BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194L09
Chromosome15 (Build37)
Map Location 52,780,744 - 52,942,775
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039745, Ext1
Upstream geneRad21, Aard, LOC100039720, LOC665219, Slc30a8, LOC100039748, Thrap6
Downstream geneSamd12, EG665097, EG621631
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194L09.bB6Ng01-194L09.g
ACCGA017332GA017333
length1,1191,058
definitionB6Ng01-194L09.b B6Ng01-194L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,780,744 - 52,781,869)(52,941,720 - 52,942,775)
sequence
gaattcttacacaatttaacaataggagcctatgctattgtatataatag
ggctattgatccaaaatgccagcgagagggaggaaagtcgagtacaaggc
agcaagatgtatacacaagaaaggcagctccaaacaacactggagatgga
aggagttgtcaagcatgtaatcttattggtcagtgcttttccagagggct
ctcagccatctacttcatgaatattcttaggttggattgcctagaagctg
agctcagccagggattcccatacaaatggctcttaaacaaaaggctgcta
tcctaggaaagtagataagcaagggaggaagtaaggacagagaaaaggca
gaaacacaagaagtactcccaagtaaagcttgcccttgccctgctccaga
gggtgctatggggatagaaacagcagtcattccatcttgaggcaatagag
tgggtattacttgtactttgcatctgtccaacatcagatgctcctggagg
gtaggagacatcatctctcagtttgcctaggaagatagatctcatatgag
aatagctgtgtgcaaaggccaacaggtacactctccaggctgcagcactc
actgcctatggaaggttatgtaataactaaagtagcttcacaatttacca
gagaggagttcagagaaccaccctatccaggaaagctgggtccaaagtga
gcatgataatacagaagtagttagaagggggaagggtaagcagtaattca
gaaacagtttcaatggtagaattggggatctattgagtctgttgtatatg
ggtgccatatggatagcaaaggtgagcctagctgatagatgtaagaacta
tagaaatcagaatcaagccctggagagctagagacatagtgggaggccaa
tgtcaaagatatcaaaagtaagaaaaggcagggttgtagggagaggtgaa
ttccatctaggcattttccaatttgtagaaagataaggcagctctaattc
tatactggagttccgatttggcgaccatcagcatccagatgagcagtgta
gatgaaggagacttgaagtaatgtagctccagtgttgcccttccactgtc
acagacctccgctgacttg

gaattccacagggtctggctatgtcacactggagtgatgattctagtttt
ctctggtgatggggatgactttaagagattttacagccttttttgtttgt
ttgtttgtttgtttgtttgtttgtttcttcaagaaagggtttctctgttt
cgttttggttgtcctggaactagttctatagaccagctggctttgaactc
atggagatcagcctgcctctgcctcactgctgggattaaaggcatatgcc
ttcactgtcccgcttgagattttaaatcttatcaattaggttcaatcttg
ggcagataaagcaactgcctttggatagtgtctgtctgaatgtgacagta
tcatcagaagtgttttttttttaaggacacatgaatatatgctcaggttc
agtgaagcaagagagcatcacaggagaccgagttaaagaattccaaagca
ggaaatgccccaagtgaagccagtaactggcccaactaaggtcatcatca
tccgttctcttgaaacaactcagtatttcatgaattcctcaaccatagaa
tctaaaagagaaaaaggttcatgggctgagcgtgcttaaaagttgcaatg
gaaaatatttctttcagttacctttctatgaatagacaccataaggactt
gcctacagttttatagggcgaactcatgaccatcatggcattgaatatgg
cagcaggcagacaaagattgcacagtagctgagagcttgcatctgatcca
caaggagcaattaggggatggtggaatgaaactgggcctgttgtgagaca
ttttgacattcaagcctaccccttgtgacatacatcctgcaacaagacca
cacctcctaaatctccccaaatcagttctaccaactaagggccacacatt
catatatatgagcctatggaggagcattctcgttaaaccaccacaatatt
gttgtaagtatggtgttgtatatatatatatatctgtacagctgtcttta
tctttgtgactatattgcagaacattggagcaattgtgaattgtatacaa
tgcatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_52780744_52781869
seq2: B6Ng01-194L09.b_46_1164

seq1  GAATTCTTACACAATTTAACAATAGGAGCCTATGCTATTGTATATAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACACAATTTAACAATAGGAGCCTATGCTATTGTATATAATAG  50

seq1  GGCTATTGATCCAAAATGCCAGCGAGAGGGAGGAAAGTCGAGTACAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTGATCCAAAATGCCAGCGAGAGGGAGGAAAGTCGAGTACAAGGC  100

seq1  AGCAAGATGTATACACAAGAAAGGCAGCTCCAAACAACACTGGAGATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATGTATACACAAGAAAGGCAGCTCCAAACAACACTGGAGATGGA  150

seq1  AGGAGTTGTCAAGCATGTAATCTTATTGGTCAGTGCTTTTCCAGAGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTGTCAAGCATGTAATCTTATTGGTCAGTGCTTTTCCAGAGGGCT  200

seq1  CTCAGCCATCTACTTCATGAATATTCTTAGGTTGGATTGCCTAGAAGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCATCTACTTCATGAATATTCTTAGGTTGGATTGCCTAGAAGCTG  250

seq1  AGCTCAGCCAGGGATTCCCATACAAATGGCTCTTAAACAAAAGGCTGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGCCAGGGATTCCCATACAAATGGCTCTTAAACAAAAGGCTGCTA  300

seq1  TCCTAGGAAAGTAGATAAGCAAGGGAGGAAGTAAGGACAGAGAAAAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGAAAGTAGATAAGCAAGGGAGGAAGTAAGGACAGAGAAAAGGCA  350

seq1  GAAACACAAGAAGTACTCCCAAGTAAAGCTTGCCCTTGCCCTGCTCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACAAGAAGTACTCCCAAGTAAAGCTTGCCCTTGCCCTGCTCCAGA  400

seq1  GGGTGCTATGGGGATAGAAACAGCAGTCATTCCATCTTGAGGCAATAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTATGGGGATAGAAACAGCAGTCATTCCATCTTGAGGCAATAGAG  450

seq1  TGGGTATTACTTGTACTTTGCATCTGTCCAACATCAGATGCTCCTGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATTACTTGTACTTTGCATCTGTCCAACATCAGATGCTCCTGGAGG  500

seq1  GTAGGAGACATCATCTCTCAGTTTGCCTAGGAAGATAGATCTCATATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGACATCATCTCTCAGTTTGCCTAGGAAGATAGATCTCATATGAG  550

seq1  AATAGCTGTGTGCAAAGGCCAACAGGTACACTCTCCAGGCTGCAGCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTGTGTGCAAAGGCCAACAGGTACACTCTCCAGGCTGCAGCACTC  600

seq1  ACTGCCTATGGAAGGTTATGTAATAACTAAAGTAGCTTCACAATTTACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTATGGAAGGTTATGTAATAACTAAAGTAGCTTCACAATTTACCA  650

seq1  GAGAGGAGTTCAGAGAACCACCCTATCCAGGAAAGCTGGGTCCAAAGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGTTCAGAGAACCACCCTATCCAGGAAAGCTGGGTCCAAAGTGA  700

seq1  GCATGATAATACAGAAGTAGTTAGAAGGGGGAAGGGTAAGCAGTAATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATAATACAGAAGTAGTTAGAAGGGGGAAGGGTAAGCAGTAATTCA  750

seq1  GAAACAGTTTCAATGGTAGAATTGGGGATCTATTGAGTCTGTTGTATATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGTTTCAATGGTAGAATTGGGGATCTATTGAGTCTGTTGTATATG  800

seq1  GGTGCCATATGGATAGCAAAGGTGAGCCTAGCTGATAGATGTAAGAACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCATATGGATAGCAAAGGTGAGCCTAGCTGATAGATGTAAGAACTA  850

seq1  TAG-AATCAGAATCAAGCCCTGGAGAGCTAGAGACATAGT-GGAGGCCAA  898
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAGAAATCAGAATCAAGCCCTGGAGAGCTAGAGACATAGTGGGAGGCCAA  900

seq1  TGTCAAAGATATCAAAAGTAAGGAAAAGGCAGGGGTTGTA-GGAGAGGTG  947
      ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TGTCAAAGATATCAAAAGTAA-GAAAAGGCA-GGGTTGTAGGGAGAGGTG  948

seq1  AATTCATTCTAGGCATTTT-CAATTTGTAGAAAGAT-AGGCAGCTTCTAA  995
      |||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  AATTCCATCTAGGCATTTTCCAATTTGTAGAAAGATAAGGCAGC-TCT-A  996

seq1  ATTCTATACCTGGAGTTCCGATTTGGCGACCAACAGCATCAGGATGGAGC  1045
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| 
seq2  ATTCTATA-CTGGAGTTCCGATTTGGCGACCATCAGCATCCAGAT-GAG-  1043

seq1  CAGGGTAAGAAGGAAGGAAGACTTG-AGTAATGTAGCTCAAGTAGTTGCC  1094
      ||| |||   | ||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CAGTGTA--GATGAAGG-AGACTTGAAGTAATGTAGCTCCAGT-GTTGCC  1089

seq1  CTTCCCACTGTCACAGCACCTCCGCTGTCTTG  1126
      ||| |||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CTT-CCACTGTCACAG-ACCTCCGCTGACTTG  1119


seq1: chr15_52941720_52942775
seq2: B6Ng01-194L09.g_65_1122 (reverse)

seq1  AGCATGCA-TGTATAC-ATTCACAATTGCTCCAATG-TCTGCCAAATATA  47
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||
seq2  AGCATGCATTGTATACAATTCACAATTGCTCCAATGTTCTGC--AATATA  48

seq1  GTCACAAAGATAAAGACAGCTGTACAGAATATATATATATATAC-ACACA  96
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| 
seq2  GTCACAAAGATAAAGACAGCTGTACAG-ATATATATATATATACAACACC  97

seq1  TAACTTACAACAATATTGT-GTGGTTTAAACGAGAATGCTCCTCCATAGG  145
        ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTACAACAATATTGTGGTGGTTT-AACGAGAATGCTCCTCCATAGG  146

seq1  CTCATATATATGAATGTGTGGCCCTTAGTTGGTAGAACTGATTTGGGGAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATATATGAATGTGTGGCCCTTAGTTGGTAGAACTGATTTGGGGAG  196

seq1  ATTTAGGAGGTGTGGTCTTGTTGCAGGATGTATGTCACAAGGGGTAGGCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGAGGTGTGGTCTTGTTGCAGGATGTATGTCACAAGGGGTAGGCT  246

seq1  TGAATGTC-AAATGTCTCACAACAGGCCCAGTTTCATTCCACCATCCCCT  294
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCAAAATGTCTCACAACAGGCCCAGTTTCATTCCACCATCCCCT  296

seq1  AATTGCTCCTTGTGGATCAGATGCAAGCTCTCAGCTACTGTGCAATCTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTCCTTGTGGATCAGATGCAAGCTCTCAGCTACTGTGCAATCTTT  346

seq1  GTCTGCCTGCTGCCATATTCAATGCCATGATGGTCATGAGTTCGCCCTAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCTGCTGCCATATTCAATGCCATGATGGTCATGAGTTCGCCCTAT  396

seq1  AAAACTGTAGGCAAGTCCTTATGGTGTCTATTCATAGAAAGGTAACTGAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGTAGGCAAGTCCTTATGGTGTCTATTCATAGAAAGGTAACTGAA  446

seq1  AGAAATATTTTCCATTGCAACTTTTAAGCACGCTCAGCCCATGAACCTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTTTCCATTGCAACTTTTAAGCACGCTCAGCCCATGAACCTTT  496

seq1  TTCTCTTTTAGATTCTATGGTTGAGGAATTCATGAAATACTGAGTTGTTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTAGATTCTATGGTTGAGGAATTCATGAAATACTGAGTTGTTT  546

seq1  CAAGAGAACGGATGATGATGACCTTAGTTGGGCCAGTTACTGGCTTCACT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAACGGATGATGATGACCTTAGTTGGGCCAGTTACTGGCTTCACT  596

seq1  TGGGGCATTTCCTGCTTTGGAATTCTTTAACTCGGTCTCCTGTGATGCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCATTTCCTGCTTTGGAATTCTTTAACTCGGTCTCCTGTGATGCTC  646

seq1  TCTTGCTTCACTGAACCTGAGCATATATTCATGTGTCCTTAAAAAAAAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTCACTGAACCTGAGCATATATTCATGTGTCCTTAAAAAAAAAA  696

seq1  CACTTCTGATGATACTGTCACATTCAGACAGACACTATCCAAAGGCAGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGATGATACTGTCACATTCAGACAGACACTATCCAAAGGCAGTT  746

seq1  GCTTTATCTGCCCAAGATTGAACCTAATTGATAAGATTTAAAATCTCAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATCTGCCCAAGATTGAACCTAATTGATAAGATTTAAAATCTCAAG  796

seq1  CGGGACAGTGAAGGCATATGCCTTTAATCCCAGCAGTGAGGCAGAGGCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACAGTGAAGGCATATGCCTTTAATCCCAGCAGTGAGGCAGAGGCAG  846

seq1  GCTGATCTCCATGAGTTCAAAGCCAGCTGGTCTATAGAACTAGTTCCAGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCTCCATGAGTTCAAAGCCAGCTGGTCTATAGAACTAGTTCCAGG  896

seq1  ACAACCAAAACGAAACAGAGAAACCCTTTCTTGAAGAAACAAACAAACAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAAAACGAAACAGAGAAACCCTTTCTTGAAGAAACAAACAAACAA  946

seq1  ACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGCTGTAAAATCTCTTAAAGTCATCC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGCTGTAAAATCTCTTAAAGTCATCC  996

seq1  CCATCACCAGAGAAAACTAGAATCATCACTCCAGTGTGACATAGCCAGAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACCAGAGAAAACTAGAATCATCACTCCAGTGTGACATAGCCAGAC  1046

seq1  CCTGTGGAATTC  1056
      ||||||||||||
seq2  CCTGTGGAATTC  1058


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |