BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196P01
Chromosome15 (Build37)
Map Location 18,909,565 - 19,042,693
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh10, EG666857
Upstream geneLOC666835, LOC666839
Downstream geneEG666875, LOC621884, LOC100040265
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196P01.bB6Ng01-196P01.g
ACCGA018944GA018945
length9721,010
definitionB6Ng01-196P01.b B6Ng01-196P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,909,565 - 18,910,538)(19,041,660 - 19,042,693)
sequence
gaattcaatactcttattactcagaatgtcaactgtgaccttctttgaaa
tatgtaacttagacctcataggttcatgacagttatggccccaatatgca
ggttctggttgtaactagcactgatagcctcaaggtagatatgcacaaag
ctcaggtgatgtgcacatagggaactgaacagagctgggagtctcaggaa
gcatatacaacaaaaatccctgtgcctaatttaccttctgtttgactaaa
cagggcaactgttgtacaaggtgcttttcatgttagctttgtcaatggat
tcatgtacttataaatatgtagactatctacacacacgtgtattatacat
gtggatgcatctccttataaaatctaaggcttgatttttataagttcagt
aggtataaaattttttcaaatcatccttttaatttgtaatttcatagctc
tggtttggcacactttgtatctatttttatgatttatttctctgtaaatg
gttttccacatcaaacctaacttttctactcggccatctgtgtttgttgt
tctttgggcctttagcatatgtttgttaatataggcactaaagtatgttc
tcatcatgtataacatgttttatttctttgcattattttttacttataaa
tgttttgagtgtagaatgacttattcatattcttaccttttattttagca
gatcttaactgcttcttatttcagaaatcattcatgatgacaatcaacaa
tgcattgacttatattgacttataaattaatttacacattttagaaatat
tcagtagatgtgtatgtgtagatttgtaggattgttgcagatggaattat
tgtaggcaaaagacagacccagtatgctaactaaaatggtgggggcatct
tcttataaaatctaaatgactatgaatgcacacacacgtgtgtatatatg
tgtatatatatatgtgtgtgga

gaattctttggctaaaagtgttaaatctcagttgtatttaagtatgaaca
acctgtcccagaactcagggacattttttgacatggagcatctgagttta
gttagtcttctttggaagattctttaaaagggggtttggagatatatcac
aggagcatgaattcatttttaatttgtatctaccacacttaaatgtccat
acctgtaacatctggaaaaatatttattatacattatctgcttcttaagt
ataattactgatataatcaatcaacacaagttgaatgagtaacatatatg
tcaagcattgttatttcataatgaatttatgaaaatattatttttgtcaa
aactctcaagtaatttaaaaaattaatatttagcaacttttatagtatat
ttactttttactattcattgatctcaaagaatattaaagacaagcagcca
atctggtttatattattaaagcacatttttaaacaaacaaaaataaaaat
cactgtacatcattacatacacattctaatcaacaaatttgttaaatgtt
tcacagtatagaatgaaataaagtacacaaaattaaaatttaaaagatca
ttcatcatgcatattttcactgtccatatttggtcaatctgcctgctttg
catagttcactcaaatggacttgcagaaaaaatcattatgccagtctctt
acttttgccaaaacctgtgatgtaacttattggggaaaatcactctagct
aggccaatatacttagcactgactattttcctgcatgataaaaatctacc
cattactctaagcaagacaggtttggatgtaagctatatggacagatcta
ctatatcagtgccttcaggctgaacacatctgcgtatccacacatatccg
aactctttgagcatctcaattatcgatgattatgatctcaaatgtgagtc
tattccaacatatatgtagtggcttttttctaaatgtggaaaggatacag
tgcatacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_18909565_18910538
seq2: B6Ng01-196P01.b_41_1012

seq1  GAATTCAATACTCTTATTACTCAGAATGTCAACTGTGACCTTCTTTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACTCTTATTACTCAGAATGTCAACTGTGACCTTCTTTGAAA  50

seq1  TATGTAACTTAGACCTCATAGGTTCATGACAGTTATGGCCCCAATATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAACTTAGACCTCATAGGTTCATGACAGTTATGGCCCCAATATGCA  100

seq1  GGTTCTGGTTGTAACTAGCACTGATAGCCTCAAGGTAGATATGCACAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGGTTGTAACTAGCACTGATAGCCTCAAGGTAGATATGCACAAAG  150

seq1  CTCAGGTGATGTGCACATAGGGAACTGAACAGAGCTGGGAGTCTCAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTGATGTGCACATAGGGAACTGAACAGAGCTGGGAGTCTCAGGAA  200

seq1  GCATATACAACAAAAATCCCTGTGCCTAATTTACCTTCTGTTTGACTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATACAACAAAAATCCCTGTGCCTAATTTACCTTCTGTTTGACTAAA  250

seq1  CAGGGCAACTGTTGTACAAGGTGCTTTTCATGTTAGCTTTGTCAATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAACTGTTGTACAAGGTGCTTTTCATGTTAGCTTTGTCAATGGAT  300

seq1  TCATGTACTTATAAATATGTAGACTATCTACACACACGTGTATTATACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTACTTATAAATATGTAGACTATCTACACACACGTGTATTATACAT  350

seq1  GTGGATGCATCTCCTTATAAAATCTAAGGCTTGATTTTTATAAGTTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCATCTCCTTATAAAATCTAAGGCTTGATTTTTATAAGTTCAGT  400

seq1  AGGTATAAAATTTTTTCAAATCATCCTTTTAATTTGTAATTTCATAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAAAATTTTTTCAAATCATCCTTTTAATTTGTAATTTCATAGCTC  450

seq1  TGGTTTGGCACACTTTGTATCTATTTTTATGATTTATTTCTCTGTAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGCACACTTTGTATCTATTTTTATGATTTATTTCTCTGTAAATG  500

seq1  GTTTTCCACATCAAACCTAACTTTTCTACTCGGCCATCTGTGTTTGTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCACATCAAACCTAACTTTTCTACTCGGCCATCTGTGTTTGTTGT  550

seq1  TCTTTGGGCCTTTAGCATATGTTTGTTAATATAGGCACTAAAGTATGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGGCCTTTAGCATATGTTTGTTAATATAGGCACTAAAGTATGTTC  600

seq1  TCATCATGTATAACATGTTTTATTTCTTTGCATTATTTTTTACTTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGTATAACATGTTTTATTTCTTTGCATTATTTTTTACTTATAAA  650

seq1  TGTTTTGAGTGTAGAATGACTTATTCATATTCTTACCTTTTATTTTAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAGTGTAGAATGACTTATTCATATTCTTACCTTTTATTTTAGCA  700

seq1  GATCTTAACTGCTTCTTATTTCAGAAATCATTCATGATGACAATCAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTAACTGCTTCTTATTTCAGAAATCATTCATGATGACAATCAACAA  750

seq1  TGCATTGACTTATATTGACTTATAAATTAATTTACACATTTTAGAAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGACTTATATTGACTTATAAATTAATTTACACATTTTAGAAATAT  800

seq1  TCAGTAGATGTGTATGTGTAGATTTGTAGGATTGTTGCAGATGGAATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGATGTGTATGTGTAGATTTGTAGGATTGTTGCAGATGGAATTAT  850

seq1  TGTAGGCAAAAGACAGACCCAGTATGCTAACTAAAATGGTGGGGGCATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGCAAAAGACAGACCCAGTATGCTAACTAAAATGGTGGGGGCATCT  900

seq1  TCTTATAAAAATCTAAATGACTATGAATGCACACACACGTGTGTAATATA  950
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTAT-AAAATCTAAATGACTATGAATGCACACACACGTGTGT-ATATA  948

seq1  TGTGTATATATATATGTGTGTGTA  974
      |||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGTATATATATATGTGTGTGGA  972


seq1: chr15_19041660_19042693
seq2: B6Ng01-196P01.g_60_1069 (reverse)

seq1  ACTGTATGGCACTGTGTAATCCTTTTCACAAACATTTAAGAAAAAAACCC  50
      ||||||| |||||||   ||||||| |    |||||||   |||||| ||
seq2  ACTGTAT-GCACTGT---ATCCTTTCC----ACATTTA--GAAAAAAGCC  40

seq1  ACTAACATATATGTTGGGAAATAGACCTAAACATTTGAGATCTATAATTC  100
      ||| |||||||||||||  |||||||    |||||||||||| |||| ||
seq2  ACT-ACATATATGTTGG--AATAGAC--TCACATTTGAGATC-ATAA-TC  83

seq1  ATCGATAAATTGAGATGCTTCAAAGGAGTCCGGGATATGTGTTGATACGC  150
      |||||| ||||||||||| ||||| |||| | |||||||||| |||||||
seq2  ATCGAT-AATTGAGATGC-TCAAA-GAGTTC-GGATATGTGTGGATACGC  129

seq1  AGATGTGTTTCAGCCCTGAAAGCACTTGGATAATTAGTAGATCTGTCCAT  200
      ||||||| ||||| |||||| |||||  ||||  ||||||||||||||||
seq2  AGATGTG-TTCAG-CCTGAAGGCACT--GATA--TAGTAGATCTGTCCAT  173

seq1  ATAGCTTACCATCCAAACCTGTCTTGCTTAGAGTTAATGGGTAGATTTTA  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  ATAGCTTA-CATCCAAACCTGTCTTGCTTAGAG-TAATGGGTAGATTTTT  221

seq1  ATCATGCAGGAAAATAGTCAGTGCTAAGTATATTGGCCTAGCTAGAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCAGGAAAATAGTCAGTGCTAAGTATATTGGCCTAGCTAGAGTGA  271

seq1  TTTCCCCCAATAAGTTACATCACAGGTTTTGGCAAAAGTAAGAGACTGGC  350
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCAATAAGTTACATCACAGGTTTTGGCAAAAGTAAGAGACTGGC  321

seq1  ATAATGA-TTTTTCTGCAAGTCCATTTGAGTGAACTATGCAAAGCAGGCA  399
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATTTTTTCTGCAAGTCCATTTGAGTGAACTATGCAAAGCAGGCA  371

seq1  GATTGACCAAATATGGACAGTGAAAATATGCATGATGAATGATCTTTTAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACCAAATATGGACAGTGAAAATATGCATGATGAATGATCTTTTAA  421

seq1  ATTTTAATTTTGTGTACTTTATTTCATTCTATACTGTGAAACATTTAACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTTTGTGTACTTTATTTCATTCTATACTGTGAAACATTTAACA  471

seq1  AATTTG-TGATTAGAATGTGTATGTAATGATGTACAGTGATTTT--ATTT  546
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  AATTTGTTGATTAGAATGTGTATGTAATGATGTACAGTGATTTTTATTTT  521

seq1  TGTTTGTTT-AAAATGTGCTTTAATAATATAAACCAGATTGGCTGCTTGT  595
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTAAAAATGTGCTTTAATAATATAAACCAGATTGGCTGCTTGT  571

seq1  CTTTAATATTCTTTGAGATCAATGAATAGTAAAAAGTAAATATACTATAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATATTCTTTGAGATCAATGAATAGTAAAAAGTAAATATACTATAA  621

seq1  AAGTTGCTAAATATTAATTTTTTAAATTACTTGAGAGTTTTGACAAAAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCTAAATATTAATTTTTTAAATTACTTGAGAGTTTTGACAAAAAT  671

seq1  AATATTTTCATAAATTCATTATGAAATAACAATGCTTGACATATATGTTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTCATAAATTCATTATGAAATAACAATGCTTGACATATATGTTA  721

seq1  CTCATTCAACTTGTGTTGATTGATTATATCAGTAATTATACTTAAGAAGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCAACTTGTGTTGATTGATTATATCAGTAATTATACTTAAGAAGC  771

seq1  AGATAATGTATAATAAATATTTTTCCAGATGTTACAGGTATGGACATTTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGTATAATAAATATTTTTCCAGATGTTACAGGTATGGACATTTA  821

seq1  AGTGTGGTAGATACAAATTAAAAATGAATTCATGCTCCTGTGATATATCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTAGATACAAATTAAAAATGAATTCATGCTCCTGTGATATATCT  871

seq1  CCAAACCCCCTTTTAAAGAATCTTCCAAAGAAGACTAACTAAACTCAGAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCCCTTTTAAAGAATCTTCCAAAGAAGACTAACTAAACTCAGAT  921

seq1  GCTCCATGTCAAAAAATGTCCCTGAGTTCTGGGACAGGTTGTTCATACTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGTCAAAAAATGTCCCTGAGTTCTGGGACAGGTTGTTCATACTT  971

seq1  AAATACAACTGAGATTTAACACTTTTAGCCAAAGAATTC  1034
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAACTGAGATTTAACACTTTTAGCCAAAGAATTC  1010


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |