BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165E09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 84,171,175 - 84,325,895
singlet/doubletdoublet
Overlap geneParvg, LOC382988, 1810041L15Rik
Upstream geneArfgap3, Pacsin2, LOC414359, Ttll1, Bik, Mcat, Tspo, Ttll12, Scube1, Mpped1, 4931407K02Rik, LOC667167, Sult4a1, Pnpla5, Pnpla3, Samm50, Parvb
Downstream geneLdoc1l, Arhgap8, 3110043J09Rik, Phf21b, LOC100043084, 4930513L16Rik, Nup50, 5031439G07Rik, LOC628135, Upk3a, 3110048E14Rik, Smc1b, Ribc2, Fbln1, Atxn10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165E09.bB6Ng01-165E09.g
ACCDH957377DH957378
length1,017908
definitionDH957377|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E09, 5' end.DH957378|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,324,880 - 84,325,895)(84,171,175 - 84,172,084)
sequence
gaattctgcccaagggtgtgccctagtttaccaccgtaccatttgttaac
attaactgcccaccgggaaggaaggacccttcctttggtccacaggcatc
tcggctacactgatcggctctggaagcagcaggactgtgtaataagcagc
ctcgtgactcacagaaacatgcacagtttcttctcaatttctagctgtgg
catggctgtggtggttagggatgctggcctatcagccaggctggggccta
tgtgtctcttggtcatggcaggctaaagcaaatgccattagggcccattg
aaggctcacagtactcaagcacaggccaaacctcaggtcacagttctgcc
aggctgtctttccaagaggcccacccacctcctccaggtgcatcaagttg
tccaacaacacatgttccctttgaaaggtccctgacaccccaggtctctg
cctcgtttgtttcccagactgttcctctctgtacctctctctctctctgt
ccctgtctctgtcccctcattcccactctgagctagcctctcgctcttcc
ccttcatccaataaacctcttgcatcagatctattgaagtgctctcttgc
cagcacaccttggccctgagcctccgaggggacgtttctgacactttatc
ttaatagaggtgtcttaggagtggatgcagaggtcagcaagtgtgatggg
taataacaacttaacagggtctagattcacctaggagactacaagcctgg
gcatgcctgggaggcagtttctagattacattaactaaggaagaaagacc
cacctaaacaataggcaatgccgtggcatgggctggggtcctggacagct
gagcgtcagtgtccatctctctctggttctgactgtggacgcggtgtgac
cagcttccctcaggcacttgtcaccatgtcttcaccagcaggatggaccg
tgtgcctagaactgggacccaagtataataatgattccttcttttggaat
gagccaagtcaagttcg
gaattcaaaccatggatgggcaaagagagatgccattggtgataggaagg
gcctggtgcctgggcccagggtctcattgactgacatccgattggcttta
tcatcatagctgcacaatgtcaccctagccctggatctgctcaaggatga
aggcctgttcagctaccctgtcaaccctgaaggtgagtgcatagctcccc
ttgctggaggacccaccttgattgagagcagttgtggagagtggagagac
aaacattgttagttgggtccccctgcttgctggtccataaagagatactg
tttcctaggcgtcctaggagggatgttgtagccaccacacctgcaacagg
gactgaagtccctcgggatgagtgttcagagcacccagtcactgttgggg
gaggggaagcccagacaagaggaaggacacaccaatatatgtcatgtggt
tggcactgggttttgagttccttgtccctgtttgcaggggatttttcttg
ttgcatggatctcttcccccacccccacattcctggggaccagtgctctt
ccctgtcctggcctaacaggctgccttgctccctctgcccacagatattg
tgaacaaggacgccaagagcacactgaggatacttttacagcttattcca
gaagcattcactgagggcggagggttggaggggcacaccatgctacccca
aactagtcacctccacctcctccagctgtttctcgggagctgccacctct
gaaggacccagcagtcagagctcttcccatgccagccttgtactgtggct
tggtgacaagtttccctcctaataccttgacctctgcttacctttgactc
taccagatgggacctatttgtgcccacccctgctttgctccgtgcatttg
acagtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_84324880_84325895
seq2: B6Ng01-165E09.b_47_1063 (reverse)

seq1  CGAACTTGACTTGGCTCATTACAAAGGAAGGAATCATTATTATTACTTGG  50
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CGAACTTGACTTGGCTCATTCCAAAAGAAGGAATCATTATTA-TACTTGG  49

seq1  GTCCCAGTTCTA-GAACACGGTCCATCCTGCTGGTGAAGACATGGTGACA  99
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGTTCTAGGCACACGGTCCATCCTGCTGGTGAAGACATGGTGACA  99

seq1  AGTGCCTGA-GGCAGCTGGTCACACCGCGTCCACAGTCAGAACCAGAGAG  148
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCTGAGGGAAGCTGGTCACACCGCGTCCACAGTCAGAACCAGAGAG  149

seq1  AGATGGACACTGACGCTCAGCTGTCCAGGACCCCAGCCCATGCCACGGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGACACTGACGCTCAGCTGTCCAGGACCCCAGCCCATGCCACGGCA  199

seq1  TTGCCTATTGTTTAGGTGGGTCTTTCTTCCTTAGTTAATGTAATCTAGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTATTGTTTAGGTGGGTCTTTCTTCCTTAGTTAATGTAATCTAGAA  249

seq1  ACTGCCTCCCAGGCATGCCCAGGCTTGTAGTCTCCTAGGTGAATCTAGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCCCAGGCATGCCCAGGCTTGTAGTCTCCTAGGTGAATCTAGAC  299

seq1  CCTGTTAAGTTGTTATTACCCATCACACTTGCTGACCTCTGCATCCACTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAAGTTGTTATTACCCATCACACTTGCTGACCTCTGCATCCACTC  349

seq1  CTAAGACACCTCTATTAAGATAAAGTGTCAGAAACGTCCCCTCGGAGGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACACCTCTATTAAGATAAAGTGTCAGAAACGTCCCCTCGGAGGCT  399

seq1  CAGGGCCAAGGTGTGCTGGCAAGAGAGCACTTCAATAGATCTGATGCAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAAGGTGTGCTGGCAAGAGAGCACTTCAATAGATCTGATGCAAG  449

seq1  AGGTTTATTGGATGAAGGGGAAGAGCGAGAGGCTAGCTCAGAGTGGGAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTATTGGATGAAGGGGAAGAGCGAGAGGCTAGCTCAGAGTGGGAAT  499

seq1  GAGGGGACAGAGACAGGGACAGAGAGAGAGAGAGGTACAGAGAGGAACAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGACAGAGACAGGGACAGAGAGAGAGAGAGGTACAGAGAGGAACAG  549

seq1  TCTGGGAAACAAACGAGGCAGAGACCTGGGGTGTCAGGGACCTTTCAAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAAACAAACGAGGCAGAGACCTGGGGTGTCAGGGACCTTTCAAAG  599

seq1  GGAACATGTGTTGTTGGACAACTTGATGCACCTGGAGGAGGTGGGTGGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGTGTTGTTGGACAACTTGATGCACCTGGAGGAGGTGGGTGGGC  649

seq1  CTCTTGGAAAGACAGCCTGGCAGAACTGTGACCTGAGGTTTGGCCTGTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGAAAGACAGCCTGGCAGAACTGTGACCTGAGGTTTGGCCTGTGC  699

seq1  TTGAGTACTGTGAGCCTTCAATGGGCCCTAATGGCATTTGCTTTAGCCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTACTGTGAGCCTTCAATGGGCCCTAATGGCATTTGCTTTAGCCTG  749

seq1  CCATGACCAAGAGACACATAGGCCCCAGCCTGGCTGATAGGCCAGCATCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACCAAGAGACACATAGGCCCCAGCCTGGCTGATAGGCCAGCATCC  799

seq1  CTAACCACCACAGCCATGCCACAGCTAGAAATTGAGAAGAAACTGTGCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCACCACAGCCATGCCACAGCTAGAAATTGAGAAGAAACTGTGCAT  849

seq1  GTTTCTGTGAGTCACGAGGCTGCTTATTACACAGTCCTGCTGCTTCCAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTGAGTCACGAGGCTGCTTATTACACAGTCCTGCTGCTTCCAGA  899

seq1  GCCGATCAGTGTAGCCGAGATGCCTGTGGACCAAAGGAAGGGTCCTTCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGATCAGTGTAGCCGAGATGCCTGTGGACCAAAGGAAGGGTCCTTCCT  949

seq1  TCCCGGTGGGCAGTTAATGTTAACAAATGGTACGGTGGTAAACTAGGGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGTGGGCAGTTAATGTTAACAAATGGTACGGTGGTAAACTAGGGCA  999

seq1  CACCCTTGGGCAGAATTC  1016
      ||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTGGGCAGAATTC  1017

seq1: chr15_84171175_84172084
seq2: B6Ng01-165E09.g_70_977

seq1  GAATTCAAACCATGGATGGGCAAAGAGAGATGCCATTGGTGATAGGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCATGGATGGGCAAAGAGAGATGCCATTGGTGATAGGAAGG  50

seq1  GCCTGGTGCCTGGGCCCAGGGTCTCATTGACTGACATCCGATTGGCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTGCCTGGGCCCAGGGTCTCATTGACTGACATCCGATTGGCTTTA  100

seq1  TCATCATAGCTGCACAATGTCACCCTAGCCCTGGATCTGCTCAAGGATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATAGCTGCACAATGTCACCCTAGCCCTGGATCTGCTCAAGGATGA  150

seq1  AGGCCTGTTCAGCTACCCTGTCAACCCTGAAGGTGAGTGCATAGCTCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGTTCAGCTACCCTGTCAACCCTGAAGGTGAGTGCATAGCTCCCC  200

seq1  TTGCTGGAGGACCCACCTTGATTGAGAGCAGTTGTGGAGAGTGGAGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGAGGACCCACCTTGATTGAGAGCAGTTGTGGAGAGTGGAGAGAC  250

seq1  AAACATTGTTAGTTGGGTCCCCCTGCTTGCTGGTCCATAAAGAGATACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTGTTAGTTGGGTCCCCCTGCTTGCTGGTCCATAAAGAGATACTG  300

seq1  TTTCCTAGGCGTCCTAGGAGGGATGTTGTAGCCACCACACCTGCAACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTAGGCGTCCTAGGAGGGATGTTGTAGCCACCACACCTGCAACAGG  350

seq1  GACTGAAGTCCCTCGGGATGAGTGTTCAGAGCACCCAGTCACTGTTGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGTCCCTCGGGATGAGTGTTCAGAGCACCCAGTCACTGTTGGGG  400

seq1  GAGGGGAAGCCCAGACAAGAGGAAGGACACACCAATATATGTCATGTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAAGCCCAGACAAGAGGAAGGACACACCAATATATGTCATGTGGT  450

seq1  TGGCACTGGGTTTTGAGTTCCTTGTCCCTGTTTGCAGGGGATTTTTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTGGGTTTTGAGTTCCTTGTCCCTGTTTGCAGGGGATTTTTCTTG  500

seq1  TAGCATGGATCTCTTCCCCCACCCCCACATTCCTGGGGACCAGTGCTCTT  550
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGGATCTCTTCCCCCACCCCCACATTCCTGGGGACCAGTGCTCTT  550

seq1  CCCTGTCCTGGCCTAACAGGCTGCCTTGCTCCCTCTGCCCACAGATATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCTGGCCTAACAGGCTGCCTTGCTCCCTCTGCCCACAGATATTG  600

seq1  TGAACAAGGACGCCAAGAGCACACTGAGGATAC-TTTACAGCCTATTCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TGAACAAGGACGCCAAGAGCACACTGAGGATACTTTTACAGCTTATTCCA  650

seq1  GAAGCATTCACTGAGGGCGGAGGG-TGGAGGGGCACACCATGCTACCCCA  698
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATTCACTGAGGGCGGAGGGTTGGAGGGGCACACCATGCTACCCCA  700

seq1  AACTAGTCACCTCCACCTCCTCCAGCTGTTTCTCGGGAGCTGCCACCTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTCACCTCCACCTCCTCCAGCTGTTTCTCGGGAGCTGCCACCTCT  750

seq1  GAAGGACCCAGCAGTCAGAGCTCTTCCCATGCCAGCCTTGTTACTGTGGC  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGGACCCAGCAGTCAGAGCTCTTCCCATGCCAGCCTTG-TACTGTGGC  799

seq1  TTGGTGACATGTTTCCCTCCT-ATACCTTTGACCTCTGCTTACCTTTGAC  847
      ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACAAGTTTCCCTCCTAATACC-TTGACCTCTGCTTACCTTTGAC  848

seq1  TCTACCAGATGGGGACCTATTTTGTGCCCACCCCTGCTTTGCTCCGTGCA  897
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCAGAT-GGGACCTA-TTTGTGCCCACCCCTGCTTTGCTCCGTGCA  896

seq1  TTTTGACAGTGTA  910
       ||||||||||||
seq2  -TTTGACAGTGTA  908