BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200K22
Chromosome15 (Build37)
Map Location 19,042,530 - 19,159,006
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666835, LOC666839, Cdh10, EG666857
Downstream geneEG666875, LOC621884, LOC100040265
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200K22.bB6Ng01-200K22.g
ACCGA021676GA021677
length1,1171,146
definitionB6Ng01-200K22.b B6Ng01-200K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,157,998 - 19,159,006)(19,042,530 - 19,043,697)
sequence
gaattcattaaacaatcttgaaaacttctcctgcacataagagaatacta
tagaaaggataatttatctttttactctttattttattccatgtatgttt
atgagtatgactgtttagccatatgggcaatgggtatgtgcctgtaaagc
ccatgagataccctggaagtatggttactaatcattgtgttccatctgct
tgggcattaggaatcatacccagatcctacgtaagagcagtcagtgatct
taacctctgaggtacctctccagcaacagaatgtatattaatcttatcaa
accgacttatttatatccaccacagtttactgaatgagttagataaagag
ttctcaatatttcagagttgttttttctgattgcaggcttgaagacctgt
caagtgcgtaccttttggttatttctaagttggaaatccactgaagacat
aattagtgtcttcctttctgagtccatcttgtgatgttatgacagactac
atagtctgagaaatctttaacagacatttattagactcagattctagaga
ttgctaattttagaagtatgacacctgtatttagtgaggaactttaagac
atgtttaagagttgtgaggaaacaacacctagaggaagatccactcccag
gcattctaacaagcccaggatcataggatcagatgtgaggagtacacatc
atctgtcccaacactgggagtaactgggaacagtgggaaacaggcaccca
ggaactttgcctgagcagtgtcacaggttctttcctgtctgggccagtgc
cctgagcagaccttgggcacaaactctgcagccagtccccacaacaccca
gaggaagctccacccatcagaggtgctctaatacactcaggacaaacagg
attctgaggatcccaggatcccaggagcttggtcgcaccaggattatcaa
aagtcccagaggcagggtgactgtcaggagttcctgacaccacccaggat
ccaggattccagaattcccagaatttccagcattcacagagaacagctat
gtctgagagatctgacacaaacaagggatcacagggaagacagcctcaag
tccagatttaagcagtg

gaattcatgctcctgtgatatatctccaaacccccttttaaagaatcttc
caaagaagactaactaaactcagatgctccatgtcaaaaaatgtccctga
gttctgggacaggttgttcatacttaaatacaactgagatttaacacttt
tagccaaagaattcttaatagatttgtagcccttaaaaataaaactacac
taagctacatcaaactaaactaaactgaactgaactaaactaaactaaac
taaactaaactaaactaaactaactaaactaaactgaacaaaactaaaca
gtgggcagcaggtatgctaacattatggagtaatctaaactggaaccttc
agctttcagcatgtggcaccaggaaacgggaagcaaaggtagatttttaa
gaattttaaaataggaaaacacacatatggcagggtggagccagggtaaa
gactgaatgtcttgtatctaaagtaaatgaaagtatgtctttaaactaca
aggtttttatttgccagagaatctgttttaaaatagcagtttgccctctg
attatttataggtctttaaatggtagaatcaacttctctttgaggttaac
ttagactttccaactcttgggtacataagttgagttaatattcattgcgc
attctttttttacccaaactttaagttaaagcttcatatggtgactgcat
cctgttcagacactattgtctgaatcttaaacctgtttagtgttcactga
aaaaaagattaaaaacaattaagagccaattaagatcacaaacttctgtg
aaactctgagagtcctcatcttcttgattctcggaatgatctctttccag
ttgagtttcttctaaacagtttaaataacagctgatttcaaattttccac
acatagagattaaaactgtgcttctactatgatgggaacctatttcctct
catgttttaagtgcatatttttgtgtaacattagcatcatgtagtgcaga
catgtgtacagctgcttgatcatgtctgtgactactagtctgatggagtc
acactgtttgtagacagtaatgtgcagagtgaattcacttacatttcaga
aacctggtgatgcacgtttattttataaaagtcagttttataaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_19157998_19159006
seq2: B6Ng01-200K22.b_142_1162 (reverse)

seq1  CACTTCTTATATCT-GACTTGAGCCTGTCCTTCCTGTGAT-CCTTG-TTG  47
      |||| |||| |||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||| |||
seq2  CACTGCTTAAATCTGGACTTGAGGCTGTCTTCCCTGTGATCCCTTGTTTG  50

seq1  TGTCAGATCTCCTCAGACATTAGCTG-TCTCTGTG-ATGCTGG-AATTCT  94
      |||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGTCAGATCT-CTCAGACA-TAGCTGTTCTCTGTGAATGCTGGAAATTCT  98

seq1  GGG-ATTCTGGAATCTTGGATCCTGGGT-GTGTCA-GAACTCCTGACAGT  141
      ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GGGAATTCTGGAATCCTGGATCCTGGGTGGTGTCAGGAACTCCTGACAGT  148

seq1  CACCCTGCCTCTGGGAC-TTTGAT-ATCCTGGTGCGACCAAGCTCCTGGG  189
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGCCTCTGGGACTTTTGATAATCCTGGTGCGACCAAGCTCCTGGG  198

seq1  ATCCTGGGATCCTCAG-ATCCTG-TTGTCCTGAGTGTATTAGAGCACCTC  237
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGATCCTCAGAATCCTGTTTGTCCTGAGTGTATTAGAGCACCTC  248

seq1  TGATGGGTGGAGCTTCCTCTGGGTGTTGT-GGGACTGGCTGCAGAGTTTG  286
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGTGGAGCTTCCTCTGGGTGTTGTGGGGACTGGCTGCAGAGTTTG  298

seq1  TGCCCAAGGTCTGCTCAGGGCACTGGCCCAGACAGGAAAGAACCTGTGAC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAGGTCTGCTCAGGGCACTGGCCCAGACAGGAAAGAACCTGTGAC  348

seq1  ACTGCTCAGGCAAAGTTCCTGGGTGCCTGTTTCCCACTGTTCCCAGTTAC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCAGGCAAAGTTCCTGGGTGCCTGTTTCCCACTGTTCCCAGTTAC  398

seq1  TCCCAGTGTTGGGACAGATGATGTGTACTCCTCACATCTGATCCTATGAT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGTTGGGACAGATGATGTGTACTCCTCACATCTGATCCTATGAT  448

seq1  CCTGGGCTTGTTAGAATGCCTGGGAGTGGATCTTCCTCTAGGTGTTGTTT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTTGTTAGAATGCCTGGGAGTGGATCTTCCTCTAGGTGTTGTTT  498

seq1  CCTCACAACTCTTAAACATGTCTTAAAGTTCCTCACTAAATACAGGTGTC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAACTCTTAAACATGTCTTAAAGTTCCTCACTAAATACAGGTGTC  548

seq1  ATACTTCTAAAATTAGCAATCTCTAGAATCTGAGTCTAATAAATGTCTGT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTAAAATTAGCAATCTCTAGAATCTGAGTCTAATAAATGTCTGT  598

seq1  TAAAGATTTCTCAGACTATGTAGTCTGTCATAACATCACAAGATGGACTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATTTCTCAGACTATGTAGTCTGTCATAACATCACAAGATGGACTC  648

seq1  AGAAAGGAAGACACTAATTATGTCTTCAGTGGATTTCCAACTTAGAAATA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAAGACACTAATTATGTCTTCAGTGGATTTCCAACTTAGAAATA  698

seq1  ACCAAAAGGTACGCACTTGACAGGTCTTCAAGCCTGCAATCAGAAAAAAC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAGGTACGCACTTGACAGGTCTTCAAGCCTGCAATCAGAAAAAAC  748

seq1  AACTCTGAAATATTGAGAACTCTTTATCTAACTCATTCAGTAAACTGTGG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGAAATATTGAGAACTCTTTATCTAACTCATTCAGTAAACTGTGG  798

seq1  TGGATATAAATAAGTCGGTTTGATAAGATTAATATACATTCTGTTGCTGG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATAAATAAGTCGGTTTGATAAGATTAATATACATTCTGTTGCTGG  848

seq1  AGAGGTACCTCAGAGGTTAAGATCACTGACTGCTCTTACGTAGGATCTGG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTACCTCAGAGGTTAAGATCACTGACTGCTCTTACGTAGGATCTGG  898

seq1  GTATGATTCCTAATGCCCAAGCAGATGGAACACAATGATTAGTAACCATA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTCCTAATGCCCAAGCAGATGGAACACAATGATTAGTAACCATA  948

seq1  CTTCCAGGGTATCTCATGGGCTTTACAGGCACATACCCATTGCCCATATG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGGTATCTCATGGGCTTTACAGGCACATACCCATTGCCCATATG  998

seq1  GCTAAACAGTCATACTCATAAAC  1009
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACAGTCATACTCATAAAC  1021


seq1: chr15_19042530_19043697
seq2: B6Ng01-200K22.g_66_1211

seq1  GAATTCATGCTCCTGTGATATATCTCCAAACCCCCTTTTAAAGAATCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTCCTGTGATATATCTCCAAACCCCCTTTTAAAGAATCTTC  50

seq1  CAAAGAAGACTAACTAAACTCAGATGCTCCATGTCAAAAAATGTCCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGACTAACTAAACTCAGATGCTCCATGTCAAAAAATGTCCCTGA  100

seq1  GTTCTGGGACAGGTTGTTCATACTTAAATACAACTGAGATTTAACACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGGACAGGTTGTTCATACTTAAATACAACTGAGATTTAACACTTT  150

seq1  TAGCCAAAGAATTCTTAATAGATTTGTAGCCCTTAAAAATAAAACTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAAGAATTCTTAATAGATTTGTAGCCCTTAAAAATAAAACTACAC  200

seq1  TAAGCTACATCAAACTAAACTAAACTGAACTGAACTAAACTAAACTAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTACATCAAACTAAACTAAACTGAACTGAACTAAACTAAACTAAAC  250

seq1  TAAACTAAACTAAACTAAACTAACTAAACTAAACTGAACAAAACTAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAAACTAAACTAAACTAACTAAACTAAACTGAACAAAACTAAACA  300

seq1  GTGGGCAGCAGGTATGCTAACATTATGGAGTAATCTAAACTGGAACCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGCAGGTATGCTAACATTATGGAGTAATCTAAACTGGAACCTTC  350

seq1  AGCTTTCAGCATGTGGCACCAGGAAACGGGAAGCAAAGGTAGATTTTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCAGCATGTGGCACCAGGAAACGGGAAGCAAAGGTAGATTTTTAA  400

seq1  GAATTTTAAAATAGGAAAACACACATATGGCAGGGTGGAGCCAGGGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTAAAATAGGAAAACACACATATGGCAGGGTGGAGCCAGGGTAAA  450

seq1  GACTGAATGTCTTGTATCTAAAGTAAATGAAAGTATGTCTTTAAACTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAATGTCTTGTATCTAAAGTAAATGAAAGTATGTCTTTAAACTACA  500

seq1  AGGTTTTTATTTGCCAGAGAATCTGTTTTAAAATAGCAGTTTGCCCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTATTTGCCAGAGAATCTGTTTTAAAATAGCAGTTTGCCCTCTG  550

seq1  ATTATTTATAGGTCTTTAAATGGTAGAATCAACTTCTCTTTGAGGTTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTATAGGTCTTTAAATGGTAGAATCAACTTCTCTTTGAGGTTAAC  600

seq1  TTAGACTTTCCAACTCTTGGGTACATAAGTTGAGTTAATATTCATTGCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTTCCAACTCTTGGGTACATAAGTTGAGTTAATATTCATTGCGC  650

seq1  ATTCTTTTTTTACCCAAACTTTAAGTTAAAGCTTCATATGGTGACTGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTTTTACCCAAACTTTAAGTTAAAGCTTCATATGGTGACTGCAT  700

seq1  CCTGTTCAGACACTATTGTCTGAATCTTAAACCTGTTTAGTGTTCACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCAGACACTATTGTCTGAATCTTAAACCTGTTTAGTGTTCACTGA  750

seq1  AAAAAAGATTAAAAACAATTAAGAGCCAATTAAGATCACAAACTTCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATTAAAAACAATTAAGAGCCAATTAAGATCACAAACTTCTGTG  800

seq1  AAACTCTGAGAGTCCTCATCTTCTTGATTCTCGGAATGATCTCTTTCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGAGAGTCCTCATCTTCTTGATTCTCGGAATGATCTCTTTCCAG  850

seq1  TTGAGTTTCTTCTAAACAGTTTAAATAACAGCTGATTTCAAATTTTCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTCTTCTAAACAGTTTAAATAACAGCTGATTTCAAATTTTCCAC  900

seq1  ACATAGAGATTAAAACTGTGCTTCTACTATGAT-GGAACCTATTTCCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACATAGAGATTAAAACTGTGCTTCTACTATGATGGGAACCTATTTCCTCT  950

seq1  CATGTTTTAAGTGCATATTTTTGTGTAACATTAGCATCATGTAGTGCAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTAAGTGCATATTTTTGTGTAACATTAGCATCATGTAGTGCAGA  1000

seq1  CATGTGTACAGCTGCTTGATTCAATGTCCTGTGACCTTACTAGTTCTGAA  1049
      ||||||||||||||||||||   |||| |||||||  |||||| ||||| 
seq2  CATGTGTACAGCTGCTTGAT--CATGT-CTGTGAC--TACTAG-TCTGA-  1043

seq1  TTGGAGTCACACTGTTTTGTAGACAGTAAATTGTGCAGAGTG-ATTCACT  1098
       ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||| 
seq2  -TGGAGTCACACTG-TTTGTAGACAGTAA--TGTGCAGAGTGAATTCAC-  1088

seq1  TTTACATTTTCAGAACACTGTTTTGAAATTGCAGTGTTTTTATTTTTATA  1148
       ||||| ||||||||  |||   |||   ||||  ||||    |||||| 
seq2  -TTACA-TTTCAGAAACCTG--GTGA---TGCA-CGTTT---ATTTTAT-  1126

seq1  AAAATTCAGTTTTATAAAAA  1168
      |||| |||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAGTTTTATAAAAA  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |