BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182C05
Chromosome15 (Build37)
Map Location 26,973,653 - 27,180,760
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAK162044, Fbxl7, LOC622531, LOC625311
Downstream geneAnk, BC087945, LOC100040622, BC052328, Trio, LOC667126, Dnahc5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182C05.bB6Ng01-182C05.g
ACCGA008114GA008115
length1,1981,115
definitionB6Ng01-182C05.b B6Ng01-182C05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,973,653 - 26,974,845)(27,179,647 - 27,180,760)
sequence
gaattcagcagatggtggatacattcatgtttagcacagcatgaggctaa
ctgtgaaatggatagaggccaacagcccagatttgtgttaatctctgtgt
tcggtatttttactctgtggatctgagtcatatctgttccaggcctatcc
tttataggctttgtaacaaagcagtagctacacaggttcccagtgttatg
gtggtgccaatagaagaagaaaagcatgaacacgtggtatatcccaaacc
cctgctgccgccataattcatttcttttagggcaaagataagacacatgg
atgaccccagggtgacaactcagaatcacatatttaagctaataaatttc
aaagatggactcatatactcatattaactatacccttcagaagaacctta
gaaagacaataattattttaaacaaaagtatactctatcattatcattaa
acaaacaggggtttatcaaaaactaagaataattgtgagaattgagaaat
ttttcttgaagctaacatgcagttgggtatgattgtcagccaatgccttg
gccttcaacatacaatgaaagtccctagtggggatgttaacctaagagtg
atagtggggcaaatgatgagatctattgggagactggaaacactgagtta
taatttgagaagccaaggatgaaaccttgaaagaacattacatctaagca
aaagcagagaaacttccagccagaaagaaatagaaacaacaattagaggc
tttaaaggcccaaaaggaaggagctattaggaagaaaaaagaaagaaaga
aaaaaccttaaagtcatttaaagaagtagttgacctaggatacccaagat
ataagatacaatttcctaaacacatgaaactcaagaaaaatgaagactga
agtgtggacactatgcccctccttagaagtgggaacaaaacacccttgga
aaggagttacagagacaaagtttggagctgagatgaaaggatggtccatg
tagagacttccatattccagggatccaccccataatcagcatccaaacgc
tgacaccattgcatacactagcaagattttattcgaaaggaccggatgta
gctgttctcttggtgaaaaagtatgccgggtctagccacacaggaattgg
atgctctcaagtcagctaatggatgaatcacaaggtcccaatggagga

ttagtctggatttggaagtgttcagagtgttaggtcccttttcacagtgt
aaagccgtagtcctcaccctgtgcatggtgacatatgcaatatctgacag
atattcacgcagactcataacagtctcaaaattacagttacaaagttgca
atgaaataatcttatgcttggtggtcagcacaatgtaagggacaatgtta
aagggtcacagcattaggaaggttgagaacaactgggaaactttataata
gggttcctgcatttgtttgtttttctgttaatttattttttaaattcatt
ttacaacctgatcacagctaccctctcctcccctcactcgaccatctctc
ccttcccctcctattcacctctgagaaaggggaggttccccatccacctg
ggtaccaacccaccccggcacctcaagtcactgcaggacaaggtgcatct
ctcactgatgacagacaagacagcccagctaggggaacaggatccacagg
caggtagcagagtcagggtaagtgcaggcttcagttgttgggggacccga
agaaggccaagctgcacctctgctactatgtgcaggggtggggtgtggca
ggcagggctaggtccagcccttatgtgcaagggttccttggtggatggaa
caagtgaaatccagcttggtcacctttccctaagctgatgtcactgattc
tcttcttgatttctcagcgacagaatttaggcaattgagtatgaaacaaa
tagggttcatagtaactctggcttaaaatatattggaaagtgttttggct
aacccagcacaatccctacttcttgatcccattgtattagccataataaa
tgtgaaatagacactgtactctttaaggaaagctcacagtgaagaggaaa
ggaggttgattataatactaaaaaattcaacagccaagagaaaaatccct
gcttccccccaacacaccccaagcttcccacagctcactcattggtgaag
cccaaaggctatgagcagtgctcagaaactggtccatgagtccaacatag
ttttttgaacctgcttgggtaagcctgcctcctgtagcctgagtgtcata
gaagatgaaatctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_26973653_26974845
seq2: B6Ng01-182C05.b_43_1240

seq1  GAATTCAGCAGATGGTGGATACATTCATGTTTAGCACAGCATGAGGCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGATGGTGGATACATTCATGTTTAGCACAGCATGAGGCTAA  50

seq1  CTGTGAAATGGATAGAGGCCAACAGCCCAGATTTGTGTTAATCTCTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAATGGATAGAGGCCAACAGCCCAGATTTGTGTTAATCTCTGTGT  100

seq1  TCGGTATTTTTACTCTGTGGATCTGAGTCATATCTGTTCCAGGCCTATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTATTTTTACTCTGTGGATCTGAGTCATATCTGTTCCAGGCCTATCC  150

seq1  TTTATAGGCTTTGTAACAAAGCAGTAGCTACACAGGTTCCCAGTGTTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGCTTTGTAACAAAGCAGTAGCTACACAGGTTCCCAGTGTTATG  200

seq1  GTGGTGCCAATAGAAGAAGAAAAGCATGAACACGTGGTATATCCCAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCAATAGAAGAAGAAAAGCATGAACACGTGGTATATCCCAAACC  250

seq1  CCTGCTGCCGCCATAATTCATTTCTTTTAGGGCAAAGATAAGACACATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGCCGCCATAATTCATTTCTTTTAGGGCAAAGATAAGACACATGG  300

seq1  ATGACCCCAGGGTGACAACTCAGAATCACATATTTAAGCTAATAAATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCCAGGGTGACAACTCAGAATCACATATTTAAGCTAATAAATTTC  350

seq1  AAAGATGGACTCATATACTCATATTAACTATACCCTTCAGAAGAACCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGACTCATATACTCATATTAACTATACCCTTCAGAAGAACCTTA  400

seq1  GAAAGACAATAATTATTTTAAACAAAAGTATACTCTATCATTATCATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAATAATTATTTTAAACAAAAGTATACTCTATCATTATCATTAA  450

seq1  ACAAACAGGGGTTTATCAAAAACTAAGAATAATTGTGAGAATTGAGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGGGGTTTATCAAAAACTAAGAATAATTGTGAGAATTGAGAAAT  500

seq1  TTTTCTTGAAGCTAACATGCAGTTGGGTATGATTGTCAGCCAATGCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGAAGCTAACATGCAGTTGGGTATGATTGTCAGCCAATGCCTTG  550

seq1  GCCTTCAACATACAATGAAAGTCCCTAGTGGGGATGTTAACCTAAGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAACATACAATGAAAGTCCCTAGTGGGGATGTTAACCTAAGAGTG  600

seq1  ATAGTGGGGCAAATGATGAGATCTATTGGGAGACTGGAAACACTGAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGGGCAAATGATGAGATCTATTGGGAGACTGGAAACACTGAGTTA  650

seq1  TAATTTGAGAAGCCAAGGATGAAACCTTGAAAGAACATTACATCTAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGAGAAGCCAAGGATGAAACCTTGAAAGAACATTACATCTAAGCA  700

seq1  AAAGCAGAGAAACTTCCAGCCAGAAAGAAATAGAAACAACAATTAGAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGAAACTTCCAGCCAGAAAGAAATAGAAACAACAATTAGAGGC  750

seq1  TTTAAAGGCCCAAAAGGAAGGAGCTATTAGGAAGAAAAAAGAAAGAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGCCCAAAAGGAAGGAGCTATTAGGAAGAAAAAAGAAAGAAAGA  800

seq1  AAAAACCTTAAAGTCATTTAAAGAAGTAGTTGACCTAGGATACCCAAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTTAAAGTCATTTAAAGAAGTAGTTGACCTAGGATACCCAAGAT  850

seq1  ATAAGATACAATTTCCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATACAATTTCCTAAACACATGAAACTCAAGAAAAATGAAGACTGA  900

seq1  AGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCTTGG-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGAAGTGGGAACAAAACACCCTTGGA  950

seq1  AAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGTCCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGATGAAAGGATGGTCCATG  1000

seq1  TAGAGACTTCCATA-TCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCATCCAAACGC  1048
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACTTCCATATTCCAGGGATCCACCCCATAATCAGCATCCAAACGC  1050

seq1  TGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTA-TCGAAAGGACCCAGATGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
seq2  TGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATTCGAAAGGA-CCGGATGT  1099

seq1  AGCTG-TCTCTT-GTG--AGAGTATGCCGGGGCCTAGCAAACACA-GAAG  1142
      ||||| |||||| |||  | |||||||| ||| |||||  ||||| ||| 
seq2  AGCTGTTCTCTTGGTGAAAAAGTATGCC-GGGTCTAGC-CACACAGGAAT  1147

seq1  TGGATGCTCAC-AGTCAGCTAATGGATGGATCACAGGGCTCCCAATGGAG  1191
      ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||
seq2  TGGATGCTCTCAAGTCAGCTAATGGATGAATCACAAGG-TCCCAATGGAG  1196

seq1  GA  1193
      ||
seq2  GA  1198


seq1: chr15_27179647_27180760
seq2: B6Ng01-182C05.g_76_1190 (reverse)

seq1  TGAGA-TTCAAC-TCTATGACCACTCAGGCTACAGGAGGCCAGCCTACCA  48
      ||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||||  || |||| 
seq2  TGAGATTTCATCTTCTATGA-CACTCAGGCTACAGGAGGCAGGCTTACCC  49

seq1  AAGCAGG-TCAAAAAACTATGTTGGACTCATGGACCAGTTTCTGAGCACT  97
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGTTCAAAAAACTATGTTGGACTCATGGACCAGTTTCTGAGCACT  99

seq1  GCTCAATAGCC-TTGGGCTTCA-CAATGAGTGAGGCTGTGGGAAGCTTGG  145
      |||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTC-ATAGCCTTTGGGCTTCACCAATGAGTGA-GCTGTGGGAAGCTTGG  147

seq1  GGTGTGTTGGGGGGAAGCAGGGATTTTTCTCTTGGCTGTTGAATTTTTTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGTGTGTTGGGGGGAAGCAGGGATTTTTCTCTTGGCTGTTGAA-TTTTTT  196

seq1  AGTATTATAATCAACCTCCTTTCCTCTTCACTGTGAGCTTTCCTTAAAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTATAATCAACCTCCTTTCCTCTTCACTGTGAGCTTTCCTTAAAGA  246

seq1  GTACAGTGTCTATTTCACATTTATTATGGCTAATACAATGGGATCAAGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGTGTCTATTTCACATTTATTATGGCTAATACAATGGGATCAAGAA  296

seq1  GTAGGGATTGTGCTGGGTTAGCCAAAACACTTTCCAATATATTTTAAGCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGATTGTGCTGGGTTAGCCAAAACACTTTCCAATATATTTTAAGCC  346

seq1  AGAGTTACTATGAACCCTATTTGTTTCATACTCAATTGCCTAAATTCTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTACTATGAACCCTATTTGTTTCATACTCAATTGCCTAAATTCTGT  396

seq1  CGCTGAGAAATCAAGAAGAGAATCAGTGACATCAGCTTAGGGAAAGGTGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGAGAAATCAAGAAGAGAATCAGTGACATCAGCTTAGGGAAAGGTGA  446

seq1  CCAAGCTGGATTTCACTTGTTCCATCCACCAAGGAACCCTTGCACATAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTGGATTTCACTTGTTCCATCCACCAAGGAACCCTTGCACATAAG  496

seq1  GGCTGGACCTAGCCCTGCCTGCCACACCCCACCCCTGCACATAGTAGCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGACCTAGCCCTGCCTGCCACACCCCACCCCTGCACATAGTAGCAG  546

seq1  AGGTGCAGCTTGGCCTTCTTCGGGTCCCCCAACAACTGAAGCCTGCACTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCAGCTTGGCCTTCTTCGGGTCCCCCAACAACTGAAGCCTGCACTT  596

seq1  ACCCTGACTCTGCTACCTGCCTGTGGATCCTGTTCCCCTAGCTGGGCTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGACTCTGCTACCTGCCTGTGGATCCTGTTCCCCTAGCTGGGCTGT  646

seq1  CTTGTCTGTCATCAGTGAGAGATGCACCTTGTCCTGCAGTGACTTGAGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGTCATCAGTGAGAGATGCACCTTGTCCTGCAGTGACTTGAGGT  696

seq1  GCCGGGGTGGGTTGGTACCCAGGTGGATGGGGAACCTCCCCTTTCTCAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGGTGGGTTGGTACCCAGGTGGATGGGGAACCTCCCCTTTCTCAGA  746

seq1  GGTGAATAGGAGGGGAAGGGAGAGATGGTCGAGTGAGGGGAGGAGAGGGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATAGGAGGGGAAGGGAGAGATGGTCGAGTGAGGGGAGGAGAGGGT  796

seq1  AGCTGTGATCAGGTTGTAAAATGAATTTAAAAAATAAATTAACAGAAAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGATCAGGTTGTAAAATGAATTTAAAAAATAAATTAACAGAAAAA  846

seq1  CAAACAAATGCAGGAACCCTATTATAAAGTTTCCCAGTTGTTCTCAACCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAATGCAGGAACCCTATTATAAAGTTTCCCAGTTGTTCTCAACCT  896

seq1  TCCTAATGCTGTGACCCTTTAACATTGTCCCTTACATTGTGCTGACCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGCTGTGACCCTTTAACATTGTCCCTTACATTGTGCTGACCACC  946

seq1  AAGCATAAGATTATTTCATTGCAACTTTGTAACTGTAATTTTGAGACTGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAAGATTATTTCATTGCAACTTTGTAACTGTAATTTTGAGACTGT  996

seq1  TATGAGTCTGCGTGAATATCTGTCAGATATTGCATATGTCACCATGCACA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTCTGCGTGAATATCTGTCAGATATTGCATATGTCACCATGCACA  1046

seq1  GGGTGAGGACTACGGCTTTACACTGTGAAAAGGGACCTAACACTCTGAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGGACTACGGCTTTACACTGTGAAAAGGGACCTAACACTCTGAAC  1096

seq1  ACTTCCAAATCCAGACTAA  1114
      |||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAAATCCAGACTAA  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |