BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210C03
Chromosome15 (Build37)
Map Location 71,665,265 - 71,832,756
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol22a1
Upstream geneLOC383051, 1700010C24Rik, LOC100040847
Downstream geneKcnk9, 1810044A24Rik, LOC665621, Peg13, LOC100041120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210C03.bB6Ng01-210C03.g
ACCGA028555GA028556
length1,1151,109
definitionB6Ng01-210C03.b B6Ng01-210C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,831,651 - 71,832,756)(71,665,265 - 71,666,361)
sequence
gaattcagtctgctgctgtggaggaagcctccacctacttctattctgag
gaaaggctggggtggtcctctcttctctgtcccagtaggcaaggagtgat
tctggttcttgcttttcttgtcaagttgagtttggatttggagaaagggc
tgtctccatgctcccaaggtcctctgaccatcaaggcatatgcacatctc
ccatccactcttcttttgttctcttagctcacatccatgcccagtgcaac
tttgatcactgtatgtctcacttgccgttatgactagggatggcatgaga
aaggcttgttccatgtggaaggacaataaatctgtcactttagtgtgcat
ccggtgatctcattagagaaaacctaccctgcattttgattggtgtttga
caatgctgtctacttcaccccctgaggtctgtgggtggtggtagtgctca
tttgctatccagtttgctgacaccaagaggtcctataccatatacttgag
acattacacatcacacacacttcacacctcacatctaatcctcacactcc
acacttgcataaatagtacacacacacacacacacacacacaccttatgc
tccacatacacatacaagcatacacattgcacatctgggaacaagtgtat
gaccacatagagatccaccctctgggtggatctagaggctggagagaaat
gggtggcggcccagctgtgggtttcgagtgccacgttgggcctgtggctt
ggcactgaggatcacataggccacaagaggcagctggtccaggccccacc
ttctctgaaggtcactgtgagttcttttcgggaagcttgtcatgtccttg
ctgcccactggaaagggtaatctttgctaattaacttcttgattgcgggc
caggaaattttattagaatgagactggaatggatgagaaaccgagacctg
cccttcatttactgttaatgaattagtttttcatatatgtgctttaagaa
aaacttccccttgctcttgccaggccctacccaagcctgctttacaacat
gccctttggctgactcctattcctgctcatacagcctgacattattctgc
ctccacttattgctg
gaattcatgtactctagaacagccagtattcttaagagttaagtcgtgtc
ccagccactggtcttaactctagttcaagttcatatctaaccttgctggt
aggtcatgggcatgtctcagaagtacatgatgtctgatggtgtggcttag
taattgagtgggatacattcatgtgtggaaggttctttgtgcacagaaaa
ctatgaggaactccatgcacattgaagccagtgatactcactgtccaggt
agaaggtaaaggaagtgtctgataggaacgaggtgtcttccttgatagag
gaagaaaaagtagctgaagtgatttgttgctgggaggggagttaagagaa
atagataagaataagctggagaggaaggaaggctgggtaatgtgggctag
gagagaacccataactttattatgtcctttatacaaaggccatagggacg
agggcccacagctctgcacagaaagaagccagtgcaagcccagtgttggt
ataatagtggcaactggcactagaaatgcagtaataagtttatgattacc
ctgaaagggaagagggagaggcctgggtaagtagatatagcatggggagt
aaaatctttgacctcagtgttaaagatcagacaagagagaagtaaggaag
agcattggacagcacgattatttctatggctttcagcctctagttttgtc
ctatatttattataatgggtggacgcaaatccaaactggagtttttcttt
ggttgcctctacaaattactattcatgcatgagctacatgacacacacac
ctccaatagctccatacggctatttcagatctgtgaatatcaacaggtta
cacatggttttcatggcaactgcctaggagaggcctcttccatctgtggg
ccatgcctggtagacagttgatcaggaagggacctcagagagctattccc
ccacttgcaacagttctcttattacctcattgcttcttgtggggcctcaa
gggctgacatagcagatgcctcatcataagaaacctgaaaacaataataa
ataaaaatttcccaaatatttgtctttatacattccccaatctagtatta
ttaggaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr15_71831651_71832756
seq2: B6Ng01-210C03.b_39_1153 (reverse)

seq1  CAGCAAT-AGTGGAGGGCAGAAT-ATGTCA-GCTGTATGAGCAGGGATAG  47
      ||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||
seq2  CAGCAATAAGTGGA-GGCAGAATAATGTCAGGCTGTATGAGCAGGAATAG  49

seq1  GAGTCAGCC-AAGGGCATGTTGT-AAGCAGGCTTGGGTAGGG-CTGGC-A  93
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  GAGTCAGCCAAAGGGCATGTTGTAAAGCAGGCTTGGGTAGGGCCTGGCAA  99

seq1  GAGCCAGGGGAAGTTTTTCTT-AAGCACATATATGAAAAACTAATTCATT  142
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGGGAAGTTTTTCTTAAAGCACATATATGAAAAACTAATTCATT  149

seq1  AACAGTAAATGAAGGGCAGGTCTCGGTTTCTCATCCATTCCAGTCTCATT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAATGAAGGGCAGGTCTCGGTTTCTCATCCATTCCAGTCTCATT  199

seq1  CTAATAAAATTTCCTGGCCCGCAATCAAG-AGTTAATTAGC-AAGATTAC  240
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CTAATAAAATTTCCTGGCCCGCAATCAAGAAGTTAATTAGCAAAGATTAC  249

seq1  CCTTTCCAGTGGGCAGCAAGGACATGACAAGCTTCCCGAAAAGAACTCAC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCAGTGGGCAGCAAGGACATGACAAGCTTCCCGAAAAGAACTCAC  299

seq1  AGTGACCTTCAGAGAAGGTGGGGCCTGGACCAGCTGCCTCTTGTGGCCTA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCTTCAGAGAAGGTGGGGCCTGGACCAGCTGCCTCTTGTGGCCTA  349

seq1  TGTGATCCTCAGTGCCAAGCCACAGGCCCAACGTGGCACTCGAAACCCAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCTCAGTGCCAAGCCACAGGCCCAACGTGGCACTCGAAACCCAC  399

seq1  AGCTGGGCCGCCACCCATTTCTCTCCAGCCTCTAGATCCACCCAGAGGGT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGCCGCCACCCATTTCTCTCCAGCCTCTAGATCCACCCAGAGGGT  449

seq1  GGATCTCTATGTGGTCATACACTTGTTCCCAGATGTGCAATGTGTATGCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCTATGTGGTCATACACTTGTTCCCAGATGTGCAATGTGTATGCT  499

seq1  TGTATGTGTATGTGGAGCATAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTATGTGGAGCATAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  549

seq1  CTATTTATGCAAGTGTGGAGTGTGAGGATTAGATGTGAGGTGTGAAGTGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATGCAAGTGTGGAGTGTGAGGATTAGATGTGAGGTGTGAAGTGT  599

seq1  GTGTGATGTGTAATGTCTCAAGTATATGGTATAGGACCTCTTGGTGTCAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATGTGTAATGTCTCAAGTATATGGTATAGGACCTCTTGGTGTCAG  649

seq1  CAAACTGGATAGCAAATGAGCACTACCACCACCCACAGACCTCAGGGGGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGGATAGCAAATGAGCACTACCACCACCCACAGACCTCAGGGGGT  699

seq1  GAAGTAGACAGCATTGTCAAACACCAATCAAAATGCAGGGTAGGTTTTCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGACAGCATTGTCAAACACCAATCAAAATGCAGGGTAGGTTTTCT  749

seq1  CTAATGAGATCACCGGATGCACACTAAAGTGACAGATTTATTGTCCTTCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAGATCACCGGATGCACACTAAAGTGACAGATTTATTGTCCTTCC  799

seq1  ACATGGAACAAGCCTTTCTCATGCCATCCCTAGTCATAACGGCAAGTGAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAACAAGCCTTTCTCATGCCATCCCTAGTCATAACGGCAAGTGAG  849

seq1  ACATACAGTGATCAAAGTTGCACTGGGCATGGATGTGAGCTAAGAGAACA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGTGATCAAAGTTGCACTGGGCATGGATGTGAGCTAAGAGAACA  899

seq1  AAAGAAGAGTGGATGGGAGATGTGCATATGCCTTGATGGTCAGAGGACCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAGTGGATGGGAGATGTGCATATGCCTTGATGGTCAGAGGACCT  949

seq1  TGGGAGCATGGAGACAGCCCTTTCTCCAAATCCAAACTCAACTTGACAAG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCATGGAGACAGCCCTTTCTCCAAATCCAAACTCAACTTGACAAG  999

seq1  AAAAGCAAGAACCAGAATCACTCCTTGCCTACTGGGACAGAGAAGAGAGG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGAACCAGAATCACTCCTTGCCTACTGGGACAGAGAAGAGAGG  1049

seq1  ACCACCCCAGCCTTTCCTCAGAATAGAAGTAGGTGGAGGCTTCCTCCACA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCCAGCCTTTCCTCAGAATAGAAGTAGGTGGAGGCTTCCTCCACA  1099

seq1  GCAGCAGACTGAATTC  1106
      ||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGACTGAATTC  1115

seq1: chr15_71665265_71666361
seq2: B6Ng01-210C03.g_66_1174

seq1  GAATTCATGTACTCTAGAACAGCCAGTATTCTTAAGAGTTAAGTCGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTACTCTAGAACAGCCAGTATTCTTAAGAGTTAAGTCGTGTC  50

seq1  CCAGCCACTGGTCTTAACTCTAGTTCAAGTTCATATCTAACCTTGCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCACTGGTCTTAACTCTAGTTCAAGTTCATATCTAACCTTGCTGGT  100

seq1  AGGTCATGGGCATGTCTCAGAAGTACATGATGTCTGATGGTGTGGCTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATGGGCATGTCTCAGAAGTACATGATGTCTGATGGTGTGGCTTAG  150

seq1  TAATTGAGTGGGATACATTCATGTGTGGAAGGTTCTTTGTGCACAGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAGTGGGATACATTCATGTGTGGAAGGTTCTTTGTGCACAGAAAA  200

seq1  CTATGAGGAACTCCATGCACATTGAAGCCAGTGATACTCACTGTCCAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGGAACTCCATGCACATTGAAGCCAGTGATACTCACTGTCCAGGT  250

seq1  AGAAGGTAAAGGAAGTGTCTGATAGGAACGAGGTGTCTTCCTTGATAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTAAAGGAAGTGTCTGATAGGAACGAGGTGTCTTCCTTGATAGAG  300

seq1  GAAGAAAAAGTAGCTGAAGTGATTTGTTGCTGGGAGGGGAGTTAAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAAGTAGCTGAAGTGATTTGTTGCTGGGAGGGGAGTTAAGAGAA  350

seq1  ATAGATAAGAATAAGCTGGAGAGGAAGGAAGGCTGGGTAATGTGGGCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAAGAATAAGCTGGAGAGGAAGGAAGGCTGGGTAATGTGGGCTAG  400

seq1  GAGAGAACCCATAACTTTATTATGTCCTTTATACAAAGGCCATAGGGACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAACCCATAACTTTATTATGTCCTTTATACAAAGGCCATAGGGACG  450

seq1  AGGGCCCACAGCTCTGCACAGAAAGAAGCCAGTGCAAGCCCAGTGTTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCCACAGCTCTGCACAGAAAGAAGCCAGTGCAAGCCCAGTGTTGGT  500

seq1  ATAATAGTGGCAACTGGCACTAGAAATGCAGTAATAAGTTTATGATTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGTGGCAACTGGCACTAGAAATGCAGTAATAAGTTTATGATTACC  550

seq1  CTGAAAGGGAAGAGGGAGAGGCCTGGGTAAGTAGATATAGCATGGGGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGGAAGAGGGAGAGGCCTGGGTAAGTAGATATAGCATGGGGAGT  600

seq1  AAAATCTTTGACCTCAGTGTTAAAGATCAGACAAGAGAGAAGTAAGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTTTGACCTCAGTGTTAAAGATCAGACAAGAGAGAAGTAAGGAAG  650

seq1  AGCATTGGACAGCACGATTATTTCTATGGCTTTCAGCCTCTAGTTTTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGGACAGCACGATTATTTCTATGGCTTTCAGCCTCTAGTTTTGTC  700

seq1  CTATATTTATTATAATGGGTGGACGCAAATCCAAACTGGAGTTTTTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTTATTATAATGGGTGGACGCAAATCCAAACTGGAGTTTTTCTTT  750

seq1  GGTTGCCTCTACAAATTACTATTCATGCATGAGCTACATGACACACACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCCTCTACAAATTACTATTCATGCATGAGCTACATGACACACACAC  800

seq1  CTCCAATAGCTCCATACGGCTATTTCAGATCTGTGAATATCAACAGGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATAGCTCCATACGGCTATTTCAGATCTGTGAATATCAACAGGTTA  850

seq1  CACATGGTTTTCATGGCAACTGCCTAGGAGAGGCCTCTTCCATCTGT-GG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACATGGTTTTCATGGCAACTGCCTAGGAGAGGCCTCTTCCATCTGTGGG  900

seq1  CCATGCCTGGTAGACAGTTGATCAGGAAGGGACCTCAGAGAGCTATTCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCTGGTAGACAGTTGATCAGGAAGGGACCTCAGAGAGCTATTCCC  950

seq1  CCACTTGC-ACAGTTCTCTTATTA-CTCATTGCT--CTGTGGGGCCTCAA  995
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||
seq2  CCACTTGCAACAGTTCTCTTATTACCTCATTGCTTCTTGTGGGGCCTCAA  1000

seq1  -GGCTGAACATAAGCAGATGCCCTCATCAT-AGAAA-CTGAAACATATAA  1042
       ||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||   ||||
seq2  GGGCTG-ACAT-AGCAGATG-CCTCATCATAAGAAACCTGAAAACAATAA  1047

seq1  T------AAAATTCCCAAATATTTGTCTTTATTACATTCCCCAATCTAGT  1086
      |      ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAATTTCCCAAATATTTGTCTTTA-TACATTCCCCAATCTAGT  1096

seq1  AT--ATAGGAATT  1097
      ||   ||||||||
seq2  ATTATTAGGAATT  1109