BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-190G23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 21,005,660 - 21,120,744
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh12
Upstream geneAcot10, LOC100040302
Downstream geneLOC100040351
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190G23.bB6Ng01-190G23.g
ACCGA014190GA014191
length1,1441,065
definitionB6Ng01-190G23.b B6Ng01-190G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,005,660 - 21,006,807)(21,119,681 - 21,120,744)
sequence
gaattcaactcctcagttagaacatgtgcatatttgtagtactgcttagg
agtaagaatgaaccttcaacacagcctgggaaagtgaatctgctcttcag
ggatagacatacagaatttggtcaatcaaggagtatgcaggctccatacc
tgaacttagataaaaagctataagacgtatagatgaagaaagaaggtctg
tcatttggaattatattagcgatgatatggaggtaaattttattatgcct
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agtagaatcatacaagtggctttttcctttattcttcatctaagcactgt
aggattgacactcttgcttaccgctgagtttcctcaatgagaaaatcatt
tatatcactgaatgtgctttttcattttatattaattattttatttcatt
tctcagttttatcaatgttgtgatgtatcattcaacctatggtaaacatt
gcttaccttctacagatgcctgtattaggagaatgctatgattgtactat
gtagggcttctctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_21005660_21006807
seq2: B6Ng01-190G23.b_49_1192

seq1  GAATTCAACTCCTCAGTTAGAACATGTGCATATTTGTAGTACTGCTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCCTCAGTTAGAACATGTGCATATTTGTAGTACTGCTTAGG  50

seq1  AGTAAGAATGAACCTTCAACACAGCCTGGGAAAGTGAATCTGCTCTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGACATACAGAATTTGGTCAATCAAGGAGTATGCAGGCTCCATACC  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CATCTGCATATAGAAGTAAAACCTTAAATTGTCCATTTCCACCAAGTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATATAGATGTTTCTTTACTATTAATTAGTTTTACTATTAATTAACATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCGTCAAATGTTTTTCCATTTAAATTTTCATAGAGCAAACTGTTTC  500

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CAACTCTAAATTCCATTACTTTATGGGTTAAAGTTTCTATAAGAATTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGGGTAACAAAATTGTACATAAATTTTGAGACTATGTTGACATAATACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACAAAATTGTACATAAATTTTGAGACTATGTTGACATAATACCT  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTACATCTCCAACATTTAGGAGAGTTCTTCAAAGTCCAAAAATA  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCTCTATGCCTCTTCCAACTTACTTTTATTTTATTCAATTCTAAT  750

seq1  TCACTTAGTTCTTATTTTACTAACTGCAATTTCAAAAATTTAAGGAAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGTTCTTATTTTACTAACTGCAATTTCAAAAATTTAAGGAAAGC  800

seq1  ATTCAAAGTGTTCCTAGTTTCAGGAGCATTTTCCCTATAGCAATGTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGTGTTCCTAGTTTCAGGAGCATTTTCCCTATAGCAATGTTAAA  850

seq1  TATATTTAACAAAATAATAGTAGTTGATTCACCCTTGGGATCTATGAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAACAAAATAATAGTAGTTGATTCACCCTTGGGATCTATGAGTT  900

seq1  TCATACCCATGGATTCTTATTAAAATTTGCAGTACCACAAATGTTGTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCCATGGATTCTTATTAAAATTTGCAGTACCACAAATGTTGTCCT  950

seq1  CCTTTTGAGTGGGTGTTAAATCTATAAGGAAGCTACCACATGATATTCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGAGTGGGTGTTAAATCTATAAGGAAGCTACCACATGATATTCAT  1000

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      |||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||
seq2  GTCACTCCTATA-CCATTACTGTATATATTCTGC-TCTCTAGCCATTGTT  1048

seq1  GCATAACAATGTGTGTTCAATTCTGTT--ATTTCTTAGTCTTACATTTTA  1098
      || |||||||||||||   ||||||||   |||||||||| |||||||| 
seq2  GCCTAACAATGTGTGT--CATTCTGTTTATTTTCTTAGTC-TACATTTT-  1094

seq1  AAATTAGACTTCTTTTGATTAGAT-ATATAAAATTATTTAATTATTATTT  1147
      ||| ||||| |||||||||   || |||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AAAGTAGAC-TCTTTTGATAGAATAATATAAAAATATTTAAATATTATTT  1143

seq1  A  1148
      |
seq2  A  1144


seq1: chr15_21119681_21120744
seq2: B6Ng01-190G23.g_64_1128 (reverse)

seq1  ATAGAG-AGCCTTACA-AGTACAATCATAGCA-TCTCCTTAATACAGGGC  47
      |||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  
seq2  ATAGAGAAGCCCTACATAGTACAATCATAGCATTCTCC-TAATACAGG--  47

seq1  AATCTGTAGAAAGGTAAAGCAATGTTTACCATAGGTTGAATGGATACATC  97
       |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATCTGTAG-AAGGT-AAGCAATGTTTACCATAGGTTGAAT-GATACATC  94

seq1  AAAACATTTGATAAAACTGAGAAATGAAATAAA--TATTAATATAAAATG  145
      | |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  ACAACA-TTGATAAAACTGAGAAATGAAATAAAATAATTAATATAAAATG  143

seq1  AAAAAGCACATTCAGTGATATTAATGATTTTCTCATTGAGG-AACTCAGC  194
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAAAGCACATTCAGTGATATAAATGATTTTCTCATTGAGGAAACTCAGC  193

seq1  GGTAAGCAAGAGTGTCAATCCTACAGTGCTTAGATGAAGAATAAAGGAAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCAAGAGTGTCAATCCTACAGTGCTTAGATGAAGAATAAAGGAAA  243

seq1  AAGCCACTTGTATGATTCTACTTGTACATTTGTGAAAACAGTAAGACTGT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTTGTATGATTCTACTTGTACATTTGTGAAAACAGTAAGACTGT  293

seq1  GCTTTTGATAGTGAC-AAAATCTAACTTAATGTTAGCTATGGATGAAAAA  343
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGATAGTGACAAAAATCTAACTTAATGTTAGCTATGGATGAAAAA  343

seq1  AGAGATTGGTGGGAAGTGATAAAAACATTATACGTTTTATTTGTGAATAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGGTGGGAAGTGATAAAAACATTATACGTTTTATTTGTGAATAT  393

seq1  CATTA-GCAGGAACATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  442
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCAGGAACATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  443

seq1  ACACACATATATATATCAAAGTCATAAATAGCTATATTTGTATTTATATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATATATATCAAAGTCATAAATAGCTATATTTGTATTTATATT  493

seq1  TGTAATTAAGTACAAATTACATTCCCCATGAAGGATACGTGATGAAATGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTAAGTACAAATTACATTCCCCATGAAGGATACGTGATGAAATGA  543

seq1  ATTTATCAGGATACTTTACTCTTACCACCAAATTTATAGGATCTGGAATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCAGGATACTTTACTCTTACCACCAAATTTATAGGATCTGGAATG  593

seq1  ATTTATCTCATATTTAAAAGTAAATTAACAAATCTCAGAGGTATTTATTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCTCATATTTAAAAGTAAATTAACAAATCTCAGAGGTATTTATTG  643

seq1  GAATTTGGAATTAGAGATTATGATTTTTTTAAATTTTTGAATCACTCTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGGAATTAGAGATTATGATTTTTTTAAATTTTTGAATCACTCTTT  693

seq1  TTTTGTCCTTAGTTTTTAAATATGCTATATGGTTTTTTTTTCTGACTGAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCTTAGTTTTTAAATATGCTATATGGTTTTTTTTTCTGACTGAA  743

seq1  GAAGGGGATAGAAGGAGTGGAATATGAGCAGAACGCATTATGTGCGTAAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGATAGAAGGAGTGGAATATGAGCAGAACGCATTATGTGCGTAAA  793

seq1  TACCAGTATGGCAATTTATATATGCAAAAAAAATAAATGTAATTTTGAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTATGGCAATTTATATATGCAAAAAAAATAAATGTAATTTTGAAA  843

seq1  GTTTAATTGAAATAATTGTTTAGGCATTGAAAATTCTGTATATAAATTCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATTGAAATAATTGTTTAGGCATTGAAAATTCTGTATATAAATTCA  893

seq1  AATTATTTTGATTATATCATGCCCCTACAATTCATCCCAGGACCCACCAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTTGATTATATCATGCCCCTACAATTCATCCCAGGACCCACCAA  943

seq1  ACTATCTCTGTCCCAAGTTCTTCCTGCTCATTTACAGACTTATTATTTTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCTGTCCCAAGTTCTTCCTGCTCATTTACAGACTTATTATTTTT  993

seq1  ATATTATGAATTAATCATGTTATTTATTTACATCCCAAATGTTGCCCCCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATGAATTAATCATGTTATTTATTTACATCCCAAATGTTGCCCCCT  1043

seq1  CCAAGTAATCCCTTAAGAATTC  1064
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTAATCCCTTAAGAATTC  1065


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