BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155I20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,192,135 - 68,327,022
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155I20.bB6Ng01-155I20.g
ACCDH950303DH950304
length1,1681,097
definitionDH950303|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I20, 5' end.DH950304|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,192,135 - 68,193,332)(68,325,917 - 68,327,022)
sequence
gaattcaactctgtccccaggtaatgtgtgatagccatattcaaggaaac
attcataagccatggagatgccagaattctcttactaaattgtccaacaa
acaaatttcataagtcaaacaacatttactaagtactatttaagcagact
tgaaggtaccctgctctgtaaaattctcattgaactaacaactacttaac
ttgttttgtaaccttaaactttaaaatatccaatttcttaaagtggagga
cagctgctttcctctccccctctacctcactgcagcattactgttttcct
atttcccctcaagcaagctcggaaaactgttagcccctaaccaactgttc
ttatatagtagaatatgcaagcaacaccagcaaatttgaaacataattaa
gtggttttaaagtataagcagaaatgtacttcataaaaaagtcactttat
ttttggcattgttcacaataaacactcaaataaaatgactttggaaaatg
gagacattattatctcaagtttcttccccatgggtcctcatcacctggag
taaaaggtccaagaactgttgagttccataaacacgtgacttctgtgaag
tcagcaaggtcaatgagcctataccagggggttatgttgaataagggcca
ctgcctctatctttagttccctttatgaagagtcaggaaaaccaaacaaa
caaaattccttatatgttacaggaactgtttggaggttgtgacaactaat
cacccaactacaggatagtatgcagatccttgtctgtaagggccagtgga
agcaagattaggaggaggtacaacactgactgctgaggaacaagtaacaa
gatggcctactaaccttcccttccttctccgagaacctccagggctgggc
ttcatgccacaccacagggactcaatttcagagtgagggttctccactga
gagactttttgaaagtgacatcatatattcagaattaaagggaagcactc
atatatcagaaatgctcaggtgagatcaaacttggatttactaagctcta
cttacatcaaattacagaaggtgtctttctgcttgtctcactatacccac
tacacctttcccacggagctctaaggtatatcaccctggcactgttaact
ggttttactggggggggg
gaattctctttagagcaccgcctctttgtctcctgtaggctgagtgctta
tacctcgagttggtcttttgttccagaaaccccaggcttagcctcatcaa
taataatttgtcagaactattttctaaacctaaagtgagagtgtagaaca
aggagaggattttcgtcggggtcaaatgtttgtcctacacaaatgaactc
tcccagagaaaaaatgaatgcactgtatcaaaatttagttcccttatact
cacactaattattttaattgactggtttgttgctatttgttgaaatatgg
tttcattccataactgaggggcgtcaaaactgagattccttctgactcag
cctttcagatcttgggaatagggatatgtgctgtcacaccctgctctctg
atcccctttaaagcagaagaaagataatgtttaggcttgtaattaatatt
aacttttttcacttttgtatgatagttaaatcataaaatccaagatgtgg
ggaggcctaaattcctctgttcaatcctttcattttgtaggagggaaaat
agggcttaattctgggttaagaattcagtaaaagaattgacacactgact
caaatgaatagttcaagattcgatagtttgacatgtgtagagctctattt
ctttgtcataagcacttataaaaagtttttgttgaccctgagtctcaaca
gtacaattgtccactggaattatatttcccacggaacttcaaaatactga
gcaaatccccatgagtgccatcaagtcttagtactaggcagacacctgca
agcacgtgacacacatgggatatcactcatgtcaaataggtatcccttac
cacaagtcagtaagtcagaatgacaaatctcagaaaatgcagtgtttaca
gtcacaaactcaccaactggagccattaaacatggaaagtctaagactat
tccttatactcttaaattcagtagtgaaggtacacaaatgccaccttgta
ttcaaaatgtcagactcacttatcttttatgatcacaattaatccctaga
atgctctgatagtattttgtttaatgaaaaattttccacagaatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68192135_68193332
seq2: B6Ng01-155I20.b_47_1214

seq1  GAATTCAACTCTGTCCCCAGGTAATGTGTGATAGCCATATTCAAGGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCTGTCCCCAGGTAATGTGTGATAGCCATATTCAAGGAAAC  50

seq1  ATTCATAAGCCATGGAGATGCCAGAATTCTCTTACTAAATTGTCCAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAAGCCATGGAGATGCCAGAATTCTCTTACTAAATTGTCCAACAA  100

seq1  ACAAATTTCATAAGTCAAACAACATTTACTAAGTACTATTTAAGCAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTCATAAGTCAAACAACATTTACTAAGTACTATTTAAGCAGACT  150

seq1  TGAAGGTACCCTGCTCTGTAAAATTCTCATTGAACTAACAACTACTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTACCCTGCTCTGTAAAATTCTCATTGAACTAACAACTACTTAAC  200

seq1  TTGTTTTGTAACCTTAAACTTTAAAATATCCAATTTCTTAAAGTGGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTAACCTTAAACTTTAAAATATCCAATTTCTTAAAGTGGAGGA  250

seq1  CAGCTGCTTTCCTCTCCCCCTCTACCTCACTGCAGCATTACTGTTTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTTTCCTCTCCCCCTCTACCTCACTGCAGCATTACTGTTTTCCT  300

seq1  ATTTCCCCTCAAGCAAGCTCGGAAAACTGTTAGCCCCTAACCAACTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCTCAAGCAAGCTCGGAAAACTGTTAGCCCCTAACCAACTGTTC  350

seq1  TTATATAGTAGAATATGCAAGCAACACCAGCAAATTTGAAACATAATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAGTAGAATATGCAAGCAACACCAGCAAATTTGAAACATAATTAA  400

seq1  GTGGTTTTAAAGTATAAGCAGAAATGTACTTCATAAAAAAGTCACTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTTAAAGTATAAGCAGAAATGTACTTCATAAAAAAGTCACTTTAT  450

seq1  TTTTGGCATTGTTCACAATAAACACTCAAATAAAATGACTTTGGAAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCATTGTTCACAATAAACACTCAAATAAAATGACTTTGGAAAATG  500

seq1  GAGACATTATTATCTCAAGTTTCTTCCCCATGGGTCCTCATCACCTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATTATTATCTCAAGTTTCTTCCCCATGGGTCCTCATCACCTGGAG  550

seq1  TAAAAGGTCCAAGAACTGTTGAGTTCCATAAACACGTGACTTCTGTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGTCCAAGAACTGTTGAGTTCCATAAACACGTGACTTCTGTGAAG  600

seq1  TCAGCAAGGTCAATGAGCCTATACCAGGGGGTTATGTTGAATAAGGGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAGGTCAATGAGCCTATACCAGGGGGTTATGTTGAATAAGGGCCA  650

seq1  CTGCCTCTATCTTTAGTTCCCTTTATGAAGAGTCAGGAAAACCAAACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTATCTTTAGTTCCCTTTATGAAGAGTCAGGAAAACCAAACAAA  700

seq1  CAAAATTCCTTATATGTTACAGGAACTGTTTGGAGGTTGTGACAACTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTCCTTATATGTTACAGGAACTGTTTGGAGGTTGTGACAACTAAT  750

seq1  CACCCAACTACAGGATAGTATGCAGATCCTTGTCTGTAAGGGCCAGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACTACAGGATAGTATGCAGATCCTTGTCTGTAAGGGCCAGTGGA  800

seq1  AGCAAGATTAGGAGGAGGTACAACACTGACTGCTGAGGAACAAGTAACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATTAGGAGGAGGTACAACACTGACTGCTGAGGAACAAGTAACAA  850

seq1  GATGGCCTACTAACCTTCCCTTCCTTCTCCGAGAACCTCCAGGGCTGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCTACTAACCTTCCCTTCCTTCTCCGAGAACCTCCAGGGCTGGGC  900

seq1  TTCATGCCACACCACAGGGACTCAATTTCAGAGTGAGGGTTCTCCACTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCCACACCACAGGGACTCAATTTCAGAGTGAGGGTTCTCCACTGA  950

seq1  GAGAACTTTTTGAAAGTGACAATCATATATTCAGAATTAAAAGGAAAAGC  1000
      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||
seq2  GAG-ACTTTTTGAAAGTGAC-ATCATATATTCAGAATTAAAGGG--AAGC  996

seq1  ACTCATATATCAGAAATGCTCAGGGTGAGAATCAAAACTTGAATTTACTA  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||
seq2  ACTCATATATCAGAAATGCTCA-GGTGAG-ATC-AAACTTGGATTTACTA  1043

seq1  AGCCTTCTAACTTACATCAAATTTACAGAAGGGTGTCCTTCTGGCTGTTC  1100
      |||  ||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||  |||  
seq2  AGC--TCT-ACTTACATCAAA-TTACAGAA-GGTGTCTTTCTGCTTGT--  1086

seq1  CTTCACTATAACCCACTACACCTTTCACAAACCGGGGAGTCTTCTAAAGT  1150
        ||||||| ||||||||||||||||     ||  ||||   ||||| ||
seq2  -CTCACTAT-ACCCACTACACCTTTC-----CCACGGAG--CTCTAAGGT  1127

seq1  TTAATATACACCTGGCACCTGTTTAGACTGGTTTTTACTGGGGGGGGG  1198
         ||||   ||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||
seq2  ---ATATCACCCTGGCA-CTGTT--AACTGG-TTTTACTGGGGGGGGG  1168

seq1: chr15_68325917_68327022
seq2: B6Ng01-155I20.g_69_1165 (reverse)

seq1  AAGATTCTGTGGGACAGTTTTTCATTTAAACCAAAATACTTATCAGAGCA  50
      |||||||||| ||| | |||||||||  || |||||||| ||||||||||
seq2  AAGATTCTGT-GGAAAATTTTTCATT--AAACAAAATAC-TATCAGAGCA  46

seq1  TTCTAGGGATTAAATTGTGGATTCATAAAAGAT-AGTGAGTCCTGACATT  99
      ||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TTCTAGGGATT-AATTGTG--ATCATAAAAGATAAGTGAGT-CTGACATT  92

seq1  TTGAATACAAGGTGGCATTTGTGGTACCTTCACTACTGAATTTAAGAGTA  149
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATACAAGGTGGCATTTGT-GTACCTTCACTACTGAATTTAAGAGTA  141

seq1  TAAGGAAATAGTTCTTAGACTTTCCATGTTTAATGGCTCCAGTTGGTGAG  199
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGG-AATAG-TCTTAGACTTTCCATGTTTAATGGCTCCAGTTGGTGAG  189

seq1  TTTGTGACTGTAAACACTGCATTTTCTG-GGTTTGTCATTCTGACTTACT  248
      |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGACTGTAAACACTGCATTTTCTGAGATTTGTCATTCTGACTTACT  239

seq1  GACTTGTGGTAAGGGATACCTATTTGACATGAGTGATATCCCATGTGTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTGGTAAGGGATACCTATTTGACATGAGTGATATCCCATGTGTGT  289

seq1  CACGTGCTTGCAGGTGTCTGCCTAGTACTAAGACTTGATGGCACTCATGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGCTTGCAGGTGTCTGCCTAGTACTAAGACTTGATGGCACTCATGG  339

seq1  GGATTTGCTCAGTATTTTGAAGTTCCGTGGGAAATATAATTCCAGTGGAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCTCAGTATTTTGAAGTTCCGTGGGAAATATAATTCCAGTGGAC  389

seq1  AATTGTACTGTTGAGACTCAGGGTCAACAAAAACTTTTTATAAGTGCTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTACTGTTGAGACTCAGGGTCAACAAAAACTTTTTATAAGTGCTTA  439

seq1  TGACAAAGAAATAGAGCTCTACACATGTCAAACTATCGAATCTTGAACTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAGAAATAGAGCTCTACACATGTCAAACTATCGAATCTTGAACTA  489

seq1  TTCATTTGAGTCAGTGTGTCAATTCTTTTACTGAATTCTTAACCCAGAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGAGTCAGTGTGTCAATTCTTTTACTGAATTCTTAACCCAGAAT  539

seq1  TAAGCCCTATTTTCCCTCCTACAAAATGAAAGGATTGAACAGAGGAATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCTATTTTCCCTCCTACAAAATGAAAGGATTGAACAGAGGAATTT  589

seq1  AGGCCTCCCCACATCTTGGATTTTATGATTTAACTATCATACAAAAGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCCCCACATCTTGGATTTTATGATTTAACTATCATACAAAAGTGA  639

seq1  AAAAAGTTAATATTAATTACAAGCCTAAACATTATCTTTCTTCTGCTTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTTAATATTAATTACAAGCCTAAACATTATCTTTCTTCTGCTTTA  689

seq1  AAGGGGATCAGAGAGCAGGGTGTGACAGCACATATCCCTATTCCCAAGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGATCAGAGAGCAGGGTGTGACAGCACATATCCCTATTCCCAAGAT  739

seq1  CTGAAAGGCTGAGTCAGAAGGAATCTCAGTTTTGACGCCCCTCAGTTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGCTGAGTCAGAAGGAATCTCAGTTTTGACGCCCCTCAGTTATG  789

seq1  GAATGAAACCATATTTCAACAAATAGCAACAAACCAGTCAATTAAAATAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAACCATATTTCAACAAATAGCAACAAACCAGTCAATTAAAATAA  839

seq1  TTAGTGTGAGTATAAGGGAACTAAATTTTGATACAGTGCATTCATTTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTGAGTATAAGGGAACTAAATTTTGATACAGTGCATTCATTTTTT  889

seq1  CTCTGGGAGAGTTCATTTGTGTAGGACAAACATTTGACCCCGACGAAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGAGAGTTCATTTGTGTAGGACAAACATTTGACCCCGACGAAAAT  939

seq1  CCTCTCCTTGTTCTACACTCTCACTTTAGGTTTAGAAAATAGTTCTGACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTTGTTCTACACTCTCACTTTAGGTTTAGAAAATAGTTCTGACA  989

seq1  AATTATTATTGATGAGGCTAAGCCTGGGGTTTCTGGAACAAAAGACCAAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTATTGATGAGGCTAAGCCTGGGGTTTCTGGAACAAAAGACCAAC  1039

seq1  TCGAGGTATAAGCACTCAGCCTACAGGAGACAAAGAGGCGGTGCTCTAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGTATAAGCACTCAGCCTACAGGAGACAAAGAGGCGGTGCTCTAAA  1089

seq1  GAGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1097