BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159C13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 30,327,155 - 30,522,459
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd2
Upstream geneLOC382975
Downstream gene9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik, Ropn1l, LOC622810, March6, Cmbl, Cct5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159C13.bB6Ng01-159C13.g
ACCDH952909DH952910
length5691,034
definitionDH952909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159C13, 5' end.DH952910|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,327,155 - 30,327,729)(30,521,422 - 30,522,459)
sequence
tcccatttctacctcccatcatgccattggagttgtgggattacagatat
acacaccgtacctggcctactttggttctagggatccacaattaggttct
cctgcttcgggggacaaacactattacttacagagccagagtttcagaac
tccggagccataaatagagatcagaactctaaaatcatagctgtgaatgg
aatatgtgtatgtatgtgtggagggatatcaaggcttgtacacatacaga
catgtatgcaagtgtgagtgttcatgtgtgtgtgtgttttcaaagccacc
cccccctccagcagagccaaatacttccccatagaaaatgaatccaggat
gagctggtatgaaccagagttgaaactcattaaaacaatttaaagaacag
attttaagcatgggagaagtttgactctagctgcatatgtatcaaaagat
ggcctaattggccatcactggaaagagaggccgaatggacacacaaactt
tatatgccccagtacatgggaatgccagggccaaaaaatgggaatgagtg
ggtagggaagtgggggggt
gaattcaacctgataatgggaaagacactagggtgcccatcactggtatg
catggatatggtgactcaacacagatggcaggtatccacccaggcacaag
agtgaatacttcagtgagtgacatggttgtcatggacagagtgtccaaac
aatggactttcttaagtggaatctggattacaggaatagagggaattggg
gacaatgtgtcccctgccttgtttattcaaggcactattacattatgtaa
gtaactaatacactcagagagggtctattgtacaaggttacggcatttag
ttttcttgacaaggattagaaattgaagtgtgaaaatggcccccaagtca
agccttgggaaagtaatagataaaagagaaagcatctcctgagtggagca
gaggaaggtaatggttagtcagtatcattctatttatttcaagtcatgta
aagatatgacatttctttaagaagcaagctattgtcttgtcaatcagttc
gctgtccctactttgatggcatattaattgactgactgcttccaatgaac
tgtgaagcatcttcaggctttggcagtcaccatgtgacactgtattgtca
ttggctgcccaggcatctgacaagatttggaacatcttttcaacaagatg
ctagtctatgttaccccacatgacctagcagggtagggggtcctacagat
gcttggacccatctgacaaactcaggaatggaggtgggcattcccatgcc
atagaccaaatacaacatggagttgagttttaaaccacgtggtttttcta
aataataaggacccagctgactgaacaccagccttgactctcccccaaag
gaaagtgactttatgagttaatagggtgctctgaggtattggatttttcc
atacatgcaactgatggcatcgtgatgtgctttaatagtcttcatgggtg
actgactcttggatctatattaaattgaattacttattgctcgcttctat
tacctgttccttcaccagaaaatgaccttcctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30327155_30327729
seq2: B6Ng01-159C13.b_48_622

seq1  GAATTCTCCCATTTCTACCTCCCATCATGCCATTGGAGTTGTGGGATTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCATTTCTACCTCCCATCATGCCATTGGAGTTGTGGGATTAC  50

seq1  AGATATACACACCGTACCTGGCCTACTTTGGTTCTAGGGATCCACAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATACACACCGTACCTGGCCTACTTTGGTTCTAGGGATCCACAATTA  100

seq1  GGTTCTCCTGCTTCGGGGGACAAACACTATTACTTACAGAGCCAGAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCCTGCTTCGGGGGACAAACACTATTACTTACAGAGCCAGAGTTT  150

seq1  CAGAACTCCGGAGCCATAAATAGAGATCAGAACTCTAAAATCATAGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTCCGGAGCCATAAATAGAGATCAGAACTCTAAAATCATAGCTGT  200

seq1  GAATGGAATATGTGTATGTATGTGTGGAGGGATATCAAGGCTTGTACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAATATGTGTATGTATGTGTGGAGGGATATCAAGGCTTGTACACA  250

seq1  TACAGACATGTATGCAAGTGTGAGTGTTCATGTGTGTGTGTGTTTTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACATGTATGCAAGTGTGAGTGTTCATGTGTGTGTGTGTTTTCAAA  300

seq1  GCCACCCCCCCCTCCAGCAGAGCCAAATACTTCCCCATAGAAAATGAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCCCCCCTCCAGCAGAGCCAAATACTTCCCCATAGAAAATGAATC  350

seq1  CAGGATGAGCTGGTATGAACCAGAGTTGAAACTCATTAAAACAATTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGAGCTGGTATGAACCAGAGTTGAAACTCATTAAAACAATTTAAA  400

seq1  GAACAGATTTTAAGCATGGGAGAAGTTTGACTCTAGCTGCATATGTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGATTTTAAGCATGGGAGAAGTTTGACTCTAGCTGCATATGTATCA  450

seq1  AAAGATGGCCTAATTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCGAATGGACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGCCTAATTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCGAATGGACACAC  500

seq1  AAACTTTATATGCCCCAGTACATGGGAATGCCAGGGCCAAAAAATGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTATATGCCCCAGTACATGGGAATGCCAGGGCCAAAAAATGGGAA  550

seq1  TGAGTGGGTAGGGAAGTGGGGGGGT  575
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGGTAGGGAAGTGGGGGGGT  575

seq1: chr15_30521422_30522459
seq2: B6Ng01-159C13.g_69_1102 (reverse)

seq1  TTAGGGAGGTCATATTCTGGTGAAGGAAACAGGTAATAGATAGCCGAGCA  50
      ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||
seq2  TTAGGAAGGTCATTTTCTGGTGAAGG-AACAGGTAATAGA-AG-CGAGCA  47

seq1  ATAAGTAATTCAATTTAATATAGAATCCAGAGTCAGTCACACATGAAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||
seq2  ATAAGTAATTCAATTTAATATAGATCCAAGAGTCAGTCACCCATGAAGAC  97

seq1  TATTAAAAGCACATCACGATGCCATCAGTTGCATGTATGGAAAAATCCAA  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATT-AAAGCACATCACGATGCCATCAGTTGCATGTATGGAAAAATCCAA  146

seq1  TACCTCAGAGCACCCTATTAACTCATTAAGTCACTTTCCTTTGGGGGAGA  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCAGAGCACCCTATTAACTCATAAAGTCACTTTCCTTTGGGGGAGA  196

seq1  GTCAAGGCTGGTGTTCAGTCAGCTGGGTCCTTATTATTTAGAAAAACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGCTGGTGTTCAGTCAGCTGGGTCCTTATTATTTAGAAAAACCAC  246

seq1  GTGGTTTAAAACTCAACTCCATGTTGTATTTGGTCTATGGCATGGGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTAAAACTCAACTCCATGTTGTATTTGGTCTATGGCATGGGAATG  296

seq1  CCCACCTCCATTCCTGAGTTTGTCAGATGGGTCCAAGCATCTGTAGGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTCCATTCCTGAGTTTGTCAGATGGGTCCAAGCATCTGTAGGACC  346

seq1  CCCTACCCTGCTAGGTCATGTGGGGTAACATAGACTAGCATCTTGTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCTGCTAGGTCATGTGGGGTAACATAGACTAGCATCTTGTTGAA  396

seq1  AAGATGTTCCAAATCTTGTCAGATGCCTGGGCAGCCAATGACAATACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTCCAAATCTTGTCAGATGCCTGGGCAGCCAATGACAATACAGT  446

seq1  GTCACATGGTGACTGCCAAAGCCTGAAGATGCTTCACAGTTCATTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGGTGACTGCCAAAGCCTGAAGATGCTTCACAGTTCATTGGAAG  496

seq1  CAGTCAGTCAATTAATATGCCATCAAAGTAGGGACAGCGAACTGATTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGTCAATTAATATGCCATCAAAGTAGGGACAGCGAACTGATTGAC  546

seq1  AAGACAATAGCTTGCTTCTTAAAGAAATGTCATATCTTTACATGACTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATAGCTTGCTTCTTAAAGAAATGTCATATCTTTACATGACTTGA  596

seq1  AATAAATAGAATGATACTGACTAACCATTACCTTCCTCTGCTCCACTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAGAATGATACTGACTAACCATTACCTTCCTCTGCTCCACTCAG  646

seq1  GAGATGCTTTCTCTTTTATCTATTACTTTCCCAAGGCTTGACTTGGGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCTTTCTCTTTTATCTATTACTTTCCCAAGGCTTGACTTGGGGGC  696

seq1  CATTTTCACACTTCAATTTCTAATCCTTGTCAAGAAAACTAAATGCCGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCACACTTCAATTTCTAATCCTTGTCAAGAAAACTAAATGCCGTA  746

seq1  ACCTTGTACAATAGACCCTCTCTGAGTGTATTAGTTACTTACATAATGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTACAATAGACCCTCTCTGAGTGTATTAGTTACTTACATAATGTA  796

seq1  ATAGTGCCTTGAATAAACAAGGCAGGGGACACATTGTCCCCAATTCCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCCTTGAATAAACAAGGCAGGGGACACATTGTCCCCAATTCCCTC  846

seq1  TATTCCTGTAATCCAGATTCCACTTAAGAAAGTCCATTGTTTGGACACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTGTAATCCAGATTCCACTTAAGAAAGTCCATTGTTTGGACACTC  896

seq1  TGTCCATGACAACCATGTCACTCACTGAAGTATTCACTCTTGTGCCTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGACAACCATGTCACTCACTGAAGTATTCACTCTTGTGCCTGGG  946

seq1  TGGATACCTGCCATCTGTGTTGAGTCACCATATCCATGCATACCAGTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACCTGCCATCTGTGTTGAGTCACCATATCCATGCATACCAGTGAT  996

seq1  GGGCACCCTAGTGTCTTTCCCATTATCAGGTTGAATTC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCCTAGTGTCTTTCCCATTATCAGGTTGAATTC  1034