BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178G11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 15,066,450 - 15,241,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040033
Upstream geneLOC674819, LOC100040024
Downstream geneLOC100040046, EG239341, LOC100040087, LOC624183
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178G11.bB6Ng01-178G11.g
ACCGA005402GA005403
length1,2311,191
definitionB6Ng01-178G11.b B6Ng01-178G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,066,450 - 15,067,672)(15,240,176 - 15,241,359)
sequence
gaattcattttttaaacacaataagcagaacagctcctggtccttgccac
aactactgttttctggatgatctgtttataggactaaatgcaattagaaa
tgattctctctactcctgtccctgagtcccatggttcttccaaaatactc
tttttttcttttctcttcctttaaattctgaagccattttgagttctctt
ctgaatatgatccttcgtagtattcagttcatgcatgcctttatcacaaa
ttacattattttttatttttcaggttggttaaattgctttctttgccttt
aacaatagtcagttttatctgtatttttaagatcttagatatattaatcc
atacaacacatgtgttttgatataagtcaggtccatttgatttatctatg
catatatttatctaagtctaatatgtgttgtctacatattattgcatgtt
tggtcatctagtcaagcttggttatgttaccagatgccataatctgagat
caaattgatttcccttcactagcagctattatttgccaatagtggtatgg
ctcaacacattcctcaccgggtcatgctgttgtttcttctctttgttgaa
caggtattatgcatgatgtcttagctgccatgagttcatatgaaaaatct
ccctgctgtgtgaagaaaacacttgtttccttgcagtcatccactgcctt
tgtctcttgctctctctggtgaaatgatccttgagccttgtgaagatggt
aagtgctactgatttccacagttccaccctccgtatccacgctgggtcac
ctagattgatcttgtgtatcttgtaatcaaagcttctatgagttaagaag
ggtagccactttacgttccagaaagatagcaatcttccacaccccttatc
tttctcagctatctttcttacagaacccagaccttgacagcataagtatg
atgccacccacagtgggttggacctcagttagaaatttattaaaaccacc
tcacagacatgaccacaggccagtctatcagttgtcctttcaattaagat
ttattctctttcccaagtatgttctaggtttttggtcaagttgaacaaaa
ggtaatctgcaatatggaccctgccctgtaactatgatgtcgctgttctg
ttcctggttacctacaggaccttctttaacactctaaaatatggattgct
agagttcaccggaggtttttctccctgagat

gaattcattcttttgcttgctttctctctttttggtattaagattcatga
aactcatttctaataccgagtctctaggtaccttaggtcttgacagtcta
tatgaacaccatagtgcaattagggtgtatttacacctgtgaatcatttc
atgtgcctgataatactcaggaacaattgtattttttttagtaaaacgac
ctatgctatattacactggcctttgtaaaatcgatcacttagggaatata
gtgttaatgagtcagtctttctttagggagaatatcctgattaatccaca
accatggtaatatataggattgatcctaaaacttaattcacattgcaaat
cagcaattaaatttgataatgtgtcctaaaggtattcgagatattttgtt
ccatgctctgagcccttattctataaaaattcaattatgtacaccttcat
tctttgtttccattaggtttatgatatgactcttaaatttaaacttatat
gttatataaaatgtcatgttgctcagagttctttttaatagaccttcaat
ttcccaaatggttgtagcaactaaattaataaattgtatctataggcttg
tttgcctataaattagattgcaaagtagagaatttgaatatgttatagct
atatcacctttttgttacaaagaacattaatagttctatagtattgagcc
ttatgaatcatgagtaaacatagatgtactggctcattgtatttaataat
atatactggcttagaatgtgatagcccacatgtaataggatataaataaa
aaataattgtcatgatcaagtttctctcttagatatgtagatgctatatc
ttcacataaatgtatacacatatatatttcacacacatactatttcttgt
tctctgcgattaggggttgaacaaaagaaccttttcacaatcagctgcct
aaaggcccactttttactacatggagtgttgagagacacatggaaatgca
tgttaagccgaagaagagtgttttcttatgtgtgtaccttataatttacc
tttgttagaataatggtaccatgcttggagcatttactatacatgtttgt
gtggctaatccacaaaaatagtctataaataaagaaagaataaaccttgg
gaaatactcatcaggttttagatactttgtggtaaagaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_15066450_15067672
seq2: B6Ng01-178G11.b_46_1276

seq1  GAATTCATTTTTTAAACACAATAAGCAGAACAGCTCCTGGTCCTTGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTTAAACACAATAAGCAGAACAGCTCCTGGTCCTTGCCAC  50

seq1  AACTACTGTTTTCTGGATGATCTGTTTATAGGACTAAATGCAATTAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACTGTTTTCTGGATGATCTGTTTATAGGACTAAATGCAATTAGAAA  100

seq1  TGATTCTCTCTACTCCTGTCCCTGAGTCCCATGGTTCTTCCAAAATACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTCTCTACTCCTGTCCCTGAGTCCCATGGTTCTTCCAAAATACTC  150

seq1  TTTTTTTCTTTTCTCTTCCTTTAAATTCTGAAGCCATTTTGAGTTCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTTTCTCTTCCTTTAAATTCTGAAGCCATTTTGAGTTCTCTT  200

seq1  CTGAATATGATCCTTCGTAGTATTCAGTTCATGCATGCCTTTATCACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATGATCCTTCGTAGTATTCAGTTCATGCATGCCTTTATCACAAA  250

seq1  TTACATTATTTTTTATTTTTCAGGTTGGTTAAATTGCTTTCTTTGCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTATTTTTTATTTTTCAGGTTGGTTAAATTGCTTTCTTTGCCTTT  300

seq1  AACAATAGTCAGTTTTATCTGTATTTTTAAGATCTTAGATATATTAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAGTCAGTTTTATCTGTATTTTTAAGATCTTAGATATATTAATCC  350

seq1  ATACAACACATGTGTTTTGATATAAGTCAGGTCCATTTGATTTATCTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACACATGTGTTTTGATATAAGTCAGGTCCATTTGATTTATCTATG  400

seq1  CATATATTTATCTAAGTCTAATATGTGTTGTCTACATATTATTGCATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTTATCTAAGTCTAATATGTGTTGTCTACATATTATTGCATGTT  450

seq1  TGGTCATCTAGTCAAGCTTGGTTATGTTACCAGATGCCATAATCTGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATCTAGTCAAGCTTGGTTATGTTACCAGATGCCATAATCTGAGAT  500

seq1  CAAATTGATTTCCCTTCACTAGCAGCTATTATTTGCCAATAGTGGTATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGATTTCCCTTCACTAGCAGCTATTATTTGCCAATAGTGGTATGG  550

seq1  CTCAACACATTCCTCACCGGGTCATGCTGTTGTTTCTTCTCTTTGTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACACATTCCTCACCGGGTCATGCTGTTGTTTCTTCTCTTTGTTGAA  600

seq1  CAGGTATTATGCATGATGTCTTAGCTGCCATGAGTTCATATGAAAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATTATGCATGATGTCTTAGCTGCCATGAGTTCATATGAAAAATCT  650

seq1  CCCTGCTGTGTGAAGAAAACACTTGTTTCCTTGCAGTCATCCACTGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGTGTGAAGAAAACACTTGTTTCCTTGCAGTCATCCACTGCCTT  700

seq1  TGTCTCTTGCTCTCTCTGGTGAAATGATCCTTGAGCCTTGTGAAGATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTGCTCTCTCTGGTGAAATGATCCTTGAGCCTTGTGAAGATGGT  750

seq1  AAGTGCTACTGATTTCCACAGTTCCACCCTCCGTATCCACGCTGGGTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTACTGATTTCCACAGTTCCACCCTCCGTATCCACGCTGGGTCAC  800

seq1  CTAGATTGATCTTGTGTATCTTGTAATCAAAGCTTCTATGAGTTAAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTGATCTTGTGTATCTTGTAATCAAAGCTTCTATGAGTTAAGAAG  850

seq1  GGTAGCCACTTTACG-TCCAG-AAGATAGCAATCTTCCACACCCTTTATC  898
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTAGCCACTTTACGTTCCAGAAAGATAGCAATCTTCCACACCCCTTATC  900

seq1  TTTCTCAGCTATCTTTCTTACAGAACCCAGACC-TGACAGCATAAGTATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGCTATCTTTCTTACAGAACCCAGACCTTGACAGCATAAGTATG  950

seq1  ATGCCACCCACAGTGGGTTGGACCTCAGTTAGAAA-TTATTAAAA-CACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  ATGCCACCCACAGTGGGTTGGACCTCAGTTAGAAATTTATTAAAACCACC  1000

seq1  TCACAGACATGACCACAGGCCAGTCTAATCAAGTTGTCC-TTCAATTAAG  1044
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||
seq2  TCACAGACATGACCACAGGCCAGTCT-ATC-AGTTGTCCTTTCAATTAAG  1048

seq1  ATT--ATCTC-TTCCCAAGTATG-TCTAGGTTTTT-GTCAAGTTG-ACAA  1088
      |||   |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  ATTTATTCTCTTTCCCAAGTATGTTCTAGGTTTTTGGTCAAGTTGAACAA  1098

seq1  AA-GTAATCTGC-ATATTGACCTTG-CCTGTAACTATTGATGTCGCTGTT  1135
      || ||||||||| |||| |||| || |||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGGTAATCTGCAATATGGACCCTGCCCTGTAACTA-TGATGTCGCTGTT  1147

seq1  CTGTTCCTTGTTTTACCTACAGGTACTTCTTTATACA-TCTAAAATAT-G  1183
      |||||||| |  |||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| |
seq2  CTGTTCCTGG--TTACCTACAGGACCTTCTTTA-ACACTCTAAAATATGG  1194

seq1  ATATGTAGAAATTTTCACTGGGTGTTTTTTCTCCCT-AGAT  1223
      ||   ||||    |||||  || | ||||||||||| ||||
seq2  ATTGCTAGA---GTTCAC-CGGAGGTTTTTCTCCCTGAGAT  1231


seq1: chr15_15240176_15241359
seq2: B6Ng01-178G11.g_67_1257 (reverse)

seq1  CTTTCTTTAC--CAAAATATCATAAAAACTTGGATGAGTATTTTCACAGT  48
      ||||||||||  |||| |||| ||||| ||  ||||||||||| |  || 
seq2  CTTTCTTTACCACAAAGTATC-TAAAACCT--GATGAGTATTTCCCAAGG  47

seq1  TTATTTCCTTTTCTTTTATTTATAGACTA-TTTTGT-GATTAG-CACACA  95
      ||  |||  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||
seq2  TTTATTC--TTTC-TTTATTTATAGACTATTTTTGTGGATTAGCCACACA  94

seq1  AACATTGTATAGTAAATGCT-CAAGCATGGTACCATTA-TCT-ACAAAGG  142
      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  AACA-TGTATAGTAAATGCTCCAAGCATGGTACCATTATTCTAACAAAGG  143

seq1  TTAAATATAA-GTACAACAACATAAG-AAACACTC-TCTTCGGCTTAACA  189
      | || ||||| |||||   ||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TAAATTATAAGGTACA--CACATAAGAAAACACTCTTCTTCGGCTTAACA  191

seq1  TGCA-TTCCATGTGTCTCTCAACACTCCATGTAGTAAAAAGTGGGCCTTT  238
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTCCATGTGTCTCTCAACACTCCATGTAGTAAAAAGTGGGCCTTT  241

seq1  AGGCAGCTGA-TGTGGAAAGGTTC-TTTGTTCAACCCCTAATCGCAGAGA  286
      |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCTGATTGTGAAAAGGTTCTTTTGTTCAACCCCTAATCGCAGAGA  291

seq1  ACAAG-AATAGTATGTGTGTG-AATATATATGTGTATACATTTATGTGAA  334
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAATAGTATGTGTGTGAAATATATATGTGTATACATTTATGTGAA  341

seq1  GATATAGCATCTACATATCTAAGAGAGAAACTTGATCATGACAATTATTT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAGCATCTACATATCTAAGAGAGAAACTTGATCATGACAATTATTT  391

seq1  TTTATTTATATCCTATTACATGTGGGCTATCACATTCTAAGCCAGTATAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATATCCTATTACATGTGGGCTATCACATTCTAAGCCAGTATAT  441

seq1  ATTATTAAATACAATGAGCCAGTACATCTATGTTTACTCATGATTCATAA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAAATACAATGAGCCAGTACATCTATGTTTACTCATGATTCATAA  491

seq1  GGCTCAATACTATAGAACTATTAATGTTCTTTGTAACAAAAAGGTGATAT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAATACTATAGAACTATTAATGTTCTTTGTAACAAAAAGGTGATAT  541

seq1  AGCTATAACATATTCAAATTCTCTACTTTGCAATCTAATTTATAGGCAAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAACATATTCAAATTCTCTACTTTGCAATCTAATTTATAGGCAAA  591

seq1  CAAGCCTATAGATACAATTTATTAATTTAGTTGCTACAACCATTTGGGAA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTATAGATACAATTTATTAATTTAGTTGCTACAACCATTTGGGAA  641

seq1  ATTGAAGGTCTATTAAAAAGAACTCTGAGCAACATGACATTTTATATAAC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGGTCTATTAAAAAGAACTCTGAGCAACATGACATTTTATATAAC  691

seq1  ATATAAGTTTAAATTTAAGAGTCATATCATAAACCTAATGGAAACAAAGA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGTTTAAATTTAAGAGTCATATCATAAACCTAATGGAAACAAAGA  741

seq1  ATGAAGGTGTACATAATTGAATTTTTATAGAATAAGGGCTCAGAGCATGG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTGTACATAATTGAATTTTTATAGAATAAGGGCTCAGAGCATGG  791

seq1  AACAAAATATCTCGAATACCTTTAGGACACATTATCAAATTTAATTGCTG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATATCTCGAATACCTTTAGGACACATTATCAAATTTAATTGCTG  841

seq1  ATTTGCAATGTGAATTAAGTTTTAGGATCAATCCTATATATTACCATGGT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAATGTGAATTAAGTTTTAGGATCAATCCTATATATTACCATGGT  891

seq1  TGTGGATTAATCAGGATATTCTCCCTAAAGAAAGACTGACTCATTAACAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATTAATCAGGATATTCTCCCTAAAGAAAGACTGACTCATTAACAC  941

seq1  TATATTCCCTAAGTGATCGATTTTACAAAGGCCAGTGTAATATAGCATAG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCCCTAAGTGATCGATTTTACAAAGGCCAGTGTAATATAGCATAG  991

seq1  GTCGTTTTACTAAAAAAAATACAATTGTTCCTGAGTATTATCAGGCACAT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTTTTACTAAAAAAAATACAATTGTTCCTGAGTATTATCAGGCACAT  1041

seq1  GAAATGATTCACAGGTGTAAATACACCCTAATTGCACTATGGTGTTCATA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGATTCACAGGTGTAAATACACCCTAATTGCACTATGGTGTTCATA  1091

seq1  TAGACTGTCAAGACCTAAGGTACCTAGAGACTCGGTATTAGAAATGAGTT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTCAAGACCTAAGGTACCTAGAGACTCGGTATTAGAAATGAGTT  1141

seq1  TCATGAATCTTAATACCAAAAAGAGAGAAAGCAAGCAAAAGAATGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATCTTAATACCAAAAAGAGAGAAAGCAAGCAAAAGAATGAATTC  1191


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |