BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-171H13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 4,118,708 - 4,310,184
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666167, Sepp1, LOC100039139, Ghr, LOC223278, Fbxo4, AW549877, LOC100039196, Oxct1
Downstream genePlcxd3, C6, LOC100039214, 4930455B06Rik, C7, Card6, Rpl37, LOC100039281, Prkaa1, Ttc33, Ptger4, LOC100039322, LOC100039308
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-171H13.bB6Ng01-171H13.g
ACCGA000349GA000350
length1,1511,009
definitionB6Ng01-171H13.b B6Ng01-171H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,309,030 - 4,310,184)(4,118,708 - 4,119,711)
sequence
gaattcaccttcactgacacaataattaaagtaaaagttatcatccacat
ttcacacagaggcatagactgtcaaaccataaatatcattgtgtaacagt
tactggatccataatacatactgtaggcagtagtataggtaacatattct
gtaactgattgttttatagtctcacaattaaaatatagcaaccagctgag
gggtgagcccttgccaagcttaaacttgtagttcaattaagagagaaaaa
taaaggtcacagttaagtatattaaataaatatattaaatatactaaata
tacacccacataaattcacttgccatttggttcactgtacccagcttcta
aatatttcttatgttgcagtaaatctcacatctcttccttatgcaattag
agcctttagtgtccactagtatatgtttttctaataattcccattttgct
atggtctctacctttcatattaggagagggaatatgtaagaacctggcaa
tagcttcaaaccaccagttagacatttgcccacagttttacaacacagtt
tatgatggaatacgttagttcaatcttcaataatgagaaaaatgtactgt
ttatcaaatttgattcttccttccaattttgatatcttttcagataattt
ttttcagtagaaattaaattcccagcctatagcctgtgtatatacacttt
accttcatattttcaaacaaagcctattttcacccaaacctactcttttt
ttaacgatattcttcgtgaaccttttgaactatgggataatggagatagt
taatgtcatttctatgatgggtcaacatataaaacaaaagcataattaaa
ttcatcataagcctagttatgctctctgcaaagacgcctctactgtatat
atgggaagctctgtgaggagcctgagtctctgttcttttggagaagcaca
gtaagtggcagtccatggccacaggggaaacagcaggcaggaagtggggt
ggtgtagcccacttcttccacctggtcacaattaagttccctatcactac
agcaatgtcagatggaaaccaaatagtaccatccatgatcttcaacagcc
acacacaatgttcatgtataaaagtaacttaattttctcaatttttcctg
t

gaattcagggaattctagagacagctcatgaagtatgtaggccttatata
aaagagagtgataaattttagaagttgactaaattccctaacagacctta
aagaacatacatttctataatttttcttatgtacttttttttgatgaatt
ccatccatgcacatgatacgttctgattgctctcacccacaccctctcat
atctccctcactctcccatccatccccttcttccatcataatctcttttt
cacagtcatgtttgtgtcacccttggcttgatcagggccatctgtgaagt
cttgaaattggaacaacccacaggagacaggtaagtactctagtgatatg
caactaaagatggttgttttgccctcactcggggcctattaataatgagt
tcatagatctcagcagtaatgcatatattctcatgaacacacacacacac
acacacacaaatatataattctggccattctcacccttatcctcttatct
cttactaatgtcaactcttctgctctttacaagttcctttcttatagtaa
attccctgtaaattctctgatgaaccactgtgtttaaccagggctgtctc
tgtgaccataggttttaaactactggagcttggtgagctctcttagggta
tacaagtgaggacagtgactacctctctccaagaatctgttagtaatcag
tagttcatcagggaggggtatggcccgatgagtcttccagcccattcatt
cttgactgatgacaggcccagtcttgtataagctcagtgcaggcaaacat
aactactctcagatcatgagtgtaatggcaatgtcatgccctgaagatag
aattttgcagcccttcttccctatcttccaactgtaaacattctttctgc
tccctcacctacaatattccctgggtctttgagcagtggtttaaatgacc
tgggttaaagctaatatctaattcttccacttttattctcacaatccttg
gagagctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_4309030_4310184
seq2: B6Ng01-171H13.b_41_1191 (reverse)

seq1  ACAGGAAAAAAATGAGAAAAATTAAGTTACATTTTATACATGCACA-TGT  49
      ||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||
seq2  ACAGG-AAAAATTGAG-AAAATTAAGTTAC-TTTTATACATGAACATTGT  47

seq1  GTGTGCTTGTGTGAAAGATCATGGATGGTACTATTGTGTTTCAATCTGAC  99
      |||||  ||| || |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||
seq2  GTGTGGCTGT-TG-AAGATCATGGATGGTACTATTTGGTTTCCATCTGAC  95

seq1  ATTGCTGTAGTGATAAGGAACTTAA-TGTGACAAGTTGGAAGAAGTGGGC  148
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTAGTGATAGGGAACTTAATTGTGACCAGGTGGAAGAAGTGGGC  145

seq1  TACAACCACACACTTTCCTGCCTGCTGTTTCCCCTGT-GCCATGGCCTGC  197
      ||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| 
seq2  TAC-ACCACCCCACTTCCTGCCTGCTGTTTCCCCTGTGGCCATGGACTG-  193

seq1  CCACTTACTGTGCTTCTCCAAAAGAACAGAGACTCAGGCTCTTCACAGAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCACTTACTGTGCTTCTCCAAAAGAACAGAGACTCAGGCTCCTCACAGAG  243

seq1  CTTCCCATATATACAGTAGAGGCGTCTTTGCAGAGAGCATAACTAGGCTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCATATATACAGTAGAGGCGTCTTTGCAGAGAGCATAACTAGGCTT  293

seq1  ATGATGAATTTAATTATGCTTTTGTTTTATATGTTGACCCATCATAGAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAATTTAATTATGCTTTTGTTTTATATGTTGACCCATCATAGAAA  343

seq1  TGACATTAACTATCTCCATTATCCCATAGTTCAAAAGGTTCACGAAGAAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTAACTATCTCCATTATCCCATAGTTCAAAAGGTTCACGAAGAAT  393

seq1  ATCGTTAAAAAAAGAGTAGGTTTGGGTGAAAATAGGCTTTGTTTGAAAAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTAAAAAAAGAGTAGGTTTGGGTGAAAATAGGCTTTGTTTGAAAAT  443

seq1  ATGAAGGTAAAGTGTATATACACAGGCTATAGGCTGGGAATTTAATTTCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTAAAGTGTATATACACAGGCTATAGGCTGGGAATTTAATTTCT  493

seq1  ACTGAAAAAAATTATCTGAAAAGATATCAAAATTGGAAGGAAGAATCAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAAAATTATCTGAAAAGATATCAAAATTGGAAGGAAGAATCAAA  543

seq1  TTTGATAAACAGTACATTTTTCTCATTATTGAAGATTGAACTAACGTATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAAACAGTACATTTTTCTCATTATTGAAGATTGAACTAACGTATT  593

seq1  CCATCATAAACTGTGTTGTAAAACTGTGGGCAAATGTCTAACTGGTGGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATAAACTGTGTTGTAAAACTGTGGGCAAATGTCTAACTGGTGGTT  643

seq1  TGAAGCTATTGCCAGGTTCTTACATATTCCCTCTCCTAATATGAAAGGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTATTGCCAGGTTCTTACATATTCCCTCTCCTAATATGAAAGGTA  693

seq1  GAGACCATAGCAAAATGGGAATTATTAGAAAAACATATACTAGTGGACAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCATAGCAAAATGGGAATTATTAGAAAAACATATACTAGTGGACAC  743

seq1  TAAAGGCTCTAATTGCATAAGGAAGAGATGTGAGATTTACTGCAACATAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCTCTAATTGCATAAGGAAGAGATGTGAGATTTACTGCAACATAA  793

seq1  GAAATATTTAGAAGCTGGGTACAGTGAACCAAATGGCAAGTGAATTTATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTAGAAGCTGGGTACAGTGAACCAAATGGCAAGTGAATTTATG  843

seq1  TGGGTGTATATTTAGTATATTTAATATATTTATTTAATATACTTAACTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTATATTTAGTATATTTAATATATTTATTTAATATACTTAACTGT  893

seq1  GACCTTTATTTTTCTCTCTTAATTGAACTACAAGTTTAAGCTTGGCAAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTATTTTTCTCTCTTAATTGAACTACAAGTTTAAGCTTGGCAAGG  943

seq1  GCTCACCCCTCAGCTGGTTGCTATATTTTAATTGTGAGACTATAAAACAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCCCTCAGCTGGTTGCTATATTTTAATTGTGAGACTATAAAACAA  993

seq1  TCAGTTACAGAATATGTTACCTATACTACTGCCTACAGTATGTATTATGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTACAGAATATGTTACCTATACTACTGCCTACAGTATGTATTATGG  1043

seq1  ATCCAGTAACTGTTACACAATGATATTTATGGTTTGACAGTCTATGCCTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTAACTGTTACACAATGATATTTATGGTTTGACAGTCTATGCCTC  1093

seq1  TGTGTGAAATGTGGATGATAACTTTTACTTTAATTATTGTGTCAGTGAAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAAATGTGGATGATAACTTTTACTTTAATTATTGTGTCAGTGAAG  1143

seq1  GTGAATTC  1155
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1151


seq1: chr15_4118708_4119711
seq2: B6Ng01-171H13.g_64_1072

seq1  GAATTCAGGGAATTCTAGAGACAGCTCATGAAGTATGTAGGCCTTATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGAATTCTAGAGACAGCTCATGAAGTATGTAGGCCTTATATA  50

seq1  AAAGAGAGTGATAAATTTTAGAAGTTGACTAAATTCCCTAACAGACCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGTGATAAATTTTAGAAGTTGACTAAATTCCCTAACAGACCTTA  100

seq1  AAGAACATACATTTCTATAATTTTTCTTATGTACTTTTTTTTGATGAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATACATTTCTATAATTTTTCTTATGTACTTTTTTTTGATGAATT  150

seq1  CCATCCATGCACATGATACGTTCTGATTGCTCTCACCCACACCCTCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCATGCACATGATACGTTCTGATTGCTCTCACCCACACCCTCTCAT  200

seq1  ATCTCCCTCACTCTCCCATCCATCCCCTTCTTCCATCATAATCTCTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCTCACTCTCCCATCCATCCCCTTCTTCCATCATAATCTCTTTTT  250

seq1  CACAGTCATGTTTGTGTCACCCTTGGCTTGATCAGGGCCATCTGTGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCATGTTTGTGTCACCCTTGGCTTGATCAGGGCCATCTGTGAAGT  300

seq1  CTTGAAATTGGAACAACCCACAGGAGACAGGTAAGTACTCTAGTGATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATTGGAACAACCCACAGGAGACAGGTAAGTACTCTAGTGATATG  350

seq1  CAACTAAAGATGGTTGTTTTGCCCTCACTCGGGGCCTATTAATAATGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAAGATGGTTGTTTTGCCCTCACTCGGGGCCTATTAATAATGAGT  400

seq1  TCATAGATCTCAGCAGTAATGCATATATTCTCATGAACACACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGATCTCAGCAGTAATGCATATATTCTCATGAACACACACACACAC  450

seq1  ACACACACAAATATATAATTCTGGCCATTCTCACCCTTATCCTCTTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAAATATATAATTCTGGCCATTCTCACCCTTATCCTCTTATCT  500

seq1  CTTACTAATGTCAACTCTTCTGCTCTTTACAAGTTCCTTTCTTATAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTAATGTCAACTCTTCTGCTCTTTACAAGTTCCTTTCTTATAGTAA  550

seq1  ATTCCCTGTAAATTCTCTGATGAACCACTGTGTTTAACCAGGGCTGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTGTAAATTCTCTGATGAACCACTGTGTTTAACCAGGGCTGTCTC  600

seq1  TGTGACCATAGGTTTTAAACTACTGGAGCTTGGTGAGCTCTCTTAGGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCATAGGTTTTAAACTACTGGAGCTTGGTGAGCTCTCTTAGGGTA  650

seq1  TACAAGTGAGGACAGTGACTACCTCTCTCCAAGAATCTGTTAGTAATCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTGAGGACAGTGACTACCTCTCTCCAAGAATCTGTTAGTAATCAG  700

seq1  TAGTTCATCAGGGAGGGGTATGGCCCGATGAGTCTTCCAGCCCATTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCATCAGGGAGGGGTATGGCCCGATGAGTCTTCCAGCCCATTCATT  750

seq1  CTTGACTGATGACAGGCCCAGTCTTGTATAAGCTCAGTGCAGGCAAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTGATGACAGGCCCAGTCTTGTATAAGCTCAGTGCAGGCAAACAT  800

seq1  AACTACTCTCAGATCATGAGTGTAATGGCAATGTCATGCCCTGAAGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTCTCAGATCATGAGTGTAATGGCAATGTCATGCCCTGAAGATAG  850

seq1  AATTTTGCAGCCCTTC-TCCCTATCTTCCAACTGTTAACATTCTTTCTGC  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATTTTGCAGCCCTTCTTCCCTATCTTCCAACTGTAAACATTCTTTCTGC  900

seq1  TCCCTCACCTACAATATTCCCTGGGTCTTTGAGCAGGTGGTTTAAATGA-  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TCCCTCACCTACAATATTCCCTGGGTCTTTGAGCA-GTGGTTTAAATGAC  949

seq1  CTGGGTTAAGGCTAATATCTAA-TCTTTCAC--TTATTCTCAACAT-CTT  994
      ||||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||  || |||
seq2  CTGGGTTAAAGCTAATATCTAATTCTTCCACTTTTATTCTCACAATCCTT  999

seq1  GAAGAGCTGA  1004
      | ||||||||
seq2  GGAGAGCTGA  1009


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |