BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190M09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 53,644,045 - 53,723,419
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSamd12, EG665097
Upstream geneLOC100039745, Ext1
Downstream geneEG621631, Tnfrsf11b, LOC665280, EG383032, Colec10, Mal2, Nov, LOC665302, LOC100039816, Enpp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190M09.bB6Ng01-190M09.g
ACCGA014446GA014447
length1,117754
definitionB6Ng01-190M09.b B6Ng01-190M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,722,305 - 53,723,419)(53,644,045 - 53,644,798)
sequence
gaattccaggacaaccagaactacatagtgggaccttgtctcaaacaaac
aaacaaacaaacaacaagattcatgttttaaatataaaaaggaggccgtg
agagcaaactgcacactttctttgtatcagagcaagtgactaaaggtcac
tgtatgttttgttatgtaactacaattgaaaggttagtcctaatgtagac
aggcaaaagtcaaaaatgaaaacatagaagatgtggtggtttaaacgaga
aacacccctcatagtctcagcattggaacatttggtctccagttggtgtt
gctctttggagaggtttaggggttgcagtcttgctggaggaagtatgtca
ttgggtttggaaaatcatgaagttggtctgcaatagcttccttgagaggc
atgaatcatagatttttttcaagttagagtctgtggctcccaggtcaatg
tgagcctttcagtttctgggaaaccacagtactccctcaggcagtgaagt
gttcaggtcccccttctttcctctgtgtccctttgaggtcaatgaatcat
atagaaatttgacagggcagttagtcttaggcattgatcttgtgtacctt
gtatagcttgcaaacgtcattttatcctggaagctatcattataccctgt
ttctgataagtgtataaaaagtctgattgcttggcataaatttgtctcca
cctcagtcttgctgagaccccctccagcccatgtctgcttacgattcgtc
tctcactgatcatatcaggagaccttggcttgcactggcatttagaatga
tgaacttgttttgaggttaaataaacacaccacttccagttggctccccc
tgcttcatgcttatggtaaagggtgagagctctcagtttcctgttatggc
tgctatgtcttccacttccccactttgatggacccttattcctctagaac
tgtaagcccaaataactaactgtcttttttcaataaattgacttggtctt
ggtatttatcagagctacagaataatacataagtaataataagataatag
tcatgggggtggggggaaagaacaggaaagacaagggtgttagaatgttt
ttctaggggtaaaagat

gaattctttcctatcatctcaatttatcttagatctttccccttttctct
tacttgcatagtcactttctactggcctgagtctgcattgcctttctgtg
ggtcttcgaaacaagctaataactggccactgtactcaagtaacagtaca
cattattattttcttctgagctgccaaagcatttatataaacatgtaaat
atgtcatagttctcaaaggtaatacctcccagtattgatccatacacaca
gataaagtgcacgcacacacacacacacacacgcacacacacacacacac
acacacacacacagagacacatacacacagagtaaatatgatgtgtatgt
ttacttcaatttctacaacattttgcaaatatacagagaatattactgat
tcttgtatatttgcattggatcaagttttattaattttagtacttttgtt
ttcttagccttgattcccctgatccctaacatgaagtctaaatattatac
tgattctcttgccattcagatttgtcttatttataatcaccaatttatag
tctaaccttctccacacttgttcttttatctggctgcttgctggccatcc
ctagcctcattggacagctgcttgtcagtggttaagcagagagacctgca
taactctgacaggcaccacgcctccagtaccaacaggtatgcagtggcca
gcccatgcagctgtcagtttcccagatgatatccttccttccttccttcc
ttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_53722305_53723419
seq2: B6Ng01-190M09.b_43_1159 (reverse)

seq1  ATCTTTTACCCCCTAGAAAACATTTCTAACACC--TGTCCTTCCTGTCCT  48
      |||||||| |||||||||||   ||||||||||  |||| ||||||| ||
seq2  ATCTTTTA-CCCCTAGAAAAACATTCTAACACCCTTGTCTTTCCTGTTCT  49

seq1  TTCCCCC--ACCCCATGACTATTATCTTATTATTACCTTATGTATTATTC  96
      |||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCCCCCACCCCCATGACTATTATCTTATTATTA-CTTATGTATTATTC  98

seq1  TGTAGCTCTGATAAAATACCAAGACCAAGTCAATTTATTG-AAAAAGACA  145
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTAGCTCTGAT-AAATACCAAGACCAAGTCAATTTATTGAAAAAAGACA  147

seq1  GTTAGTTATTTGGGCTTACAGTTCTAGAGGAATAAGGGTCCATCAAAGTG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTATTTGGGCTTACAGTTCTAGAGGAATAAGGGTCCATCAAAGTG  197

seq1  GGGAAGTGGAAGACATAGCAGCCATAACAGGAAACTGAGAGCTCTCACCC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTGGAAGACATAGCAGCCATAACAGGAAACTGAGAGCTCTCACCC  247

seq1  TTTACCATAAGCATGAAGCAGGGGGAGCCAACTGGAAGTGGTGTGTTTAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATAAGCATGAAGCAGGGGGAGCCAACTGGAAGTGGTGTGTTTAT  297

seq1  TTAACCTCAAAACAAGTTCATCATTCTAAATGCCAGTGCAAGCCAAGGTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTCAAAACAAGTTCATCATTCTAAATGCCAGTGCAAGCCAAGGTC  347

seq1  TCCTGATATGATCAGTGAGAGACGAATCGTAAGCAGACATGGGCTGGAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATATGATCAGTGAGAGACGAATCGTAAGCAGACATGGGCTGGAGG  397

seq1  GGGTCTCAGCAAGACTGAGGTGGAGACAAATTTATGCCAAGCAATCAGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCAGCAAGACTGAGGTGGAGACAAATTTATGCCAAGCAATCAGAC  447

seq1  TTTTTATACACTTATCAGAAACAGGGTATAATGATAGCTTCCAGGATAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATACACTTATCAGAAACAGGGTATAATGATAGCTTCCAGGATAAA  497

seq1  ATGACGTTTGCAAGCTATACAAGGTACACAAGATCAATGCCTAAGACTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGTTTGCAAGCTATACAAGGTACACAAGATCAATGCCTAAGACTAA  547

seq1  CTGCCCTGTCAAATTTCTATATGATTCATTGACCTCAAAGGGACACAGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTGTCAAATTTCTATATGATTCATTGACCTCAAAGGGACACAGAG  597

seq1  GAAAGAAGGGGGACCTGAACACTTCACTGCCTGAGGGAGTACTGTGGTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAGGGGGACCTGAACACTTCACTGCCTGAGGGAGTACTGTGGTTT  647

seq1  CCCAGAAACTGAAAGGCTCACATTGACCTGGGAGCCACAGACTCTAACTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAACTGAAAGGCTCACATTGACCTGGGAGCCACAGACTCTAACTT  697

seq1  GAAAAAAATCTATGATTCATGCCTCTCAAGGAAGCTATTGCAGACCAACT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAATCTATGATTCATGCCTCTCAAGGAAGCTATTGCAGACCAACT  747

seq1  TCATGATTTTCCAAACCCAATGACATACTTCCTCCAGCAAGACTGCAACC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATTTTCCAAACCCAATGACATACTTCCTCCAGCAAGACTGCAACC  797

seq1  CCTAAACCTCTCCAAAGAGCAACACCAACTGGAGACCAAATGTTCCAATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACCTCTCCAAAGAGCAACACCAACTGGAGACCAAATGTTCCAATG  847

seq1  CTGAGACTATGAGGGGTGTTTCTCGTTTAAACCACCACATCTTCTATGTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACTATGAGGGGTGTTTCTCGTTTAAACCACCACATCTTCTATGTT  897

seq1  TTCATTTTTGACTTTTGCCTGTCTACATTAGGACTAACCTTTCAATTGTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTGACTTTTGCCTGTCTACATTAGGACTAACCTTTCAATTGTA  947

seq1  GTTACATAACAAAACATACAGTGACCTTTAGTCACTTGCTCTGATACAAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATAACAAAACATACAGTGACCTTTAGTCACTTGCTCTGATACAAA  997

seq1  GAAAGTGTGCAGTTTGCTCTCACGGCCTCCTTTTTATATTTAAAACATGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGTGCAGTTTGCTCTCACGGCCTCCTTTTTATATTTAAAACATGA  1047

seq1  ATCTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAAGGTCCCACTATGTAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAAGGTCCCACTATGTAG  1097

seq1  TTCTGGTTGTCCTGGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTGTCCTGGAATTC  1117


seq1: chr15_53644045_53644798
seq2: B6Ng01-190M09.g_66_819

seq1  GAATTCTTTCCTATCATCTCAATTTATCTTAGATCTTTCCCCTTTTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCTATCATCTCAATTTATCTTAGATCTTTCCCCTTTTCTCT  50

seq1  TACTTGCATAGTCACTTTCTACTGGCCTGAGTCTGCATTGCCTTTCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCATAGTCACTTTCTACTGGCCTGAGTCTGCATTGCCTTTCTGTG  100

seq1  GGTCTTCGAAACAAGCTAATAACTGGCCACTGTACTCAAGTAACAGTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCGAAACAAGCTAATAACTGGCCACTGTACTCAAGTAACAGTACA  150

seq1  CATTATTATTTTCTTCTGAGCTGCCAAAGCATTTATATAAACATGTAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTATTTTCTTCTGAGCTGCCAAAGCATTTATATAAACATGTAAAT  200

seq1  ATGTCATAGTTCTCAAAGGTAATACCTCCCAGTATTGATCCATACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATAGTTCTCAAAGGTAATACCTCCCAGTATTGATCCATACACACA  250

seq1  GATAAAGTGCACGCACACACACACACACACACGCACACACACACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTGCACGCACACACACACACACACACGCACACACACACACACAC  300

seq1  ACACACACACACAGAGACACATACACACAGAGTAAATATGATGTGTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAGAGACACATACACACAGAGTAAATATGATGTGTATGT  350

seq1  TTACTTCAATTTCTACAACATTTTGCAAATATACAGAGAATATTACTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCAATTTCTACAACATTTTGCAAATATACAGAGAATATTACTGAT  400

seq1  TCTTGTATATTTGCATTGGATCAAGTTTTATTAATTTTAGTACTTTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATATTTGCATTGGATCAAGTTTTATTAATTTTAGTACTTTTGTT  450

seq1  TTCTTAGCCTTGATTCCCCTGATCCCTAACATGAAGTCTAAATATTATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGCCTTGATTCCCCTGATCCCTAACATGAAGTCTAAATATTATAC  500

seq1  TGATTCTCTTGCCATTCAGATTTGTCTTATTTATAATCACCAATTTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTCTTGCCATTCAGATTTGTCTTATTTATAATCACCAATTTATAG  550

seq1  TCTAACCTTCTCCACACTTGTTCTTTTATCTGGCTGCTTGCTGGCCATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACCTTCTCCACACTTGTTCTTTTATCTGGCTGCTTGCTGGCCATCC  600

seq1  CTAGCCTCATTGGACAGCTGCTTGTCAGTGGTTAAGCAGAGAGACCTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTCATTGGACAGCTGCTTGTCAGTGGTTAAGCAGAGAGACCTGCA  650

seq1  TAACTCTGACAGGCACCACGCCTCCAGTACCAACAGGTATGCAGTGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTGACAGGCACCACGCCTCCAGTACCAACAGGTATGCAGTGGCCA  700

seq1  GCCCATGCAGCTGTCAGTTTCCCAGATGATATCCTTCCTTCCTTCCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGCAGCTGTCAGTTTCCCAGATGATATCCTTCCTTCCTTCCTTCC  750

seq1  TTCC  754
      ||||
seq2  TTCC  754


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |