BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172B12
Chromosome15 (Build37)
Map Location 20,013,086 - 20,082,766
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666875, LOC621884, LOC100040265
Downstream geneAcot10, LOC100040302, Cdh12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172B12.bB6Ng01-172B12.g
ACCGA000802GA000803
length1,2001,153
definitionB6Ng01-172B12.b B6Ng01-172B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,081,556 - 20,082,766)(20,013,086 - 20,014,239)
sequence
gaattccctacctgggaatccatcccatatacagccaccaaacctggaca
ctattgtggatgctgggaagtgcttgcagaatgtagtcttaaagtataaa
tgggtatcccagctatttgttaccaaggagccaggtagaagctgtaagaa
acagatgcttaaggaagtccagcaaggacaactcctaaacctgttaagga
gaatgacctaaaaatcttccccagaagagatgacattatatacactttgc
caaatgtaagtattttatttctggaatgagtatttaaaaaaaagcaagtc
tataggcacgtagagagatcatgtgataagaagatgtaccccacttaaga
gatttagattcataaaagcatgcaggcatgaggaatacatcatcctctct
gtgcatatattgagatctttttgtacataacctcaccagtaagtcaagtt
catttcatttgtaacaatctatgtgacttgtacatgatagggtgtaacct
aattcatattacaatgagattactcatcttgcaaaactactttcagcaaa
tggtatcagaggattttgagggacactataagagaagcgatttaggcttt
tcatatacacacaatttggtaaacagctataagtatttaccattcaaaac
tcttgtatatatgttcatacattttaaaatcccagagaactggcatgttc
atatgttaggcattccatcaagcaacctataaaagaacttttcatcaggg
ttgaaagtcatttcaaacaaaagaagacagacaagtctgagtagctactt
gaggactgtcacctgctcccttgctgatgggattcttgtgggaagcagtt
agacatctggaaagaaacgtgagagcagacggccaagggaaaatattggc
attcgatcttgcatattccatagctgcaatctgagggaaattaaaatgtg
atgtatttagaaacctgtcagactgctgactagaaatatatatttgaaac
agggcaaaaaataaattctgggttatatttacctatgatcctaggtaaca
gactttagctagatgtgctaatgagtccagggtgccttttctatctctag
ctgcatatactggccactgcagttacaatgtgattgtttcaaatactggt
actctcatactcgacctacgacctcgaaataatatatccccaggccacat


gaattccatacataagtgagcactgtacgcatcgcttctaacacgtacaa
gcatcaaaatgcatcgtacatgtgtaatgcacacaggacaaagtgggaaa
cacaaaaaaagagatctgaaactgccaagaaaaatgtttgacaattgctc
tggattagatcatacttttactagtgataaaataatctattagaaacagt
atgtgctaatcaatgtctcaggtgaacatttcatcttttaaattatttat
tgcttaatttatttatggtttctccatgagttagacacaggcaagagacc
agtgagtcaatggccagcacacacctatgtgaatttggatattgtaggta
gagtcagcaagacaagcaaaatgtctaggatccactatgagctggctccc
catgagggtggtttcatttgttacctgttctttttctatcctaaagaaga
gaacacagaagatagagtggggttgtctctctcgggagcacacattttga
ttaaactcacctctcaattcctcctttccaattcttctatctcttgaaac
ttcttccacacagcccttttgtttaatttttgaacccactgattcattgt
ggtgcttttgtgaccatgtatgaaaggcaattatctggaacctaatcgac
ggctggaaaatttgctcccctatgtgtttacaaagaagaacttaggacgc
agtttagttctatgcccatttaagagaataatacttgcctttccccaatg
acggagttacctgtaggtttgatcaaattaagtcacaggttataacttcc
atcttgtgacaatgctttaaattcaagcagaaagtagctggttatttgcc
taacatttttagaaatatttcatcagtcggcatgccacaccatgcttaac
aattacatgctttttaaatatttggaataggaattgaaaaaaaatgtact
gacagaacacactgacattctaatatctcatatttgatattggctacctc
aggtagacaaatataaagttctgatggctgtggttgacgtaatgatgtat
agaaactcggtgactttaagaactgcagcatagcagacgaaactcacacc
ctacatcaatcagcaatattgtctatggagaactacaccaatgcctggta
gac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_20081556_20082766
seq2: B6Ng01-172B12.b_40_1239 (reverse)

seq1  ATGTG--CTGGGGATATATTATTTTGAGTCTGTAAGTCTGAATTTAATTT  48
      |||||  ||||||||||||||||| |||   ||| |||       | | |
seq2  ATGTGGCCTGGGGATATATTATTTCGAGGTCGTAGGTC------GAGTAT  44

seq1  GAGGAAGTACCACTATTTGGAAACCATTCACAATTTTGTAAACTTCCAGT  98
      |||  ||||||| ||||||  || || |||||   ||||||   | ||||
seq2  GAG--AGTACCAGTATTTG--AAACAATCACA---TTGTAA--CTGCAGT  85

seq1  TGCCAGTATATGCAGCTAAGAGATAG-AAAGGCACCCTGGACCTCATTAG  147
       |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  GGCCAGTATATGCAGCT-AGAGATAGAAAAGGCACCCTGGA-CTCATTAG  133

seq1  CACATCTAGCT-AAGTCTGTTACCTAGGATCATAGGTAAATATAA-CCAG  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CACATCTAGCTAAAGTCTGTTACCTAGGATCATAGGTAAATATAACCCAG  183

seq1  AATTTA-TTTTTGCCCTGTTTCAAATATATATTTCTAGTCAGCAGTCCTG  244
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATTTATTTTTTGCCCTGTTTCAAATATATATTTCTAGTCAGCAGT-CTG  232

seq1  ACAGGTTTCTAAATACATCACATTTTAA-TTCCCTCAGATTGCAGCTATG  293
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTCTAAATACATCACATTTTAATTTCCCTCAGATTGCAGCTATG  282

seq1  GAATATGCAAGATCGAATGCCAATATTTTCCCTTGGCCGTCTGCTCTCAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGCAAGATCGAATGCCAATATTTTCCCTTGGCCGTCTGCTCTCAC  332

seq1  GTTTCTTTCCAGATGTCTAACTGCTTCCCACAAGAATCCCATCAGCAAGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCCAGATGTCTAACTGCTTCCCACAAGAATCCCATCAGCAAGG  382

seq1  GAGCAGGTGACAGTCCTCAAGTAGCTACTCAGACTTGTCTGTCTTCTTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGTGACAGTCCTCAAGTAGCTACTCAGACTTGTCTGTCTTCTTTT  432

seq1  GTTTGAAATGACTTTCAACCCTGATGAAAAGTTCTTTTATAGGTTGCTTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAATGACTTTCAACCCTGATGAAAAGTTCTTTTATAGGTTGCTTG  482

seq1  ATGGAATGCCTAACATATGAACATGCCAGTTCTCTGGGATTTTAAAATGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCCTAACATATGAACATGCCAGTTCTCTGGGATTTTAAAATGT  532

seq1  ATGAACATATATACAAGAGTTTTGAATGGTAAATACTTATAGCTGTTTAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATATATACAAGAGTTTTGAATGGTAAATACTTATAGCTGTTTAC  582

seq1  CAAATTGTGTGTATATGAAAAGCCTAAATCGCTTCTCTTATAGTGTCCCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTGTGTATATGAAAAGCCTAAATCGCTTCTCTTATAGTGTCCCT  632

seq1  CAAAATCCTCTGATACCATTTGCTGAAAGTAGTTTTGCAAGATGAGTAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCCTCTGATACCATTTGCTGAAAGTAGTTTTGCAAGATGAGTAAT  682

seq1  CTCATTGTAATATGAATTAGGTTACACCCTATCATGTACAAGTCACATAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTAATATGAATTAGGTTACACCCTATCATGTACAAGTCACATAG  732

seq1  ATTGTTACAAATGAAATGAACTTGACTTACTGGTGAGGTTATGTACAAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTACAAATGAAATGAACTTGACTTACTGGTGAGGTTATGTACAAAA  782

seq1  AGATCTCAATATATGCACAGAGAGGATGATGTATTCCTCATGCCTGCATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAATATATGCACAGAGAGGATGATGTATTCCTCATGCCTGCATG  832

seq1  CTTTTATGAATCTAAATCTCTTAAGTGGGGTACATCTTCTTATCACATGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGAATCTAAATCTCTTAAGTGGGGTACATCTTCTTATCACATGA  882

seq1  TCTCTCTACGTGCCTATAGACTTGCTTTTTTTTAAATACTCATTCCAGAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTACGTGCCTATAGACTTGCTTTTTTTTAAATACTCATTCCAGAA  932

seq1  ATAAAATACTTACATTTGGCAAAGTGTATATAATGTCATCTCTTCTGGGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATACTTACATTTGGCAAAGTGTATATAATGTCATCTCTTCTGGGG  982

seq1  AAGATTTTTAGGTCATTCTCCTTAACAGGTTTAGGAGTTGTCCTTGCTGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTTAGGTCATTCTCCTTAACAGGTTTAGGAGTTGTCCTTGCTGG  1032

seq1  ACTTCCTTAAGCATCTGTTTCTTACAGCTTCTACCTGGCTCCTTGGTAAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTTAAGCATCTGTTTCTTACAGCTTCTACCTGGCTCCTTGGTAAC  1082

seq1  AAATAGCTGGGATACCCATTTATACTTTAAGACTACATTCTGCAAGCACT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTGGGATACCCATTTATACTTTAAGACTACATTCTGCAAGCACT  1132

seq1  TCCCAGCATCCACAATAGTGTCCAGGTTTGGTGGCTGTATATGGGATGGA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCATCCACAATAGTGTCCAGGTTTGGTGGCTGTATATGGGATGGA  1182

seq1  TTCCCAGGTAGGGAATTC  1211
      ||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGTAGGGAATTC  1200


seq1: chr15_20013086_20014239
seq2: B6Ng01-172B12.g_65_1217

seq1  GAATTCCATACATAAGTGAGCACTGTACGCATCGCTTCTAACACGTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATACATAAGTGAGCACTGTACGCATCGCTTCTAACACGTACAA  50

seq1  GCATCAAAATGCATCGTACATGTGTAATGCACACAGGACAAAGTGGGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAAAATGCATCGTACATGTGTAATGCACACAGGACAAAGTGGGAAA  100

seq1  CACAAAAAAAGAGATCTGAAACTGCCAAGAAAAATGTTTGACAATTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAAAAGAGATCTGAAACTGCCAAGAAAAATGTTTGACAATTGCTC  150

seq1  TGGATTAGATCATACTTTTACTAGTGATAAAATAATCTATTAGAAACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGATCATACTTTTACTAGTGATAAAATAATCTATTAGAAACAGT  200

seq1  ATGTGCTAATCAATGTCTCAGGTGAACATTTCATCTTTTAAATTATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTAATCAATGTCTCAGGTGAACATTTCATCTTTTAAATTATTTAT  250

seq1  TGCTTAATTTATTTATGGTTTCTCCATGAGTTAGACACAGGCAAGAGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATTTATTTATGGTTTCTCCATGAGTTAGACACAGGCAAGAGACC  300

seq1  AGTGAGTCAATGGCCAGCACACACCTATGTGAATTTGGATATTGTAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTCAATGGCCAGCACACACCTATGTGAATTTGGATATTGTAGGTA  350

seq1  GAGTCAGCAAGACAAGCAAAATGTCTAGGATCCACTATGAGCTGGCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGCAAGACAAGCAAAATGTCTAGGATCCACTATGAGCTGGCTCCC  400

seq1  CATGAGGGTGGTTTCATTTGTTACCTGTTCTTTTTCTATCCTAAAGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGGTGGTTTCATTTGTTACCTGTTCTTTTTCTATCCTAAAGAAGA  450

seq1  GAACACAGAAGATAGAGTGGGGTTGTCTCTCTCGGGAGCACACATTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGAAGATAGAGTGGGGTTGTCTCTCTCGGGAGCACACATTTTGA  500

seq1  TTAAACTCACCTCTCAATTCCTCCTTTCCAATTCTTCTATCTCTTGAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCACCTCTCAATTCCTCCTTTCCAATTCTTCTATCTCTTGAAAC  550

seq1  TTCTTCCACACAGCCCTTTTGTTTAATTTTTGAACCCACTGATTCATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCACACAGCCCTTTTGTTTAATTTTTGAACCCACTGATTCATTGT  600

seq1  GGTGCTTTTGTGACCATGTATGAAAGGCAATTATCTGGAACCTAATCGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTTTGTGACCATGTATGAAAGGCAATTATCTGGAACCTAATCGAC  650

seq1  GGCTGGAAAATTTGCTCCCCTATGTGTTTACAAAGAAGAACTTAGGACGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAAAATTTGCTCCCCTATGTGTTTACAAAGAAGAACTTAGGACGC  700

seq1  AGTTTAGTTCTATGCCCATTTAAGAGAATAATACTTGCCTTTCCCCAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTTCTATGCCCATTTAAGAGAATAATACTTGCCTTTCCCCAATG  750

seq1  ACGGAGTTACCTGTAGGTTTGATCAAATTAAGTCACAGGTTATAACTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGTTACCTGTAGGTTTGATCAAATTAAGTCACAGGTTATAACTTCC  800

seq1  ATCTTGTGACAATGCTTTAAATTCAAGCAGAAAGTAGCTGGTTATTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTGACAATGCTTTAAATTCAAGCAGAAAGTAGCTGGTTATTTGCC  850

seq1  TAACATTTTTAGAAATATTTCATCAGTCGGCATGCCACACCATGCTTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTTTAGAAATATTTCATCAGTCGGCATGCCACACCATGCTTAAC  900

seq1  AATTACATGCTTTTTAAATATTTGGAATAGGAATTGAAAAAAAATGTACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATGCTTTTTAAATATTTGGAATAGGAATTGAAAAAAAATGTACT  950

seq1  GACAGAACACACTGACATTCTAATATCTCATATTTGATATT-GCTACCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACAGAACACACTGACATTCTAATATCTCATATTTGATATTGGCTACCTC  1000

seq1  AGGTAGACAAATATAAAGTTCTGATGGCTGTTGTTGACGTAATGATGTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  AGGTAGACAAATATAAAGTTCTGATGGCTGTGGTTGACGTAATGATGT-A  1049

seq1  TAGAAAC-CCGTGACTTTAAAGACTGCAGCATAGCCAGACGAAAC-CACA  1097
      ||||||| | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TAGAAACTCGGTGACTTTAAGAACTGCAGCATAG-CAGACGAAACTCACA  1098

seq1  CCCTACATCAATTCAGCAATAATTGTCTAATGAGAACATACACCATTG-C  1146
      ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| ||||||| || |
seq2  CCCTACATCAA-TCAGCAAT-ATTGTCTATGGAGAAC-TACACCAATGCC  1145

seq1  TGGTAGAC  1154
      ||||||||
seq2  TGGTAGAC  1153


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |