BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161N23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 37,516,686 - 37,648,628
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNcald
Upstream genePabpc1, LOC626746, Ywhaz, Zfp706, LOC670911, LOC667492, LOC100041288, Grhl2, LOC667498, 4930447A16Rik, LOC100041313
Downstream geneLOC667534, Rrm2b, LOC100041478, Edd1, Odf1, LOC382986, LOC667563, Klf10, Azin1, Siah1-ps2, Atp6v1c1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161N23.bB6Ng01-161N23.g
ACCDH954865DH954866
length949877
definitionDH954865|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161N23, 5' end.DH954866|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,516,686 - 37,517,637)(37,647,752 - 37,648,628)
sequence
gaattctgtcttttctctaagcctctgcatacgcttcaaatcgagtcaca
gagcactgtacatgaaacacacttgattctacccattcttgtctctgcca
ctaatgggagagcaggcaaggtggtggtggataaaaaagaactgatttct
ataggctgtcctctgatttccacaagtgtacacacacatgcatgcacaca
tcacacatattcaatatagtaaatattatatgtaaaagaattacatgtac
atatatataaagagaaattttataggctatgtctgtattttcagtcttcc
aaatgtatgtgaagtttcctgtctgatacaatagtacaaagaggtggagc
ctttgaaagatgaatacatcatgagagcttgtccctcctaagtgggataa
aggctcttataaaagaaaccacagagggcactaaatcccctgtccctagt
cccttcttctaagtgagactcaaggaaaccagtagccctcaccagacacc
agagtctctggtaccctggtcttagacttttcagcctccagaactatgag
aaatattattttactctttacagcaacacagtgagaaaggggattaagtt
tatgttggttactttactcattcaccatgagcaaaggtccaacagaagca
gcttaatggaggaaggatttatcggctcatagcttcctagaatacagtcc
actagtcgggaaggcaggggaggggggtgatgccgcctgtgaaggaggaa
gtgtgagaggcatggttcacttcatgactgatcaggaagcagaaagctca
ggtaagtactaaagatttatcgccttcaaggcccacccacagcaccgtcc
tacactggcttggacacagtcctaaaaggtccatgacctctcaaaatggc
gccagtactgggaccaatcgttcaaccgtattgcactggggggtattga
gaattcttatgtttttaaaaaccacaacaacaataacaacaaaccagatg
aaacaagaaaggacacttttgggattggagggatggatcagtggttaacg
catcggctgctcttccagaggacctgagcttggctcccagcagccacatc
agggagctcacaactgcctgcaattccacctccagtgattcagcttcttc
tcctggtgtccaggggcttccctaaacacatgcacatacatgtacatgca
caacccccccactcatgtatgcatattcacatgcatatacacacatgcac
atgcacacacatatacataaataatctttaaaagaataaatatgaataaa
tactaatcttataataaataatacatctttttaaaaattacaaagcaaat
atattataatcacatgacctgggtgtcagtacatccaggctaagcaggag
cctctgttgtgtgggactgcgtcttgctcacctcacttgtcattgaatca
ttttgtctgtggcctaatccttttatctgctctccttcatgggaggagag
accatcacctgcaatagagaccctaacattgaagttgttcaactgggcca
tcttacttagaacctggcatgcattttgaaaggatcaatgaatatttgct
gaatacttatgcacaatgatgaactcccagttggtcataacctataccat
ctgttcttcagtgagtgctttattgtagtaaaagatcagcttcaagggct
tagtgttcaagggcttcacacgaccaaactgtcctgcatgtaagtaggtc
atcagtctttaaaaacttcccctttatgattcctgctgaggggaatggta
gagaagggaatgtcaggtattgaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_37516686_37517637
seq2: B6Ng01-161N23.b_50_998

seq1  GAATTCTGTCTTTTCTCTAAGCCTCTGCATACGCTTCAAATCGAGTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTTTTCTCTAAGCCTCTGCATACGCTTCAAATCGAGTCACA  50

seq1  GAGCACTGTACATGAAACACACTTGATTCTACCCATTCTTGTCTCTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGTACATGAAACACACTTGATTCTACCCATTCTTGTCTCTGCCA  100

seq1  CTAATGGGAGAGCAGGCAAGGTGGTGGTGGATAAAAAAGAACTGATTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGGGAGAGCAGGCAAGGTGGTGGTGGATAAAAAAGAACTGATTTCT  150

seq1  ATAGGCTGTCCTCTGATTTCCACAAGTGTACACACACATGCATGCACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTGTCCTCTGATTTCCACAAGTGTACACACACATGCATGCACACA  200

seq1  TCACACATATTCAATATAGTAAATATTATATGTAAAAGAATTACATGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATATTCAATATAGTAAATATTATATGTAAAAGAATTACATGTAC  250

seq1  ATATATATAAAGAGAAATTTTATAGGCTATGTCTGTATTTTCAGTCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAAAGAGAAATTTTATAGGCTATGTCTGTATTTTCAGTCTTCC  300

seq1  AAATGTATGTGAAGTTTCCTGTCTGATACAATAGTACAAAGAGGTGGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATGTGAAGTTTCCTGTCTGATACAATAGTACAAAGAGGTGGAGC  350

seq1  CTTTGAAAGATGAATACATCATGAGAGCTTGTCCCTCCTAAGTGGGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAGATGAATACATCATGAGAGCTTGTCCCTCCTAAGTGGGATAA  400

seq1  AGGCTCTTATAAAAGAAACCACAGAGGGCACTAAATCCCCTGTCCCTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTTATAAAAGAAACCACAGAGGGCACTAAATCCCCTGTCCCTAGT  450

seq1  CCCTTCTTCTAAGTGAGACTCAAGGAAACCAGTAGCCCTCACCAGACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTCTAAGTGAGACTCAAGGAAACCAGTAGCCCTCACCAGACACC  500

seq1  AGAGTCTCTGGTACCCTGGTCTTAGACTTTTCAGCCTCCAGAACTATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTCTGGTACCCTGGTCTTAGACTTTTCAGCCTCCAGAACTATGAG  550

seq1  AAATATTATTTTACTCTTTACAGCAACACAGTGAGAAAGGGGATTAAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATTTTACTCTTTACAGCAACACAGTGAGAAAGGGGATTAAGTT  600

seq1  TATGTTGGTTACTTTACTCATTCACCATGAGCAAAGGTCCAACAGAAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGGTTACTTTACTCATTCACCATGAGCAAAGGTCCAACAGAAGCA  650

seq1  GCTTAATGGAGGAAGGATTTATCGGCTCATAGCTTCCTAGAATACAGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATGGAGGAAGGATTTATCGGCTCATAGCTTCCTAGAATACAGTCC  700

seq1  ACTAGTCGGGAAGGCAGGGGAGGGGGGTGATGCCGCCTGTGAAGGAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTCGGGAAGGCAGGGGAGGGGGGTGATGCCGCCTGTGAAGGAGGAA  750

seq1  GTGTGAGAGGCATTGGTTCACATCATGACTGATCAGGAAGCAGAAAGCTC  800
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGAGGCA-TGGTTCACTTCATGACTGATCAGGAAGCAGAAAGCTC  799

seq1  AGGTAAGTACTAAAGGAGTTATCGCCTTCAAGGCCCACCCACAGCAACGG  850
      |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  AGGTAAGTACTAAA-GATTTATCGCCTTCAAGGCCCACCCACAGC-ACCG  847

seq1  ACTTACACTGGCTGGACCACAGTCCTAAAGGTCCCATGACCTCTCAAAAT  900
       | |||||||||| |  |||||||||||| |  |||||||||||||||||
seq2  TCCTACACTGGCTTGGACACAGTCCTAAAAGGTCCATGACCTCTCAAAAT  897

seq1  GGCGCCAGCACTGGGCACCAATTGTTCAACCGTA-TGCACCTGGGGGCAT  949
      |||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||  ||||| ||
seq2  GGCGCCAGTACTGGG-ACCAATCGTTCAACCGTATTGCACTGGGGGGTAT  946

seq1  TGA  952
      |||
seq2  TGA  949

seq1: chr15_37647752_37648628
seq2: B6Ng01-161N23.g_68_944 (reverse)

seq1  ACATTCAATACCTGACATTCCC-TCTCTACCATTCCCCCTCAGCAGGAAT  49
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACATTCAATACCTGACATTCCCTTCTCTACCATT-CCCCTCAGCAGGAAT  49

seq1  CATAAAGGGGAAGTTTTTAAAGACTGATGACCTACTTACATGCAGGACAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGGGGAAGTTTTTAAAGACTGATGACCTACTTACATGCAGGACAG  99

seq1  TTTGGTCGTGTGAAGCCCTTGAACACTAAGCCCTTGAAGCTGATCTTTTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCGTGTGAAGCCCTTGAACACTAAGCCCTTGAAGCTGATCTTTTA  149

seq1  CTACAATAAAGCACTCACTGAAGAACAGATGGTATAGGTTATGACCAACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATAAAGCACTCACTGAAGAACAGATGGTATAGGTTATGACCAACT  199

seq1  GGGAGTTCATCATTGTGCATAAGTATTCAGCAAATATTCATTGATCCTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTCATCATTGTGCATAAGTATTCAGCAAATATTCATTGATCCTTT  249

seq1  CAAAATGCATGCCAGGTTCTAAGTAAGATGGCCCAGTTGAACAACTTCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGCATGCCAGGTTCTAAGTAAGATGGCCCAGTTGAACAACTTCAA  299

seq1  TGTTAGGGTCTCTATTGCAGGTGATGGTCTCTCCTCCCATGAAGGAGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGGGTCTCTATTGCAGGTGATGGTCTCTCCTCCCATGAAGGAGAGC  349

seq1  AGATAAAAGGATTAGGCCACAGACAAAATGATTCAATGACAAGTGAGGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAGGATTAGGCCACAGACAAAATGATTCAATGACAAGTGAGGTG  399

seq1  AGCAAGACGCAGTCCCACACAACAGAGGCTCCTGCTTAGCCTGGATGTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGACGCAGTCCCACACAACAGAGGCTCCTGCTTAGCCTGGATGTAC  449

seq1  TGACACCCAGGTCATGTGATTATAATATATTTGCTTTGTAATTTTTAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCCAGGTCATGTGATTATAATATATTTGCTTTGTAATTTTTAAAA  499

seq1  AGATGTATTATTTATTATAAGATTAGTATTTATTCATATTTATTCTTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATTATTTATTATAAGATTAGTATTTATTCATATTTATTCTTTTA  549

seq1  AAGATTATTTATGTATATGTGTGTGCATGTGCATGTGTGTATATGCATGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTATTTATGTATATGTGTGTGCATGTGCATGTGTGTATATGCATGT  599

seq1  GAATATGCATACATGAGTGGGGGGGTTGTGCATGTACATGTATGTGCATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGCATACATGAGTGGGGGGGTTGTGCATGTACATGTATGTGCATG  649

seq1  TGTTTAGGGAAGCCCCTGGACACCAGGAGAAGAAGCTGAATCACTGGAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGGAAGCCCCTGGACACCAGGAGAAGAAGCTGAATCACTGGAGG  699

seq1  TGGAATTGCAGGCAGTTGTGAGCTCCCTGATGTGGCTGCTGGGAGCCAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTGCAGGCAGTTGTGAGCTCCCTGATGTGGCTGCTGGGAGCCAAG  749

seq1  CTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCGATGCGTTAACCACTGATCCATCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCCGATGCGTTAACCACTGATCCATCCCT  799

seq1  CCAATCCCAAAAGTGTCCTTTCTTGTTTCATCTGGTTTGTTGTTATTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCCCAAAAGTGTCCTTTCTTGTTTCATCTGGTTTGTTGTTATTGTT  849

seq1  GTTGTGGTTTTTAAAAACATAAGAATTC  877
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGTTTTTAAAAACATAAGAATTC  877