BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209D16
Chromosome15 (Build37)
Map Location 55,998,220 - 56,147,494
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHba-ps3
Upstream geneDepdc6, Col14a1, Mrpl13, Mtbp, Sntb1, LOC665348, LOC100039908
Downstream geneHas2, EG594843, LOC435442, LOC100040067, LOC100039984, BC026439
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209D16.bB6Ng01-209D16.g
ACCGA027901GA027902
length1,0661,098
definitionB6Ng01-209D16.b B6Ng01-209D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,146,447 - 56,147,494)(55,998,220 - 55,999,314)
sequence
gaattctgtactttttaatatattacacattttatattatatttttaact
actgggcaaagagcaaacagtggtcttcatgtttatggtatgcttttctc
atgtaaccatttaaatatcaccgatattataggcagcacatgaactaacc
tttgaggaaaatgtttttgtttttaaaattagcagttgataatgcacaga
atttgctattaaaagaagagagacaatggcctgaatgagtcatggaagtt
acatagtgagtctatccgaagagtgtgaggcaagacaactaacacacaac
actttggagacttttctcatccagtgtttgggcaacctgtaagggagggt
cttcatgaaaggaggggcctccgtgagttgggatcttaggtttccctagg
aaaaacagttacatctgaccaccctgggagaggcttataaaactcttcca
agctagtaaaggaaaagagccagacaattcaaacaggaagtaccagctgg
agaagctctccagtggtgttcacaagctcagaggccacataatgaagaac
agaagatgatgttctcctaggcaccctccatgagaacaggcaagcaggtg
gccctcatcaggaagtgttagggagtttgtgttctcaaagcccaccagac
ccactgagaggttttcttttaaaaataaaagtaaaacaaaaaatatgttt
tcatcaatagcctagtaagcctcactgggatttggctattgttggagaag
tgcctcagcttttggcgatacatgataatgaaatttcatacaggaggttt
tgtgtgtgtgtgtgaagtttatttttttacagttttacatatgtgttttg
tgggaagaatgccctttcaaacatgtcatgtttcctgttcatgaataaat
caggctaaaatccaaagaacatgaaatgtgatggtttatgattgcattaa
ggattttagagaagcccataagtcaatggtggggatccaacgtttcataa
aaatcatgacgccactattttacattagaaaaggccaatcctcctcatca
aatttagtttcttaag

gaattctccagtcactaattatcttgaatatcctgcaggaaaggagttac
taaaaaattaagttatacatagtatgctatatctggggggtgggctgata
aagtgaggcttataagtatgatttaagctatggaatgagaaaaataaggt
ttctacaaaatattgttatgaagttagaatataacatcagaaataactga
gaggaaattattttgtaatataagtctactaataagaataataggattgc
tttgagagaagttagcacttctcaatttatgattcaatttaacacttgct
ctcacaaattcattgcaaatattcatctataaaagttatttaagatttta
ctctatgtcaatcaatgggtatgactgttgtttacatgtgcatgtgtgaa
cagtgtccatggaagacagacaacagcattggatctcttgggagttactg
gagactgagggtaatttaatatggttgttgggaattgaattcaggtggtc
tacaagagcagcaagtactattactcattggaccatctctccagcctcta
gaaaagctatccttaaagcacaaactgtgttaaaaagaaattgtaagtta
actttgggccatagaacatggtttccaactcctgatgtagaaaaccttag
aacttactttatttgtaaatctattgagggagaaacaaaatatacatatt
ctataaataggttagaagatcctcatgataagtttccataaaattattta
cctgggtatctttttgtgtaaaagcagagagaagcattcatatttttagg
actcaatcatttgtgcatttggagctttcagctctactccaaccctctga
ggaagaggaacatcatcatgtagctcgtcaccaactgtaacttcagcatt
aggcaacatttaggcctctacgggcacctgcctgtaaatggtaatctctc
tctctctctcttctctctctcttcctttaaaatattaatagtaagaagcc
tctcggctgtaaacatttacattggaggtactggtgactatgggtaattc
tcggtcacccttctcttggtattatgtctgtgcaatccttccaattga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_56146447_56147494
seq2: B6Ng01-209D16.b_44_1109 (reverse)

seq1  CTTTAGAAACTTAATTTGATGAG--AGATT-GCCTTTTCTAATGTAAAAT  47
      ||| ||||||| |||||||||||   |||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGAAACTAAATTTGATGAGGAGGATTGGCCTTTTCTAATGTAAAAT  50

seq1  AGTGGCGTCATGATTTTTATG-AACGTT-GAT-CCCACCATTTGACTTAT  94
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||
seq2  AGTGGCGTCATGATTTTTATGAAACGTTGGATCCCCACCA-TTGACTTAT  99

seq1  -GGCTTCTCTAAA--TCTTTATGCATTCAT-AACCATCACA-TTCATG-T  138
       ||||||||||||   ||| ||||| |||| |||||||||| |||||| |
seq2  GGGCTTCTCTAAAATCCTTAATGCAATCATAAACCATCACATTTCATGTT  149

seq1  CTTT-GATTTTAGCCTGA-TTATTCATG-ACAGG-AACATGACATGTTTG  184
      |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  CTTTGGATTTTAGCCTGATTTATTCATGAACAGGAAACATGACATGTTTG  199

seq1  -AAGGGCATTCTTCCCAC-AAACACATATGTAAAACTGT-AAAAAATAAA  231
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAAGGGCATTCTTCCCACAAAACACATATGTAAAACTGTAAAAAAATAAA  249

seq1  CTTCACACACACACACAAAACCTCCTGTATGAAATTTCATTATCATGTAT  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACACACACACAAAACCTCCTGTATGAAATTTCATTATCATGTAT  299

seq1  CGCCAAAAGCTGAGGCACTTCTCCAACAATAGCCAAATCCCAGTGAGGCT  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAAAAGCTGAGGCACTTCTCCAACAATAGCCAAATCCCAGTGAGGCT  349

seq1  TACTAGGCTATTGATGAAAACATATTTTTTGTTTTACTTTTATTTTTAAA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGCTATTGATGAAAACATATTTTTTGTTTTACTTTTATTTTTAAA  399

seq1  AGAAAACCTCTCAGTGGGTCTGGTGGGCTTTGAGAACACAAACTCCCTAA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCTCTCAGTGGGTCTGGTGGGCTTTGAGAACACAAACTCCCTAA  449

seq1  CACTTCCTGATGAGGGCCACCTGCTTGCCTGTTCTCATGGAGGGTGCCTA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTGATGAGGGCCACCTGCTTGCCTGTTCTCATGGAGGGTGCCTA  499

seq1  GGAGAACATCATCTTCTGTTCTTCATTATGTGGCCTCTGAGCTTGTGAAC  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACATCATCTTCTGTTCTTCATTATGTGGCCTCTGAGCTTGTGAAC  549

seq1  ACCACTGGAGAGCTTCTCCAGCTGGTACTTCCTGTTTGAATTGTCTGGCT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGGAGAGCTTCTCCAGCTGGTACTTCCTGTTTGAATTGTCTGGCT  599

seq1  CTTTTCCTTTACTAGCTTGGAAGAGTTTTATAAGCCTCTCCCAGGGTGGT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTTTACTAGCTTGGAAGAGTTTTATAAGCCTCTCCCAGGGTGGT  649

seq1  CAGATGTAACTGTTTTTCCTAGGGAAACCTAAGATCCCAACTCACGGAGG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTAACTGTTTTTCCTAGGGAAACCTAAGATCCCAACTCACGGAGG  699

seq1  CCCCTCCTTTCATGAAGACCCTCCCTTACAGGTTGCCCAAACACTGGATG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCTTTCATGAAGACCCTCCCTTACAGGTTGCCCAAACACTGGATG  749

seq1  AGAAAAGTCTCCAAAGTGTTGTGTGTTAGTTGTCTTGCCTCACACTCTTC  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTCTCCAAAGTGTTGTGTGTTAGTTGTCTTGCCTCACACTCTTC  799

seq1  GGATAGACTCACTATGTAACTTCCATGACTCATTCAGGCCATTGTCTCTC  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGACTCACTATGTAACTTCCATGACTCATTCAGGCCATTGTCTCTC  849

seq1  TTCTTTTAATAGCAAATTCTGTGCATTATCAACTGCTAATTTTAAAAACA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAATAGCAAATTCTGTGCATTATCAACTGCTAATTTTAAAAACA  899

seq1  AAAACATTTTCCTCAAAGGTTAGTTCATGTGCTGCCTATAATATCGGTGA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTTCCTCAAAGGTTAGTTCATGTGCTGCCTATAATATCGGTGA  949

seq1  TATTTAAATGGTTACATGAGAAAAGCATACCATAAACATGAAGACCACTG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAATGGTTACATGAGAAAAGCATACCATAAACATGAAGACCACTG  999

seq1  TTTGCTCTTTGCCCAGTAGTTAAAAATATAATATAAAATGTGTAATATAT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTTTGCCCAGTAGTTAAAAATATAATATAAAATGTGTAATATAT  1049

seq1  TAAAAAGTACAGAATTC  1048
      |||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTACAGAATTC  1066


seq1: chr15_55998220_55999314
seq2: B6Ng01-209D16.g_64_1161

seq1  GAATTCTCCAGTCACTAATTATCTTGAATATCCTGCAGGAAAGGAGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGTCACTAATTATCTTGAATATCCTGCAGGAAAGGAGTTAC  50

seq1  TAAAAAATTAAGTTATACATAGTATGCTATATCTGGGGGGTGGGCTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATTAAGTTATACATAGTATGCTATATCTGGGGGGTGGGCTGATA  100

seq1  AAGTGAGGCTTATAAGTATGATTTAAGCTATGGAATGAGAAAAATAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGGCTTATAAGTATGATTTAAGCTATGGAATGAGAAAAATAAGGT  150

seq1  TTCTACAAAATATTGTTATGAAGTTAGAATATAACATCAGAAATAACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAAAATATTGTTATGAAGTTAGAATATAACATCAGAAATAACTGA  200

seq1  GAGGAAATTATTTTGTAATATAAGTCTACTAATAAGAATAATAGGATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATTATTTTGTAATATAAGTCTACTAATAAGAATAATAGGATTGC  250

seq1  TTTGAGAGAAGTTAGCACTTCTCAATTTATGATTCAATTTAACACTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAGAAGTTAGCACTTCTCAATTTATGATTCAATTTAACACTTGCT  300

seq1  CTCACAAATTCATTGCAAATATTCATCTATAAAAGTTATTTAAGATTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAATTCATTGCAAATATTCATCTATAAAAGTTATTTAAGATTTTA  350

seq1  CTCTATGTCAATCAATGGGTATGACTGTTGTTTACATGTGCATGTGTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTCAATCAATGGGTATGACTGTTGTTTACATGTGCATGTGTGAA  400

seq1  CAGTGTCCATGGAAGACAGACAACAGCATTGGATCTCTTGGGAGTTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCCATGGAAGACAGACAACAGCATTGGATCTCTTGGGAGTTACTG  450

seq1  GAGACTGAGGGTAATTTAATATGGTTGTTGGGAATTGAATTCAGGTGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGAGGGTAATTTAATATGGTTGTTGGGAATTGAATTCAGGTGGTC  500

seq1  TACAAGAGCAGCAAGTACTATTACTCATTGGACCATCTCTCCAGCCTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAGCAGCAAGTACTATTACTCATTGGACCATCTCTCCAGCCTCTA  550

seq1  GAAAAGCTATCCTTAAAGCACAAACTGTGTTAAAAAGAAATTGTAAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTATCCTTAAAGCACAAACTGTGTTAAAAAGAAATTGTAAGTTA  600

seq1  ACTTTGGGCCATAGAACATGGTTTCCAACTCCTGATGTAGAAAACCTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGGCCATAGAACATGGTTTCCAACTCCTGATGTAGAAAACCTTAG  650

seq1  AACTTACTTTATTTGTAAATCTATTGAGGGAGAAACAAAATATACATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTTTATTTGTAAATCTATTGAGGGAGAAACAAAATATACATATT  700

seq1  CTATAAATAGGTTAGAAGATCCTCATGATAAGTTTCCATAAAATTATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAATAGGTTAGAAGATCCTCATGATAAGTTTCCATAAAATTATTTA  750

seq1  CCTGGGTATCTTTTTGTGTAAAAGCAGAGAGAAGCATTCATATTTTTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTATCTTTTTGTGTAAAAGCAGAGAGAAGCATTCATATTTTTAGG  800

seq1  ACTCAATCATTTGTGCATTTGGAGCTTTCAGCTCTACTCCAACCCTCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATCATTTGTGCATTTGGAGCTTTCAGCTCTACTCCAACCCTCTGA  850

seq1  GGAAGAGGAACATCATCATGTAGCTCGTCACCAACTGTAACTTCAGCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGAACATCATCATGTAGCTCGTCACCAACTGTAACTTCAGCATT  900

seq1  AGGCAACATTTAGGCCTCTACGGGCACCTGCCTGTAAATGGTAATCTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACATTTAGGCCTCTACGGGCACCTGCCTGTAAATGGTAATCTCTC  950

seq1  TCTCTCTCTC-TCTCTCTCTCTTCCTTTAAAATATTAATAGTTAAGAAGC  999
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTTCCTTTAAAATATTAATAG-TAAGAAGC  999

seq1  CTCTCGGCTGTAAACATTTACATT-GAGGTACTGGTGAACTATGGGT-AT  1047
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CTCTCGGCTGTAAACATTTACATTGGAGGTACTGGTG-ACTATGGGTAAT  1048

seq1  TCTCGGTCACCC-TCTC-TGGTATTATGTCTTGTGCATCCCTTCC-ATTG  1094
      |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||  |||||| ||||
seq2  TCTCGGTCACCCTTCTCTTGGTATTATGTC-TGTGCAATCCTTCCAATTG  1097

seq1  A  1095
      |
seq2  A  1098


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |