BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206F23
Chromosome15 (Build37)
Map Location 30,569,858 - 30,715,915
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnd2
Upstream geneLOC382975
Downstream gene9630009A06Rik, Dap, EG625796, 5730557B15Rik, Ropn1l, LOC622810, March6, Cmbl, Cct5, A930016P21Rik, LOC667231
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206F23.bB6Ng01-206F23.g
ACCGA025805GA025806
length1,1391,176
definitionB6Ng01-206F23.b B6Ng01-206F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,569,858 - 30,570,997)(30,714,744 - 30,715,915)
sequence
gaattcagtgaaaccatttggcaaacaaaaaacctgaagggttgacaatt
tcctcccgtttgaaggcgagagtggacagctttgtccatacttgtgtgaa
cttctgagctctacacacacatatcccaagaaagcagaatcatttctcta
aagtttcagtcagcacagaactgatggccctaaattatctcactggaagg
ttctcagtgagacatcagtgtctctggagtggtccctgcaaggccttcct
tcattccggcttccctgagtccctggaagaggacacatcagtcattaact
tactctctctactttgtcattatgtagaccacacggtgttaagatagttt
ctgcaaatgccagacctcagccttcctgatgtaagccatggccacattcc
tgcacctctcttaacagcccaaaggtggaagctctgcttcctttgaaacg
cgctctctgccctttactgaccatgaccctgtcctgacccaaaagcactt
ctgccaacagagtctgagtcagaatggtcttcagcggggacacctcaagt
gacagatctacccctgtgttcaagtaaccacaggaaactgagaaggggca
aaacatgggtaaaaaggagttgccagactgatggcgatccacgaagcttg
ctcatcttgggtagtcaccaggtagtgacgtcagttgtccattcctgact
tcacggcattagctccctagcatcctgagcaaatgtcattcctctctcag
agctggggccctgctgactgcttcagcaaacttggcaagtctcaatgtgt
cctcacaaggactgtcctaaatcaggacctgttttatacaatgtggtttc
ttttagagccagggtatactcatgactgggactcaggattcctgagagcg
tgttggctgtgaggtcacttgagagctggctgtaagcattgggatttttc
tggggacacttgctctgcttagtgacttgtagtgctagtgacctgataca
tcaagcttgtgctctgtgtagttaaacctgtttgggagccatgttgtgca
tgctgcctttcagattcaattgtattgaaaatatatcctcttatgaacag
ctcttatcacagtggccattgaaatcgcagtacaattac

gaattctgtgggatagtctggggcatagtcacaatttcctaaccacaaaa
atttcaacttcctcccaaacaacccgagggttgtggcccataggctgtgt
attttgaatgtggtactcatacaccatttaaaagcattaaaaagttctca
actgtgcaacagccaaggaataattgaaattctagtgtgtaccgaatcca
aggcatccctggcagtgtgtccctgggctgcactgcacagctgcactgca
cagctgcactgcacagctgcacagtagccttggctctgaacacacatgga
acggtgtagtatacatgtcgccatggcactcagtgccagcaactgctgcc
ctagcactgcagcacaattttgagatggtaatacctcacgaatcatactt
ttcatatgtacacagtatcctgctctcaaagaaacaccatggttcaatta
tgaaaaacaatgttttttgtttgtttgttttttagtatttcttagtattg
ttcctcagtgattaagtattagattagtgtatctttgaactgggttgtgt
tagaaagtctgatttttagaatgatgtctgacttgggattaggaaagaat
tttcagtaatttctgaaatgattctgaacatacttcttaagcatacatat
ttatataaagaggtgagctcaacaataaaagaataacatcaaaagactga
tcaactccgaaaaatataaactacatctgcatcccacactattaaagatt
cagctacgatttgtttatgcaaaaacaaataagctcatctggctcattcg
tatggaaatgtgttaatgttacaagcctataagagaattgtgtttaaata
aatgctttatcactgcatattttacagagatctattttataaaataatac
agactgtgggattggtaagaaatcctcaggtggaaaggagccaggagtgg
gaaaagccaagagctccaatctacaggatcctttctagcatcaaagacga
tgataaatcatttcttgtggatgaccgttacgctatgattataaggcaag
gaaagggccaaagtgatgccttacgaagggaaggttttatttctgtaatg
ctccccttcacctactagatcatacagatatcagactgaaggtaagcatt
gggtttgtctactatggaaagaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_30569858_30570997
seq2: B6Ng01-206F23.b_42_1180

seq1  GAATTCAGTGAAACCATTTGGCAAACAAAAAACCTGAAGGGTTGACAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGAAACCATTTGGCAAACAAAAAACCTGAAGGGTTGACAATT  50

seq1  TCCTCCCGTTTGAAGGCGAGAGTGGACAGCTTTGTCCATACTTGTGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCGTTTGAAGGCGAGAGTGGACAGCTTTGTCCATACTTGTGTGAA  100

seq1  CTTCTGAGCTCTACACACACATATCCCAAGAAAGCAGAATCATTTCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAGCTCTACACACACATATCCCAAGAAAGCAGAATCATTTCTCTA  150

seq1  AAGTTTCAGTCAGCACAGAACTGATGGCCCTAAATTATCTCACTGGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAGTCAGCACAGAACTGATGGCCCTAAATTATCTCACTGGAAGG  200

seq1  TTCTCAGTGAGACATCAGTGTCTCTGGAGTGGTCCCTGCAAGGCCTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTGAGACATCAGTGTCTCTGGAGTGGTCCCTGCAAGGCCTTCCT  250

seq1  TCATTCCGGCTTCCCTGAGTCCCTGGAAGAGGACACATCAGTCATTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCGGCTTCCCTGAGTCCCTGGAAGAGGACACATCAGTCATTAACT  300

seq1  TACTCTCTCTACTTTGTCATTATGTAGACCACACGGTGTTAAGATAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTCTCTACTTTGTCATTATGTAGACCACACGGTGTTAAGATAGTTT  350

seq1  CTGCAAATGCCAGACCTCAGCCTTCCTGATGTAAGCCATGGCCACATTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATGCCAGACCTCAGCCTTCCTGATGTAAGCCATGGCCACATTCC  400

seq1  TGCACCTCTCTTAACAGCCCAAAGGTGGAAGCTCTGCTTCCTTTGAAACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTCTCTTAACAGCCCAAAGGTGGAAGCTCTGCTTCCTTTGAAACG  450

seq1  CGCTCTCTGCCCTTTACTGACCATGACCCTGTCCTGACCCAAAAGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTCTGCCCTTTACTGACCATGACCCTGTCCTGACCCAAAAGCACTT  500

seq1  CTGCCAACAGAGTCTGAGTCAGAATGGTCTTCAGCGGGGACACCTCAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAACAGAGTCTGAGTCAGAATGGTCTTCAGCGGGGACACCTCAAGT  550

seq1  GACAGATCTACCCCTGTGTTCAAGTAACCACAGGAAACTGAGAAGGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATCTACCCCTGTGTTCAAGTAACCACAGGAAACTGAGAAGGGGCA  600

seq1  AAACATGGGTAAAAAGGAGTTGCCAGACTGATGGCGATCCACGAAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGGTAAAAAGGAGTTGCCAGACTGATGGCGATCCACGAAGCTTG  650

seq1  CTCATCTTGGGTAGTCACCAGGTAGTGACGTCAGTTGTCCATTCCTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTGGGTAGTCACCAGGTAGTGACGTCAGTTGTCCATTCCTGACT  700

seq1  TCACGGCATTAGCTCCCTAGCATCCTGAGCAAATGTCATTCCTCTCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGCATTAGCTCCCTAGCATCCTGAGCAAATGTCATTCCTCTCTCAG  750

seq1  AGCTGGGGCCCTGCTGACTGCTTCAGCAAACTTGGCAAGTCTCAATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGGCCCTGCTGACTGCTTCAGCAAACTTGGCAAGTCTCAATGTGT  800

seq1  CCTCACAAGGACTGTCCTAAATCAGGGACCTGTTTTATACAATGTGGTTT  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAAGGACTGTCCTAAATCA-GGACCTGTTTTATACAATGTGGTTT  849

seq1  CTTTTAGAGCCAGGGTATACTCATGACTGGGACTCAGGATTCCTGAGAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGAGCCAGGGTATACTCATGACTGGGACTCAGGATTCCTGAGAGC  899

seq1  GTGTTGGCTGTGAGGTCACTTGAGAGCTGGCTGTAAGCATTGGGATTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGCTGTGAGGTCACTTGAGAGCTGGCTGTAAGCATTGGGATTTTT  949

seq1  CTGGGGACACTTGCTCTGCTTAGTGACTTGTAGGTGCTAGTGACCTGATA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACACTTGCTCTGCTTAGTGACTTGTA-GTGCTAGTGACCTGATA  998

seq1  CATCAAGCTTGTGCTCTGTGTAGTTAAAACCTGTTTGGGAGCCATG-TGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  CATCAAGCTTGTGCTCTGTGTAGTT-AAACCTGTTTGGGAGCCATGTTGT  1047

seq1  GCATTGCCTGCCTTCCAGATCCAATTGTATTGAAAATATATCCTC-TATG  1098
      ||||   ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCAT--GCTGCCTTTCAGATTCAATTGTATTGAAAATATATCCTCTTATG  1095

seq1  AAACAGCTC-TATCACAGTGGC--ATGAATCCACAGTACAATTAC  1140
       |||||||| ||||||||||||   ||||  | ||||||||||||
seq2  -AACAGCTCTTATCACAGTGGCCATTGAAATCGCAGTACAATTAC  1139


seq1: chr15_30714744_30715915
seq2: B6Ng01-206F23.g_65_1240 (reverse)

seq1  TCCTTCTTTC----ATATGCAACACAAA--CTTACCTTCAGTTCTGATAA  44
      ||||||||||     ||  |||  | ||  ||||||||||| |||||| |
seq2  TCCTTCTTTCCATAGTAGACAAACCCAATGCTTACCTTCAG-TCTGAT-A  48

seq1  TCTGTAAATGATCTTAGTAGGTGAAGGGGAAACATAACCAAGAATAAAAC  94
      |||||  |||||| ||||||||||||||| | ||| | ||  ||||||||
seq2  TCTGT--ATGATC-TAGTAGGTGAAGGGG-AGCATTA-CAGAAATAAAAC  93

seq1  CTTCCCTTCGTAA-GCATCACTTTGGCC--TTCCTTG-CTTAT-ATCATA  139
      ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||
seq2  CTTCCCTTCGTAAGGCATCACTTTGGCCCTTTCCTTGCCTTATAATCATA  143

seq1  GCGTTACGGTCATTCACAAG-AATGATTAATCATCGTCTTTGATGCTAGA  188
      |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAACGGTCATCCACAAGAAATGATTTATCATCGTCTTTGATGCTAGA  193

seq1  AAGGATCCTGTAGATGGGAGCTCCTTGGCTTTTCCCACTCCTGGCTCCTT  238
      ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCCTGTAGATTGGAGCT-CTTGGCTTTTCCCACTCCTGGCTCCTT  242

seq1  TCCACCTGAGGATTTCTTACCAATCCCACAGTCTGTATTATTTTATAAAA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGAGGATTTCTTACCAATCCCACAGTCTGTATTATTTTATAAAA  292

seq1  TAGATCTCTGTAAAATATGCAGTGATAAAGCATTTATTTAAACACAATTC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCTGTAAAATATGCAGTGATAAAGCATTTATTTAAACACAATTC  342

seq1  TCTTATAGGCTTGTAACATTAACACATTTCCATACGAATGAGCCAGATGA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAGGCTTGTAACATTAACACATTTCCATACGAATGAGCCAGATGA  392

seq1  GCTTATTTGTTTTTGCATAAACAAATCGTAGCTGAATCTTTAATAGTGTG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTTGTTTTTGCATAAACAAATCGTAGCTGAATCTTTAATAGTGTG  442

seq1  GGATGCAGATGTAGTTTATATTTTTCGGAGTTGATCAGTCTTTTGATGTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAGATGTAGTTTATATTTTTCGGAGTTGATCAGTCTTTTGATGTT  492

seq1  ATTCTTTTATTGTTGAGCTCACCTCTTTATATAAATATGTATGCTTAAGA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTATTGTTGAGCTCACCTCTTTATATAAATATGTATGCTTAAGA  542

seq1  AGTATGTTCAGAATCATTTCAGAAATTACTGAAAATTCTTTCCTAATCCC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGTTCAGAATCATTTCAGAAATTACTGAAAATTCTTTCCTAATCCC  592

seq1  AAGTCAGACATCATTCTAAAAATCAGACTTTCTAACACAACCCAGTTCAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGACATCATTCTAAAAATCAGACTTTCTAACACAACCCAGTTCAA  642

seq1  AGATACACTAATCTAATACTTAATCACTGAGGAACAATACTAAGAAATAC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACACTAATCTAATACTTAATCACTGAGGAACAATACTAAGAAATAC  692

seq1  TAAAAAACAAACAAACAAAAAACATTGTTTTTCATAATTGAACCATGGTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAACAAACAAACAAAAAACATTGTTTTTCATAATTGAACCATGGTG  742

seq1  TTTCTTTGAGAGCAGGATACTGTGTACATATGAAAAGTATGATTCGTGAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAGAGCAGGATACTGTGTACATATGAAAAGTATGATTCGTGAG  792

seq1  GTATTACCATCTCAAAATTGTGCTGCAGTGCTAGGGCAGCAGTTGCTGGC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACCATCTCAAAATTGTGCTGCAGTGCTAGGGCAGCAGTTGCTGGC  842

seq1  ACTGAGTGCCATGGCGACATGTATACTACACCGTTCCATGTGTGTTCAGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTGCCATGGCGACATGTATACTACACCGTTCCATGTGTGTTCAGA  892

seq1  GCCAAGGCTACTGTGCAGCTGTGCAGTGCAGCTGTGCAGTGCAGCTGTGC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCTACTGTGCAGCTGTGCAGTGCAGCTGTGCAGTGCAGCTGTGC  942

seq1  AGTGCAGCCCAGGGACACACTGCCAGGGATGCCTTGGATTCGGTACACAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGCCCAGGGACACACTGCCAGGGATGCCTTGGATTCGGTACACAC  992

seq1  TAGAATTTCAATTATTCCTTGGCTGTTGCACAGTTGAGAACTTTTTAATG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTCAATTATTCCTTGGCTGTTGCACAGTTGAGAACTTTTTAATG  1042

seq1  CTTTTAAATGGTGTATGAGTACCACATTCAAAATACACAGCCTATGGGCC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAATGGTGTATGAGTACCACATTCAAAATACACAGCCTATGGGCC  1092

seq1  ACAACCCTCGGGTTGTTTGGGAGGAAGTTGAAATTTTTGTGGTTAGGAAA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCTCGGGTTGTTTGGGAGGAAGTTGAAATTTTTGTGGTTAGGAAA  1142

seq1  TTGTGACTATGCCCCAGACTATCCCACAGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTATGCCCCAGACTATCCCACAGAATTC  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |