BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187O03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 69,172,365 - 69,287,485
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665945, EG633752, Khdrbs3
Downstream geneLOC383050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187O03.bB6Ng01-187O03.g
ACCGA012336GA012337
length1,1501,127
definitionB6Ng01-187O03.b B6Ng01-187O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,172,365 - 69,173,513)(69,286,351 - 69,287,485)
sequence
tctttgtatattatgtatgcttatgaaccatatgaagtaactgccactct
ccaagcctcaggttctttaactacaaaacattaatgatcctcttctgtcc
tatgccttctgtaagggaattgagaaagataatagcatgagatggtaaaa
tacattgtctcgtctctgaatctagactgtgttagtgctcagcttctcta
gtaactacttgtggcctcaacaattgacatgactttttgtatctctgttc
tctcattgagacataaaagaaatagcaatgcctagagtagcagattcctg
taggacttaaaggtgtttattttagggaatttcttaattcggagacagca
tggagtaacttgaccaaaataagttattatttgctgttattgctattcaa
ttaaatgagtatttcatttgaattattattattactaatatgtcacaatt
ttagactatagactatacagtagctgactttgtcagctaccaactaacaa
acacaagggttttgaattgttgctgattagaataggtacattcaacacaa
taaaattggcccagcagttatttgaaatctttaacaattcaccatcattt
tccataaacagtgttatcttgggattaggagacccttactgttccccctt
acttctctgctgttatttactgaaagacattaactatgacttattttttc
agaacctcattggcaaattgctacatcttttctccttatacagaaagggc
tcatgcctgagttacaggaagaggccaaacaaatatttaataaattctag
gtacatcccctgcacaaggtatgtgctccaaaaaatttgtgtaaacaaag
taccacataagaataatctatattattctcttagactctgacttctgaag
aagccattgtactcatgcagtagaggcagctgtggttttttgaatagctg
gaaaatttgggccaaaggaagccacagcaggagctggaatgagcagccat
gaatgacagaagtgtgatagctatttcagtggtggagggcttttcgacag
cagactattctggactgatgtgttagccttcttaatggctctggctctac
ctggtggctacataggcccactggcaatacctagcaagaggtggtttctg


gaattcagagcaagcagttcattccttaccattgtttctagtttcctctg
tgatttctgcttttatccttaaaagggcttctacaaagactcttccaatt
gctaagtaaattggcttcttaactttctattaattacttgcaaggactct
ggcctattacagagaatcaacacaaggcggggtttctgttaatttatttc
attccttcatcctgaattccagctgatgggccctcttggcactacaaatc
cagagcaagtaattaacaactacactttcaacccaattctctttcttttc
tccttttctaactgcttctgccttgtttgatctggttcattctcttaatg
agcttgtgtgcattccagagttgtgtctttcggtctgagtagatatagaa
ggtttggaaatatggggaaatgaagcagacagcatagtgagtgaatcaaa
gggccacagcccccagcacattgcagaacatcaaccaaggaaaagcaatg
tccattaccatgccaacaatactgccgccctttactgcgcaaatcagcct
ttagaagcaccagaccccttatccctgctccttgttaccagcccaaaata
atagcatcaataccaccctcatttcacagatggaactgttgagaatagcc
ctgttgctgtttttattttgatgctaagtctgcttgacaagaggggctgc
ctggaatgaggagtgaatcacatactcaggacttcatgtgtcccttctaa
tgaataaagatttcaaggaaaccagtcactgggtgagtagacaggacttc
ctggtcggacagagggactttagagacaggggaaggatataggctttagg
acaggaaggacaatggagcccaaatgtaggtatcagagacacccccagcc
cccagttcaggtagaggatcccttgggatcttctaccagagaatttaatt
tagaatggcttactattagatgtactagttgtgtgccagcaattgtgttg
tcttttgatctaaactaagatgtgtcgtgttttccttcaatagtgactca
tctgagtcagagaaaaggcacaatggtgggccacccagcccagtccacga
gattgaagttgtgcggctgcctatgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_69172365_69173513
seq2: B6Ng01-187O03.b_55_1204

seq1  TCTTTGTATATTATGTATGCTTATGAACCATATGAAGTAACTGCCACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTATATTATGTATGCTTATGAACCATATGAAGTAACTGCCACTCT  50

seq1  CCAAGCCTCAGGTTCTTTAACTACAAAACATTAATGATCCTCTTCTGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCTCAGGTTCTTTAACTACAAAACATTAATGATCCTCTTCTGTCC  100

seq1  TATGCCTTCTGTAAGGGAATTGAGAAAGATAATAGCATGAGATGGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTTCTGTAAGGGAATTGAGAAAGATAATAGCATGAGATGGTAAAA  150

seq1  TACATTGTCTCGTCTCTGAATCTAGACTGTGTTAGTGCTCAGCTTCTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGTCTCGTCTCTGAATCTAGACTGTGTTAGTGCTCAGCTTCTCTA  200

seq1  GTAACTACTTGTGGCCTCAACAATTGACATGACTTTTTGTATCTCTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTACTTGTGGCCTCAACAATTGACATGACTTTTTGTATCTCTGTTC  250

seq1  TCTCATTGAGACATAAAAGAAATAGCAATGCCTAGAGTAGCAGATTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTGAGACATAAAAGAAATAGCAATGCCTAGAGTAGCAGATTCCTG  300

seq1  TAGGACTTAAAGGTGTTTATTTTAGGGAATTTCTTAATTCGGAGACAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTTAAAGGTGTTTATTTTAGGGAATTTCTTAATTCGGAGACAGCA  350

seq1  TGGAGTAACTTGACCAAAATAAGTTATTATTTGCTGTTATTGCTATTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAACTTGACCAAAATAAGTTATTATTTGCTGTTATTGCTATTCAA  400

seq1  TTAAATGAGTATTTCATTTGAATTATTATTATTACTAATATGTCACAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGAGTATTTCATTTGAATTATTATTATTACTAATATGTCACAATT  450

seq1  TTAGACTATAGACTATACAGTAGCTGACTTTGTCAGCTACCAACTAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTATAGACTATACAGTAGCTGACTTTGTCAGCTACCAACTAACAA  500

seq1  ACACAAGGGTTTTGAATTGTTGCTGATTAGAATAGGTACATTCAACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGGGTTTTGAATTGTTGCTGATTAGAATAGGTACATTCAACACAA  550

seq1  TAAAATTGGCCCAGCAGTTATTTGAAATCTTTAACAATTCACCATCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGCCCAGCAGTTATTTGAAATCTTTAACAATTCACCATCATTT  600

seq1  TCCATAAACAGTGTTATCTTGGGATTAGGAGACCCTTACTGTTCCCCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAACAGTGTTATCTTGGGATTAGGAGACCCTTACTGTTCCCCCTT  650

seq1  ACTTCTCTGCTGTTATTTACTGAAAGACATTAACTATGACTTATTTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTGCTGTTATTTACTGAAAGACATTAACTATGACTTATTTTTTC  700

seq1  AGAACCTCATTGGCAAATTGCTACATCTTTTCTCCTTATACAG-AAGGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGAACCTCATTGGCAAATTGCTACATCTTTTCTCCTTATACAGAAAGGGC  750

seq1  TCATGCCTGAGTTACAGGAAGAGGCCAAACAAATATTTAATAAATTCTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTGAGTTACAGGAAGAGGCCAAACAAATATTTAATAAATTCTAG  800

seq1  GTACATCCCCTGCACAAGGTATGTGCTCCAAAAAATTTGTGTAAACAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCCCCTGCACAAGGTATGTGCTCCAAAAAATTTGTGTAAACAAAG  850

seq1  TACCACATAAGAATAATCTATATTATTCTCTTAGACTCTGACTTCTGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACATAAGAATAATCTATATTATTCTCTTAGACTCTGACTTCTGAAG  900

seq1  AAGCCATTGTACTCATGCAGTAGAGGCAGCTGTGGTTTTTTGAATAGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATTGTACTCATGCAGTAGAGGCAGCTGTGGTTTTTTGAATAGCTG  950

seq1  GAAAATTT-GGCCAAAGGAAGCCACAGCAGGGAGCTGGAATGAGCAAGCC  998
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAATTTGGGCCAAAGGAAGCCACAGCA-GGAGCTGGAATGAGC-AGCC  998

seq1  ATGAATGAACAGAAGTGTGAATAAGCTA-TTCAGTGGT-GAGGGCTTTTC  1046
      ||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  ATGAATG-ACAGAAGTGTGA--TAGCTATTTCAGTGGTGGAGGGCTTTTC  1045

seq1  GACAGCAGACTA-TCTGGACTGATGTGTTAG-CTTCCTAATGGCTCTGGC  1094
      |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GACAGCAGACTATTCTGGACTGATGTGTTAGCCTTCTTAATGGCTCTGGC  1095

seq1  TTCTA-CTGTGGTTTTCATAGGCCAACTGG-AATACCTAGCAAAGAGTGG  1142
       |||| |||  |  | |||||||| ||||| |||||||||| |||||  |
seq2  -TCTACCTGGTGGCTACATAGGCCCACTGGCAATACCTAGC-AAGAGGTG  1143

seq1  GTTTCTG  1149
      |||||||
seq2  GTTTCTG  1150


seq1: chr15_69286351_69287485
seq2: B6Ng01-187O03.g_65_1191 (reverse)

seq1  GCCATA-GCAGCCGCACACCTCCAAATTCTCGTGG-CTGGCTGGGGTGGC  48
      | |||| ||||||||||| || |||  |||||||| ||||   |||||||
seq2  GTCATAGGCAGCCGCACAACTTCAA--TCTCGTGGACTGGGCTGGGTGGC  48

seq1  CCACCATTGTGCCTTTTCTCTGGAACTCAGATGAGTCACCTAATGAAGGA  98
      ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||
seq2  CCACCATTGTGCCTTTTCTCTG--ACTCAGATGAGTCA-CTATTGAAGGA  95

seq1  AAACACGACACAATCTTAGTTTAGAATCAAAAGACAACACAATTGCTGGG  148
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAACACGACAC-ATCTTAGTTTAG-ATCAAAAGACAACACAATTGCT-GG  142

seq1  CACAACAACTAGTACATCCTAATAGTAAGCCATTCTAAATTAAATTCTCT  198
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAC-ACAACTAGTACAT-CTAATAGTAAGCCATTCTAAATTAAATTCTCT  190

seq1  GGTAGAAGATCCCAAGGGATCCTCTACCTGAACTGGGGGCTGGGGGTGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGATCCCAAGGGATCCTCTACCTGAACTGGGGGCTGGGGGTGTC  240

seq1  TCTGATACCTACATTTTGGCTCCATTGTCCTTCCTGTCCTAAAGCCTATA  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATACCTACATTTGGGCTCCATTGTCCTTCCTGTCCTAAAGCCTATA  290

seq1  TCCTTCCCCTGTCTCTAAAGTCCCTCTGTCCGACCAGGAAGTCCTGTCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCCCTGTCTCTAAAGTCCCTCTGTCCGACCAGGAAGTCCTGTCTA  340

seq1  CTCACCCAGTGACTGGTTTCCTTGAAATCTTTATTCATTAGAAGGGACAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCAGTGACTGGTTTCCTTGAAATCTTTATTCATTAGAAGGGACAC  390

seq1  ATGAAGTCCTGAGTATGTGATTCACTCCTCATTCCAGGCAGCCCCTCTTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCCTGAGTATGTGATTCACTCCTCATTCCAGGCAGCCCCTCTTG  440

seq1  TCAAGCAGACTTAGCATCAAAATAAAAACAGCAACAGGGCTATTCTCAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAGACTTAGCATCAAAATAAAAACAGCAACAGGGCTATTCTCAAC  490

seq1  AGTTCCATCTGTGAAATGAGGGTGGTATTGATGCTATTATTTTGGGCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCATCTGTGAAATGAGGGTGGTATTGATGCTATTATTTTGGGCTGG  540

seq1  TAACAAGGAGCAGGGATAAGGGGTCTGGTGCTTCTAAAGGCTGATTTGCG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGGAGCAGGGATAAGGGGTCTGGTGCTTCTAAAGGCTGATTTGCG  590

seq1  CAGTAAAGGGCGGCAGTATTGTTGGCATGGTAATGGACATTGCTTTTCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGGGCGGCAGTATTGTTGGCATGGTAATGGACATTGCTTTTCCT  640

seq1  TGGTTGATGTTCTGCAATGTGCTGGGGGCTGTGGCCCTTTGATTCACTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGATGTTCTGCAATGTGCTGGGGGCTGTGGCCCTTTGATTCACTCA  690

seq1  CTATGCTGTCTGCTTCATTTCCCCATATTTCCAAACCTTCTATATCTACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTGTCTGCTTCATTTCCCCATATTTCCAAACCTTCTATATCTACT  740

seq1  CAGACCGAAAGACACAACTCTGGAATGCACACAAGCTCATTAAGAGAATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCGAAAGACACAACTCTGGAATGCACACAAGCTCATTAAGAGAATG  790

seq1  AACCAGATCAAACAAGGCAGAAGCAGTTAGAAAAGGAGAAAAGAAAGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGATCAAACAAGGCAGAAGCAGTTAGAAAAGGAGAAAAGAAAGAGA  840

seq1  ATTGGGTTGAAAGTGTAGTTGTTAATTACTTGCTCTGGATTTGTAGTGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTTGAAAGTGTAGTTGTTAATTACTTGCTCTGGATTTGTAGTGCC  890

seq1  AAGAGGGCCCATCAGCTGGAATTCAGGATGAAGGAATGAAATAAATTAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCCCATCAGCTGGAATTCAGGATGAAGGAATGAAATAAATTAAC  940

seq1  AGAAACCCCGCCTTGTGTTGATTCTCTGTAATAGGCCAGAGTCCTTGCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCCGCCTTGTGTTGATTCTCTGTAATAGGCCAGAGTCCTTGCAA  990

seq1  GTAATTAATAGAAAGTTAAGAAGCCAATTTACTTAGCAATTGGAAGAGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTAATAGAAAGTTAAGAAGCCAATTTACTTAGCAATTGGAAGAGTC  1040

seq1  TTTGTAGAAGCCCTTTTAAGGATAAAAGCAGAAATCACAGAGGAAACTAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGAAGCCCTTTTAAGGATAAAAGCAGAAATCACAGAGGAAACTAG  1090

seq1  AAACAATGGTAAGGAATGAACTGCTTGCTCTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGGTAAGGAATGAACTGCTTGCTCTGAATTC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |