BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146M12
Chromosome15 (Build37)
Map Location 100,981,005 - 101,156,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAcvr1b, Grasp, Nr4a1, 9430023L20Rik, 6030408B16Rik
Upstream geneDip2b, Atf1, 4930478A21Rik, EG432981, Mettl7a, ENSMUSG00000058057, LOC554292, Ubie, Yghl1-4, Slc11a2, EG432982, Letmd1, BC035295, Tcfcp2, Pou6f1, Dazap2, BC004728, Bin2, Ela1, Galnt6, Slc4a8, Scn8a, EG668225, Ankrd33, Acvrl1
Downstream geneKrt80, Krt7, Krt85, Krt83, 1700011A15Rik, 5430421N21Rik, EG574415, Krt84, Krt82, 4732456N10Rik, Krt75, EG432985, EG432986, EG406223, EG432987, Krt6b, Krt6a, Krt5, Krt71, Krt74, Krt72, Krt73, Krt2, LOC100043001, Krt1, Krt77, Krt76, Krt4, Krt79, Krt78, Krt8, Krt18, LOC676882, Eif4b, Tenc1, Spryd3, Igfbp6, Soat2, Csad, Zfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146M12.bB6Ng01-146M12.g
ACCDH943833DH943834
length1,029392
definitionDH943833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M12, 5' end.DH943834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,155,438 - 101,156,474)(100,981,005 - 100,981,401)
sequence
gaattcatggtcatcctggccctcagccagctcccggcccacttacctac
aggaaaccgtctcaaaggccccaccgcaccacgccttcaaaagttgaaca
cttccacacttgctcacctggcaagcacctattgacaatatcatgtaatt
gggcaccttcattctgcagatgtcctgagatttaacagtcctggggactg
ttctagtaacattcctattgctggggctaagacaccatgaccaggtcagc
ttatcaagtgttcatttgggctcacagtccctgagggttagagcacatgg
cccttgtggtagggaacatggcagcaggcaagcagaaatgtatttgcata
gccgctgagagcttacatcttgatccacaagcatgaatcagatgcgatga
tagatagatgatagatagatagatagatagatagatcacagcatgaacca
tctttgatgacttttgaatgcttttgaaacttccaagctcaccttggccc
ctgaacacacctcctaatccttcccaaatagttgcaccaactgtggacca
agtagccaaatctatgagcctgtggaggccattctcatttaaaccaccac
agggacggttacaaacaatgcgcgtgcccactttgcgcccccccccccgc
ccccgtgaaaaccctcctgagctctctcctgactgctgcagttgatgttc
ctatgctaagtctctggcctgggtgaatcttccagatgttggacagctgt
gatgagttccttctgggtcacagatatattgtctgcatccacctgtcagg
ctccaccatctctctgaccatcaagctggtgtatttaatggacatgcctt
aagggaccatgacccctgcttttatctaatgttcaagggtggtactgata
tctggacttgtgggaggaaatttggttgacatttgcactgttttaagact
ttttaattttatttattaattcaaagggtagaaagctttattgggaacag
ggggtgaattacattgtgatacagttgac
ctgccagaggccattcactcacacagatagtaggagatagattacaggat
aaaagaatgagaccaggcaggccagcaaagggaaatgggaaataactcag
aagccaacccaggcacacctgtgaactgctatacacatgggaagcataaa
acaaaaacaaaagcaaaaacaaaacaaaaaacaatgaagtcaagccaggt
ggaatggcctacacctttaacgccagatcttgggaggcagaaactctgag
cttgaaaccagcctgatctacagagtgacttccaggacaaacatggctac
aaagaaattctgtctttgtatatgtgtatatctgtatgtatatatgtgct
gggtatgtatataaatgtatatatatgtatatagagtgaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_101155438_101156474
seq2: B6Ng01-146M12.b_46_1074 (reverse)

seq1  GTCAGCTGT-TCACAATTGTATATCACCCCCATTTCCCAAATAAAGCTTT  49
      |||| |||| |||||| ||||  ||||||||  ||||| |||||||||||
seq2  GTCAACTGTATCACAA-TGTAATTCACCCCCTGTTCCC-AATAAAGCTTT  48

seq1  TCTTACCCTTTAATATTTAATAAATAAAATTTAAAAAGTCTTTAAAAAAC  99
         ||||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||   |||||
seq2  --CTACCCTTT--GAATTAATAAATAAAA-TTAAAAAGTCTT---AAAAC  90

seq1  AGTGCAAATGTCAACCAATTTTCCTCCCACAAGTACAGATATCAGTACCA  149
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGCAAATGTCAACCAAATTTCCTCCCACAAGTCCAGATATCAGTACCA  140

seq1  CCCTTGGACATTAGATAAATGCAGGGGTCATGGTCCC-TAGGGCATGTCC  198
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  CCCTTGAACATTAGATAAAAGCAGGGGTCATGGTCCCTTAAGGCATGTCC  190

seq1  ATTAAATTCACCAGCCTGATGGTCAGAGAGATGGTGGAGCCTGACAGGTG  248
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATACACCAGCTTGATGGTCAGAGAGATGGTGGAGCCTGACAGGTG  240

seq1  GATGCAGACAATATATCTGTGACCAAGAAGGAACTCATCACAGCTGTCCA  298
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGACAATATATCTGTGACCCAGAAGGAACTCATCACAGCTGTCCA  290

seq1  ACATCTGGAAGATTCACCCAGGCCAGAGACTTAGCATAGGAACATCAACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGGAAGATTCACCCAGGCCAGAGACTTAGCATAGGAACATCAACT  340

seq1  GCAGCAGTCAGGAGAGAGCTCAGGAGGGTTTTCACGGGGGCGGGGGGGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGTCAGGAGAGAGCTCAGGAGGGTTTTCACGGGGGCGGGGGGGGG  390

seq1  GGCGCAAAGTGGGCACGCGCATTGTTTGTAACCGTCCCTGTGGTGGTTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCAAAGTGGGCACGCGCATTGTTTGTAACCGTCCCTGTGGTGGTTTA  440

seq1  AATGAGAATGGCCTCCACAGGCTCATAGATTTGGCTACTTGGTCCACAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAATGGCCTCCACAGGCTCATAGATTTGGCTACTTGGTCCACAGT  490

seq1  TGGTGCAACTATTTGGGAAGGATTAGGAGGTGTGTTCAGGGGCCAAGGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCAACTATTTGGGAAGGATTAGGAGGTGTGTTCAGGGGCCAAGGTG  540

seq1  AGCTTGGAAGTTTCAAAAGCATTCAAAAGTCATCAAAGATGGTTCATGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGAAGTTTCAAAAGCATTCAAAAGTCATCAAAGATGGTTCATGCT  590

seq1  GTGATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCATCGCATCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCATCTATCTATCATCGCATCT  640

seq1  GATTCATGCTTGTGGATCAAGATGTAAGCTCTCAGCGGCTATGCAAATAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATGCTTGTGGATCAAGATGTAAGCTCTCAGCGGCTATGCAAATAC  690

seq1  ATTTCTGCTTGCCTGCTGCCATGTTCCCTACCACAAGGGCCATGTGCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGCTTGCCTGCTGCCATGTTCCCTACCACAAGGGCCATGTGCTCT  740

seq1  AACCCTCAGGGACTGTGAGCCCAAATGAACACTTGATAAGCTGACCTGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCAGGGACTGTGAGCCCAAATGAACACTTGATAAGCTGACCTGGT  790

seq1  CATGGTGTCTTAGCCCCAGCAATAGGAATGTTACTAGAACAGTCCCCAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGTCTTAGCCCCAGCAATAGGAATGTTACTAGAACAGTCCCCAGG  840

seq1  ACTGTTAAATCTCAGGACATCTGCAGAATGAAGGTGCCCAATTACATGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTAAATCTCAGGACATCTGCAGAATGAAGGTGCCCAATTACATGAT  890

seq1  ATTGTCAATAGGTGCTTGCCAGGTGAGCAAGTGTGGAAGTGTTCAACTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAATAGGTGCTTGCCAGGTGAGCAAGTGTGGAAGTGTTCAACTTT  940

seq1  TGAAGGCGTGGTGCGGTGGGGCCTTTGAGACGGTTTCCTGTAGGTAAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCGTGGTGCGGTGGGGCCTTTGAGACGGTTTCCTGTAGGTAAGTG  990

seq1  GGCCGGGAGCTGGCTGAGGGCCAGGATGACCATGAATTC  1037
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGGGAGCTGGCTGAGGGCCAGGATGACCATGAATTC  1029

seq1: chr15_100981005_100981401
seq2: B6Ng01-146M12.g_70_466

seq1  GAATTCCTGCCAGAGGCCATTCACTCACACAGATAGTAGGAGATAGATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCAGAGGCCATTCACTCACACAGATAGTAGGAGATAGATTA  50

seq1  CAGGATAAAAGAATGAGACCAGGCAGGCCAGCAAAGGGAAATGGGAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATAAAAGAATGAGACCAGGCAGGCCAGCAAAGGGAAATGGGAAATA  100

seq1  ACTCAGAAGCCAACCCAGGCACACCTGTGAACTGCTATACACATGGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAGCCAACCCAGGCACACCTGTGAACTGCTATACACATGGGAAG  150

seq1  CATAAAACAAAAACAAAAGCAAAAACAAAACAAAAAACAATGAAGTCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACAAAAACAAAAGCAAAAACAAAACAAAAAACAATGAAGTCAAG  200

seq1  CCAGGTGGAATGGCCTACACCTTTAACGCCAGATCTTGGGAGGCAGAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGGAATGGCCTACACCTTTAACGCCAGATCTTGGGAGGCAGAAAC  250

seq1  TCTGAGCTTGAAACCAGCCTGATCTACAGAGTGACTTCCAGGACAAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTTGAAACCAGCCTGATCTACAGAGTGACTTCCAGGACAAACAT  300

seq1  GGCTACAAAGAAATTCTGTCTTTGTATATGTGTATATCTGTATGTATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAAAGAAATTCTGTCTTTGTATATGTGTATATCTGTATGTATATA  350

seq1  TGTGCTGGGTATGTATATAAATGTATATATATGTATATAGAGTGAAG  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGGTATGTATATAAATGTATATATATGTATATAGAGTGAAG  397