BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189I09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 53,375,309 - 53,510,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd12
Upstream geneThrap6, LOC100039745, Ext1
Downstream geneEG665097, EG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10, Mal2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189I09.bB6Ng01-189I09.g
ACCGA013525GA013526
length1,094994
definitionB6Ng01-189I09.b B6Ng01-189I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,509,488 - 53,510,579)(53,375,309 - 53,376,296)
sequence
gttgatgttatgggagcaatacatttatcagttataagatgttttctcaa
tctctgttctgtttttagcagctgatcagtattcattggaacaagccctt
cctttgacagggctgtctcctgacttgtgagggtacatgttcttacagcc
acaccacagtgcagtgtgtgttgatttacagatattttttttgctgaagg
catgtgttctgctatgctccactgctctgcatacaaagagtgacatttcc
attgtaaacgcaagctcatttcaattgtggagaagacacagatttctgca
aggtgcagtgctaaatccccatgctactgtgaggcatatgacttttattt
atatccaagtatctcctgatggaaagaaagttattatataaaaccctgta
tttactaaatgaggaatcaacaagttgactgcctttgttacgctctagag
tacgaaaactttcttactcaaatgaatgctgtttccatacagtggttaaa
agaattgcatttgatgttgggtggtcctacaactgacccaaagcattcat
tctcctggctaggaagtctttgttattattctgcacatatgtgagggtaa
cttttttcttctagaaaatgagaggaaaataattatgcccacttgtaaga
acttgatggactagttcatgtatttttatctaaagacctggaatagaaca
aggtttccatcaaatatattttacataagtatctatgtatatgtggaaat
atacatacatgcacatgattatgtaagtattatgacttacctactacaca
agtacatgctgttctacaattgtatgttattcaaaatgtttgagggaaat
gaggcacacttataaagtcaaccaaggatatacacacagaattttcacca
gttttgtctgactaattatgtattgacaaggtcactattcaatccatttt
cattttcttgcacacacactactacattagagatgggtgacctagaaaca
tgttgaatagtaccacagaaccattcttggtttgtcttgaattcaacaca
gacaatatgaaccattgtttttagaagaatcaattggtgttctc

gaattccattccattccattattaagaattaactttttcgagacagggtt
aagaagtcttaaaataaggaatatttgtagaattttactgaatgagtgtt
tggtatctatggagatgatatgtttttccttttatgacgttgtacagtga
cttgtattagtttcttaattctgaacttactttgtctccagggttcactc
taaatctacaatgtctaattttaaaattttcttttggtgatggtatatgt
ttttcattaaaaacatttctttcttcatgtgtgcatctgcacatatttgt
gtggctgtaggctcccctggcccaggatgtggtcctattcgtgagagctg
gagtcacgagcatgtctgatacttggcttgctatataggtgctgggcaca
cacagcagcccccacagctgcacagcaagccctatgtggtgagttatctc
tccagcatcaatttgattttattatactatgtcaaattttggacccaaga
ttgatactgcttttatagaattaatttgggaatatccttttgtcttttct
tgtctaagagaactgatatatttttgacatgaataactggaagaactttc
atatacaaccattcagtttagtactttccagtggggaatagtttatcaac
agttttctttcttcaattcttatgggctcatttgggtttccttgattttc
ttaaattagttttgatgatctgtatatggttgtgtattgtttgttcatct
aaaatttcaaattatttgcatggagtagtttaaacaactgcttttaaaat
ctgataacttctcattcatataataactatagacacttttatatcttttg
tgttatttgtaaatttcattctctttttgaacatttagcccataatgtta
tttgtaactgatcaactttttgccttttcttacttttgtgtacttttaaa
taaatgtttattaattcccacttattacttgtgagattaatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53509488_53510579
seq2: B6Ng01-189I09.b_53_1146 (reverse)

seq1  GAGAGACACAAATTGATTC-TCT-AAAACAAATGTTCATATTGTCTGTGT  48
      |||| |||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||||
seq2  GAGA-ACACCAATTGATTCTTCTAAAAACAATGGTTCATATTGTCTGTGT  49

seq1  TGATTTCAAGACAAACCA--GATGGTTCTGTGGTACTATTCAACATGTTT  96
      ||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAAGACAAACCAAGAATGGTTCTGTGGTACTATTCAACATGTTT  99

seq1  CTAGGTCACCCATCTCTAATGTTAGTAGTTGTGTGTGCAAG-AAATGAAA  145
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  CTAGGTCACCCATCTCTAATG-TAGTAG-TGTGTGTGCAAGAAAATGAAA  147

seq1  ATGGATTGAATAGTGACCTTGTCAATACATAATTAGTCAGACAAAACTGG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTGAATAGTGACCTTGTCAATACATAATTAGTCAGACAAAACTGG  197

seq1  TGAAAATTCTGTGTGTATATCCTTGGTTGACTTTATAAGTGTGCCTCATT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTCTGTGTGTATATCCTTGGTTGACTTTATAAGTGTGCCTCATT  247

seq1  TCCCTCAAACATTTTGAATAACATACAATTGTAGAACAGCATGTACTTGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAAACATTTTGAATAACATACAATTGTAGAACAGCATGTACTTGT  297

seq1  GTAGTAGGTAAGTCATAATACTTACATAATCATGTGCATGTATGTATATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGGTAAGTCATAATACTTACATAATCATGTGCATGTATGTATATT  347

seq1  TCCACATATACATAGATACTTATGTAAAATATATTTGATGGAAACCTTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATATACATAGATACTTATGTAAAATATATTTGATGGAAACCTTGT  397

seq1  TCTATTCCAGGTCTTTAGATAAAAATACATGAACTAGTCCATCAAGTTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCCAGGTCTTTAGATAAAAATACATGAACTAGTCCATCAAGTTCT  447

seq1  TACAAGTGGGCATAATTATTTTCCTCTCATTTTCTAGAAGAAAAAAGTTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTGGGCATAATTATTTTCCTCTCATTTTCTAGAAGAAAAAAGTTA  497

seq1  CCCTCACATATGTGCAGAATAATAACAAAGACTTCCTAGCCAGGAGAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACATATGTGCAGAATAATAACAAAGACTTCCTAGCCAGGAGAATG  547

seq1  AATGCTTTGGGTCAGTTGTAGGACCACCCAACATCAAATGCAATTCTTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTGGGTCAGTTGTAGGACCACCCAACATCAAATGCAATTCTTTT  597

seq1  AACCACTGTATGGAAACAGCATTCATTTGAGTAAGAAAGTTTTCGTACTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGTATGGAAACAGCATTCATTTGAGTAAGAAAGTTTTCGTACTC  647

seq1  TAGAGCGTAACAAAGGCAGTCAACTTGTTGATTCCTCATTTAGTAAATAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCGTAACAAAGGCAGTCAACTTGTTGATTCCTCATTTAGTAAATAC  697

seq1  AGGGTTTTATATAATAACTTTCTTTCCATCAGGAGATACTTGGATATAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTATATAATAACTTTCTTTCCATCAGGAGATACTTGGATATAAA  747

seq1  TAAAAGTCATATGCCTCACAGTAGCATGGGGATTTAGCACTGCACCTTGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTCATATGCCTCACAGTAGCATGGGGATTTAGCACTGCACCTTGC  797

seq1  AGAAATCTGTGTCTTCTCCACAATTGAAATGAGCTTGCGTTTACAATGGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTGTGTCTTCTCCACAATTGAAATGAGCTTGCGTTTACAATGGA  847

seq1  AATGTCACTCTTTGTATGCAGAGCAGTGGAGCATAGCAGAACACATGCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCACTCTTTGTATGCAGAGCAGTGGAGCATAGCAGAACACATGCCT  897

seq1  TCAGCAAAAAAAATATCTGTAAATCAACACACACTGCACTGTGGTGTGGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAAAAAAATATCTGTAAATCAACACACACTGCACTGTGGTGTGGC  947

seq1  TGTAAGAACATGTACCCTCACAAGTCAGGAGACAGCCCTGTCAAAGGAAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAACATGTACCCTCACAAGTCAGGAGACAGCCCTGTCAAAGGAAG  997

seq1  GGCTTGTTCCAATGAATACTGATCAGCTGCTAAAAACAGAACAGAGATTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTTCCAATGAATACTGATCAGCTGCTAAAAACAGAACAGAGATTG  1047

seq1  AGAAAACATCTTATAACTGATAAATGTATTGCTCCCATAACATCAAC  1092
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACATCTTATAACTGATAAATGTATTGCTCCCATAACATCAAC  1094


seq1: chr15_53375309_53376296
seq2: B6Ng01-189I09.g_66_1059

seq1  GAATTCCATTCCATTCCATTATTAAGAATTAACTTTTTCGAGACAGGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCCATTCCATTATTAAGAATTAACTTTTTCGAGACAGGGTT  50

seq1  AAGAAGTCTTAAAATAAGGAATATTTGTAGAATTTTACTGAATGAGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTCTTAAAATAAGGAATATTTGTAGAATTTTACTGAATGAGTGTT  100

seq1  TGGTATCTATGGAGATGATATGTTTTTCCTTTTATGACGTTGTACAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTATGGAGATGATATGTTTTTCCTTTTATGACGTTGTACAGTGA  150

seq1  CTTGTATTAGTTTCTTAATTCTGAACTTACTTTGTCTCCAGGGTTCACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTAGTTTCTTAATTCTGAACTTACTTTGTCTCCAGGGTTCACTC  200

seq1  TAAATCTACAATGTCTAATTTTAAAATTTTCTTTTGGTGATGGTATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTACAATGTCTAATTTTAAAATTTTCTTTTGGTGATGGTATATGT  250

seq1  TTTTCATTAAAAACATTTCTTTCTTCATGTGTGCATCTGCACATATTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTAAAAACATTTCTTTCTTCATGTGTGCATCTGCACATATTTGT  300

seq1  GTGGCTGTAGGCTCCCCTGGCCCAGGATGTGGTCCTATTCGTGAGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTAGGCTCCCCTGGCCCAGGATGTGGTCCTATTCGTGAGAGCTG  350

seq1  GAGTCACGAGCATGTCTGATACTTGGCTTGCTATATAGGTGCTGGGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACGAGCATGTCTGATACTTGGCTTGCTATATAGGTGCTGGGCACA  400

seq1  CACAGCAGCCCCCACAGCTGCACAGCAAGCCCTATGTGGTGAGTTATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGCCCCCACAGCTGCACAGCAAGCCCTATGTGGTGAGTTATCTC  450

seq1  TCCAGCATCAATTTGATTTTATTATACTATGTCAAATTTTGGACCCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATCAATTTGATTTTATTATACTATGTCAAATTTTGGACCCAAGA  500

seq1  TTGATACTGCTTTTATAGAATTAATTTGGGAATATCCTTTTGTCTTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACTGCTTTTATAGAATTAATTTGGGAATATCCTTTTGTCTTTTCT  550

seq1  TGTCTAAGAGAACTGATATATTTTTGACATGAATAACTGGAAGAACTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAGAGAACTGATATATTTTTGACATGAATAACTGGAAGAACTTTC  600

seq1  ATATACAACCATTCAGTTTAGTACTTTCCAGTGGGGAATAGTTTATCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAACCATTCAGTTTAGTACTTTCCAGTGGGGAATAGTTTATCAAC  650

seq1  AGTTTTCTTTCTTCAATTCTTATGGGCTCATTTGGGTTTCCTTGATTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTTTCTTCAATTCTTATGGGCTCATTTGGGTTTCCTTGATTTTC  700

seq1  TTAAATTAGTTTTGATGATCTGTATATGGTTGTGTATTGTTTGTTCATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAGTTTTGATGATCTGTATATGGTTGTGTATTGTTTGTTCATCT  750

seq1  AAAATTTCAAATTATTTGCATGGAGTAGTTTAAACAACTGCTTTTAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAATTATTTGCATGGAGTAGTTTAAACAACTGCTTTTAAAAT  800

seq1  CTGATAACTTCTCATTCATAT-ATAACTATAGACACTTTTATATCTTTTG  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAACTTCTCATTCATATAATAACTATAGACACTTTTATATCTTTTG  850

seq1  TGTTATTTGTAAATTTCA-TCTCTTTTTG-ACATTTAGCCAAT-ATGTTA  896
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||
seq2  TGTTATTTGTAAATTTCATTCTCTTTTTGAACATTTAGCCCATAATGTTA  900

seq1  -TTGTAACTGATCAACTTTTTGCCTTTTC-TACTTTTGTGTACTTTTTAA  944
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  TTTGTAACTGATCAACTTTTTGCCTTTTCTTACTTTTGTGTAC-TTTTAA  949

seq1  ATAAATGTTTATT-ATTCCCACTTATTACTTGTGAGATTAATATG  988
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTTTATTAATTCCCACTTATTACTTGTGAGATTAATATG  994


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |