BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174K20
Chromosome15 (Build37)
Map Location 68,302,249 - 68,487,625
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfat1, LOC100041000
Downstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174K20.bB6Ng01-174K20.g
ACCGA002689GA002690
length1,073466
definitionB6Ng01-174K20.b B6Ng01-174K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,302,249 - 68,303,310)(68,487,154 - 68,487,625)
sequence
gaattccttcttcctcccatcttgctctatgcatgtagaagcattggtga
gttatgcacagcctggcagactcatactatggactagttctgcgggatgc
tcttgaccatgggtacccatttcaggtggatgcttaactatgcccagcca
ccttaatatacttaaaattccttgaacctggaaaagcacttttgtctgaa
caccccactgaccttccaagcctaattctcagttagttccgccacttaga
taatcgatgaaaagaattcagatcaggaattctgttcttcctaccccaga
cccttggcctgcatctgttggctctttcctttcacttcatgtcatttcag
tgaatggatggtcccagatcaacctgaggaccaacttctggattgctgga
ctttactcttgtaccttgagttagtcggttattttataacaacatgctta
tatctcagtatcataccacaatttatcctcttgcctccattccttggatc
tgcttctggctccctcaccatttttcttttgactcctattctccgtgtcc
tccgcttcctacactaggtttgctaaatcttacctctcttcccactatgg
aatctgccccctcaggtcaccacctctctcctgatctggaggactaaggg
cctaattctctgctataactttgtttgtttgtttgtttttgttttttgtt
cttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactt
tgtagaccaggctggcttcgaactcagaaatctgcctgcctctgcctccc
aagtgctgggttaaaggcgtgtgccaccatcgcctggcttctgctataac
cctttatttaatgtacctttgcacatgggtaatgacttttgctcccagcc
cccagtgcatctaagctgttgtgtattagtgctttagtgtgctagccaat
cctgggctcttctcactttgccctattcaccgcatccccctccccctgct
ctgggtcttgagtccttatccactcactgctagcctcagttctggatccc
attgtcttccttacccgcaccat

agatttccttagcagattttggttgcagggcaccacagagccattaacag
cagcaggtgggggaataataatagtttacacatctccagtggtagtcagc
tttctacgcattaccaccagctttatcacacaggggcttggcagcaagtc
tgagagaggcagaactagcatgtctctattttacagatgactggctctct
tactgaacgcctaagctcagaaaatgaccctctagcatcttgctgggcgg
gccagaataaatatgcagtgctttgtagctgccatggtttaggatttgag
agccgcttccagtactcctcccgaatgctatgtggttgaaacataatctt
caaagtttgttgctatggggcattaatttaaagtatgtttcagatccctt
ctcggccttttggctaagatcaagtgtcaagtatgtttcaggagcctctc
ctcctcctcctcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_68302249_68303310
seq2: B6Ng01-174K20.b_44_1116

seq1  GAATTCCTTCTTCCTCCCATCTTGCTCTATGCATGTAGAAGCATTGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTCCTCCCATCTTGCTCTATGCATGTAGAAGCATTGGTGA  50

seq1  GTTATGCACAGCCTGGCAGACTCATACTATGGACTAGTTCTGCGGGATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCACAGCCTGGCAGACTCATACTATGGACTAGTTCTGCGGGATGC  100

seq1  TCTTGACCATGGGTACCCATTTCAGGTGGATGCTTAACTATGCCCAGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACCATGGGTACCCATTTCAGGTGGATGCTTAACTATGCCCAGCCA  150

seq1  CCTTAATATACTTAAAATTCCTTGAACCTGGAAAAGCACTTTTGTCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATATACTTAAAATTCCTTGAACCTGGAAAAGCACTTTTGTCTGAA  200

seq1  CACCCCACTGACCTTCCAAGCCTAATTCTCAGTTAGTTCCGCCACTTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACTGACCTTCCAAGCCTAATTCTCAGTTAGTTCCGCCACTTAGA  250

seq1  TAATCGATGAAAAGAATTCAGATCAGGAATTCTGTTCTTCCTACCCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGATGAAAAGAATTCAGATCAGGAATTCTGTTCTTCCTACCCCAGA  300

seq1  CCCTTGGCCTGCATCTGTTGGCTCTTTCCTTTCACTTCATGTCATTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGCCTGCATCTGTTGGCTCTTTCCTTTCACTTCATGTCATTTCAG  350

seq1  TGAATGGATGGTCCCAGATCAACCTGAGGACCAACTTCTGGATTGCTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATGGTCCCAGATCAACCTGAGGACCAACTTCTGGATTGCTGGA  400

seq1  CTTTACTCTTGTACCTTGAGTTAGTCGGTTATTTTATAACAACATGCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTCTTGTACCTTGAGTTAGTCGGTTATTTTATAACAACATGCTTA  450

seq1  TATCTCAGTATCATACCACAATTTATCCTCTTGCCTCCATTCCTTGGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGTATCATACCACAATTTATCCTCTTGCCTCCATTCCTTGGATC  500

seq1  TGCTTCTGGCTCCCTCACCATTTTTCTTTTGACTCCTATTCTCCGTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGGCTCCCTCACCATTTTTCTTTTGACTCCTATTCTCCGTGTCC  550

seq1  TCCGCTTCCTACACTAGGTTTGCTAAATCTTACCTCTCTTCCCACTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTTCCTACACTAGGTTTGCTAAATCTTACCTCTCTTCCCACTATGG  600

seq1  AATCTGCCCCCTCAGGTCACCACCTCTCTCCTGATCTGGAGGACTAAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCCCCCTCAGGTCACCACCTCTCTCCTGATCTGGAGGACTAAGGG  650

seq1  CCTAATTCTCTGCTATAACTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTCTCTGCTATAACTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGTT  700

seq1  CTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTT  750

seq1  TGTAGACCAGGCTGGCTTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCAGGCTGGCTTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCC  800

seq1  AAGTGCTGGGTTAAAGGCGTGTGCCACCATCGCCTGGCTTCTGCTATAA-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGTGCTGGGTTAAAGGCGTGTGCCACCATCGCCTGGCTTCTGCTATAAC  850

seq1  CCTTTATTTAATGTACC-TTGCACATGGGTAATGAC-TTTGCTCCCAGCC  897
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTTTATTTAATGTACCTTTGCACATGGGTAATGACTTTTGCTCCCAGCC  900

seq1  CCCAGTGCATCTAAGCTG-TGTGTATTAGTGC-TTAGTGTGCTAGCCCAT  945
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  CCCAGTGCATCTAAGCTGTTGTGTATTAGTGCTTTAGTGTGCTAGCCAAT  950

seq1  CCTGGGCTCTTCTCAC-TTGCCTTATTCACCGCATCCCC--TCCCCTGCT  992
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CCTGGGCTCTTCTCACTTTGCCCTATTCACCGCATCCCCCTCCCCCTGCT  1000

seq1  CTGGGTC-TGAGTCC-TATCCACTCACTGCTAG-CTCAGTTCTGGATCCC  1039
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTTGAGTCCTTATCCACTCACTGCTAGCCTCAGTTCTGGATCCC  1050

seq1  ATTGTCTTCCTTACCCGCACCAT  1062
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTCCTTACCCGCACCAT  1073


seq1: chr15_68487154_68487625
seq2: B6Ng01-174K20.g_69_540 (reverse)

seq1  GGAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGCTCCTGAAACATACTTGACACTTGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGCTCCTGAAACATACTTGACACTTGATCT  50

seq1  TAGCCAAAAGGCCGAGAAGGGATCTGAAACATACTTTAAATTAATGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAAAGGCCGAGAAGGGATCTGAAACATACTTTAAATTAATGCCCC  100

seq1  ATAGCAACAAACTTTGAAGATTATGTTTCAACCACATAGCATTCGGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAACAAACTTTGAAGATTATGTTTCAACCACATAGCATTCGGGAGG  150

seq1  AGTACTGGAAGCGGCTCTCAAATCCTAAACCATGGCAGCTACAAAGCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGAAGCGGCTCTCAAATCCTAAACCATGGCAGCTACAAAGCACT  200

seq1  GCATATTTATTCTGGCCCGCCCAGCAAGATGCTAGAGGGTCATTTTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTTATTCTGGCCCGCCCAGCAAGATGCTAGAGGGTCATTTTCTGA  250

seq1  GCTTAGGCGTTCAGTAAGAGAGCCAGTCATCTGTAAAATAGAGACATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGCGTTCAGTAAGAGAGCCAGTCATCTGTAAAATAGAGACATGCT  300

seq1  AGTTCTGCCTCTCTCAGACTTGCTGCCAAGCCCCTGTGTGATAAAGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGCCTCTCTCAGACTTGCTGCCAAGCCCCTGTGTGATAAAGCTGG  350

seq1  TGGTAATGCGTAGAAAGCTGACTACCACTGGAGATGTGTAAACTATTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATGCGTAGAAAGCTGACTACCACTGGAGATGTGTAAACTATTATT  400

seq1  ATTCCCCCACCTGCTGCTGTTAATGGCTCTGTGGTGCCCTGCAACCAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCCACCTGCTGCTGTTAATGGCTCTGTGGTGCCCTGCAACCAAAA  450

seq1  TCTGCTAAGGAAATCTGAATTC  472
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAAGGAAATCTGAATTC  472


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |