BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206P13
Chromosome15 (Build37)
Map Location 8,439,337 - 8,576,829
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039560, LOC100039633
Upstream geneGdnf, Wdr70, LOC665556, LOC621001, Nup155, 2410089E03Rik, LOC100039599, Nipbl, EG666437
Downstream geneSlc1a3, EG622770, LOC268781, LOC382969, LOC100039619, Ranbp3l, 1110020G09Rik, Skp2, Lmbrd2, LOC666503, Ugt3a1, LOC100039661, Ugt3a2, LOC383094, Capsl, Il7r
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206P13.bB6Ng01-206P13.g
ACCGA026246GA026247
length1,1211,110
definitionB6Ng01-206P13.b B6Ng01-206P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,575,710 - 8,576,829)(8,439,337 - 8,440,447)
sequence
gaattcttctctggggttcttttttcatacaagtttttcaaaagctcatc
ccctgcttcctatttctcccttggagatttattcatctatgaaactcaaa
ccattcgagccttttatgtctggctgagttttgcctctataatttattcc
acatagatttccccccttgaaattgcagcctgtgccagcaggtcacccag
gacttcctgcccttcagaggccccataagataaaagggtaaaagccctca
ctggagagagagatgggccaccctagaagtcagatgctgaaggggcttgg
ccccaacttctagctctggctcacgccacgcctgcatcctgtctggttct
ttcctcatgaaaacctaagtgaggagagaggtggccccacataaagttag
caggcgtcttctccaagatcaaggaaaactttgatagagttgggaagaaa
gccagtaaccattggcttcctgtcctgatgggaaggcagagacggcatct
ccaacccgaatcccactgtgcagaggaacatcaagggtccatctttggag
aatgaaaaactcccttacccatcagcttctgctcacattctgctcccacc
cagtgctcgctgtgagctcccgaggcaaggagtcactcctggtagttaca
tctgtgctcggactgtgtagcctgaagctccagagcttttttttcttttg
aaattttatctgtccatccatctatccatccatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctacctatctatcatctatccat
tggaaaagatatgtgtggaggtcagaggacagctatgagagtcagatctc
tcctcccactatccaggtttccagggtactcaactcaagtcatccagctt
gacagcaaatgttttacccaccaagccatctctccagccctagtcttcct
ctctctacacactgtattacctgcacgtggtggcttcacatctctgtacc
cagcattgcctctcttcctcctgggaattagatcaagagtttacagaacc
ttattcaaccacacttttgttcatgcccagccaccttacgtgctgaaaaa
attagacttattaagggctga
gaattcctttggcctggtccctggacttgtgactccagcccctactactg
tggcaactgttctaaagttctagttcatggagtgagcctggctatggtgc
cacttctgcattactctaacaaagtatctgacacgaacaggttaagtcag
gaaggatttatttggctgtagggctccactgtttttagtcattatgtcaa
cgagggcacagcagagcacagcagcctatatcctgaccaccaagaaacag
aaagctgagaatggactgggaaccaggaataatcttcaagtttgtgtccc
cagtgacctatttccttcaactgggcctcacttcctcaagtttccaccac
ctccaaatagtcccattggctgggaacggagtatacgctgcgtctgttgg
ggaatttcatagccaagctggaacaggtagtagagaacacttaggattct
catctgtttgaatgaatgaggtcatttgagtcatctgaatgcctggtgct
cactgctcatatccagtactaaagcccagaccctgcgtactgctgttctg
tttgttccttccagagagccaacacttacatttgtgtaacccttccttaa
agtcacaggtatgtagtatccccatttaaagacgcctcattagctgccaa
tctgggttttactaaatgaggttatatataatctgtctaaaggaatgttt
cttgttctggaatagatgtcctttatattactttggtattaaatggcctt
ttattacaaccataaaggtagccacatttcctcacatcctttcttaccag
ttgagagactgacaactttatgtaaggtctaagagtggttatgacatttt
gttagtctatgatattcaaggtttgaaagccatggattaaccatcccatg
tatcttgatgaaaggttatatctgtgactatcagtcatgcaatttagcta
gatgcaaatgattacaatgtttgtgttactgtgagtaacataaaaaatga
tgtgtccagccattttctttttgaaatttaaaatctgcttgatactactc
cagagtgttgttctctttgcctctgacttagatgaagacatttctaattt
atactctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_8575710_8576829
seq2: B6Ng01-206P13.b_46_1166 (reverse)

seq1  TCAGCCCTAATAAAGTTCTAATTTTTTTCAGCACTGTAGGT-GCTGGGCA  49
      |||||||| |  ||| ||||| ||||||||||||   |||| ||||||||
seq2  TCAGCCCTTAATAAG-TCTAA-TTTTTTCAGCACGTAAGGTGGCTGGGCA  48

seq1  TGAACCAAAAGTGT-GTTGATTAAGGTTCTGTAAACTTCTTTGATTCTAA  98
      |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   |||| |||||
seq2  TGAA-CAAAAGTGTGGTTGAATAAGGTTCTGTAAACT--CTTGA-TCTAA  94

seq1  TTCCCCAGAGGA--GGAGGCAATGCTGGGTACAGAGATGTGAGGCCA-CA  145
      |||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TTCCCAGGAGGAAGAGAGGCAATGCTGGGTACAGAGATGTGAAGCCACCA  144

seq1  CGTGCAGGTAATACAGTGTGTAGAGAGAGG-AGACTAGGGCTGGAGAGAT  194
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAGGTAATACAGTGTGTAGAGAGAGGAAGACTAGGGCTGGAGAGAT  194

seq1  GGCTTGGTGGGTAAAAACATTTGCTGTCAAGCTGGATGACTTGAGTTGAG  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTGGGT-AAAACATTTGCTGTCAAGCTGGATGACTTGAGTTGAG  243

seq1  TA-CCTGG-AACCTGGATAGTGGGAGGAGAGATCTGACTCTCATAGCTGT  292
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTGGAAACCTGGATAGTGGGAGGAGAGATCTGACTCTCATAGCTGT  293

seq1  CCTCTGACCTCCACACATATCTTTTCCAATGGATAGATGATAGATAGGTA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACCTCCACACATATCTTTTCCAATGGATAGATGATAGATAGGTA  343

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGA  393

seq1  TGGATAGATGGATGGACAGATAAAATTTCAAAAGAAAAAAAAGCTCTGGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGATGGATGGACAGATAAAATTTCAAAAGAAAAAAAAGCTCTGGA  443

seq1  GCTTCAGGCTACACAGTCCGAGCACAGATGTAACTACCAGGAGTGACTCC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGCTACACAGTCCGAGCACAGATGTAACTACCAGGAGTGACTCC  493

seq1  TTGCCTCGGGAGCTCACAGCGAGCACTGGGTGGGAGCAGAATGTGAGCAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCGGGAGCTCACAGCGAGCACTGGGTGGGAGCAGAATGTGAGCAG  543

seq1  AAGCTGATGGGTAAGGGAGTTTTTCATTCTCCAAAGATGGACCCTTGATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGATGGGTAAGGGAGTTTTTCATTCTCCAAAGATGGACCCTTGATG  593

seq1  TTCCTCTGCACAGTGGGATTCGGGTTGGAGATGCCGTCTCTGCCTTCCCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGCACAGTGGGATTCGGGTTGGAGATGCCGTCTCTGCCTTCCCA  643

seq1  TCAGGACAGGAAGCCAATGGTTACTGGCTTTCTTCCCAACTCTATCAAAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACAGGAAGCCAATGGTTACTGGCTTTCTTCCCAACTCTATCAAAG  693

seq1  TTTTCCTTGATCTTGGAGAAGACGCCTGCTAACTTTATGTGGGGCCACCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGATCTTGGAGAAGACGCCTGCTAACTTTATGTGGGGCCACCT  743

seq1  CTCTCCTCACTTAGGTTTTCATGAGGAAAGAACCAGACAGGATGCAGGCG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCACTTAGGTTTTCATGAGGAAAGAACCAGACAGGATGCAGGCG  793

seq1  TGGCGTGAGCCAGAGCTAGAAGTTGGGGCCAAGCCCCTTCAGCATCTGAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGTGAGCCAGAGCTAGAAGTTGGGGCCAAGCCCCTTCAGCATCTGAC  843

seq1  TTCTAGGGTGGCCCATCTCTCTCTCCAGTGAGGGCTTTTACCCTTTTATC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGGTGGCCCATCTCTCTCTCCAGTGAGGGCTTTTACCCTTTTATC  893

seq1  TTATGGGGCCTCTGAAGGGCAGGAAGTCCTGGGTGACCTGCTGGCACAGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGGCCTCTGAAGGGCAGGAAGTCCTGGGTGACCTGCTGGCACAGG  943

seq1  CTGCAATTTCAAGGGGGGAAATCTATGTGGAATAAATTATAGAGGCAAAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATTTCAAGGGGGGAAATCTATGTGGAATAAATTATAGAGGCAAAA  993

seq1  CTCAGCCAGACATAAAAGGCTCGAATGGTTTGAGTTTCATAGATGAATAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCAGACATAAAAGGCTCGAATGGTTTGAGTTTCATAGATGAATAA  1043

seq1  ATCTCCAAGGGAGAAATAGGAAGCAGGGGATGAGCTTTTGAAAAACTTGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAAGGGAGAAATAGGAAGCAGGGGATGAGCTTTTGAAAAACTTGT  1093

seq1  ATGAAAAAAGAACCCCAGAGAAGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAAGAACCCCAGAGAAGAATTC  1121

seq1: chr15_8439337_8440447
seq2: B6Ng01-206P13.g_67_1176

seq1  GAATTCCTTTGGCCTGGTCCCTGGACTTGTGACTCCAGCCCCTACTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGGCCTGGTCCCTGGACTTGTGACTCCAGCCCCTACTACTG  50

seq1  TGGCAACTGTTCTAAAGTTCTAGTTCATGGAGTGAGCCTGGCTATGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACTGTTCTAAAGTTCTAGTTCATGGAGTGAGCCTGGCTATGGTGC  100

seq1  CACTTCTGCATTACTCTAACAAAGTATCTGACACGAACAGGTTAAGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGCATTACTCTAACAAAGTATCTGACACGAACAGGTTAAGTCAG  150

seq1  GAAGGATTTATTTGGCTGTAGGGCTCCACTGTTTTTAGTCATTATGTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATTTATTTGGCTGTAGGGCTCCACTGTTTTTAGTCATTATGTCAA  200

seq1  CGAGGGCACAGCAGAGCACAGCAGCCTATATCCTGACCACCAAGAAACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGCACAGCAGAGCACAGCAGCCTATATCCTGACCACCAAGAAACAG  250

seq1  AAAGCTGAGAATGGACTGGGAACCAGGAATAATCTTCAAGTTTGTGTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAGAATGGACTGGGAACCAGGAATAATCTTCAAGTTTGTGTCCC  300

seq1  CAGTGACCTATTTCCTTCAACTGGGCCTCACTTCCTCAAGTTTCCACCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACCTATTTCCTTCAACTGGGCCTCACTTCCTCAAGTTTCCACCAC  350

seq1  CTCCAAATAGTCCCATTGGCTGGGAACGGAGTATACGCTGCGTCTGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAATAGTCCCATTGGCTGGGAACGGAGTATACGCTGCGTCTGTTGG  400

seq1  GGAATTTCATAGCCAAGCTGGAACAGGTAGTAGAGAACACTTAGGATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTCATAGCCAAGCTGGAACAGGTAGTAGAGAACACTTAGGATTCT  450

seq1  CATCTGTTTGAATGAATGAGGTCATTTGAGTCATCTGAATGCCTGGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTTGAATGAATGAGGTCATTTGAGTCATCTGAATGCCTGGTGCT  500

seq1  CACTGCTCATATCCAGTACTAAAGCCCAGACCCTGCGTACTGCTGTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCATATCCAGTACTAAAGCCCAGACCCTGCGTACTGCTGTTCTG  550

seq1  TTTGTTCCTTCCAGAGAGCCAACACTTACATTTGTGTAACCCTTCCTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCTTCCAGAGAGCCAACACTTACATTTGTGTAACCCTTCCTTAA  600

seq1  AGTCACAGGTATGTAGTATCCCCATTTAAAGACGCCTCATTAGCTGCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAGGTATGTAGTATCCCCATTTAAAGACGCCTCATTAGCTGCCAA  650

seq1  TCTGGGTTTTACTAAATGAGGTTATATATAATCTGTCTAAAGGAATGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTTTACTAAATGAGGTTATATATAATCTGTCTAAAGGAATGTTT  700

seq1  CTTGTTCTGGAATAGATGTCCTTTATATTACTTTGGTATTAAATGGCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTGGAATAGATGTCCTTTATATTACTTTGGTATTAAATGGCCTT  750

seq1  TTATTACAACCATAAAGGTAGCCACATTTCCTCACATCCTTTCTTACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACAACCATAAAGGTAGCCACATTTCCTCACATCCTTTCTTACCAG  800

seq1  TTGAGAGACTGACAACTTTATGTAAGGTCTAAGAGTGGTTATGACATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGACTGACAACTTTATGTAAGGTCTAAGAGTGGTTATGACATTTT  850

seq1  GTTAGTCTATGATATTCAAGGTTTGAAAGCCATGGATTAACCAT-CCATG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTAGTCTATGATATTCAAGGTTTGAAAGCCATGGATTAACCATCCCATG  900

seq1  TATCTTTGATGAAAGG-TATATCTGTGACTATCAGTCATGCAATTTAGCT  948
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATC-TTGATGAAAGGTTATATCTGTGACTATCAGTCATGCAATTTAGCT  949

seq1  AGATGCAAATGATTACAATG-TTGTGTTACTGTGAGTAACAATAAAAAAT  997
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGATGCAAATGATTACAATGTTTGTGTTACTGTGAGTAAC-ATAAAAAAT  998

seq1  GATGTGTCCAGCCATTTTC-TTTTGAAATTTAAAATCTGCTTGAATACTA  1046
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATGTGTCCAGCCATTTTCTTTTTGAAATTTAAAATCTGCTTG-ATACTA  1047

seq1  CTCCAGAGTG-TGTTCTCTT--GCTCTGGAACTCAAGATTGAGGACCATG  1093
      |||||||||| |||||||||   |||||  |||  ||| ||| || ||| 
seq2  CTCCAGAGTGTTGTTCTCTTTGCCTCTG--ACT-TAGA-TGAAGA-CATT  1092

seq1  TCTAATTTATACTCTGAA  1111
      ||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTATACTCTGAA  1110