BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208H21
Chromosome15 (Build37)
Map Location 66,733,199 - 66,865,744
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWisp1, Ndrg1, LOC100040667
Upstream geneOc90, F930104E18Rik, LOC100040835, Kcnq3, Lrrc6, LOC100040860, Tmem71, LOC100040881, Phf20l1, Tg, Sla
Downstream geneSt3gal1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208H21.bB6Ng01-208H21.g
ACCGA027360GA027361
length1,1451,103
definitionB6Ng01-208H21.b B6Ng01-208H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,864,609 - 66,865,744)(66,733,199 - 66,734,312)
sequence
gaattcaagattgaattctagttcagtgactcagccccttgctctcaacc
ctttgtttctgtttcaaaccctggggacagaatgacaccttagggacata
atagagcatgtgacagcaggggaggcttaccttctagaattcaaaatatg
cttctaccgcatttatgccctctcctgtgataattaaccttgggaggctt
ctgagctgctcagcattgagacaaacaccacacaggctctacagggctat
gtcctgctagctctggctatctcacagggctaaaatgcatcactcactcc
acactgggagcctgccacagtacccactttgctccattctcacctagcat
atttcctggctttagtgtggagaagcccacgtgccagggatccaatcccc
ttgacagatccaggcaactgatagccattgcatcttcttggggctaaatg
ctagtccttttagtggtccccagaggcctgtgtgtacccgtgccatgaac
tcacagatgctattatcaacacacacatcatttgtaacctcatctcctca
aacctgaactcatgaactttactctagccacgatgtcttcttgcattcct
ccaacaggctgagtactttctaattcacaacctttgtgcctgctgttccc
tttccttgtgtcttagttagggttttactgtggtgaacagacaccatgac
caaggcaagtcttataaaaaacaacatttaattggggctggcttacaagt
ccagaggttcagtccattatcatcaaggtggaagcatggcagtatccagg
caggcatggtgcaggcagcgctgagagttctatgtctttcatacaaaggc
tgctagtggaagactgacttccaggcaactgggggtgagagtcttaagcc
cacacccacagtgacacacctatttccaaccaggtcacacctatttccat
cagggccacaccttccagaaggtgccactccctggttccaagaatattac
aaaccattcaccaccttgtttatctgatgtgcttctacccccacacccag
accccttcagcacttcttttcttggggagttgccaagttaatcccactgc
tcttggtggatctaaaacttcagatgccttaggatgttgcaccca

gaattcagtgccagaagcacattgtaaaaggagttttatgtgaaccacgt
caatttggaaggaccaaggagcttttattcttatttctcttttcctttct
cagtccttcctactcagccttctccttacttgatggtttatttttctctt
ttcttccttcttaaggatactacagggtcccagggtactgtgtctgcaca
gatgcatctgtctagtttggggtaggcgcattgactgcttgtgttgtgac
agccagggctctcttagaagagggcagggatcctgtagggacagaaagga
cagaatcccaagaaaagtatgggtgcagaaaagggcttgtaatgctctaa
gacaatgttcctcccaagcaaggtgcttctgggaaattctatgtcacctt
aaagtgcacacggggctgctcctccctttgagtcaccaggaaattcctcc
catcctctcagtgcacccagggccctgctcccagatcttgtgaggctaag
ctttgccagctattgggcttgcctgcatgcctgttgcttccacggggatg
tctacagacttacaatttgtattctgagtccaaggttcaccaggtcttgt
tctatttggccaccagaggccccaggagaagtcctccccatggttttttc
acaaaagcaaatgagttatttacttaaaagctttagagaaggtgctgaga
aactggctctgtagtctgtagtaatgggcactcacttctcttccagagga
ccagagtttggttcctagaatctgtgtccagcagatcatgacccctctat
gattctagctggaggggatccgataccctcctctcatctgtatgagcata
tgaacacacgtagcatacacacagacacactgacacacacacatatatat
atatatatatatatacatatacacacactaattaattgttgttggttgtt
aatatattattatatatataaaacattttttcctaaccttaggcagagaa
gaaccttgatccttcccctgactccttaggtgacttctacagaccaatgc
agatcactagactctctagggtcccagttcctcaccactctgagaaatca
gca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_66864609_66865744
seq2: B6Ng01-208H21.b_48_1192 (reverse)

seq1  TGGGTGCAACATCCTAAAGCATCCTTGGAGGTTTTAGA-CCA-CAAGAGC  48
      ||||||||||||||||| |||||    || |||||||| ||| |||||||
seq2  TGGGTGCAACATCCTAAGGCATC---TGAAGTTTTAGATCCACCAAGAGC  47

seq1  AGTGGGATTTAACTGGCAAACTCCC--AG-AAAGAAGTGCTGAAGGGGTC  95
      ||||||| |||||| |  |||||||  || ||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGA-TTAACTTGGCAACTCCCCAAGAAAAGAAGTGCTGAAGGGGTC  96

seq1  TGGGTGT-GGGGTAGAAGCACATCAGATAAACAAGGT-GTGAATGGTTTG  143
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGTGTGGGGGTAGAAGCACATCAGATAAACAAGGTGGTGAATGGTTTG  146

seq1  TAATATTCTTGG-ACCAGGGAGTGGCACCTTCTGG-AGGTGTGGCCTTGA  191
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TAATATTCTTGGAACCAGGGAGTGGCACCTTCTGGAAGGTGTGGCCCTGA  196

seq1  TGG-AATAGGTGTGACCTGGTTGG-AATAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGG  239
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATAGGTGTGACCTGGTTGGAAATAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGG  246

seq1  GCTTAAGACTCTCA-CCCCAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAG  288
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGACTCTCACCCCCAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAG  296

seq1  CCTTTGTATG-AAGACATAGAACTCTCAGCGCTGCCTGCACCATGCCTGC  337
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTATGAAAGACATAGAACTCTCAGCGCTGCCTGCACCATGCCTGC  346

seq1  CTGGATACTGCCATGCTTCCACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGGA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATACTGCCATGCTTCCACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGGA  396

seq1  CTTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTTTATAAGACTTGCCTTGG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTTTATAAGACTTGCCTTGG  446

seq1  TCATGGTGTCTGTTCACCACAGTAAAACCCTAACTAAGACACAAGGAAAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGTCTGTTCACCACAGTAAAACCCTAACTAAGACACAAGGAAAG  496

seq1  GGAACAGCAGGCACAAAGGTTGTGAATTAGAAAGTACTCAGCCTGTTGGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGCAGGCACAAAGGTTGTGAATTAGAAAGTACTCAGCCTGTTGGA  546

seq1  GGAATGCAAGAAGACATCGTGGCTAGAGTAAAGTTCATGAGTTCAGGTTT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCAAGAAGACATCGTGGCTAGAGTAAAGTTCATGAGTTCAGGTTT  596

seq1  GAGGAGATGAGGTTACAAATGATGTGTGTGTTGATAATAGCATCTGTGAG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATGAGGTTACAAATGATGTGTGTGTTGATAATAGCATCTGTGAG  646

seq1  TTCATGGCACGGGTACACACAGGCCTCTGGGGACCACTAAAAGGACTAGC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCACGGGTACACACAGGCCTCTGGGGACCACTAAAAGGACTAGC  696

seq1  ATTTAGCCCCAAGAAGATGCAATGGCTATCAGTTGCCTGGATCTGTCAAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGCCCCAAGAAGATGCAATGGCTATCAGTTGCCTGGATCTGTCAAG  746

seq1  GGGATTGGATCCCTGGCACGTGGGCTTCTCCACACTAAAGCCAGGAAATA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGGATCCCTGGCACGTGGGCTTCTCCACACTAAAGCCAGGAAATA  796

seq1  TGCTAGGTGAGAATGGAGCAAAGTGGGTACTGTGGCAGGCTCCCAGTGTG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGTGAGAATGGAGCAAAGTGGGTACTGTGGCAGGCTCCCAGTGTG  846

seq1  GAGTGAGTGATGCATTTTAGCCCTGTGAGATAGCCAGAGCTAGCAGGACA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTGATGCATTTTAGCCCTGTGAGATAGCCAGAGCTAGCAGGACA  896

seq1  TAGCCCTGTAGAGCCTGTGTGGTGTTTGTCTCAATGCTGAGCAGCTCAGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGTAGAGCCTGTGTGGTGTTTGTCTCAATGCTGAGCAGCTCAGA  946

seq1  AGCCTCCCAAGGTTAATTATCACAGGAGAGGGCATAAATGCGGTAGAAGC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCCAAGGTTAATTATCACAGGAGAGGGCATAAATGCGGTAGAAGC  996

seq1  ATATTTTGAATTCTAGAAGGTAAGCCTCCCCTGCTGTCACATGCTCTATT  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGAATTCTAGAAGGTAAGCCTCCCCTGCTGTCACATGCTCTATT  1046

seq1  ATGTCCCTAAGGTGTCATTCTGTCCCCAGGGTTTGAAACAGAAACAAAGG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTAAGGTGTCATTCTGTCCCCAGGGTTTGAAACAGAAACAAAGG  1096

seq1  GTTGAGAGCAAGGGGCTGAGTCACTGAACTAGAATTCAATCTTGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAGCAAGGGGCTGAGTCACTGAACTAGAATTCAATCTTGAATTC  1145


seq1: chr15_66733199_66734312
seq2: B6Ng01-208H21.g_66_1168

seq1  GAATTCAGTGCCAGAAGCACATTGTAAAAGGAGTTTTATGTGAACCACGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCCAGAAGCACATTGTAAAAGGAGTTTTATGTGAACCACGT  50

seq1  CAATTTGGAAGGACCAAGGAGCTTTTATTCTTATTTCTCTTTTCCTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGGAAGGACCAAGGAGCTTTTATTCTTATTTCTCTTTTCCTTTCT  100

seq1  CAGTCCTTCCTACTCAGCCTTCTCCTTACTTGATGGTTTATTTTTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTCCTACTCAGCCTTCTCCTTACTTGATGGTTTATTTTTCTCTT  150

seq1  TTCTTCCTTCTTAAGGATACTACAGGGTCCCAGGGTACTGTGTCTGCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTCTTAAGGATACTACAGGGTCCCAGGGTACTGTGTCTGCACA  200

seq1  GATGCATCTGTCTAGTTTGGGGTAGGCGCATTGACTGCTTGTGTTGTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATCTGTCTAGTTTGGGGTAGGCGCATTGACTGCTTGTGTTGTGAC  250

seq1  AGCCAGGGCTCTCTTAGAAGAGGGCAGGGATCCTGTAGGGACAGAAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTCTCTTAGAAGAGGGCAGGGATCCTGTAGGGACAGAAAGGA  300

seq1  CAGAATCCCAAGAAAAGTATGGGTGCAGAAAAGGGCTTGTAATGCTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCCAAGAAAAGTATGGGTGCAGAAAAGGGCTTGTAATGCTCTAA  350

seq1  GACAATGTTCCTCCCAAGCAAGGTGCTTCTGGGAAATTCTATGTCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGTTCCTCCCAAGCAAGGTGCTTCTGGGAAATTCTATGTCACCTT  400

seq1  AAAGTGCACACGGGGCTGCTCCTCCCTTTGAGTCACCAGGAAATTCCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCACACGGGGCTGCTCCTCCCTTTGAGTCACCAGGAAATTCCTCC  450

seq1  CATCCTCTCAGTGCACCCAGGGCCCTGCTCCCAGATCTTGTGAGGCTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTCAGTGCACCCAGGGCCCTGCTCCCAGATCTTGTGAGGCTAAG  500

seq1  CTTTGCCAGCTATTGGGCTTGCCTGCATGCCTGTTGCTTCCACGGGGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCAGCTATTGGGCTTGCCTGCATGCCTGTTGCTTCCACGGGGATG  550

seq1  TCTACAGACTTACAATTTGTATTCTGAGTCCAAGGTTCACCAGGTCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGACTTACAATTTGTATTCTGAGTCCAAGGTTCACCAGGTCTTGT  600

seq1  TCTATTTGGCCACCAGAGGCCCCAGGAGAAGTCCTCCCCATGGTTTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGGCCACCAGAGGCCCCAGGAGAAGTCCTCCCCATGGTTTTTTC  650

seq1  ACAAAAGCAAATGAGTTATTTACTTAAAAGCTTTAGAGAAGGTGCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCAAATGAGTTATTTACTTAAAAGCTTTAGAGAAGGTGCTGAGA  700

seq1  AACTGGCTCTGTAGTCTGTAGTAATGGGCACTCACTTCTCTTCCAGAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCTCTGTAGTCTGTAGTAATGGGCACTCACTTCTCTTCCAGAGGA  750

seq1  CCAGAGTTTGGTTCCTAGAATCTGTGTCCAGCAGATCATGACCCCTCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTTGGTTCCTAGAATCTGTGTCCAGCAGATCATGACCCCTCTAT  800

seq1  GATTCTAGCTGGAGGGGATCCGATACCCTCCTCTCATCTGTATGAGCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTAGCTGGAGGGGATCCGATACCCTCCTCTCATCTGTATGAGCATA  850

seq1  TGAACACACGTAGCATACACACAGACACACTGACACACACACATATATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACACGTAGCATACACACAGACACACTGACACACACACATATATAT  900

seq1  ATATATATATATATACATATACACACACTAA-TAATTGTTGTT-GTTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ATATATATATATATACATATACACACACTAATTAATTGTTGTTGGTTGTT  950

seq1  ATTATTATTATTATTATTATATAAAACATTTTTTCCTAAACCTTAGGGCA  998
      | || |||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AATA-TATTATTAT--ATATATAAAACATTTTTTCCT-AACCTTA-GGCA  995

seq1  GAGAAGAA-CTTGATCCCTTCCCCTGACTCCTTAGGTGACCTTCTACAGA  1047
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGAAGAACCTTGAT-CCTTCCCCTGACTCCTTAGGTGA-CTTCTACAGA  1043

seq1  CCAATTGGCAGATCACTTAAGACTCTCTAAGGGCCCCAGTTCCTCACCAC  1097
      |||||  ||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  CCAAT--GCAGATCACT--AGACTCTCT-AGGGTCCCAGTTCCTCACCAC  1088

seq1  TCTGAGGAAAATCAGCA  1114
      ||||||  |||||||||
seq2  TCTGAG--AAATCAGCA  1103


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |