BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179O11
Chromosome15 (Build37)
Map Location 67,524,346 - 67,686,894
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTg, Sla, Wisp1, Ndrg1, LOC100040667, St3gal1
Downstream geneZfat1, LOC100041000, EG665945
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179O11.bB6Ng01-179O11.g
ACCGA006494GA006495
length1,1041,166
definitionB6Ng01-179O11.b B6Ng01-179O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,685,793 - 67,686,894)(67,524,346 - 67,525,518)
sequence
gaattccttttgcatatggcaggtgtatttgtgatcaaatatgcaaggtg
ttccaggaacttctctgtgttcccatatctcatttcctttggtaacaaca
gaagaccactttcccagccttctttacagtagcacagggtcatgctggtg
gatgccatatagcccatcacatacttggctatatagtattccacctaatc
tctcaaactgaagctttgatgtctaaagtggcagagtcaatggtggataa
gacctgtatcatttagttaacagttagaagacagaacttagggcatatac
actaagaatataggtttttcaggaagatcttgactgtattaagccactga
gatttatagactaatgctgtacttgttggtctacctaacaagtatgataa
agtcagattgttttattaatcattatttcttttaataagaattttgaaga
attacatcttcaataacacttctcttaagtattcttaatttttacccatc
aactgagtaaagtgtcttatctcattctgttcttgccatgcactgttttg
ataaccactgaagggtgcttaaatggtcacttacatttcttcttgtctga
aatatccatttgtgacccttgtcttttattctttatttagcttcttatgt
atttgtatgaatgccctttggttatagatgctaatcctttgtacatccat
tatggtaaagcgtaagagaagtagctttcaaattttggataattccttct
cctcctccacttctctcttctgtcctctccctcctccttctctcctcatt
ctgcttctcctctttctccctttcctcttcctttctctctggtttagaaa
aaaaattcaagatatactacttatattccacatgccacccatgtaatttt
gaatgggatcccacttatcctggtgaatgaatagttatcaccattctctg
ccagaaaaaaagcatcagctagaaacatgtgaaaaccactggtttaagtt
tagaactggcagaatattgatactagttggatagatgctgatgtgaggac
atgagactggagaaaagggctttggctctttgaagctttttagggagggg
aact

gaattctctgacatgatttgaataactacaaatcatcacattgactgact
gaacattacttaacaggatttatttgaacaaaagaatctattaatcctat
gaagtgttcccagccttttctatttcccttttcactacattgaaggactc
cttatatatactatgatatggttgatcattctctcagcactaaatcctaa
aagagtaagtctcagttcaaacctatttaatttttttattatctattgtc
tattagcactaaaaatgctagggaatatcttttctccaagatcattaata
agaataagtgaacatgaaaaacatgggaaagatattggtaaatctttgaa
aacttgcaggtagtgttggtatagggagtggatacgctgtgtgctgagga
tggtgcttctgttattgattccctttcacaaacttagcatctgattactt
atcaccttgagaattgacaatgatgtgccttttgaacacccagccctgca
tgatacactctgtgtttgttttccaaggctcgtgcatgaacataggtaga
tgccacaggataatcttgaatgccatttgaggaaggtgacactttgagac
aggttctctctgttgacttgttggtcgctgattcagctacactcaatggc
cagtgagccccagggattctcattacaaatgttctctagattgaactcag
ctgttcatgtttgcaaggcaagagctttattgattatactgtccccccac
ctgtactcttggtatgatatgattctatggtaaggaggctaacagcctgg
tctttgaagtctgcttcatgggaggctaaatttgagttctaacacatact
gtctatttgagctccagcatatcaggtgaacaccttggcttttaagatgt
cgagaaaggaaaacaacagatcttatgttgtaggtttttttttttttaag
taatttagtttatgttagaaaatagataatttttatttttaatttatttt
tattaatattttcctttatatacatttcaaatggctatcccgaaagtccc
tataccctcccgctgcctgatccctaccacccactccttgcttccttgca
ttccctgtactggaacgtataagtttgcataccttgagtcctctctccat
gatggacccgactagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_67685793_67686894
seq2: B6Ng01-179O11.b_32_1135 (reverse)

seq1  AGTTCCCCTCCCTATAAAGCTTC-AAGAG-CAAAGCCCTTTTTCTCCAGT  48
      |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
seq2  AGTTCCCCTCCCTAAAAAGCTTCAAAGAGCCAAAGCCC-TTTTCTCCAGT  49

seq1  CTCATGTCCCTCACATCAGCATCTATCCAACTAGTATCAATATTCTGCCA  98
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGT-CCTCACATCAGCATCTATCCAACTAGTATCAATATTCTGCCA  98

seq1  GTTCCTAAACTTAAACCAGTGGTTTTCACATGTTTCTAGCTGATGCTTTT  148
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTT-CTAAACTTAAACCAGTGGTTTTCACATGTTTCTAGCTGATGCTTTT  147

seq1  TTTCTGGCCAGAGAATGGTGATAAACTATTCATTCACCAGGATAAGTGGG  198
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGG-CAGAGAATGGTGAT-AACTATTCATTCACCAGGATAAGTGGG  195

seq1  AT-CCATTCAAAATTACATGGGTGGCATGTGGAATATAAGTAGTATATCT  247
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTCAAAATTACATGGGTGGCATGTGGAATATAAGTAGTATATCT  245

seq1  TG-ATTTTTTTTCTAAACCAGAGAG-AAGGAAGAGGAAAGGGAGAAAGAG  295
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTTTTTCTAAACCAGAGAGAAAGGAAGAGGAAAGGGAGAAAGAG  295

seq1  GAGAAGCAGAATGAGGAGAG-AGGAGGAGGGAGAGGACAGAAGAGAGAAG  344
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCAGAATGAGGAGAGAAGGAGGAGGGAGAGGACAGAAGAGAGAAG  345

seq1  TGGAGGAGGAGAAGGAATTATCCAAAATTTG-AAGCTACTTCTCTTACGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGGAGAAGGAATTATCCAAAATTTGAAAGCTACTTCTCTTACGC  395

seq1  TTTACCATAATGGATGTACAAAGGATTAGCATCTATAACCAAAGGGCATT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATAATGGATGTACAAAGGATTAGCATCTATAACCAAAGGGCATT  445

seq1  CATACAAATACATAAGAAGCTAAATAAAGAATAAAAGACAAGGGTCACAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAATACATAAGAAGCTAAATAAAGAATAAAAGACAAGGGTCACAA  495

seq1  ATGGATATTTCAGACAAGAAGAAATGTAAGTGACCATTTAAGCACCCTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATATTTCAGACAAGAAGAAATGTAAGTGACCATTTAAGCACCCTTC  545

seq1  AGTGGTTATCAAAACAGTGCATGGCAAGAACAGAATGAGATAAGACACTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTATCAAAACAGTGCATGGCAAGAACAGAATGAGATAAGACACTT  595

seq1  TACTCAGTTGATGGGTAAAAATTAAGAATACTTAAGAGAAGTGTTATTGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTTGATGGGTAAAAATTAAGAATACTTAAGAGAAGTGTTATTGA  645

seq1  AGATGTAATTCTTCAAAATTCTTATTAAAAGAAATAATGATTAATAAAAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAATTCTTCAAAATTCTTATTAAAAGAAATAATGATTAATAAAAC  695

seq1  AATCTGACTTTATCATACTTGTTAGGTAGACCAACAAGTACAGCATTAGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGACTTTATCATACTTGTTAGGTAGACCAACAAGTACAGCATTAGT  745

seq1  CTATAAATCTCAGTGGCTTAATACAGTCAAGATCTTCCTGAAAAACCTAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAATCTCAGTGGCTTAATACAGTCAAGATCTTCCTGAAAAACCTAT  795

seq1  ATTCTTAGTGTATATGCCCTAAGTTCTGTCTTCTAACTGTTAACTAAATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGTGTATATGCCCTAAGTTCTGTCTTCTAACTGTTAACTAAATG  845

seq1  ATACAGGTCTTATCCACCATTGACTCTGCCACTTTAGACATCAAAGCTTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGTCTTATCCACCATTGACTCTGCCACTTTAGACATCAAAGCTTC  895

seq1  AGTTTGAGAGATTAGGTGGAATACTATATAGCCAAGTATGTGATGGGCTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGAGATTAGGTGGAATACTATATAGCCAAGTATGTGATGGGCTA  945

seq1  TATGGCATCCACCAGCATGACCCTGTGCTACTGTAAAGAAGGCTGGGAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCATCCACCAGCATGACCCTGTGCTACTGTAAAGAAGGCTGGGAAA  995

seq1  GTGGTCTTCTGTTGTTACCAAAGGAAATGAGATATGGGAACACAGAGAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTTCTGTTGTTACCAAAGGAAATGAGATATGGGAACACAGAGAAG  1045

seq1  TTCCTGGAACACCTTGCATATTTGATCACAAATACACCTGCCATATGCAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGAACACCTTGCATATTTGATCACAAATACACCTGCCATATGCAA  1095

seq1  AAGGAATTC  1102
      |||||||||
seq2  AAGGAATTC  1104


seq1: chr15_67524346_67525518
seq2: B6Ng01-179O11.g_64_1229

seq1  GAATTCTCTGACATGATTTGAATAACTACAAATCATCACATTGACTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGACATGATTTGAATAACTACAAATCATCACATTGACTGACT  50

seq1  GAACATTACTTAACAGGATTTATTTGAACAAAAGAATCTATTAATCCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTACTTAACAGGATTTATTTGAACAAAAGAATCTATTAATCCTAT  100

seq1  GAAGTGTTCCCAGCCTTTTCTATTTCCCTTTTCACTACATTGAAGGACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTTCCCAGCCTTTTCTATTTCCCTTTTCACTACATTGAAGGACTC  150

seq1  CTTATATATACTATGATATGGTTGATCATTCTCTCAGCACTAAATCCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATATACTATGATATGGTTGATCATTCTCTCAGCACTAAATCCTAA  200

seq1  AAGAGTAAGTCTCAGTTCAAACCTATTTAATTTTTTTATTATCTATTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAAGTCTCAGTTCAAACCTATTTAATTTTTTTATTATCTATTGTC  250

seq1  TATTAGCACTAAAAATGCTAGGGAATATCTTTTCTCCAAGATCATTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCACTAAAAATGCTAGGGAATATCTTTTCTCCAAGATCATTAATA  300

seq1  AGAATAAGTGAACATGAAAAACATGGGAAAGATATTGGTAAATCTTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGTGAACATGAAAAACATGGGAAAGATATTGGTAAATCTTTGAA  350

seq1  AACTTGCAGGTAGTGTTGGTATAGGGAGTGGATACGCTGTGTGCTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCAGGTAGTGTTGGTATAGGGAGTGGATACGCTGTGTGCTGAGGA  400

seq1  TGGTGCTTCTGTTATTGATTCCCTTTCACAAACTTAGCATCTGATTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTTCTGTTATTGATTCCCTTTCACAAACTTAGCATCTGATTACTT  450

seq1  ATCACCTTGAGAATTGACAATGATGTGCCTTTTGAACACCCAGCCCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTGAGAATTGACAATGATGTGCCTTTTGAACACCCAGCCCTGCA  500

seq1  TGATACACTCTGTGTTTGTTTTCCAAGGCTCGTGCATGAACATAGGTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACACTCTGTGTTTGTTTTCCAAGGCTCGTGCATGAACATAGGTAGA  550

seq1  TGCCACAGGATAATCTTGAATGCCATTTGAGGAAGGTGACACTTTGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGGATAATCTTGAATGCCATTTGAGGAAGGTGACACTTTGAGAC  600

seq1  AGGTTCTCTCTGTTGACTTGTTGGTCGCTGATTCAGCTACACTCAATGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTCTCTGTTGACTTGTTGGTCGCTGATTCAGCTACACTCAATGGC  650

seq1  CAGTGAGCCCCAGGGATTCTCATTACAAATGTTCTCTAGATTGAACTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCCCCAGGGATTCTCATTACAAATGTTCTCTAGATTGAACTCAG  700

seq1  CTGTTCATGTTTGCAAGGCAAGAGCTTTATTGATTATACTGTCCCCCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATGTTTGCAAGGCAAGAGCTTTATTGATTATACTGTCCCCCCAC  750

seq1  CTGTACTCTTGGTATGATATGATTCTATGGTAAGGAGGCTAACAGCCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTCTTGGTATGATATGATTCTATGGTAAGGAGGCTAACAGCCTGG  800

seq1  TCTTTGAAGTCTGCTTCATGGGAGGCTAAATTTGAGTTCTAACACATACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAGTCTGCTTCATGGGAGGCTAAATTTGAGTTCTAACACATACT  850

seq1  GTCTATTTGAGCTCCAGCATATCAGGTGAACACCTTGGCTTTTAAAGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCTATTTGAGCTCCAGCATATCAGGTGAACACCTTGGCTTTT-AAGATG  899

seq1  TCGAGAAAGGAAAACAACAGATCTTATGTTGTAGG-TTTTTTTTTTTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCGAGAAAGGAAAACAACAGATCTTATGTTGTAGGTTTTTTTTTTTTTAA  949

seq1  GTAATTTAGTTTATGTTAAGAAAATAGATATTTTTTATTTTTAATTTATT  999
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  GTAATTTAGTTTATGTT-AGAAAATAGATAATTTTTATTTTTAATTTA-T  997

seq1  TTTTATTAAATATTTT-CTTTATATACATTTCAAAT-GCTATCCCGAAAG  1047
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTATT-AATATTTTCCTTTATATACATTTCAAATGGCTATCCCGAAAG  1046

seq1  TTCCCTATACCCTCCCTCTGCCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCC-TGCT  1096
       ||||||||||||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||| ||||
seq2  -TCCCTATACCCTCCCGCTG-CCTGAT-CCCTA-CCACCCACTCCTTGCT  1092

seq1  T-CTTGCATTCCCCTGTACTGGGACGTATAAAGTTTGCAATACCTTGGGG  1145
      | |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| | 
seq2  TCCTTGCATT-CCCTGTACTGGAACGTAT-AAGTTTGC-ATACCTTGAGT  1139

seq1  CCTCTCTTCCCAGTGATGG--CCGACTAGG  1173
      |||||||  ||| ||||||  |||||||||
seq2  CCTCTCT--CCA-TGATGGACCCGACTAGG  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |