BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169D05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 7,745,676 - 7,828,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGdnf, Wdr70
Upstream gene4921505C17Rik, Osmr, Lifr, Egflam
Downstream geneLOC665556, LOC621001, Nup155, 2410089E03Rik, LOC100039599, Nipbl, EG666437, LOC100039560, LOC100039633, Slc1a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169D05.bB6Ng01-169D05.g
ACCDH960241DH960242
length1,1381,163
definitionDH960241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169D05, 5' end.DH960242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,827,511 - 7,828,666)(7,745,676 - 7,746,852)
sequence
gaattctcaaacatagcgtgctgcactctatgacttcaagaagtgtttat
ttctcaaatgctatgtctgcactctctgaagaagattctttatctaaggc
atctactgctttatctggaagcttcttacacatgcccagtgttttaaatt
ttttattttattttttggttaggtactcacagatagaagcagccatttca
agctgaatctttttggtcaatccttttgtttaatcacaataattctgcaa
ttgtgatgattgggtcagagttcagccaggctggattcatgttaacgggg
ttaacaagtgtgtcagattgtcgagtcatggctattattggctttggctt
tgaggttttcgttcataataaacaacgggccccgagccaagagacctcgt
ggtctgtgctcacatcctcatgattaaatattgcaagtgatttcccctca
tattcttcccatcacccacgagcttgctttctgcatcttaggtgaatcac
agcagaagcacacccgtaattagagagactgtgacccgtgcgcggacttt
gcatcgcagccgaaaacactgatgacttcactctgctttgagtgttagaa
ggagttgcagaggcatagattagggcttagtcagaagaaaatagaagtcc
ccttgacactttgagtctctgacacagacagtgcactctaaatacccttt
agaagactgcggtgggtggggatgggtttgctctcactggctgctctggc
tggaaaccctgaagggcactcactttccttggattcctgtcattgtgctg
gagcgcgcacttgccatgactcacattgtacaaataatctggagaattct
tttaaagtaccaaaagggagtgatagagtcagcgagccacgaaagcaggg
aggaaggctactctgggggaaagagagagggagccgggtcacagggcaga
gacgactagaattgagtgtagtgatgcgtaccatgtagatgcttcgggga
aagcctttgtatactaactccaaaagaactcagcaactcaggaatgctga
gagcagagaaatgtctctcagagagagccaccactgcctatcagaatgct
attcatatctagtggtcagcctgaaacatagaagagta

gaattcactgttcttcccacttgctagttattggtctaggtggggcctcc
tttaatcaagggaatgtgaggtgaagtctgggggaggggtgctaccagaa
catactttctccatcaattaaagagatcctcttccactctgtcttagtca
gggtttctattgcagtgaccaaaaggaaagggtttattcagcttacactt
ccacactgctgttcatcaccaaagggagtcaggacaggaactcaaaccga
gcaggagccgaaaggcaggagttgatgcagaggccatgaaagggtgctgc
ttattggcttgcttaccctggcttgctcagcctgctttcttcgagaacct
aggacaagagcccagggaagggaccaccccaccatgggctgggccctcca
cattgatcactaattgagaaaatgccttacagctggacctcatggagaca
tttcctcaacagcggctccttcctctctgatgactctagcttgtgtcaag
ttgacatacaaaaccagccagtacactctcttcatacccctccatgtttt
tggatcactatcatgtgaagacatggttcatgaaattatgactatataaa
tattcatcttgcactgtaaaaagaactatcatcaatatctatgtattaac
aggataaaaacagcaaatgtcattggtaagcctgcaaacgtgtacatcca
gctaagagaacctcaggcatttttctggcttcagccaccattaatccagg
cctcagctacttgtaatgaaacccactcctgattcaagtcataatatagt
cggtatcttacatcagtatggtgctctacggtctccaaaacacatttata
tccaccaccctattcaatcctgccaacagcttggaaagaggcactataac
cagtgtgagccttcataaaacaaatatagaaattcaagatatagaaagac
tagactctttgcttctgcctctcttggagtcacaaactatgatccatgag
ccaaacaaatagatggataattttgcattcctgaatagcaaaattaaaat
gtggaggacacacaatttcttgcatgacagttagcattgggaacggctac
tgtgatcatcccatgctgtctacggctacacaaagctacggttacgaagc
tagaactatggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_7827511_7828666
seq2: B6Ng01-169D05.b_48_1185 (reverse)

seq1  TACTCTTCTATGTTTTCAGGGCTGACCACTAGGTATTGGATAGCCATTTC  50
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||| || || |||||   |||
seq2  TACTCTTCTATG-TTTCA-GGCTGACCACTAGATA-TGAATAGC--ATTC  45

seq1  TGGATAGCCAGTGGTGTGCTCTTCTCTGGGGAAGACATTTCTCCTGCTCT  100
      | ||||| |||||||| |||| |||||| |  |||||||||| |||||||
seq2  T-GATAGGCAGTGGTG-GCTC-TCTCTGAG--AGACATTTCT-CTGCTCT  89

seq1  CAGCATTCCTGAGTTGGCTGAAGTTCTTTTTGGGAGTTAGTATACAAAGG  150
      ||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTCCTGAGTT-GCTG-AGTTCTTTT--GGAGTTAGTATACAAAGG  135

seq1  CTTTCCCCGAAGCATCTACATGGTACGCATCACTACACTCAATTCTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTCCCCGAAGCATCTACATGGTACGCATCACTACACTCAATTC-TAGT  184

seq1  CGTCTCCTGCCCTGTGACCCGGCTCCCTTCTCTCTTTCCCCCAGAGTAGC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCT-CTGCCCTGTGACCCGGCTCCC-TCTCTCTTTCCCCCAGAGTAGC  232

seq1  CTTCCTCCCTGCTTTCGTGGCTCGCTGACTCTATCACTCCC-TTTGGTAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTCCTCCCTGCTTTCGTGGCTCGCTGACTCTATCACTCCCTTTTGGTAC  282

seq1  TTTAAAAGAAATTCTCCAGATTATTTGTACAATGTGAGTCATGGCAAGTG  349
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAG-AATTCTCCAGATTATTTGTACAATGTGAGTCATGGCAAGTG  331

seq1  CGCGCTCCAGCACAATGACAGGAATCCAAGGAAAGTGAGTGCCCTTCAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCTCCAGCACAATGACAGGAATCCAAGGAAAGTGAGTGCCCTTCAGG  381

seq1  GTTTCCAGCCAGAGCAGCCAGTGAGAGCAAACCCATCCCCACCCACCGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGCCAGAGCAGCCAGTGAGAGCAAACCCATCCCCACCCACCGCA  431

seq1  GTCTTCTAAAGGGTATTTAGAGTGCACTGTCTGTGTCAGAGACTCAAAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTAAAGGGTATTTAGAGTGCACTGTCTGTGTCAGAGACTCAAAGT  481

seq1  GTCAAGGGGACTTCTATTTTCTTCTGACTAAGCCCTAATCTATGCCTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGGGACTTCTATTTTCTTCTGACTAAGCCCTAATCTATGCCTCTG  531

seq1  CAACTCCTTCTAACACTCAAAGCAGAGTGAAGTCATCAGTGTTTTCGGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCTTCTAACACTCAAAGCAGAGTGAAGTCATCAGTGTTTTCGGCT  581

seq1  GCGATGCAAAGTCCGCGCACGGGTCACAGTCTCTCTAATTACGGGTGTGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATGCAAAGTCCGCGCACGGGTCACAGTCTCTCTAATTACGGGTGTGC  631

seq1  TTCTGCTGTGATTCACCTAAGATGCAGAAAGCAAGCTCGTGGGTGATGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTGATTCACCTAAGATGCAGAAAGCAAGCTCGTGGGTGATGGG  681

seq1  AAGAATATGAGGGGAAATCACTTGCAATATTTAATCATGAGGATGTGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATGAGGGGAAATCACTTGCAATATTTAATCATGAGGATGTGAGC  731

seq1  ACAGACCACGAGGTCTCTTGGCTCGGGGCCCGTTGTTTATTATGAACGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCACGAGGTCTCTTGGCTCGGGGCCCGTTGTTTATTATGAACGAA  781

seq1  AACCTCAAAGCCAAAGCCAATAATAGCCATGACTCGACAATCTGACACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAAAGCCAAAGCCAATAATAGCCATGACTCGACAATCTGACACAC  831

seq1  TTGTTAACCCCGTTAACATGAATCCAGCCTGGCTGAACTCTGACCCAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAACCCCGTTAACATGAATCCAGCCTGGCTGAACTCTGACCCAATC  881

seq1  ATCACAATTGCAGAATTATTGTGATTAAACAAAAGGATTGACCAAAAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAATTGCAGAATTATTGTGATTAAACAAAAGGATTGACCAAAAAGA  931

seq1  TTCAGCTTGAAATGGCTGCTTCTATCTGTGAGTACCTAACCAAAAAATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTGAAATGGCTGCTTCTATCTGTGAGTACCTAACCAAAAAATAA  981

seq1  AATAAAAAATTTAAAACACTGGGCATGTGTAAGAAGCTTCCAGATAAAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAATTTAAAACACTGGGCATGTGTAAGAAGCTTCCAGATAAAGC  1031

seq1  AGTAGATGCCTTAGATAAAGAATCTTCTTCAGAGAGTGCAGACATAGCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATGCCTTAGATAAAGAATCTTCTTCAGAGAGTGCAGACATAGCAT  1081

seq1  TTGAGAAATAAACACTTCTTGAAGTCATAGAGTGCAGCACGCTATGTTTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAATAAACACTTCTTGAAGTCATAGAGTGCAGCACGCTATGTTTG  1131

seq1  AGAATTC  1156
      |||||||
seq2  AGAATTC  1138


seq1: chr15_7745676_7746852
seq2: B6Ng01-169D05.g_67_1229

seq1  GAATTCACTGTTCTTCCCACTTGCTAGTTATTGGTCTAGGTGGGGCCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTCTTCCCACTTGCTAGTTATTGGTCTAGGTGGGGCCTCC  50

seq1  TTTAATCAAGGGAATGTGAGGTGAAGTCTGGGGGAGGGGTGCTACCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCAAGGGAATGTGAGGTGAAGTCTGGGGGAGGGGTGCTACCAGAA  100

seq1  CATACTTTCTCCATCAATTAAAGAGATCCTCTTCCACTCTGTCTTAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTTCTCCATCAATTAAAGAGATCCTCTTCCACTCTGTCTTAGTCA  150

seq1  GGGTTTCTATTGCAGTGACCAAAAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTATTGCAGTGACCAAAAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTT  200

seq1  CCACACTGCTGTTCATCACCAAAGGGAGTCAGGACAGGAACTCAAACCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTGCTGTTCATCACCAAAGGGAGTCAGGACAGGAACTCAAACCGA  250

seq1  GCAGGAGCCGAAAGGCAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGAAAGGGTGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCCGAAAGGCAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGAAAGGGTGCTGC  300

seq1  TTATTGGCTTGCTTACCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTTTCTTCGAGAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGCTTGCTTACCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTTTCTTCGAGAACCT  350

seq1  AGGACAAGAGCCCAGGGAAGGGACCACCCCACCATGGGCTGGGCCCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGAGCCCAGGGAAGGGACCACCCCACCATGGGCTGGGCCCTCCA  400

seq1  CATTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGACCTCATGGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGCTGGACCTCATGGAGACA  450

seq1  TTTCCTCAACAGCGGCTCCTTCCTCTCTGATGACTCTAGCTTGTGTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCAACAGCGGCTCCTTCCTCTCTGATGACTCTAGCTTGTGTCAAG  500

seq1  TTGACATACAAAACCAGCCAGTACACTCTCTTCATACCCCTCCATGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATACAAAACCAGCCAGTACACTCTCTTCATACCCCTCCATGTTTT  550

seq1  TGGATCACTATCATGTGAAGACATGGTTCATGAAATTATGACTATATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCACTATCATGTGAAGACATGGTTCATGAAATTATGACTATATAAA  600

seq1  TATTCATCTTGCACTGTAAAAAGAACTATCATCAATATCTATGTATTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCTTGCACTGTAAAAAGAACTATCATCAATATCTATGTATTAAC  650

seq1  AGGATAAAAACAGCAAATGTCATTGGTAAGCCTGCAAACGTGTACATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAAAACAGCAAATGTCATTGGTAAGCCTGCAAACGTGTACATCCA  700

seq1  GCTAAGAGAACCTCAGGCATTTTTCTGGCTTCAGCCACCATTAATCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGAGAACCTCAGGCATTTTTCTGGCTTCAGCCACCATTAATCCAGG  750

seq1  CCTCAGCTACTTGTAATGAAACCCACTCCTGATTCAAGTCATAATATAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTACTTGTAATGAAACCCACTCCTGATTCAAGTCATAATATAGT  800

seq1  CGGTATCTTACATCAGTATGGTGCTCTACGGTCTCCAAAACACATTTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTATCTTACATCAGTATGGTGCTCTACGGTCTCCAAAACACATTTATA  850

seq1  TCCACCACCCTATTCAATCCTGCCAACAGCTTGGAAAGAGGCACTATAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCACCCTATTCAATCCTGCCAACAGCTTGGAAAGAGGCACTATAAC  900

seq1  CAGTGTGAGCCTTCATAAAAACAAATATAGAAATTCAAGATATAGAAAGA  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGTGTGAGCCTTCAT-AAAACAAATATAGAAATTCAAGATATAGAAAG-  948

seq1  ACTAGACTCTTTGCTTCTGCCTCTCTTGGAGTTCACAAACTATGATCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACTCTTTGCTTCTGCCTCTCTTGGAG-TCACAAACTATGATCCAT  997

seq1  GAGCCAAACAAATAGATGGATAATTTTTGCATTTCCTGAATAGCAAAAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  
seq2  GAGCCAAACAAATAGATGGATAA-TTTTGCA-TTCCTGAATAGCAAAA--  1043

seq1  TTAAAATGTGGA--AGACACCATTTCTTGGCATGACCAGTTTAGCATTGG  1098
      ||||||||||||  | |||| ||||||| |||||| ||| |||||||| |
seq2  TTAAAATGTGGAGGACACACAATTTCTT-GCATGA-CAG-TTAGCATT-G  1089

seq1  GGAACGGCTACATGTGATCATTCCCATGCTGTCTACGGCTACACCAGAGC  1148
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||
seq2  GGAACGGCTAC-TGTGATCA-TCCCATGCTGTCTACGGCTACA-CAAAGC  1136

seq1  TACGGTTACAGAGCTAGGTAACTATGGCA  1177
      |||||||||  ||||||  ||||||||||
seq2  TACGGTTACGAAGCTAG--AACTATGGCA  1163


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |