BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184M09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 103,022,272 - 103,177,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCbx5, Hnrpa1, Nfe2, Copz1, Gpr84, Zfp385, Itga5
Upstream geneZfp740, Itgb7, Rarg, D15Mgi27, Espl1, Pfdn5, Myg1, Aaas, Sp7, Sp1, Amhr2, Prr13, Pcbp2, Map3k12, Tarbp2, Npff, Atf7, LOC100043600, Atp5g2, Calcoco1, LOC637762, LOC100043050, Hoxc13, Hoxc12, Hoxc11, Hoxc10, Hoxc9, LOC100043060, Hoxc8, Hoxc6, Hoxc5, Hoxc4, LOC432989, Smug1
Downstream gene1700006H03Rik, BC048502, LOC668321, Nckap1l, Pde1b, Ppp1r1a, Glycam1, LOC668327, LOC100043633
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184M09.bB6Ng01-184M09.g
ACCGA010063GA010064
length1,0881,139
definitionB6Ng01-184M09.b B6Ng01-184M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,022,272 - 103,023,355)(103,176,542 - 103,177,672)
sequence
gaattcactgtctcacttccatttagacctggctacaaggtgtgacctgc
ttcctacacaaaatggtacagtgctgagaaaaaccaggggtctctgaaag
ccctttccgtgagaatgtgggttcatggccagcaggcaggggtaaggcaa
ctgctggctactatttggcaggacatgagactgttcctttcccatcctcc
agagaaccctctaggacccctgttaggagtagagtctacccaacagaact
ggagtgtgtatctacagggagctaggaccttgtgctttttcatgggtacc
aatagaaggtcaagtaggggaaaaggaaacctatcatgaagaatctgggg
atgccttagtccctatactgagacagagcaagaaaggctcttgaaccctc
aggtgggcaaacaagtgtccaagatgtcctcagtgggtcagatggtatac
actgaaaagaggtgacagattccacacacagtgaactgaaaagaagcctt
gaggaccaatgctcaattctgaaatggtatacctatttctagaaaaaaac
aaaatacaatgtagctctttttggtaggggaagggagtgttatgttgctt
gagccgtctggcttctatgagagggcagaggcatcggagcatgaagagtt
cagtggacgacctgtcctaggtcagcctggaaaatggaagcaacaatatc
aatccacactaccaagacaatcagcacaagtcatccatgagaataggacc
ttaactcctgcctgcagagaaagacatgaagtagcactcctgcctcaaga
ttccctaacccaaggctcttgaatttctaagtctctttgtgatgcaagac
acagagcccacaagtgccttccctcacagcatcccaagttagactggatg
atcaagactccaacattcacaaaacactgtcaacatctgaactagcagca
ttgatgaggggttaaagggattggggacagaaactcaccaggtcactaag
tacttccaaacttcggaagtagctcagtggagggctaaaaaaacttcgac
tgaaggtatcctcctacaggcatatcctaaaggagttg
gaattccaggccaaccaggactacagagtgagaccatatctcaagcaaca
acacaaaaacaaaaacaataaacaaataactacacacacaaaaagaaaaa
caagtggggatgtaggtcagtggtcagtggtagagtgcataactagtata
cccaatccataagtgtaaagaccagagtggatagggctggggagatgcaa
acatgaagaccagacttcaaatcctcaacctccacataaatgaatgccta
gctggtataccagcaacctatatgtaagagaaaaaagccatcatttattg
aatacatattatagaccaaccatggtcctggatgttaacctatattaatc
attaagaaatgtatattgaacgtgtagttatctgattatgcattatttag
ttttaattacacaattttacatttattatttcgcataaggaacatcgaga
ttaatgagtccataatagggaaagatcacatcctgagacagactgtgggg
aagccctgtgtcctctgaatcccataggggttgccctgaccacctttctc
cacccacagcgggaataccagccatttagccttcagtgtgaggctgtata
tgaagctctgaagatgccctaccagatcctgcctcggcagcttccccaaa
agaaacttcaggtgagttcaaggttagaagtctggatcgcagaagacaag
ctcaagaatgtcagaagcaggatggggacatggatagaggctggtcttgc
tttgtgcaaatatttcctggctttgtaggtccagatcggccagattaaca
cgtgtctctgctctagtgttcaccgcctagagggcagtgacatcagtgtg
atatgtggcaggacagtctatggaaacatgtcataggaattatctgaacc
caatcttacagagtcaggaaagacttcctgtaagaagtggtggtacagtt
gaggcctgaaggatttacctaggactgctccaggagcagaggattctggg
gtgggagaaaacagccacatggtgaacacagaaaaccttggtgccacttt
aggactcttaggtcagatgctggtagcttaaaatggaggagtggggtcca
gatccaccgaacgagtagccagggaacaggccgggaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_103022272_103023355
seq2: B6Ng01-184M09.b_43_1130

seq1  GAATTCACTGTCTCACTTCCATTTAGACCTGGCTACAAGGTGTGACCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTCTCACTTCCATTTAGACCTGGCTACAAGGTGTGACCTGC  50

seq1  TTCCTACACAAAATGGTACAGTGCTGAGAAAAACCAGGGGTCTCTGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACACAAAATGGTACAGTGCTGAGAAAAACCAGGGGTCTCTGAAAG  100

seq1  CCCTTTCCGTGAGAATGTGGGTTCATGGCCAGCAGGCAGGGGTAAGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCGTGAGAATGTGGGTTCATGGCCAGCAGGCAGGGGTAAGGCAA  150

seq1  CTGCTGGCTACTATTTGGCAGGACATGAGACTGTTCCTTTCCCATCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGCTACTATTTGGCAGGACATGAGACTGTTCCTTTCCCATCCTCC  200

seq1  AGAGAACCCTCTAGGACCCCTGTTAGGAGTAGAGTCTACCCAACAGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACCCTCTAGGACCCCTGTTAGGAGTAGAGTCTACCCAACAGAACT  250

seq1  GGAGTGTGTATCTACAGGGAGCTAGGACCTTGTGCTTTTTCATGGGTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTGTATCTACAGGGAGCTAGGACCTTGTGCTTTTTCATGGGTACC  300

seq1  AATAGAAGGTCAAGTAGGGGAAAAGGAAACCTATCATGAAGAATCTGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGGTCAAGTAGGGGAAAAGGAAACCTATCATGAAGAATCTGGGG  350

seq1  ATGCCTTAGTCCCTATACTGAGACAGAGCAAGAAAGGCTCTTGAACCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTAGTCCCTATACTGAGACAGAGCAAGAAAGGCTCTTGAACCCTC  400

seq1  AGGTGGGCAAACAAGTGTCCAAGATGTCCTCAGTGGGTCAGATGGTATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGCAAACAAGTGTCCAAGATGTCCTCAGTGGGTCAGATGGTATAC  450

seq1  ACTGAAAAGAGGTGACAGATTCCACACACAGTGAACTGAAAAGAAGCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGAGGTGACAGATTCCACACACAGTGAACTGAAAAGAAGCCTT  500

seq1  GAGGACCAATGCTCAATTCTGAAATGGTATACCTATTTCTAGAAAAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACCAATGCTCAATTCTGAAATGGTATACCTATTTCTAGAAAAAAAC  550

seq1  AAAATACAATGTAGCTCTTTTTGGTAGGGGAAGGGAGTGTTATGTTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAATGTAGCTCTTTTTGGTAGGGGAAGGGAGTGTTATGTTGCTT  600

seq1  GAGCCGTCTGGCTTCTATGAGAGGGCAGAGGCATCGGAGCATGAAGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCGTCTGGCTTCTATGAGAGGGCAGAGGCATCGGAGCATGAAGAGTT  650

seq1  CAGTGGACGACCTGTCCTAGGTCAGCCTGGAAAATGGAAGCAACAATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGACGACCTGTCCTAGGTCAGCCTGGAAAATGGAAGCAACAATATC  700

seq1  AATCCACACTACCAAGACAATCAGCACAAGTCATCCATGAGAATAGGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACACTACCAAGACAATCAGCACAAGTCATCCATGAGAATAGGACC  750

seq1  TTAACTCCTGCCTGCAGAGAAAGACATGAAGTAGCACTCCTGCCTCAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCCTGCCTGCAGAGAAAGACATGAAGTAGCACTCCTGCCTCAAGA  800

seq1  TTCCCTAACCCAAGGCTCTTGAATTTCTAAGTCTCTTTGTGATGCAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAACCCAAGGCTCTTGAATTTCTAAGTCTCTTTGTGATGCAAGAC  850

seq1  ACAGAGCCCACAAGTGCCTTCCCTCACAGCATCCCAAGTTAGACTGGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCCACAAGTGCCTTCCCTCACAGCATCCCAAGTTAGACTGGATG  900

seq1  ATCAAGACTCCAACATTCACAAAACACTGTCAACATCTGAACTAGCAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGACTCCAACATTCACAAAACACTGTCAACATCTGAACTAGCAGCA  950

seq1  TTGATGAGGGGTT-AAGGGATTGGGGACAGAAACTCACCAAGGTCACTAA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGATGAGGGGTTAAAGGGATTGGGGACAGAAACTCACC-AGGTCACTAA  999

seq1  GTACTTCCAAACTT-GGAAGTAGCTCAGT-GAGGGCTAAAAAAACTTCGA  1047
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCCAAACTTCGGAAGTAGCTCAGTGGAGGGCTAAAAAAACTTCGA  1049

seq1  CTGAAGGTATCCTCC-ACAGGCA-ATCCTAAAGGAGTTG  1084
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTATCCTCCTACAGGCATATCCTAAAGGAGTTG  1088

seq1: chr15_103176542_103177672
seq2: B6Ng01-184M09.g_63_1201 (reverse)

seq1  TCTTCCCGGCCTGTT-CCTGGCTACCTCTGTCTGTTGGATCTGGACCCAA  49
      ||||||||||||||| |||||||| ||| ||  | ||||||||||||| |
seq2  TCTTCCCGGCCTGTTCCCTGGCTA-CTC-GTTCGGTGGATCTGGACCCCA  48

seq1  CT-CTCATTTTTTAGCTAACAGCATTCTGAACTTAAGAGT-CTGAAGT-G  96
      || |||  |||| ||||| ||||| |||| || ||||||| || |||| |
seq2  CTCCTCCATTTTAAGCTACCAGCA-TCTG-ACCTAAGAGTCCTAAAGTGG  96

seq1  CA-CAAGTGTTTCTGTGTTCA-CATGT-GCTGTTTTCTCC--ACCCAGAA  141
      || ||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  CACCAAGGTTTTCTGTGTTCACCATGTGGCTGTTTTCTCCCACCCCAGAA  146

seq1  TCTTCTGCT-CTGGAGCAGT-CTAGTTAATTCCTTCAGGCCTCAACTTGT  189
      || |||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||
seq2  TCCTCTGCTCCTGGAGCAGTCCTAGGTAAATCCTTCAGGCCTCAAC-TGT  195

seq1  A-CACCACTTCTTACAGGAAGTCTTTCCTGACTCTGTAAGATTGGGTTCA  238
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACTTCTTACAGGAAGTCTTTCCTGACTCTGTAAGATTGGGTTCA  245

seq1  GAT-ATTCCTATGACATGTTTCCATAGACTGTCTTGCCACATATCACACT  287
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATAATTCCTATGACATGTTTCCATAGACTGTCCTGCCACATATCACACT  295

seq1  GATGTCACTGCCCTCTAGGCGGTGAACACTAGAGCAGAGACACGTGTTAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCACTGCCCTCTAGGCGGTGAACACTAGAGCAGAGACACGTGTTAA  345

seq1  TCTGGCCGATCTGGACCTACAAAGCCAGGAAATATTTGCACAAAGCAAGA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCGATCTGGACCTACAAAGCCAGGAAATATTTGCACAAAGCAAGA  395

seq1  CCAGCCTCTATCCATGTCCCCATCCTGCTTCTGACATTCTTGAGCTTGTC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCTATCCATGTCCCCATCCTGCTTCTGACATTCTTGAGCTTGTC  445

seq1  TTCTGCGATCCAGACTTCTAACCTTGAACTCACCTGAAGTTTCTTTTGGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCGATCCAGACTTCTAACCTTGAACTCACCTGAAGTTTCTTTTGGG  495

seq1  GAAGCTGCCGAGGCAGGATCTGGTAGGGCATCTTCAGAGCTTCATATACA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCCGAGGCAGGATCTGGTAGGGCATCTTCAGAGCTTCATATACA  545

seq1  GCCTCACACTGAAGGCTAAATGGCTGGTATTCCCGCTGTGGGTGGAGAAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACACTGAAGGCTAAATGGCTGGTATTCCCGCTGTGGGTGGAGAAA  595

seq1  GGTGGTCAGGGCAACCCCTATGGGATTCAGAGGACACAGGGCTTCCCCAC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCAGGGCAACCCCTATGGGATTCAGAGGACACAGGGCTTCCCCAC  645

seq1  AGTCTGTCTCAGGATGTGATCTTTCCCTATTATGGACTCATTAATCTCGA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTCTCAGGATGTGATCTTTCCCTATTATGGACTCATTAATCTCGA  695

seq1  TGTTCCTTATGCGAAATAATAAATGTAAAATTGTGTAATTAAAACTAAAT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTATGCGAAATAATAAATGTAAAATTGTGTAATTAAAACTAAAT  745

seq1  AATGCATAATCAGATAACTACACGTTCAATATACATTTCTTAATGATTAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATAATCAGATAACTACACGTTCAATATACATTTCTTAATGATTAA  795

seq1  TATAGGTTAACATCCAGGACCATGGTTGGTCTATAATATGTATTCAATAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTTAACATCCAGGACCATGGTTGGTCTATAATATGTATTCAATAA  845

seq1  ATGATGGCTTTTTTCTCTTACATATAGGTTGCTGGTATACCAGCTAGGCA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCTTTTTTCTCTTACATATAGGTTGCTGGTATACCAGCTAGGCA  895

seq1  TTCATTTATGTGGAGGTTGAGGATTTGAAGTCTGGTCTTCATGTTTGCAT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTATGTGGAGGTTGAGGATTTGAAGTCTGGTCTTCATGTTTGCAT  945

seq1  CTCCCCAGCCCTATCCACTCTGGTCTTTACACTTATGGATTGGGTATACT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGCCCTATCCACTCTGGTCTTTACACTTATGGATTGGGTATACT  995

seq1  AGTTATGCACTCTACCACTGACCACTGACCTACATCCCCACTTGTTTTTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGCACTCTACCACTGACCACTGACCTACATCCCCACTTGTTTTTC  1045

seq1  TTTTTGTGTGTGTAGTTATTTGTTTATTGTTTTTGTTTTTGTGTTGTTGC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGTGTGTAGTTATTTGTTTATTGTTTTTGTTTTTGTGTTGTTGC  1095

seq1  TTGAGATATGGTCTCACTCTGTAGTCCTGGTTGGCCTGGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATATGGTCTCACTCTGTAGTCCTGGTTGGCCTGGAATTC  1139