BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186H09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 44,378,469 - 44,543,957
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkhd1l1, Ebag9, 5730410E15Rik
Upstream geneLOC100039288, Tmem74, LOC100039309, Trhr, LOC665041, Nudcd1, Eny2
Downstream geneA930017M01Rik, EG432950, Kcnv1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186H09.bB6Ng01-186H09.g
ACCGA011299GA011300
length1,175816
definitionB6Ng01-186H09.b B6Ng01-186H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,542,784 - 44,543,957)(44,378,469 - 44,379,283)
sequence
gaattcagtctaccattttcttgatgtcctggttggtttatactgccaac
ttaacatgacctaaagttacctgggaagaaggtagcttctgtgagtttac
ctttattcctgactgatatgggagggaggacttagcccactctgggaaat
gatatccataggccggtggaactggggtacataagaagctggctcagcat
gagctagagagcaagccagtaagcagcagccctctgtggcttctgctaga
gggtcctgacatgacttccctgaatgctagactggtacctagcattaaaa
gcacagcaaacctttctttccccttaagttgctttttggtcaaatatttt
atcacagcaaaagaacgaagctggaacattagataagaactctaacttct
tagattcttaaaggaagatcattactttggctaaaagagaatttgaagtt
attgtagaaggtctcgtgctgagagaaaatgttcacaaggcgtacagcag
gtaatgttttgtggtagaccatttcatactctcccagcaggaccaaaaca
gcaggatcaaacatgtatgtaatgagcgtacttcagtgtttatctcgatg
gttggtttacatatttactctcatgcctttctcccatctgtgcctttgat
gacgtactcaatcaaaataatggtgccaaatggaccttagtgggcttccc
ctaagaattagtgagtcataatcctctcgaaggcaactgctgtccaaatc
ccagtctcctaggatttattgcttggccagtgtttgcagccactgagttg
ggggactgccagatgctcactgcttactctaatgtattaaggaagccaca
caggtctctcatactgaggaagatacagcggactactcccaccagtgagc
ttcttcatcagtcctcagtgtgacagacataaaccctggaaatatctttc
atatgcaaacttgcaaaccaagagctataatcctgcatatatgtgtttta
ggttggactttttattcctccatatcggagaaacactattaaagaagtgt
ctgcaaagaatgggaatacttgaggagttccagtacttacccttctggta
aaaaatacattgttataatagccttgccagttcagttcctaatctgtcgt
tacagagacctgtggtataccctga

gaattctttaacaatactgttcattctcaggggtggtttggactgtggat
ttttgaagagtatttccccatgcaaacaggatcttgtacctctacagtgc
cagtgcctgccatctttaactcactcactgtgtggaactgtcaaaaagga
gctgaatgggtgaacggaggggccctgcagttccacaactttgtgatggt
gaacaacaatgaggctggcattgagaccaagaggatcctggctccctatg
ttggaggatggggggaaagcaatggagctgtgattaaaaatgccaaaatc
gttggtcatcttgatgagctgggaatgggacccacattttgcacttcaaa
aggcctggttctcccatttagtcaaggcctgactgtgtcgtctgtgcact
ttatgaattttgaccgccatgcctgtgtggctttaggagtaacatcaatc
actggggtgtgtaatgacagatgtggaggctggagtgctaagtttgttgg
catccggtattttcatgcacccaataagggtggttttcgttgggaacacg
aagcagtactgattgacgttgacggctcactaacaggtaatattattctc
caatctgtgatttaaaaaattaccaacaatacatttaagacaatggtgat
gcatgcattcaatcccagcatttgggaggcagaggcagatgattctcttg
agttcaaagccaacctggtctgcacagtgagtttcaggacagcaaggcca
tagagaaaatttcccggtctcgaaaaatccaaatatatgttacatgtatt
tgaatggtaaggctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_44542784_44543957
seq2: B6Ng01-186H09.b_45_1219 (reverse)

seq1  TCAGGGTATACCACA-GTCTCTTGTTACCACAGGATGTGGGACTG-ACT-  47
      ||||||||||||||| ||||| ||| || ||| |||  || |||| ||| 
seq2  TCAGGGTATACCACAGGTCTC-TGTAACGACA-GATTAGGAACTGAACTG  48

seq1  GCAA-GCTATTATAACCATGTA-TTTTTACCAAGAAGGTAAGTACTGGAA  95
      |||| ||||||||||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||
seq2  GCAAGGCTATTATAACAATGTATTTTTTACCAGAAGGGTAAGTACTGGAA  98

seq1  CTCCTCAAGTATTCCCATTCTTTTGCAGACAC-TCTTTAATAAGTGTTTC  144
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  CTCCTCAAGTATTCCCATTC-TTTGCAGACACTTCTTTAAT-AGTGTTTC  146

seq1  TCCGATATGGAGGAAATAAAAAGTCCAACCTAAAACACATATATGCAGGA  194
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGATATGGAGG-AATAAAAAGTCCAACCTAAAACACATATATGCAGGA  195

seq1  TTTATAGCTCTTGGTTTGCAAGTTTGCATATGAAAGATATTTCCA-GGTT  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TTATAGCTCTTGGTTTGCAAGTTTGCATATGAAAGATATTTCCAGGGTT  244

seq1  TATGTCTGTCACACTGAGGACTGATGAAGAAGCTCACTGGTGGGAGTAGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGTCACACTGAGGACTGATGAAGAAGCTCACTGGTGGGAGTAGT  294

seq1  CCGCTGTATCTTCCTCAGTATGAGAGACCTGTGTGGCTTCCTTAATACAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGTATCTTCCTCAGTATGAGAGACCTGTGTGGCTTCCTTAATACAT  344

seq1  TAGAGTAAGCAGTGAGCATCTGGCAGTCCCCCAACTCAGTGGCTGCAAAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAAGCAGTGAGCATCTGGCAGTCCCCCAACTCAGTGGCTGCAAAC  394

seq1  ACTGGCCAAGCAATAAATCCTAGGAGACTGGGATTTGGACAGCAGTTGCC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCAAGCAATAAATCCTAGGAGACTGGGATTTGGACAGCAGTTGCC  444

seq1  TTCGAGAGGATTATGACTCACTAATTCTTAGGGGAAGCCCACTAAGGTCC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGAGGATTATGACTCACTAATTCTTAGGGGAAGCCCACTAAGGTCC  494

seq1  ATTTGGCACCATTATTTTGATTGAGTACGTCATCAAAGGCACAGATGGGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCACCATTATTTTGATTGAGTACGTCATCAAAGGCACAGATGGGA  544

seq1  GAAAGGCATGAGAGTAAATATGTAAACCAACCATCGAGATAAACACTGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCATGAGAGTAAATATGTAAACCAACCATCGAGATAAACACTGAA  594

seq1  GTACGCTCATTACATACATGTTTGATCCTGCTGTTTTGGTCCTGCTGGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGCTCATTACATACATGTTTGATCCTGCTGTTTTGGTCCTGCTGGGA  644

seq1  GAGTATGAAATGGTCTACCACAAAACATTACCTGCTGTACGCCTTGTGAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGAAATGGTCTACCACAAAACATTACCTGCTGTACGCCTTGTGAA  694

seq1  CATTTTCTCTCAGCACGAGACCTTCTACAATAACTTCAAATTCTCTTTTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTCTCAGCACGAGACCTTCTACAATAACTTCAAATTCTCTTTTA  744

seq1  GCCAAAGTAATGATCTTCCTTTAAGAATCTAAGAAGTTAGAGTTCTTATC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGTAATGATCTTCCTTTAAGAATCTAAGAAGTTAGAGTTCTTATC  794

seq1  TAATGTTCCAGCTTCGTTCTTTTGCTGTGATAAAATATTTGACCAAAAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTCCAGCTTCGTTCTTTTGCTGTGATAAAATATTTGACCAAAAAG  844

seq1  CAACTTAAGGGGAAAGAAAGGTTTGCTGTGCTTTTAATGCTAGGTACCAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAAGGGGAAAGAAAGGTTTGCTGTGCTTTTAATGCTAGGTACCAG  894

seq1  TCTAGCATTCAGGGAAGTCATGTCAGGACCCTCTAGCAGAAGCCACAGAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATTCAGGGAAGTCATGTCAGGACCCTCTAGCAGAAGCCACAGAG  944

seq1  GGCTGCTGCTTACTGGCTTGCTCTCTAGCTCATGCTGAGCCAGCTTCTTA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGCTTACTGGCTTGCTCTCTAGCTCATGCTGAGCCAGCTTCTTA  994

seq1  TGTACCCCAGTTCCACCGGCCTATGGATATCATTTCCCAGAGTGGGCTAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCCAGTTCCACCGGCCTATGGATATCATTTCCCAGAGTGGGCTAA  1044

seq1  GTCCTCCCTCCCATATCAGTCAGGAATAAAGGTAAACTCACAGAAGCTAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCCTCCCATATCAGTCAGGAATAAAGGTAAACTCACAGAAGCTAC  1094

seq1  CTTCTTCCCAGGTAACTTTAGGTCATGTTAAGTTGGCAGTATAAACCAAC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCCAGGTAACTTTAGGTCATGTTAAGTTGGCAGTATAAACCAAC  1144

seq1  CAGGACATCAAGAAAATGGTAGACTGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACATCAAGAAAATGGTAGACTGAATTC  1175


seq1: chr15_44378469_44379283
seq2: B6Ng01-186H09.g_63_878

seq1  GAATTCTTTAACAATACTGTTCATTCTCAGGGGTGGTTTGGACTGTGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAACAATACTGTTCATTCTCAGGGGTGGTTTGGACTGTGGAT  50

seq1  TTTTGAAGAGTATTTCCCCATGCAAACAGGATCTTGTACCTCTACAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGAGTATTTCCCCATGCAAACAGGATCTTGTACCTCTACAGTGC  100

seq1  CAGTGCCTGCCATCTTTAACTCACTCACTGTGTGGAACTGTCAAAAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTGCCATCTTTAACTCACTCACTGTGTGGAACTGTCAAAAAGGA  150

seq1  GCTGAATGGGTGAACGGAGGGGCCCTGCAGTTCCACAACTTTGTGATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATGGGTGAACGGAGGGGCCCTGCAGTTCCACAACTTTGTGATGGT  200

seq1  GAACAACAATGAGGCTGGCATTGAGACCAAGAGGATCCTGGCTCCCTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAATGAGGCTGGCATTGAGACCAAGAGGATCCTGGCTCCCTATG  250

seq1  TTGGAGGATGGGGGGAAAGCAATGGAGCTGTGATTAAAAATGCCAAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGATGGGGGGAAAGCAATGGAGCTGTGATTAAAAATGCCAAAATC  300

seq1  GTTGGTCATCTTGATGAGCTGGGAATGGGACCCACATTTTGCACTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCATCTTGATGAGCTGGGAATGGGACCCACATTTTGCACTTCAAA  350

seq1  AGGCCTGGTTCTCCCATTTAGTCAAGGCCTGACTGTGTCGTCTGTGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGGTTCTCCCATTTAGTCAAGGCCTGACTGTGTCGTCTGTGCACT  400

seq1  TTATGAATTTTGACCGCCATGCCTGTGTGGCTTTAGGAGTAACATCAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATTTTGACCGCCATGCCTGTGTGGCTTTAGGAGTAACATCAATC  450

seq1  ACTGGGGTGTGTAATGACAGATGTGGAGGCTGGAGTGCTAAGTTTGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGTGTGTAATGACAGATGTGGAGGCTGGAGTGCTAAGTTTGTTGG  500

seq1  CATCCGGTATTTTCATGCACCCAATAAGGGTGGTTTTCGTTGGGAACACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGGTATTTTCATGCACCCAATAAGGGTGGTTTTCGTTGGGAACACG  550

seq1  AAGCAGTACTGATTGACGTTGACGGCTCACTAACAGGTAATATTATTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTACTGATTGACGTTGACGGCTCACTAACAGGTAATATTATTCTC  600

seq1  CAATCTGTGATTTAAAAAATTACCAACAATACATTTAAGACAATGGTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGTGATTTAAAAAATTACCAACAATACATTTAAGACAATGGTGAT  650

seq1  GCATGCATTCAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGATGATTCTC-TG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCATGCATTCAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGATGATTCTCTTG  700

seq1  AGTTCAAAGCCAACCTGGTCTGCACAGTGAGTTTCAGGACAGCAAAGGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTTCAAAGCCAACCTGGTCTGCACAGTGAGTTTCAGGACAGC-AAGGCC  749

seq1  ATAGAGAAAA--TCCCGGTCTCG-AAAATCCAAATATATGTTTACATGTA  796
      ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAGAGAAAATTTCCCGGTCTCGAAAAATCCAAATATATG-TTACATGTA  798

seq1  TTTGAATGGTTAAGGCTGA  815
      ||||||||| |||||||||
seq2  TTTGAATGG-TAAGGCTGA  816


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |