BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178D23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 86,893,791 - 87,032,503
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC021523, Cerk, LOC100042300, Tbc1d22a, LOC100042309
Downstream geneAW049604, LOC100042329, LOC100042340
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178D23.bB6Ng01-178D23.g
ACCGA005293GA005294
length1,0751,112
definitionB6Ng01-178D23.b B6Ng01-178D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,893,791 - 86,894,856)(87,031,389 - 87,032,503)
sequence
gcaaggcatcactgagctcagaaagttaagatgttgaaaagtttatctag
gaagatttatttgggcaaaaacagtggaaaacctaaaactgtatatttgt
gtgtgtttttaaagacacaatgtgcagatgtctttttatatctgtaaaaa
gcatgtatgtgtgtgtaagaccagacaggtaacatgtgtgtattcctgtg
tgtggacacaaacactcactcacgtgctcatgcacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacgacatgaaggcaaagttgagcta
gctggaagaaaagtgtcagaaggtatgggacagagatagcagaatgtaat
ggggaggaacatgtcataatacaatgtatacaggtaagaaactgttaaga
aaacaaaaccctagttaaaaatctaagaagattttacatgtcataaaaat
ctacagagccacaggcccagcctgcacagaggacctaagtgtaagaagca
ggactgaaggcaccccatgtagtgtcaacctaaccccccttcagcaccag
ggctcccggtcctccagtccggcttcctgtgttaaacaagcagggaacaa
ctcctaagggtgacaaaggaattacttttctggtggctgcagccaaatga
tctgccaaagagcaagttaagtgagcaaggacttatttaatctcgtggtt
tgatggtaaaaaaaagtcctggcaattggagtatggggtgattgtccacg
ttgcatctgcagtcaggaagcagaataatataggctggtgctcaaattgc
tttgtataaatatttatatagaaatatatttaatatatacaatgtatgta
atataatatatttatctatatcatctatactatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatccatccaacccaaaa
aaacaaaagaaaccctaggccagggaccccagccctttcagaaaatgcca
cttccattcttctgtttcttcagttaaacttttcttcttgaaaatgctct
cactgatacatttagaggggagtgt

gaattccattcagtggtatgaaaacaggcacaggaactcagctgctcaca
tgtaactttatgtggagacacgaagaactgaatctcgcatcgcagttatg
tgtcaggaaacagcagctttaaaaaacacaatgaaacacaatgcctcccc
cccgccccccaccaagggacaaagacagggatcatctaatacagaccctg
caagatccactgaagaatggaaagatatgaacgtttgtacgctccgactg
gctaagtagctattggagctcttccttgaactgggagagaggggatcaga
aaaatgaagatgtatagcctccacccagatgccctgcacatctgtattac
cgtgtgcaggcttcaggacagggcatttggttaaccctatggccctgctc
tgccaaggggaaggacccttgggaatgtcccagcacagacactgatgaag
agtgccccatgggggaagggggcaggacaagcacagagcaagtcagcgtg
gctggcccagggctgcagggagggcacatcttcagcagacaaattcacgg
gggcgtggagtcttcccatgcaagcttcagaggaagccttgtgaagtgcc
ctctctgtcaccacaggcagatgggtggaagcttctgctggcagatagaa
cagaacagcctaaatgacagcgaggggctcattgactcatggatctatat
caaggtggagggaggtcttgtgtggagtgcacctgtcctcgccctgtccc
tgtccagtgattctatcaatggcttggataaagacctaacagggccgctt
gtcaaatttgcagatcaaagctcagggggtggctaatgtggtggaagaaa
tactctgggtaaggcaagcctcctgacaagccagaacaatgagctgcccg
agcctagacaggattcagctgggttgaagcaagggcctcctccatccact
cgctgcctatagaaaccagcatatctcaaaaaataccagtcacccgggtc
tctagagctctgccgccttcttgttccagccctggggacattttacaggt
gacccatcatccttaggaggctagtctgatacagggactgggcctggaag
ggactggacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_86893791_86894856
seq2: B6Ng01-178D23.b_50_1124

seq1  GCAAGGCATCACTGAGCTCAGAAAGTTAAGATGTTGAAAAGTTTATCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCATCACTGAGCTCAGAAAGTTAAGATGTTGAAAAGTTTATCTAG  50

seq1  GAAGATTTATTTGGGCAAAAACAGTGGAAAACCTAAAACTGTATATTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTTATTTGGGCAAAAACAGTGGAAAACCTAAAACTGTATATTTGT  100

seq1  GTGTGTTTTTAAAGACACAATGTGCAGATGTCTTTTTATATCTGTAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTTTAAAGACACAATGTGCAGATGTCTTTTTATATCTGTAAAAA  150

seq1  GCATGTATGTGTGTGTAAGACCAGACAGGTAACATGTGTGTATTCCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATGTGTGTGTAAGACCAGACAGGTAACATGTGTGTATTCCTGTG  200

seq1  TGTGGACACAAACACTCACTCACGTGCTCATGCACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACACAAACACTCACTCACGTGCTCATGCACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACACACACACACACGACATGAAGGCAAAGTTGAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACGACATGAAGGCAAAGTTGAGCTA  300

seq1  GCTGGAAGAAAAGTGTCAGAAGGTATGGGACAGAGATAGCAGAATGTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGAAAAGTGTCAGAAGGTATGGGACAGAGATAGCAGAATGTAAT  350

seq1  GGGGAGGAACATGTCATAATACAATGTATACAGGTAAGAAACTGTTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAACATGTCATAATACAATGTATACAGGTAAGAAACTGTTAAGA  400

seq1  AAACAAAACCCTAGTTAAAAATCTAAGAAGATTTTACATGTCATAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACCCTAGTTAAAAATCTAAGAAGATTTTACATGTCATAAAAAT  450

seq1  CTACAGAGCCACAGGCCCAGCCTGCACAGAGGACCTAAGTGTAAGAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGCCACAGGCCCAGCCTGCACAGAGGACCTAAGTGTAAGAAGCA  500

seq1  GGACTGAAGGCACCCCATGTAGTGTCAACCTAACCCCCCTTCAGCACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGAAGGCACCCCATGTAGTGTCAACCTAACCCCCCTTCAGCACCAG  550

seq1  GGCTCCCGGTCCTCCAGTCCGGCTTCCTGTGTTAAACAAGCAGGGAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCGGTCCTCCAGTCCGGCTTCCTGTGTTAAACAAGCAGGGAACAA  600

seq1  CTCCTAAGGGTGACAAAGGAATTACTTTTCTGGTGGCTGCAGCCAAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAGGGTGACAAAGGAATTACTTTTCTGGTGGCTGCAGCCAAATGA  650

seq1  TCTGCCAAAGAGCAAGTTAAGTGAGCAAGGACTTATTTAATCTCGTGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCAAAGAGCAAGTTAAGTGAGCAAGGACTTATTTAATCTCGTGGTT  700

seq1  TGATGGTAAAAAAAAGTCCTGGCAATTGGAGTATGGGGTGATTGTCCACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTAAAAAAAAGTCCTGGCAATTGGAGTATGGGGTGATTGTCCACG  750

seq1  TTGCATCTGCAGTCAGGAAGCAGAATAATATAGGCTGGTGCTCAAATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTGCAGTCAGGAAGCAGAATAATATAGGCTGGTGCTCAAATTGC  800

seq1  TTTGTATAAATATTTATATAGAAATATATTTAATATATACAATGTATGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAAATATTTATATAGAAATATATTTAATATATACAATGTATGTA  850

seq1  ATATAATATA-TTATCTATATCATCTATACTATCTATCTATCTATCTATC  899
      |||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||
seq2  ATATAATATATTTATCTATATCATCTATA----CTATCTATCTATCTATC  896

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCAAACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCAACCC  946

seq1  CAAAAAACAAAAGAAACCCTA-GCCAGGGACCCCAGCCC-TTCAGAAAAT  997
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAAAAACAAAAGAAACCCTAGGCCAGGGACCCCAGCCCTTTCAGAAAAT  996

seq1  GCCAC-TCCA-TCTTCTGTT--CTCAGTTAAACTTCTC----TGAAAATG  1039
      ||||| |||| |||||||||   |||||||||||| ||    ||||||||
seq2  GCCACTTCCATTCTTCTGTTTCTTCAGTTAAACTTTTCTTCTTGAAAATG  1046

seq1  CTCTCACTGATACATTTAGA--GGAGTGT  1066
      ||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CTCTCACTGATACATTTAGAGGGGAGTGT  1075


seq1: chr15_87031389_87032503
seq2: B6Ng01-178D23.g_64_1175 (reverse)

seq1  GAAGCCCAGTCCCCTTTCCAAGGCCAGTCCCTGTTATCAGACTAGCCTCC  50
      |||| ||||||||  ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCAGTCCC--TTCCAGGCCCAGTCCCTG-TATCAGACTAGCCTCC  47

seq1  TAGGGATGATGGGGTCACCCTGTAAAATGTCCCCA-GGCTGGAACAAG-A  98
      || ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TAAGGATGAT-GGGTCA-CCTGTAAAATGTCCCCAGGGCTGGAACAAGAA  95

seq1  GGCGGCAGAGCTCTTAGAGA-CCGGGTGACTGGTATTTTTTGAGATATGC  147
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGCAGAGCTC-TAGAGACCCGGGTGACTGGTATTTTTTGAGATATGC  144

seq1  TGGTTTCTATAGGCAGCGAGT-GATGGAGGAGGCCCTTGCTTTCAACCCA  196
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGTTTCTATAGGCAGCGAGTGGATGGAGGAGGCCCTTGC-TTCAACCCA  193

seq1  GCTGAATCCTGTCTAGGCTCGGGCAGCTCATTGTTCTGGCTTGTCAGGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATCCTGTCTAGGCTCGGGCAGCTCATTGTTCTGGCTTGTCAGGAG  243

seq1  GCTTGCCTTACCCAGAGTATTTCTTCCACCACATTAGCCACCCCCTGAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTTACCCAGAGTATTTCTTCCACCACATTAGCCACCCCCTGAGC  293

seq1  TTTGATCTGCAAATTTGACAAGCGGCCCTGTTAGGTCTTTATCCAAGCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCTGCAAATTTGACAAGCGGCCCTGTTAGGTCTTTATCCAAGCCA  343

seq1  TTGATAGAATCACTGGACAGGGACAGGGCGAGGACAGGTGCACTCCACAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGAATCACTGGACAGGGACAGGGCGAGGACAGGTGCACTCCACAC  393

seq1  AAGACCTCCCTCCACCTTGATATAGATCCATGAGTCAATGAGCCCCTCGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCCCTCCACCTTGATATAGATCCATGAGTCAATGAGCCCCTCGC  443

seq1  TGTCATTTAGGCTGTTCTGTTCTATCTGCCAGCAGAAGCTTCCACCCATC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTAGGCTGTTCTGTTCTATCTGCCAGCAGAAGCTTCCACCCATC  493

seq1  TGCCTGTGGTGACAGAGAGGGCACTTCACAAGGCTTCCTCTGAAGCTTGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGGTGACAGAGAGGGCACTTCACAAGGCTTCCTCTGAAGCTTGC  543

seq1  ATGGGAAGACTCCACGCCCCCGTGAATTTGTCTGCTGAAGATGTGCCCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAGACTCCACGCCCCCGTGAATTTGTCTGCTGAAGATGTGCCCTC  593

seq1  CCTGCAGCCCTGGGCCAGCCACGCTGACTTGCTCTGTGCTTGTCCTGCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCCCTGGGCCAGCCACGCTGACTTGCTCTGTGCTTGTCCTGCCC  643

seq1  CCTTCCCCCATGGGGCACTCTTCATCAGTGTCTGTGCTGGGACATTCCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCCATGGGGCACTCTTCATCAGTGTCTGTGCTGGGACATTCCCA  693

seq1  AGGGTCCTTCCCCTTGGCAGAGCAGGGCCATAGGGTTAACCAAATGCCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCTTCCCCTTGGCAGAGCAGGGCCATAGGGTTAACCAAATGCCCT  743

seq1  GTCCTGAAGCCTGCACACGGTAATACAGATGTGCAGGGCATCTGGGTGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAAGCCTGCACACGGTAATACAGATGTGCAGGGCATCTGGGTGGA  793

seq1  GGCTATACATCTTCATTTTTCTGATCCCCTCTCTCCCAGTTCAAGGAAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATACATCTTCATTTTTCTGATCCCCTCTCTCCCAGTTCAAGGAAGA  843

seq1  GCTCCAATAGCTACTTAGCCAGTCGGAGCGTACAAACGTTCATATCTTTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAATAGCTACTTAGCCAGTCGGAGCGTACAAACGTTCATATCTTTC  893

seq1  CATTCTTCAGTGGATCTTGCAGGGTCTGTATTAGATGATCCCTGTCTTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCAGTGGATCTTGCAGGGTCTGTATTAGATGATCCCTGTCTTTG  943

seq1  TCCCTTGGTGGGGGGCGGGGGGGAGGCATTGTGTTTCATTGTGTTTTTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGGTGGGGGGCGGGGGGGAGGCATTGTGTTTCATTGTGTTTTTTA  993

seq1  AAGCTGCTGTTTCCTGACACATAACTGCGATGCGAGATTCAGTTCTTCGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTGTTTCCTGACACATAACTGCGATGCGAGATTCAGTTCTTCGT  1043

seq1  GTCTCCACATAAAGTTACATGTGAGCAGCTGAGTTCCTGTGCCTGTTTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCACATAAAGTTACATGTGAGCAGCTGAGTTCCTGTGCCTGTTTTC  1093

seq1  ATACCACTGAATGGAATTC  1115
      |||||||||||||||||||
seq2  ATACCACTGAATGGAATTC  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |