BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189D09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 82,225,871 - 82,345,616
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp2d10, Cyp2d9
Upstream geneSt13, Xpnpep3, Dnajb7, Rbx1, EG383080, Ep300, L3mbtl2, Rangap1, Zc3h7b, Tef, LOC667073, Tob2, Phf5a, Aco2, Polr3h, Csdc2, Pmm1, EG545121, 1700029P11Rik, D15Wsu75e, Xrcc6, Nhp2l1, 4930407I10Rik, Mei1, Ccdc134, Srebf2, LOC435145, Tnfrsf13c, Cenpm, 1500009C09Rik, Sept3, Wbp2nl, Naga, C920005C14Rik, 1500032L24Rik, Ndufa6, Cyp2d22, LOC545123
Downstream geneEG545124, EG667196, EG667177, 9030605E09Rik, BC018285, Cyp2d13, LOC380998, LOC627860, LOC676200, 1300013D18Rik, LOC271300, Cyp2d26, Tcf20, Nfam1, Serhl, 1110014J01Rik, Poldip3, Cyb5r3, A4galt, LOC100042119, Arfgap3, Pacsin2, LOC414359, Ttll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189D09.bB6Ng01-189D09.g
ACCGA013297GA013298
length979879
definitionB6Ng01-189D09.b B6Ng01-189D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,344,681 - 82,345,616)(82,225,871 - 82,226,747)
sequence
gaattccatacaacccccaaggtcaggctatcatagaagactcatcaaaa
tcttaaagtacaacttcagagcttaaaatctagtggtcattactactcac
ctcatcaagtattaagccatgctttatttgccattaatcaccttaataca
gatgataaaggctttacccctatgtaaaaacattgggcccccctacagca
gactgttactcctttaatgatgtggaagaatcttttaacaggcacatggg
aagggccagatgtgttaatcacctcaggaagaggatatgcatgtgttttt
ccacagactgcagagaccccggtctggatcccagacaattattcgaccct
tccaccagaaaacctctatcaagaacccagaagagaaagaagcaaaagaa
gtaatgaagaaaatcaagaagcttgatctctcttctccacaggcagccgc
tcctcctgaactgtcatctaccacaggatagatccacccacttggggaca
actggagagaaactcacccagagagcacaacaaataatctctgataccag
gaaaccaccatcagcagaaaatatgtttcttgctatgcttgctgtgtttt
ctatgcaggtatgctatgcctctgcaacctcgttttgggcctatctatgt
tccccatcctccacttcttcatcccatggactggggagataatgtgcata
tcagagacatgactaataatactgagctgctagggggacacgctgatccc
ccccccatttgacttcctctgtaattaaatatgaggaaatgtcagactct
gccccaatctatgttactttaaagggaatacccccccatgggttgccttc
ccactagttatagaacttttcttttctgatgctccagatagatcctgatg
ccccccccccccgagttgtaaaagattaaatgcttttcaataatgatttt
gagtgattataattatgatgaaaacattt
gaattcaggagacaacctgctgaggtcactgtcagattcaggctgctggg
tttcttctggttagtcccaggacccttccaaggtgacttttagtgcctga
tgcttaaacctgcatgtcagggctgggacaacatattcagccctcatttc
ttcctgtctgggtcatccatgacattatctaagagaagcagttgtgctga
ctgggtgctggccccagtgggggatgagctgatttagtctggatttccct
gcatcaggtaaatgagccctcgtgagggaagtgcacagagaggtgaggga
tgtcactccctctatgttgtactgggtttcctctctatgtttgactcttg
ggagaggactatatggtctgcttaccttgtgcctgctgcatcattccctt
tgtcttttgtccatgttttctcggccatgtgaacaactgtgatctgacag
aatcatgtgatgttagggggactggggtctgcatattcatctcagcagca
caggtctgccatgtccacaacaggatgctgggactgagtacttggccctc
aagcattgctgcactggggcagcgatactcccaggtttgccattttctgc
acacatgtcaacatataattgattgctgtcgtttggactccactggatga
ggtcagatgcaacctgggcacatttctcctgaactctgtcctgtgcactg
tttgttctctctattgcctttgatctgtctcattttgttgaagtgaggac
cagcgttgagtctcagggccatgtccaggttgtccttctttccctaggct
cctgggtcatgaaattatggctccttgggaaaattgtgattcttgagggc
agtccttgggaatgtttagttttggcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_82344681_82345616
seq2: B6Ng01-189D09.b_46_986 (reverse)

seq1  ATTG-AAAGCA-TTAATCTTTTACAACTC-GGGGGGGGGGGCATCAGGAT  47
      |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAAGCATTTAATCTTTTACAACTCGGGGGGGGGGGGCATCAGGAT  50

seq1  CTATCTGGAGCATCAG-AAAGAAAAGTTCTATAACTAGTGGGAAGGCAAC  96
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGGAGCATCAGAAAAGAAAAGTTCTATAACTAGTGGGAAGGCAAC  100

seq1  CCATGGGGGGGTATTCCCTTTAAAGTAACATAGATTGGGGCAGAGTCTGA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGGGGGTATTCCCTTTAAAGTAACATAGATTGGGGCAGAGTCTGA  150

seq1  CATTTCCTCATATTTAATTACAGAGGAAGTCAAAT-GGGGGGGGATCAGC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CATTTCCTCATATTTAATTACAGAGGAAGTCAAATGGGGGGGGGATCAGC  200

seq1  GTGTCCCCCTAGCAGCTCAGTATTATTAGTCATGTCTCTGATATGCACAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCCCTAGCAGCTCAGTATTATTAGTCATGTCTCTGATATGCACAT  250

seq1  TATCTCCCCAGTCCATGGGATGAAGAAGTGGAGGATGGGGAACATAGATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCCCAGTCCATGGGATGAAGAAGTGGAGGATGGGGAACATAGATA  300

seq1  GGCCCAAAACGAGGTTGCAGAGGCATAGCATACCTGCATAGAAAACACAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAAACGAGGTTGCAGAGGCATAGCATACCTGCATAGAAAACACAG  350

seq1  CAAGCATAGCAAGAAACATATTTTCTGCTGATGGTGGTTTCCTGGTATCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATAGCAAGAAACATATTTTCTGCTGATGGTGGTTTCCTGGTATCA  400

seq1  GAGATTATTTGTTGTGCTCTCTGGGTGAGTTTCTCTCCAGTTGTCCCCAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTATTTGTTGTGCTCTCTGGGTGAGTTTCTCTCCAGTTGTCCCCAA  450

seq1  GTGGGTGGATCTATCCTGTGGTAGATGACAGTTCAGGAGGAGCGGCTGCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGATCTATCCTGTGGTAGATGACAGTTCAGGAGGAGCGGCTGCC  500

seq1  TGTGGAGAAGAGAGATCAAGCTTCTTGATTTTCTTCATTACTTCTTTTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGAAGAGAGATCAAGCTTCTTGATTTTCTTCATTACTTCTTTTGC  550

seq1  TTCTTTCTCTTCTGGGTTCTTGATAGAGGTTTTCTGGTGGAAGGGTCGAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTCTTCTGGGTTCTTGATAGAGGTTTTCTGGTGGAAGGGTCGAA  600

seq1  TAATTGTCTGGGATCCAGACCGGGGTCTCTGCAGTCTGTGGAAAAACACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCTGGGATCCAGACCGGGGTCTCTGCAGTCTGTGGAAAAACACA  650

seq1  TGCATATCCTCTTCCTGAGGTGATTAACACATCTGGCCCTTCCCATGTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCCTCTTCCTGAGGTGATTAACACATCTGGCCCTTCCCATGTGC  700

seq1  CTGTTAAAAGATTCTTCCACATCATTAAAGGAGTAACAGTCTGCTGTAGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAAAGATTCTTCCACATCATTAAAGGAGTAACAGTCTGCTGTAGG  750

seq1  GGGGCCCAATGTTTTTACATAGGGGTAAAGCCTTTATCATCTGTATTAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCAATGTTTTTACATAGGGGTAAAGCCTTTATCATCTGTATTAAG  800

seq1  GTGATTAATGGCAAATAAAGCATGGCTTAATACTTGATGAGGTGAGTAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTAATGGCAAATAAAGCATGGCTTAATACTTGATGAGGTGAGTAGT  850

seq1  AATGACCACTAGATTTTAAGCTCTGAAGTTGTACTTTAAGATTTTGATGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCACTAGATTTTAAGCTCTGAAGTTGTACTTTAAGATTTTGATGA  900

seq1  GTCTTCTATGATAGCCTGACCTTGGGGGTTGTATGGAATTC  936
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTATGATAGCCTGACCTTGGGGGTTGTATGGAATTC  941

seq1: chr15_82225871_82226747
seq2: B6Ng01-189D09.g_70_948

seq1  GAATTCAGGAGACAACCTGCTGAGGTCACTGTCAGATTCAGGCTGCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAGACAACCTGCTGAGGTCACTGTCAGATTCAGGCTGCTGGG  50

seq1  TTTCTTCTGGTTAGTCCCAGGACCCTTCCAAGGTGACTTTTAGTGCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTGGTTAGTCCCAGGACCCTTCCAAGGTGACTTTTAGTGCCTGA  100

seq1  TGCTTAAACCTGCATGTCAGGGCTGGGACAACATATTCAGCCCTCATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAAACCTGCATGTCAGGGCTGGGACAACATATTCAGCCCTCATTTC  150

seq1  TTCCTGTCTGGGTCATCCATGACATTATCTAAGAGAAGCAGTTGTGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCTGGGTCATCCATGACATTATCTAAGAGAAGCAGTTGTGCTGA  200

seq1  CTGGGTGCTGGCCCCAGTGGGGGATGAGCTGATTTAGTCTGGATTTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGCTGGCCCCAGTGGGGGATGAGCTGATTTAGTCTGGATTTCCCT  250

seq1  GCATCAGGTAAATGAGCCCTCGTGAGGGAAGTGCACAGAGAGGTGAGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGGTAAATGAGCCCTCGTGAGGGAAGTGCACAGAGAGGTGAGGGA  300

seq1  TGTCACTCCCTCTATGTTGTACTGGGTTTCCTCTCTATGTTTGACTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTCCCTCTATGTTGTACTGGGTTTCCTCTCTATGTTTGACTCTTG  350

seq1  GGAGAGGACTATATGGTCTGCTTACCTTGTGCCTGCTGCATCATTCCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGACTATATGGTCTGCTTACCTTGTGCCTGCTGCATCATTCCCTT  400

seq1  TGTCTTTTGTCCATGTTTTCTCGGCCATGTGAACAACTGTGATCTGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTGTCCATGTTTTCTCGGCCATGTGAACAACTGTGATCTGACAG  450

seq1  AATCATGTGATGTTAGGGGGACTGGGGTCTGCATATTCATCTCAGCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGTGATGTTAGGGGGACTGGGGTCTGCATATTCATCTCAGCAGCA  500

seq1  CAGGTCTGCCATGTCCACAACAGGATGCTGGGACTGAGTACTTGGCCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTGCCATGTCCACAACAGGATGCTGGGACTGAGTACTTGGCCCTC  550

seq1  AAGCATTGCTGCACTGGGGCAGCGATACTCCCAGGTTTGCCATTTTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGCTGCACTGGGGCAGCGATACTCCCAGGTTTGCCATTTTCTGC  600

seq1  ACACATGTCAACATATAATTGATTGCTGTCGTTTGGACTCCACTGGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTCAACATATAATTGATTGCTGTCGTTTGGACTCCACTGGATGA  650

seq1  GGTCAGATGCAACCTGGGCACATTTCTCCTGAACTCTGTCCTGTGCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGATGCAACCTGGGCACATTTCTCCTGAACTCTGTCCTGTGCACTG  700

seq1  TTTGTTCTCTCTATTGCCTTTGATCTGTCTCATTTTGTTGAAGTGAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTCTCTATTGCCTTTGATCTGTCTCATTTTGTTGAAGTGAGGAC  750

seq1  CAGCGTTGAGTCTCAGGGCCATGTCCAGGTTGTCCTTCTTTCCCTAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCGTTGAGTCTCAGGGCCATGTCCAGGTTGTCCTTCTTTCCCTAGGC-  799

seq1  TCCTGGGTCATGAGA-TATGGCTCATTGGG-TAATTGTGATTCTTGAGGG  848
      ||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTCATGAAATTATGGCTCCTTGGGAAAATTGTGATTCTTGAGGG  849

seq1  CAGT-CTTGGGAATGTTTAGTTTGGGCAAA  877
      |||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGTCCTTGGGAATGTTTAGTTTTGGCAAA  879