGATGTTCTACTAAGCATGGAATCTTATGAA  50
      ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAATGG-TGATAGCCTGTAGAGGTCCTACTAAGCATGGAATCTTA-GAA  48

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      ||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCT-TCCTCCCTGTCAGTATTTAAAATAAGGTTGTAGTCTCCTTTCA  97

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      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  CATC-AGTCCAGGCAATCAGGTCGTTAAGAAGTTTGTG-ATACAAAATCC  145

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      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATGTTCACCAGATTAATGCTGTCAGT-CTTTCTAGAATTCAGGAT  194

seq1  TTACAATCTTTCTGCCCCTTCTAATTATGATGTTCACTTTATCTTGGATG  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCTTTCTGCCCATTCTAATTATGATGTTCACTTTATCTTGGATG  244

seq1  TAACATGTATGTATAATATAATATAATAATGTGCATATATACTTGAATAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATAATAAATATCAATATATGCATAGATGCATCATAAAATATATATTGAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAATATCAATATATGCATAGATGCATCATAAAATATATATTGAAT  344

seq1  CCAATAATGCTGCCACTATTAATATGAGTTATAGGTTTATATGACTTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGGAGGTTTTGCTTCTAAAGGAAAACTTCTTTTGTCATTAGTCATTGGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAACTGTTCTATGAAGAGTGGGACTTGATGAACATTCTTACTTCA  494

seq1  ATATATCATCATATAAAATACATATAAGCTTTGTATAATATATATACATA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCATCATATAAAATACATATAAGCTTTGTATAATATATATACATA  544

seq1  CATATGCATATATATTACACATTAGAACCAAGATTCAATGAAAATCTTGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCATATATATTACACATTAGAACCAAGATTCAATGAAAATCTTGG  594

seq1  CAAATTTCATTAAGAGAGAAGTAAGAAAAAAGTACACAACTACAAAGAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTCATTAAGAGAGAAGTAAGAAAAAAGTACACAACTACAAAGAGT  644

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAAATACATGTACAATTGAGATAAAATTATCACCATATTTTCAAA  694

seq1  ATATGTCTAATATTAGAATATGATACTATTAATCATTAAATTTAAAATGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCTAATATTAGAATATGATACTATTAATCATTAAATTTAAAATGC  744

seq1  ATAAATGTTTGAAATAACAAAGTATTTGTATTAGTCTGTAACAGCACAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTTTGAAATAACAAAGTATTTGTATTAGTCTGTAACAGCACAGA  794

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAAAACTAACCCCTGTAAAATTATGAGGCAGATATAGACTTTAC  844

seq1  TCTGTAGCATTGTCATTCAATGTCAACATTTGTATTTTATAAATATGTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGCATTGTCATTCAATGTCAACATTTGTATTTTATAAATATGTAC  894

seq1  AAAAATATGTTATTTAAATAAATGACTTAGGCAAAGTGATCATAGTGCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGTTATTTAAATAAATGACTTAGGCAAAGTGATCATAGTGCTT  944

seq1  TCAAGCCAGAAGCTATCTGCACAGGGAACCATCTTTTCCATCTGGGTTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCAGAAGCTATCTGCACAGGGAACCATCTTTTCCATCTGGGTTCT  994

seq1  CCCAGATGGTGAGGATTTCAACATCCAGATTTAACATCTATTTAAACAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATGGTGAGGATTTCAACATCCAGATTTAACATCTATTTAAACAAC  1044

seq1  CACGAGGAAATGTACTTTACATACTTATGCGCTGTCAAGAATACTAATTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGGAAATGTACTTTACATACTTATGCGCTGTCAAGAATACTAATTA  1094

seq1  TGTTTTTATAATTTTTGTGACTATAAGCAACTTAATATGGTCTTATGAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTATAATTTTTGTGACTATAAGCAACTTAATATGGTCTTATGAAT  1144

seq1  TC  1150
      ||
seq2  TC  1146

seq1: chr15_46548936_46550120
seq2: B6Ng01-143N03.g_67_1221

seq1  GAATTCATGCACTACAGCATCACAATCATGTTGGTTTTGATGTATTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCACTACAGCATCACAATCATGTTGGTTTTGATGTATTACAA  50

seq1  TAATACAGAAGCTTCACAGAGTACCTTTACAATATATTTCTACAAGATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAGAAGCTTCACAGAGTACCTTTACAATATATTTCTACAAGATGA  100

seq1  CATTACATTGATTCCATATGAAAACTAAAGAGAATTATAGTACTTATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACATTGATTCCATATGAAAACTAAAGAGAATTATAGTACTTATAAT  150

seq1  ATTTAGCATGAAGAAATACAATTTGTGAATTATTTATGAGTAAGAAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGCATGAAGAAATACAATTTGTGAATTATTTATGAGTAAGAAAGGA  200

seq1  ATAAAAATTGGGAAATACAATAAGTTATTCAAATAATTTACAATATGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTGGGAAATACAATAAGTTATTCAAATAATTTACAATATGTTA  250

seq1  CAGTAAGTTATAAAAAGGAAGAAATTTACCAGATGAAGTACCAAGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGTTATAAAAAGGAAGAAATTTACCAGATGAAGTACCAAGGGAAA  300

seq1  AGAATAAATGTCTTTATGTTATCATTTTTACATTGAAAATAAGAGAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
seq2  AGAATAAATGTCTTTATGTTATCATTTTTACATTGAAAATAAGAGA----  346

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATATATATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATATATATGC  396

seq1  ATAAATATTTAACTGAGATCATGCAGAATGTGAGTGTATGTGATACAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATTTAACTGAGATCATGCAGAATGTGAGTGTATGTGATACAGTA  446

seq1  ATCCAAATTTTGATATTAATTTGATCAATTAATTTGATACATAATTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAATTTTGATATTAATTTGATCAATTAATTTGATACATAATTTTGA  496

seq1  TCAAAAAATTGCACATAAAAATGGTAAGTAAGATGGCATCATACTTTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAATTGCACATAAAAATGGTAAGTAAGATGGCATCATACTTTGCA  546

seq1  TATACTTTTATACTTGTTGAGATTTCCATATTTGAGTACATATTTGAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTTATACTTGTTGAGATTTCCATATTTGAGTACATATTTGAAAC  596

seq1  ATTAGAGTCCATTTCTTTCCCCAATCCAACAACTCAAATTCCCCAATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGTCCATTTCTTTCCCCAATCCAACAACTCAAATTCCCCAATTTT  646

seq1  CATCTCAAAATCATGACATCTATTGAAATTACTATTGTTTAACATATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAAAATCATGACATCTATTGAAATTACTATTGTTTAACATATAAC  696

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATATAATGTTGCTCACATGTACATATATTTGGGGATGAAGGTGGTTAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGTTGCTCACATGTACATATATTTGGGGATGAAGGTGGTTAATA  796

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAGGCTCGTCCTTGGAGAAACATTGATTCTCCATATCTTGGCAG  846

seq1  TTATTGACTATGCCTTATGACTGTGGAATATACTATGGGGCCATGAAAGA  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGACTATGCCTTATGACTGT-GAATATACTATGGGGCCATGAAAGA  895

seq1  CAGCCCATTTTGTTTGAATGAGGCTTGCTCCAGCAACCCAACAGAAAAGT  950
      ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAG-CCATTTTGTTTG-ATGAGGCTTGCT-CAGCAACCCAACAGAAAAGT  942

seq1  CTCCTAAGGACAGAACAGTAAGCCATGTTCCCAGAGACAGGTGCCCAACA  1000
      || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CT-CTAAGGACAGAACAGTAAGTCATGTT-CCAGAGACAGGT-CCCAACA  989

seq1  CCACAGATCCCCCAACTCCATAA-TTCTGACTATAAGTCACGCAGACAAT  1049
      |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  ||| ||| || ||
seq2  CCACAGAT-CCCCAACTTCATAATTTCTGACTTTAGTTCA-GCA-AC-AT  1035

seq1  GTCCCAAGCTTCTGCCATTCTGGCTAGACTTCACCCACACTGTTACCTAA  1099
      ||||| |||||||||  |||||||| ||| |||| | ||||| || ||||
seq2  GTCCC-AGCTTCTGCATTTCTGGCTTGAC-TCACTCCCACTGGTA-CTAA  1082

seq1  CTATAGCCAGGTATGCTCGTCCCCACAGTT-ACCTGACAACAGCAAGATA  1148
      |||||||   | | ||  | |     |||| || |||||||| ||||  |
seq2  CTATAGC--AGAAGGCCTGAC----AAGTTAACTTGACAACA-CAAG-GA  1124

seq1  GCCCAGTCCACTATAAATGGGGCTGCTTGGCCCCTCC  1185
      | | ||    | ||||||||||| |||||||||||||
seq2  G-CGAG----CCATAAATGGGGC-GCTTGGCCCCTCC  1155